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ION的下一代sequencer快要出来了- The Ion Proton Sequencer
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ION的下一代sequencer快要出来了- The Ion Proton Sequencer# Biology - 生物学
h*a
1 楼
今天早上为了申fidelity 直接把boa卡关了 忘了里面还有100多的rewards。。。
客服说卡关了他们也操作不了。。。
还有啥补救的办法么？thx！
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y*8
3 楼
This means the chip should have 100M wells for Exome, and more than 300M
wells for the genome sequencing.
With the current size of Ion sphere beads, the chip should be huge.
Any inside news for the ion proton chip specifications?
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s*s
4 楼
听上去很不错，不知道能不能按时deliver了

【在 m***T 的大作中提到】
: 离实现$1000 genome不太远了。
: 具体的Press release可以从LifeTech的网址上看。
: http://www.lifetechnologies.com/us/en/home/about-us/news-galler
: releases/2012/life-techologies-itroduces-the-bechtop-io-proto.html
: 其它相关的文章
: http://online.wsj.com/article/SB1000142405297020412420457715105
: html
: http://www.reuters.com/article/2012/01/10/us-dna-reader-
: idUSTRE8090B820120110
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m*T
5 楼
抱歉，现在还不能透露过多的信息，只能告诉你ISP以及wells on chips的尺寸都减小
。其实网上已经有不少地方或多或少地透露了一些specifications。
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m*T
6 楼
从ION以前表现，它基本上都差不多on schedule。所以我估计即使延迟也不会太长。

【在 s******s 的大作中提到】
: 听上去很不错，不知道能不能按时deliver了
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y*8
7 楼
Life should be able to do it. More wells in a chip are not a problem for
sequencing speed, and are not hard at all to manufacture.
They only need to make a bigger machine to handle bigger chips.

【在 s******s 的大作中提到】
: 听上去很不错，不知道能不能按时deliver了
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y*8
8 楼
At least, ION should be able to cut the size in half, and make 4x wells in
the same area of current chip.
Optical based sequencing is able to generate reliable basecall with 20 DNA
molecules in a clone. With this number, pH based signal will be very noisy.
If ION put the price tag as 150k for future sequencer, it would be hard to
say which strategy will win in the end.

【在 m***T 的大作中提到】
: 抱歉，现在还不能透露过多的信息，只能告诉你ISP以及wells on chips的尺寸都减小
: 。其实网上已经有不少地方或多或少地透露了一些specifications。
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s*s
9 楼
嗯，life以前的历史一贯很好。
不过，上次来做报告，感觉上可以缩小well的尺寸对信噪比影响很大，不知道
解决了么，还是chip会向waffle那么大

【在 m***T 的大作中提到】
: 从ION以前表现，它基本上都差不多on schedule。所以我估计即使延迟也不会太长。
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y*8
10 楼
I have to say, Life is the best on marketing, but mediocre on everything
else.

【在 s******s 的大作中提到】
: 嗯，life以前的历史一贯很好。
: 不过，上次来做报告，感觉上可以缩小well的尺寸对信噪比影响很大，不知道
: 解决了么，还是chip会向waffle那么大
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s*s
11 楼
btw, 理论上这种semiconductor的chip应该可以进一步设计成reusable的，
不过从商业模式上来说life应该不会做这方面的努力，多大的浪费啊

【在 y******8 的大作中提到】
: I have to say, Life is the best on marketing, but mediocre on everything
: else.
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y*8
12 楼
Illumina is way behind the competition. We need another serious player to
push ION on the improvement.
The good thing about ION is that reagents could be replaced by third party
products. The cost would be reduced to 20% of current price tag. In the
future, ION's profit could only come from two: chips and service.

【在 s******s 的大作中提到】
: btw, 理论上这种semiconductor的chip应该可以进一步设计成reusable的，
: 不过从商业模式上来说life应该不会做这方面的努力，多大的浪费啊
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c*r
13 楼
参加了一些会议，有的实验室动辄做几十几百甚至计划做上千个样本的测序，Ion
Torrent的使用也越来越多。而且如果有好的transcriptome或者reference genome的话
，一些实验室首选Ion Torrent，速度快啊。
要是我们实验室也那么有米的话一定让老板搞一台玩儿玩儿。

【在 m***T 的大作中提到】
: 离实现$1000 genome不太远了。
: 具体的Press release可以从LifeTech的网址上看。
: http://www.lifetechnologies.com/us/en/home/about-us/news-galler
: releases/2012/life-techologies-itroduces-the-bechtop-io-proto.html
: 其它相关的文章
: http://online.wsj.com/article/SB1000142405297020412420457715105
: html
: http://www.reuters.com/article/2012/01/10/us-dna-reader-
: idUSTRE8090B820120110
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s*s
14 楼
这个有多快？有人用过么？

【在 c*********r 的大作中提到】
: 参加了一些会议，有的实验室动辄做几十几百甚至计划做上千个样本的测序，Ion
: Torrent的使用也越来越多。而且如果有好的transcriptome或者reference genome的话
: ，一些实验室首选Ion Torrent，速度快啊。
: 要是我们实验室也那么有米的话一定让老板搞一台玩儿玩儿。
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y*8
15 楼
164 million wells on Proton chip
660 million wells on Proton II chip.
Looks like ION cut the size in half for Proton chip, and want to reduce by
another half for Proton II. It should be a knock-out for Illumina MiSeq.
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c*r
16 楼
我没用过，但一个学生告诉我他们用自己开发的pipeline，从测序到数据分析一天就搞
定了。你该问问MedIT。^_^

【在 s******s 的大作中提到】
: 这个有多快？有人用过么？
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s*s
17 楼
大概是PCR另有机器做，省了很多cluster generation的时间，而且电信号比拍照快多了

【在 c*********r 的大作中提到】
: 我没用过，但一个学生告诉我他们用自己开发的pipeline，从测序到数据分析一天就搞
: 定了。你该问问MedIT。^_^
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m*T
18 楼
你猜得不错,PCR由OneTouch automation来做.

多了

【在 s******s 的大作中提到】
: 大概是PCR另有机器做，省了很多cluster generation的时间，而且电信号比拍照快多了
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y*8
19 楼
http://investor.illumina.com/phoenix.zhtml?c=121127&p=irol-news
Illumina's move. Not sure about the reagent cost.

【在 m***T 的大作中提到】
: 离实现$1000 genome不太远了。
: 具体的Press release可以从LifeTech的网址上看。
: http://www.lifetechnologies.com/us/en/home/about-us/news-galler
: releases/2012/life-techologies-itroduces-the-bechtop-io-proto.html
: 其它相关的文章
: http://online.wsj.com/article/SB1000142405297020412420457715105
: html
: http://www.reuters.com/article/2012/01/10/us-dna-reader-
: idUSTRE8090B820120110
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O*e
20 楼
我们正在考虑中。。。

【在 c*********r 的大作中提到】
: 参加了一些会议，有的实验室动辄做几十几百甚至计划做上千个样本的测序，Ion
: Torrent的使用也越来越多。而且如果有好的transcriptome或者reference genome的话
: ，一些实验室首选Ion Torrent，速度快啊。
: 要是我们实验室也那么有米的话一定让老板搞一台玩儿玩儿。
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A*0
21 楼
我们也在考虑中。。。
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f*e
22 楼
"will also require the purchase of a $75,000 server for analysis."
抢钱啊
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A*a
23 楼
Was wondering why the stock jumped.
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P*d
24 楼
Nice! When can we just spit on the chip and get our genome sequenced?

【在 m***T 的大作中提到】
: 离实现$1000 genome不太远了。
: 具体的Press release可以从LifeTech的网址上看。
: http://www.lifetechnologies.com/us/en/home/about-us/news-galler
: releases/2012/life-techologies-itroduces-the-bechtop-io-proto.html
: 其它相关的文章
: http://online.wsj.com/article/SB1000142405297020412420457715105
: html
: http://www.reuters.com/article/2012/01/10/us-dna-reader-
: idUSTRE8090B820120110
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p*i
25 楼
拜读，感谢

【在 m***T 的大作中提到】
: 你猜得不错,PCR由OneTouch automation来做.
:
: 多了
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m*T
26 楼
哈哈，是个好主意，我这就去先注册个公司，你可不能把idea给专利了呀。

【在 P****d 的大作中提到】
: Nice! When can we just spit on the chip and get our genome sequenced?
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b*0
27 楼
who deleted the link??? does not work......

【在 m***T 的大作中提到】
: 离实现$1000 genome不太远了。
: 具体的Press release可以从LifeTech的网址上看。
: http://www.lifetechnologies.com/us/en/home/about-us/news-galler
: releases/2012/life-techologies-itroduces-the-bechtop-io-proto.html
: 其它相关的文章
: http://online.wsj.com/article/SB1000142405297020412420457715105
: html
: http://www.reuters.com/article/2012/01/10/us-dna-reader-
: idUSTRE8090B820120110
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m*T
29 楼
不好意思，不是把link给delete了，而编辑贴子的时候它自动变成文本文件了，我也不
知道怎么再改回来。你可以把整个link copy/paste到notepad里然后把空格去掉后再贴
到地址栏里。知道这不是最好的办法，不知道版上有人知道如何修改并保留原贴中的
links吗？

【在 b*******0 的大作中提到】
: who deleted the link??? does not work......
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b*0
30 楼
嗯，谢谢啦！可以直接去LIFE网站看

【在 m***T 的大作中提到】
: 不好意思，不是把link给delete了，而编辑贴子的时候它自动变成文本文件了，我也不
: 知道怎么再改回来。你可以把整个link copy/paste到notepad里然后把空格去掉后再贴
: 到地址栏里。知道这不是最好的办法，不知道版上有人知道如何修改并保留原贴中的
: links吗？
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t*d
31 楼
和Illumina 将推出的新版 Hi-SEQ比，不计sequencer本省，每个 genome 测序所需的
费用相差大么？

【在 m***T 的大作中提到】
: 离实现$1000 genome不太远了。
: 具体的Press release可以从LifeTech的网址上看。
: http://www.lifetechnologies.com/us/en/home/about-us/news-galler
: releases/2012/life-techologies-itroduces-the-bechtop-io-proto.html
: 其它相关的文章
: http://online.wsj.com/article/SB1000142405297020412420457715105
: html
: http://www.reuters.com/article/2012/01/10/us-dna-reader-
: idUSTRE8090B820120110
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s*s
33 楼
没算过，人家chip价格也没写。应该还是明显illumina便宜，不过一次花费高

【在 t*d 的大作中提到】
: 和Illumina 将推出的新版 Hi-SEQ比，不计sequencer本省，每个 genome 测序所需的
: 费用相差大么？
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t*d
34 楼
Illumina 的股票为什么最后还涨了？
把 ILMN 和 LIFE 今天的股价走势放在一起比较做个图，图形非常有趣。

【在 m***T 的大作中提到】
: 离实现$1000 genome不太远了。
: 具体的Press release可以从LifeTech的网址上看。
: http://www.lifetechnologies.com/us/en/home/about-us/news-galler
: releases/2012/life-techologies-itroduces-the-bechtop-io-proto.html
: 其它相关的文章
: http://online.wsj.com/article/SB1000142405297020412420457715105
: html
: http://www.reuters.com/article/2012/01/10/us-dna-reader-
: idUSTRE8090B820120110
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t*d
35 楼
找到一点信息
The Ion Proton I Chip, which the firm said will be ideal for sequencing
exomes, will be available mid-2012. The Ion Proton II Chip, designed for
sequencing whole human genomes, will be available about six months later.
Lucier said that the cost of exome sequencing would be brought down to $500
with the new chip.
不知道这个是不是包括 chip 和 reagent 的价。是不是还包括了 exome capture 的
cost？现在 exome 的 cost 大概多少？
如果genome 比exome 大至少20倍吧，这样算，whole genome 需要 $10,000?

【在 s******s 的大作中提到】
: 没算过，人家chip价格也没写。应该还是明显illumina便宜，不过一次花费高
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m*T
36 楼
如果算$/base，应该是illumina的便宜。但有时候的问题是如果没有足够多的samples
来match它的running capacity，running cost就会高一些。
ION的新chip还没有最终定价，但从press release不难推测，包括PCR，seq run加上
chip（proton II is enough for 1 human genome)总共应该在$1000左右。从314,316
及318的上高来看，一旦新chip上市，旧的立刻就大幅度降价。所以这种模式我估计还
会延续下去。

【在 s******s 的大作中提到】
: 没算过，人家chip价格也没写。应该还是明显illumina便宜，不过一次花费高
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s*s
37 楼
一般算$1000/genome貌似不算试剂。
这个$500不知道怎么算的，不太可能算exom capture吧？

500

【在 t*d 的大作中提到】
: 找到一点信息
: The Ion Proton I Chip, which the firm said will be ideal for sequencing
: exomes, will be available mid-2012. The Ion Proton II Chip, designed for
: sequencing whole human genomes, will be available about six months later.
: Lucier said that the cost of exome sequencing would be brought down to $500
: with the new chip.
: 不知道这个是不是包括 chip 和 reagent 的价。是不是还包括了 exome capture 的
: cost？现在 exome 的 cost 大概多少？
: 如果genome 比exome 大至少20倍吧，这样算，whole genome 需要 $10,000?
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m*T
38 楼
running cost两个chip是差不太多的。如果你用proton 1来做whole genome当然cost要
高很多，但用proton II来run，跟proton 1做exome的cost不会有非常显著性的差别的。
exome capture的cost，我想是不包括的。从目前的技术来看，这部分的cost是相当可
观，而且不是特别容易降下来。agilent刚买了halo，不知道在这方面会不会有什么更
好的做为。

500

【在 t*d 的大作中提到】
: 找到一点信息
: The Ion Proton I Chip, which the firm said will be ideal for sequencing
: exomes, will be available mid-2012. The Ion Proton II Chip, designed for
: sequencing whole human genomes, will be available about six months later.
: Lucier said that the cost of exome sequencing would be brought down to $500
: with the new chip.
: 不知道这个是不是包括 chip 和 reagent 的价。是不是还包括了 exome capture 的
: cost？现在 exome 的 cost 大概多少？
: 如果genome 比exome 大至少20倍吧，这样算，whole genome 需要 $10,000?
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m*T
39 楼
ILMN也有升级产品，涨一些是可以理解的.大盘涨也是因素之一，就连agilent今天还涨了呢，虽然幅度不如life和limn

【在 t*d 的大作中提到】
: Illumina 的股票为什么最后还涨了？
: 把 ILMN 和 LIFE 今天的股价走势放在一起比较做个图，图形非常有趣。
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t*d
40 楼
多谢！
原来如此啊。现在一个whole genome 用的试剂大概需要多少钱？

【在 s******s 的大作中提到】
: 一般算$1000/genome貌似不算试剂。
: 这个$500不知道怎么算的，不太可能算exom capture吧？
:
: 500
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t*d
41 楼
嗯，你是对的。
你提供的链接里面有路边社消息：
Ion Torrent will sell the tabletop machine, called the Ion Proton Sequencer,
for $99,000 to $149,000, making it affordable for large medical practices
or clinics; existing sequencers cost up to $750,000. The computer chip and
biochemicals to sequence a genome will cost $1,000
当然路边社的消息只有这水平，说不清楚这个 proton I 还是 Proton II 的费用。

的。

【在 m***T 的大作中提到】
: running cost两个chip是差不太多的。如果你用proton 1来做whole genome当然cost要
: 高很多，但用proton II来run，跟proton 1做exome的cost不会有非常显著性的差别的。
: exome capture的cost，我想是不包括的。从目前的技术来看，这部分的cost是相当可
: 观，而且不是特别容易降下来。agilent刚买了halo，不知道在这方面会不会有什么更
: 好的做为。
:
: 500
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y*8
42 楼
Illumina的最大优势是全自动的流程，MiSeq 所需的hands on时间远小于Ion PGM。另
外数据的质量也高很多。HiSeq 2500如果把cBot整合了，配上一个高速的confocal，还
是有可能再撑3年的。
Ion的pH法是把双刃剑，试剂成本应该远低于光学法，但是信号的稳定性差了两个数量
级。Ion要取胜，价格低是王道。

samples
316

【在 m***T 的大作中提到】
: 如果算$/base，应该是illumina的便宜。但有时候的问题是如果没有足够多的samples
: 来match它的running capacity，running cost就会高一些。
: ION的新chip还没有最终定价，但从press release不难推测，包括PCR，seq run加上
: chip（proton II is enough for 1 human genome)总共应该在$1000左右。从314,316
: 及318的上高来看，一旦新chip上市，旧的立刻就大幅度降价。所以这种模式我估计还
: 会延续下去。
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O*e
43 楼
这些机器是不是一定要专门培训人来操作？

【在 y******8 的大作中提到】
: Illumina的最大优势是全自动的流程，MiSeq 所需的hands on时间远小于Ion PGM。另
: 外数据的质量也高很多。HiSeq 2500如果把cBot整合了，配上一个高速的confocal，还
: 是有可能再撑3年的。
: Ion的pH法是把双刃剑，试剂成本应该远低于光学法，但是信号的稳定性差了两个数量
: 级。Ion要取胜，价格低是王道。
:
: samples
: 316
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y*8
44 楼
Ion培训还算简单，就是操作繁琐一些. 出了问题，自己解决也还算可行。
Illumina的高自动化的代价是，一旦出了问题，你就只能call service.
目前看来，Ion出小问题的频率偏高。所以专门训练一个tech很有必要。

【在 O******e 的大作中提到】
: 这些机器是不是一定要专门培训人来操作？
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N2
45 楼
这是我看到的最有意思的有关技术的讨论.真不敢想象测序技术发展的如此的快.真到$
1000/基因组，不光临床上的应用，我看生物学科各个领域又会有深刻的变化．我看上
面的讨论大多来自专业人士，有没有在boston, 真想当面请教请教．
avatar
l*1
46 楼
RE LD
不然KF Lee的母校 卡内基梅隆会同日宣布参与 Ion Torrent $1000 whole genome project?
没有辅助Life Technologies成下一个微软 或谷哥 的可行性分析报告
卡内隆这样的ICT巨人会这么起劲吗? 注意不是一个group
是五个PI 组合作参与 Ion Torrent $1000 whole genome project
Eric Xing, Ziv Bar-Joseph, Kathryn Roeder, Russell
Schwartz and Seyoung Kim.
details please refer
Tuesday, January 10, 2012
Press Release: Carnegie Mellon Will Tap Advanced Computer Methods To Help
Doctors Make Sense of Their Patients' DNA
Ion Torrent Systems Sponsors Multi-University Research Effort
Contact: Byron Spice / 412-268-9068 / b****[email protected]
PITTSBURGH—Scientists at Carnegie Mellon University say advanced
computational tools will be the key to a new research project that, if
successful, could enable doctors to routinely use information extracted from
a patient's DNA to diagnose and guide treatment of diseases.
ignored
The Lane Center includes a number of faculty who are leaders in aspects of
the problem, including Eric Xing, Ziv Bar-Joseph, Kathryn Roeder, Russell
Schwartz and Seyoung Kim.
ignored
cited from
http://www.cmu.edu/news/stories/archives/2012/january/jan10_doc
NB: Above Eric P. Xing
graduated from Tsinghua University, B.Sc. in Physics and Biology (dual major, 1988–1993).
from
http://www.cs.cmu.edu/~epxing/

【在 f**********e 的大作中提到】
: "will also require the purchase of a $75,000 server for analysis."
: 抢钱啊
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l*1
47 楼
CNN 10 Jan 2012 CET 21:00 -22:00 Quest means Business 的最后 Richard
Quest 不是暗示今后连算tumor risk plus 算人生前程等风水的
都要向ION Proton II individual whole genome information 取经吗
看来生物PD WSN WSG 都改行学习individual whole genome information 算Forbes
当年前十大富国或地区指总GDP的
各国Top 10K 首富们的未成年子女的风水的话 年收入比AP/PI多n倍吧?!

【在 N2 的大作中提到】
: 这是我看到的最有意思的有关技术的讨论.真不敢想象测序技术发展的如此的快.真到$
: 1000/基因组，不光临床上的应用，我看生物学科各个领域又会有深刻的变化．我看上
: 面的讨论大多来自专业人士，有没有在boston, 真想当面请教请教．
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O*e
48 楼
这样一来，一年得10万以上的花销啊？

【在 y******8 的大作中提到】
: Ion培训还算简单，就是操作繁琐一些. 出了问题，自己解决也还算可行。
: Illumina的高自动化的代价是，一旦出了问题，你就只能call service.
: 目前看来，Ion出小问题的频率偏高。所以专门训练一个tech很有必要。
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y*8
49 楼
If you have less than 4 samples per month, NGS machine will not be cheap
to own.

【在 O******e 的大作中提到】
: 这样一来，一年得10万以上的花销啊？
avatar
O*e
50 楼
4个样品是没有问题的。刚才去讨论了几句，看来我们是要买了。希望好用。

【在 y******8 的大作中提到】
: If you have less than 4 samples per month, NGS machine will not be cheap
: to own.
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m*T
51 楼
不需要专门招人做这个，一般的tech都能胜任。大多的时间都是automation的过程，
hands-on的过程比illumina是略多些，但也不复杂。

【在 O******e 的大作中提到】
: 这样一来，一年得10万以上的花销啊？
avatar
O*e
52 楼
这样最好了。
不过现在这发展势头，以后随随便便就能弄几个硬盘的数据摆在那里。分析是关键啊

【在 m***T 的大作中提到】
: 不需要专门招人做这个，一般的tech都能胜任。大多的时间都是automation的过程，
: hands-on的过程比illumina是略多些，但也不复杂。
avatar
m*T
53 楼
等你们用了以后，来这儿谈谈体会吧，不管是正面的还是负面的都行。

【在 O******e 的大作中提到】
: 这样最好了。
: 不过现在这发展势头，以后随随便便就能弄几个硬盘的数据摆在那里。分析是关键啊
avatar
O*e
54 楼
没问题。

【在 m***T 的大作中提到】
: 等你们用了以后，来这儿谈谈体会吧，不管是正面的还是负面的都行。
avatar
l*1
55 楼
RE LD
htp://parkerlab.bio.uci.edu/publication%20attachments/Demuro2003_CellCalcium
_120.pdf
的开始删一个小写的"t" 即可保存全部的URL address
考虑到网址版权的问题 这里不能显示完整的 URL address info
i. e.:
http://parkerlab.bio.uci.edu/publication%20attachments/Demuro20

【在 m***T 的大作中提到】
: 不好意思，不是把link给delete了，而编辑贴子的时候它自动变成文本文件了，我也不
: 知道怎么再改回来。你可以把整个link copy/paste到notepad里然后把空格去掉后再贴
: 到地址栏里。知道这不是最好的办法，不知道版上有人知道如何修改并保留原贴中的
: links吗？
avatar
t*d
56 楼
能不能请教一下，现在NGS 的数据分析的瓶颈在哪里？我觉得对你们生产商来说，是不
是怎么高效做序列联配，怎么在序列有一定错误率的情况下，还能快速、准确的定位序
列？
另外，你们和C&M 的合作主要在哪些方面？新闻中介绍说希望合作开发医生能用的系统
，那个太GUI 层面了，用得上 C&M 么？
多谢了先！

【在 O******e 的大作中提到】
: 没问题。
avatar
p*t
57 楼
大多时间都automation真的就是他们的广告！
chemistry part步骤真是烦琐，因为我们的starting material很少，不是gDNA,所以先
要amplify targeted amplicons,再make template pool, 接着做fragmentation,add
adapter, PCR, 还有size selection, 每一步都要beads purification!
从FUSION PCR开始才能用one touch, 而且从one touch 到PGM都不能high high
throughput, 一天最多做两个样品，而且PGM的initiation也很花时间，做完2个样品或
者12个小时不用就要wash,所有的buffer都要求是当天新鲜配置的。
还有就是更新太快，316chip还木有用完，318又刚RELEASE了。。。。。。。。。。。。
不过结果还是不错的！

【在 m***T 的大作中提到】
: 不需要专门招人做这个，一般的tech都能胜任。大多的时间都是automation的过程，
: hands-on的过程比illumina是略多些，但也不复杂。
avatar
y*8
58 楼
Chip更新快还好，Kit更新快才是很麻烦。
不过可以推断出来，Ion的reagent没什么高深的东西在里面。等着VWR或者NEB出替代品
吧。

。。

【在 p********t 的大作中提到】
: 大多时间都automation真的就是他们的广告！
: chemistry part步骤真是烦琐，因为我们的starting material很少，不是gDNA,所以先
: 要amplify targeted amplicons,再make template pool, 接着做fragmentation,add
: adapter, PCR, 还有size selection, 每一步都要beads purification!
: 从FUSION PCR开始才能用one touch, 而且从one touch 到PGM都不能high high
: throughput, 一天最多做两个样品，而且PGM的initiation也很花时间，做完2个样品或
: 者12个小时不用就要wash,所有的buffer都要求是当天新鲜配置的。
: 还有就是更新太快，316chip还木有用完，318又刚RELEASE了。。。。。。。。。。。。
: 不过结果还是不错的！
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s*s
59 楼
ION的reagent应该很容易山寨，也是优势之一。人家主要就是卖Chip.
我前面提到了，这种东西我不信做不出reusable的，但是life肯定不干，
除非以后有新的盈利模式了

【在 y******8 的大作中提到】
: Chip更新快还好，Kit更新快才是很麻烦。
: 不过可以推断出来，Ion的reagent没什么高深的东西在里面。等着VWR或者NEB出替代品
: 吧。
:
: 。。
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b*r
60 楼
没有仔细研究过这几个技术，不过我们这里做临床基因诊断的最大牛最近把PCR base的
技术在临床上的应用贬得很厉害，大概意思是准确度不够，产生的bias太多

【在 m***T 的大作中提到】
: 你猜得不错,PCR由OneTouch automation来做.
:
: 多了
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b*r
61 楼
真的吗，illunima就完全不能和ION一比？

【在 y******8 的大作中提到】
: Illumina is way behind the competition. We need another serious player to
: push ION on the improvement.
: The good thing about ION is that reagents could be replaced by third party
: products. The cost would be reduced to 20% of current price tag. In the
: future, ION's profit could only come from two: chips and service.
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b*r
62 楼
我们这好像是8000刀

500

【在 t*d 的大作中提到】
: 找到一点信息
: The Ion Proton I Chip, which the firm said will be ideal for sequencing
: exomes, will be available mid-2012. The Ion Proton II Chip, designed for
: sequencing whole human genomes, will be available about six months later.
: Lucier said that the cost of exome sequencing would be brought down to $500
: with the new chip.
: 不知道这个是不是包括 chip 和 reagent 的价。是不是还包括了 exome capture 的
: cost？现在 exome 的 cost 大概多少？
: 如果genome 比exome 大至少20倍吧，这样算，whole genome 需要 $10,000?
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b*r
63 楼
我们lab做了两轮NGS了，一次是chromosome capture，一次是exom capture，我都参与
了，基本上没有学到什么，说到底，我觉得起码在玩genome的时候搞不出什么花样，基
本什么project都是差不多的流水线，那些做bioinfo的用不了几天就把那几个有可能的
variation挑出来了。但是如果你是做机制的，去学这个bioinfo的技术我觉得其实就没
啥意义了，学了几个月把流水线掌握了，也不能比bioinformatist多分析出啥。
如果是做RNA seq和ChIP Seq的可能完全不一样，不够了解，不评论。不过总之临床上
应该最常用的还是genome seq。
我其实最近经常在想，到底现在学些什么能为将来自己的clinical genetics career最
好地服务？将来这个领域会发展成什么样子？但是NGS这个大方向是一定的。

【在 O******e 的大作中提到】
: 这样最好了。
: 不过现在这发展势头，以后随随便便就能弄几个硬盘的数据摆在那里。分析是关键啊
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t*d
64 楼
clinical genetics 必须用最成熟的东西吧。另外，需要复杂操作的东西，如果没有不
可替代的优势，就比较难上临床。mamaprint 的breast cancer array 卖得就不怎么样。

【在 b****r 的大作中提到】
: 我们lab做了两轮NGS了，一次是chromosome capture，一次是exom capture，我都参与
: 了，基本上没有学到什么，说到底，我觉得起码在玩genome的时候搞不出什么花样，基
: 本什么project都是差不多的流水线，那些做bioinfo的用不了几天就把那几个有可能的
: variation挑出来了。但是如果你是做机制的，去学这个bioinfo的技术我觉得其实就没
: 啥意义了，学了几个月把流水线掌握了，也不能比bioinformatist多分析出啥。
: 如果是做RNA seq和ChIP Seq的可能完全不一样，不够了解，不评论。不过总之临床上
: 应该最常用的还是genome seq。
: 我其实最近经常在想，到底现在学些什么能为将来自己的clinical genetics career最
: 好地服务？将来这个领域会发展成什么样子？但是NGS这个大方向是一定的。
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b*r
65 楼
有一腚的道理，学习了

样。

【在 t*d 的大作中提到】
: clinical genetics 必须用最成熟的东西吧。另外，需要复杂操作的东西，如果没有不
: 可替代的优势，就比较难上临床。mamaprint 的breast cancer array 卖得就不怎么样。
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m*T
66 楼
IVD对各种技术的一般要求据我的经验是reliable, reproducible, simple,
affordable, quick turnaround time等。这几点儿NGS还都没能满足临床诊断的要求，
所以想进军这个领域还需要很长的时日。

样。

【在 t*d 的大作中提到】
: clinical genetics 必须用最成熟的东西吧。另外，需要复杂操作的东西，如果没有不
: 可替代的优势，就比较难上临床。mamaprint 的breast cancer array 卖得就不怎么样。
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K*S
67 楼
good point

【在 m***T 的大作中提到】
: IVD对各种技术的一般要求据我的经验是reliable, reproducible, simple,
: affordable, quick turnaround time等。这几点儿NGS还都没能满足临床诊断的要求，
: 所以想进军这个领域还需要很长的时日。
:
: 样。
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m*T
68 楼
你所提到的问题是你的samples量小而且是amplicon，所以操作会略复杂些，如果再做
target enrichement，自然步骤要多。所以这不是ION平台的问题，而是NGS领域共有的
问题。
至于更新换代快的情况，这就是仁者见仁、智者见智了。有人认为是好事，说明进步快
；有人则和你想得差不多。考虑到它是一个上市只有一年时间的新产品，更新快有情可
原。不过我也能理解你的frustration，过多的kits和protocls确实让不少人confuse。

。。

【在 p********t 的大作中提到】
: 大多时间都automation真的就是他们的广告！
: chemistry part步骤真是烦琐，因为我们的starting material很少，不是gDNA,所以先
: 要amplify targeted amplicons,再make template pool, 接着做fragmentation,add
: adapter, PCR, 还有size selection, 每一步都要beads purification!
: 从FUSION PCR开始才能用one touch, 而且从one touch 到PGM都不能high high
: throughput, 一天最多做两个样品，而且PGM的initiation也很花时间，做完2个样品或
: 者12个小时不用就要wash,所有的buffer都要求是当天新鲜配置的。
: 还有就是更新太快，316chip还木有用完，318又刚RELEASE了。。。。。。。。。。。。
: 不过结果还是不错的！
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z*h
69 楼
good, 多列点缺点我好去告诉俺们marketing,hehe

。。

【在 p********t 的大作中提到】
: 大多时间都automation真的就是他们的广告！
: chemistry part步骤真是烦琐，因为我们的starting material很少，不是gDNA,所以先
: 要amplify targeted amplicons,再make template pool, 接着做fragmentation,add
: adapter, PCR, 还有size selection, 每一步都要beads purification!
: 从FUSION PCR开始才能用one touch, 而且从one touch 到PGM都不能high high
: throughput, 一天最多做两个样品，而且PGM的initiation也很花时间，做完2个样品或
: 者12个小时不用就要wash,所有的buffer都要求是当天新鲜配置的。
: 还有就是更新太快，316chip还木有用完，318又刚RELEASE了。。。。。。。。。。。。
: 不过结果还是不错的！
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m*2
70 楼
job opportunity! For every unit of Ion sold, the market needs a bio major.
Perferably with MS degree in mol bio.
if this thing goes to clinical, it will need 2-3 techs to cover the shifts.

【在 y******8 的大作中提到】
: Ion培训还算简单，就是操作繁琐一些. 出了问题，自己解决也还算可行。
: Illumina的高自动化的代价是，一旦出了问题，你就只能call service.
: 目前看来，Ion出小问题的频率偏高。所以专门训练一个tech很有必要。
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m*2
71 楼
very true.
and the excitement arount Ion, is exactly because it made breakthrough in
the last two requirements: affordable, quick turnaround time.
The other requirements are kind of arbitrary. What is simple? Looking at a
slide under a microscope could be very simple. But to me, it is way more
complicated than anything I've done. It all depends on your training.

【在 m***T 的大作中提到】
: IVD对各种技术的一般要求据我的经验是reliable, reproducible, simple,
: affordable, quick turnaround time等。这几点儿NGS还都没能满足临床诊断的要求，
: 所以想进军这个领域还需要很长的时日。
:
: 样。
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t*d
72 楼
Proton II 的通量和HiSeq2000比起来，还是差远了。
PGM 318 有11M wells，通量是 1G。如果 Proton II 有660 M wells，通量也不过60G
，比起 HiSeq2000 的200G 差老远了。话说 60G 的通量，能测好人的基因组么？只有
20X 的coverage 啊。
要比通量，还得 SoLID 来比。
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