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问做蛋白结构的同学一个傻问题

问做蛋白结构的同学一个傻问题# Biology - 生物学

w*62011-10-24 07:10

1 楼

估计是电源出问题了，主板的灯都不亮了，AMD第一代双核的。
考虑干脆换一台，不知道现在哪个合适：
1. 自己组装。倒是Frys，Microcenter 都有
2. 等全新的dell或者其他的deal
3. 等dell outlet的退货deal
哪个更合适呢？
我现在有笔记本，可以等deal。我基本上除了上网之外，最多就是Photoshop偶尔用，
Mathematica偶尔用，极少数用C编程玩。
不玩任何游戏，偶尔看HD电影。

f*n2011-10-24 07:10

2 楼

请报价。

s*y2011-10-24 07:10

3 楼

突然想起了一个问题：
一个蛋白的氨基酸序列，如果颠倒过来排（就是把C-terminal 的放到
N-terminal 去），产生的蛋白和原蛋白有什么关系？
镜像关系？手性关系？还是没有关系？

w*62011-10-24 07:10

4 楼

非常迫切需要解决的问题是噪音。
我旧机器自己买的机箱，不错的货色，可惜风扇噪音还是挺大，而且不能控制。

B*g2011-10-24 07:10

5 楼

how to change email?

【在 f**********n 的大作中提到】

: 请报价。

s*s2011-10-24 07:10

6 楼

应该没啥关系吧
首先肽链不对称啊，一边CN，一边CO啊
其次还有proline这样的怪物啊
最后，就算全对称，folding的时候应该是一边合成一边fold, 所以出来的东西不一定
一样

【在 s******y 的大作中提到】

: 突然想起了一个问题：
: 一个蛋白的氨基酸序列，如果颠倒过来排（就是把C-terminal 的放到
: N-terminal 去），产生的蛋白和原蛋白有什么关系？
: 镜像关系？手性关系？还是没有关系？

w*62011-10-24 07:10

7 楼

顺便再问：
我定了Walmart的 AOC 24" Widescreen LCD Monitor, 1920 x 1080, 60Hz, 5ms,
Piano Black - 2436VW $129 税前，
这个deal如何？

f*n2011-10-24 07:10

8 楼

啥？

【在 B*****g 的大作中提到】

: how to change email?

K*42011-10-24 07:10

9 楼

前两天JBC就有一篇这样的paper，
他们发现有个蛋白 N->C 和另一个蛋白C-〉N 很相似
然后提出一个进化关系
似乎这个理论被一个大牛70年代提出来过
然后作者四处推广，并且拉了几个人申请到了NIH的大funding，还准备大干一场
可惜基本上就是胡扯
让人哭笑不得

【在 s******y 的大作中提到】

q*g2011-10-24 07:10

10 楼

选3就对了。AOC显示器不行啊，上网够了，PS的话差的远。
风扇噪音大的话，把风扇全换了算了，要是换4pin的，可以接到主板上控制转速。

x*a2011-10-24 07:10

11 楼

一个order号应该对应相应的email号吧？不然怎么通过verification?

s*m2011-10-24 07:10

12 楼

能不能说一下具体是哪篇文章

【在 K**4 的大作中提到】

: 前两天JBC就有一篇这样的paper，
: 他们发现有个蛋白 N->C 和另一个蛋白C-〉N 很相似
: 然后提出一个进化关系
: 似乎这个理论被一个大牛70年代提出来过
: 然后作者四处推广，并且拉了几个人申请到了NIH的大funding，还准备大干一场
: 可惜基本上就是胡扯
: 让人哭笑不得

w*62011-10-24 07:10

13 楼

谢谢， IPS的 Dell 24 Ultrasharp很诱人，就是太贵了

【在 q********g 的大作中提到】

: 选3就对了。AOC显示器不行啊，上网够了，PS的话差的远。
: 风扇噪音大的话，把风扇全换了算了，要是换4pin的，可以接到主板上控制转速。

s*y2011-10-24 07:10

14 楼

如果在不考虑边合成边折叠的问题时呢？比方说如果是很短的多肽的时候？

【在 s******s 的大作中提到】

: 应该没啥关系吧
: 首先肽链不对称啊，一边CN，一边CO啊
: 其次还有proline这样的怪物啊
: 最后，就算全对称，folding的时候应该是一边合成一边fold, 所以出来的东西不一定
: 一样

w*62011-10-24 07:10

15 楼

杯具啊，俺刷屏 Dell的那个 XPS 8300 一整天了，居然都不出来，几次在cart里面，
checkout的功夫就被人抢走了

【在 q********g 的大作中提到】

: 选3就对了。AOC显示器不行啊，上网够了，PS的话差的远。
: 风扇噪音大的话，把风扇全换了算了，要是换4pin的，可以接到主板上控制转速。

J*n2011-10-24 07:10

16 楼

Keywords: retro protein

d*t2011-10-24 07:10

17 楼

你这种最适合dell outlet蹲点了~

【在 w********6 的大作中提到】

: 估计是电源出问题了，主板的灯都不亮了，AMD第一代双核的。
: 考虑干脆换一台，不知道现在哪个合适：
: 1. 自己组装。倒是Frys，Microcenter 都有
: 2. 等全新的dell或者其他的deal
: 3. 等dell outlet的退货deal
: 哪个更合适呢？
: 我现在有笔记本，可以等deal。我基本上除了上网之外，最多就是Photoshop偶尔用，
: Mathematica偶尔用，极少数用C编程玩。
: 不玩任何游戏，偶尔看HD电影。

s*y2011-10-24 07:10

18 楼

谢谢！果然问到了行家：）
查了一下，发现早就有人想过这种“傻”问题了，测试结果是大部分
“逆”蛋白可以保留原蛋白的二级结构，但是三级结构会出错，经常是叠不好。

【在 J********n 的大作中提到】

: Keywords: retro protein

s*s2011-10-24 07:10

19 楼

为什么会有人问这么"无聊"的问题呢？包括你啦，呵呵
一定是最近没试验闲着慌

【在 s******y 的大作中提到】

: 谢谢！果然问到了行家：）
: 查了一下，发现早就有人想过这种“傻”问题了，测试结果是大部分
: “逆”蛋白可以保留原蛋白的二级结构，但是三级结构会出错，经常是叠不好。

f*u2011-10-24 07:10

20 楼

可以尝试用directed evolution弄个几轮，看看能不能好转

【在 s******y 的大作中提到】

f*u2011-10-24 07:10

21 楼

我有个类似的问题，或许不那么无聊，不知道有没有人了解。
就是说如果已知一个膜蛋白，如果我想把它里外翻一个个儿，有没有办法？
比如有个通道是往ER里面输送什么的，我现在想搞个通道是从ER往外面送同样东西的。

【在 s******s 的大作中提到】

: 为什么会有人问这么"无聊"的问题呢？包括你啦，呵呵
: 一定是最近没试验闲着慌

s*y2011-10-24 07:10

22 楼

呵呵，这个问题其实一点都不无聊。因为事关一些蛋白折叠的基本原理。

【在 s******s 的大作中提到】

: 为什么会有人问这么"无聊"的问题呢？包括你啦，呵呵
: 一定是最近没试验闲着慌

J*n2011-10-24 07:10

23 楼

This is known as the "positive-inside rule". Check out the following paper:
Nature Structural & Molecular Biology 13, 94 - 96 (2006)
doi:10.1038/nsmb0206-94
Flip-flopping membrane proteins
James U Bowie
However, if you are dealing with a "stubborn" protein instead of a "
hypersensitive" one, it might be tough to flip.

【在 f**u 的大作中提到】

: 我有个类似的问题，或许不那么无聊，不知道有没有人了解。
: 就是说如果已知一个膜蛋白，如果我想把它里外翻一个个儿，有没有办法？
: 比如有个通道是往ER里面输送什么的，我现在想搞个通道是从ER往外面送同样东西的。

p*m2011-10-24 07:10

24 楼

其实这确实是一个有意思的问题，现在很多重要的membrane protein的biochemistry，
比如channels，receptors，都在reconstituted的system中间做，如果有方法能够flip
flop，比如能够让intracellular的surface变成extracellular，那么很多重要的
protein protein 相互作用都可能在biochemistry的水平上做以及被很多biophysics的
方法研究。

【在 f**u 的大作中提到】

f*e2011-10-24 07:10

25 楼

个人不相信这种基于 lattice model／monte carlo／pair potential 作出的结论。尤
其是 Skolnick
的文章。

【在 s******y 的大作中提到】

f*u2011-10-24 07:10

26 楼

感谢专家

【在 J********n 的大作中提到】

: This is known as the "positive-inside rule". Check out the following paper:
: Nature Structural & Molecular Biology 13, 94 - 96 (2006)
: doi:10.1038/nsmb0206-94
: Flip-flopping membrane proteins
: James U Bowie
: However, if you are dealing with a "stubborn" protein instead of a "
: hypersensitive" one, it might be tough to flip.

K*42011-10-24 07:10

27 楼

For those people who may be interested:
Did tRNA Synthetase Classes Arise on Opposite Strands of the Same Gene?
Molecular Cell, Vol. 10, 705–708
Histidyl-tRNA Synthetase Urzymes
CLASS I AND II AMINOACYL tRNA SYNTHETASE URZYMES HAVE COMPARABLE CATALYTIC
ACTIVITIES FOR COGNATE AMINO ACID ACTIVATION
THE JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY VOL. 286, NO. 12, pp. 10387–10395,
March 25, 2011

【在 s***m 的大作中提到】

: 能不能说一下具体是哪篇文章