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困惑中，上来请教一个问题
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困惑中，上来请教一个问题# Biology - 生物学
E*u
1 楼
当遇到一个生物学问题以后，怎么通过hypothesis找到最可能最重要的那个机制挖下去
呢？
比如knock-down myosin II 引起 epithelial mesenchymal transition
可能的机制实在太多了
myosin II和golgi stack相互作用
参与和ZBP的相互作用影响RNA localized translation
也可能只是通过最简单的影响细胞骨架张力
当这么多可能性摆在眼前的时候，怎么抓住主要问题做下去呢？
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s*y
2 楼
首先，把大牛这个词眼删了吧。我看了标题后半天不知道我该不该回帖。
然后，你这个问题，得通过各种手段一一排除。
１。先用RNAi control knockdown, 来证实不是knockdown 的副作用。
２。用其他方法来抑制myosin, 看看是否有类似效果。
上面两者都证实之后，再用比较简单的方法一一来检查你说的那几种可能性。
１。用其他蛋白来影响golgi stack
２。knockdown ZBP
3. slightly disturb actin by over-expressing capping proteins.

【在 E***u 的大作中提到】
: 当遇到一个生物学问题以后，怎么通过hypothesis找到最可能最重要的那个机制挖下去
: 呢？
: 比如knock-down myosin II 引起 epithelial mesenchymal transition
: 可能的机制实在太多了
: myosin II和golgi stack相互作用
: 参与和ZBP的相互作用影响RNA localized translation
: 也可能只是通过最简单的影响细胞骨架张力
: 当这么多可能性摆在眼前的时候，怎么抓住主要问题做下去呢？
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E*u
3 楼
谢谢回复！
这不是我自己的project，是那天听个seminar有感而发
那个实验室是focus在细胞骨架tension上的，我当时的想法是1: 他们怎么跳过那么多
可能性乱军之中取上将首级的？
2， 如果是一个grant writing,大家会怎么写呢（假设手头只有myosin knock down
lead to EMT这个初步结果）？是挑自己直觉最可能的那个写，还是每个可能性平均分
配都讨论一下应对实验？（可能性似乎是无穷无尽的）

【在 s******y 的大作中提到】
: 首先，把大牛这个词眼删了吧。我看了标题后半天不知道我该不该回帖。
: 然后，你这个问题，得通过各种手段一一排除。
: １。先用RNAi control knockdown, 来证实不是knockdown 的副作用。
: ２。用其他方法来抑制myosin, 看看是否有类似效果。
: 上面两者都证实之后，再用比较简单的方法一一来检查你说的那几种可能性。
: １。用其他蛋白来影响golgi stack
: ２。knockdown ZBP
: 3. slightly disturb actin by over-expressing capping proteins.
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s*y
4 楼
有可能是他们做了其他测试，然后是阴性。或者挑了这个最有可能的来查是阳性，
但是同时不排除其他可能性.
另外，是哪个实验室呀？

【在 E***u 的大作中提到】
: 谢谢回复！
: 这不是我自己的project，是那天听个seminar有感而发
: 那个实验室是focus在细胞骨架tension上的，我当时的想法是1: 他们怎么跳过那么多
: 可能性乱军之中取上将首级的？
: 2， 如果是一个grant writing,大家会怎么写呢（假设手头只有myosin knock down
: lead to EMT这个初步结果）？是挑自己直觉最可能的那个写，还是每个可能性平均分
: 配都讨论一下应对实验？（可能性似乎是无穷无尽的）
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E*u
5 楼
还有一种可能性是他们没考虑别的可能性？ 哈哈
另外，还有另一种情况如何应对呢：如果自己是学生，在和老板交流过程中如果把所有
想到的可能性都兜出来，有时会显得思维很混乱，反而不如只说一两种可能性的情况（
一个讨巧与否的问题），大家关于这个怎么看？

【在 s******y 的大作中提到】
: 有可能是他们做了其他测试，然后是阴性。或者挑了这个最有可能的来查是阳性，
: 但是同时不排除其他可能性.
: 另外，是哪个实验室呀？
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E*u
6 楼
给您发站内信

【在 s******y 的大作中提到】
: 有可能是他们做了其他测试，然后是阴性。或者挑了这个最有可能的来查是阳性，
: 但是同时不排除其他可能性.
: 另外，是哪个实验室呀？
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s*y
7 楼
先说最有可能的，并举出原因说你为什么认为那个最可能
然后再说其他可能原因。

【在 E***u 的大作中提到】
: 还有一种可能性是他们没考虑别的可能性？ 哈哈
: 另外，还有另一种情况如何应对呢：如果自己是学生，在和老板交流过程中如果把所有
: 想到的可能性都兜出来，有时会显得思维很混乱，反而不如只说一两种可能性的情况（
: 一个讨巧与否的问题），大家关于这个怎么看？
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s*y
8 楼
给我发来看看吧。
主要是他们做的好像和我们做的有相关性，我说不定会和他们联系合作什么的。

【在 E***u 的大作中提到】
: 给您发站内信
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D*a
9 楼
一般seminar都已经是story了，不是纯粹的data展示了。所以要想知道就得自己去请教
经验了吧。
有时候paper看多了自然也就有思路了吧？
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s*e
10 楼
你们也作细胞骨架张力相关的研究吗?

【在 s******y 的大作中提到】
: 给我发来看看吧。
: 主要是他们做的好像和我们做的有相关性，我说不定会和他们联系合作什么的。
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s*y
11 楼
有些结果和这个沾边。
而且我一向都是觉得什么好玩就做什么。

【在 s***e 的大作中提到】
: 你们也作细胞骨架张力相关的研究吗?
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E*u
12 楼
那你们用哪个模型做呢？

【在 s******y 的大作中提到】
: 有些结果和这个沾边。
: 而且我一向都是觉得什么好玩就做什么。
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s*y
13 楼
细胞骨架蛋白里面挑几个来做呗
我其实主要还是做生化的

【在 E***u 的大作中提到】
: 那你们用哪个模型做呢？
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s*e
14 楼
你们具体都作什么蛋白? 我听过很多mechanobiology的报告，对细胞骨架相关的蛋白特
别有兴趣。
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s*y
15 楼
我前老板主要做actin
我做talin, 也做一些actin 的工作。

【在 s***e 的大作中提到】
: 你们具体都作什么蛋白? 我听过很多mechanobiology的报告，对细胞骨架相关的蛋白特
: 别有兴趣。
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s*e
16 楼
你们作Talin那些方面? Mike Sheetz 2009 年有篇Science的文章，证明一个Myosin产
生的张力就足够unfold Talin rod domains, 导致vinculin结合。你们的focus是这类
问题吗?
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l*1
17 楼
space (排骨教主) 的 再问下去 sunnyday 不从虚拟forum走到现实里来啦 还是保留
点虚拟的成份较妥。

【在 s***e 的大作中提到】
: 你们作Talin那些方面? Mike Sheetz 2009 年有篇Science的文章，证明一个Myosin产
: 生的张力就足够unfold Talin rod domains, 导致vinculin结合。你们的focus是这类
: 问题吗?
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s*e
18 楼
罪过罪过。我就是感兴趣顺便看看有没有什么合作机会。呵呵
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l*1
19 楼
可以站内短他 send SMS to him for true world some info.

【在 s***e 的大作中提到】
: 罪过罪过。我就是感兴趣顺便看看有没有什么合作机会。呵呵
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s*y
20 楼
我们有一片文章正在小修中，等发出来你就知道到底是做什么的了。呵呵
现在不能说，不能说，不能说。。。
不过，肯定和前人做的不一样，不然怎么可能发出去呢？

【在 s***e 的大作中提到】
: 你们作Talin那些方面? Mike Sheetz 2009 年有篇Science的文章，证明一个Myosin产
: 生的张力就足够unfold Talin rod domains, 导致vinculin结合。你们的focus是这类
: 问题吗?
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s*e
21 楼
好的。发出来通知我一声。
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l*1
22 楼
对头 出现一个专业名词 可能就泄密了呀 即使申请参加哈佛的Medical school 的每
周例会后
去了那里 答疑的时候不小心多说一个名词 就惨痛教训噢 不是我 是我知道的一个PI
的亲身经历。

【在 s******y 的大作中提到】
: 我们有一片文章正在小修中，等发出来你就知道到底是做什么的了。呵呵
: 现在不能说，不能说，不能说。。。
: 不过，肯定和前人做的不一样，不然怎么可能发出去呢？
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l*1
23 楼
misunderstood?
U space (排骨教主) can send SMS to him/her or other member here for sth.
details about true project
if you had interest.

【在 s***e 的大作中提到】
: 好的。发出来通知我一声。
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s*y
24 楼
给你发了一个私信。
去看看吧

【在 s***e 的大作中提到】
: 好的。发出来通知我一声。
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E*u
25 楼
当遇到一个生物学问题以后，怎么通过hypothesis找到最可能最重要的那个机制挖下去
呢？
比如knock-down myosin II 引起 epithelial mesenchymal transition
可能的机制实在太多了
myosin II和golgi stack相互作用
参与和ZBP的相互作用影响RNA localized translation
也可能只是通过最简单的影响细胞骨架张力
当这么多可能性摆在眼前的时候，怎么抓住主要问题做下去呢？
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s*y
26 楼
首先，把大牛这个词眼删了吧。我看了标题后半天不知道我该不该回帖。
然后，你这个问题，得通过各种手段一一排除。
１。先用RNAi control knockdown, 来证实不是knockdown 的副作用。
２。用其他方法来抑制myosin, 看看是否有类似效果。
上面两者都证实之后，再用比较简单的方法一一来检查你说的那几种可能性。
１。用其他蛋白来影响golgi stack
２。knockdown ZBP
3. slightly disturb actin by over-expressing capping proteins.

【在 E***u 的大作中提到】
: 当遇到一个生物学问题以后，怎么通过hypothesis找到最可能最重要的那个机制挖下去
: 呢？
: 比如knock-down myosin II 引起 epithelial mesenchymal transition
: 可能的机制实在太多了
: myosin II和golgi stack相互作用
: 参与和ZBP的相互作用影响RNA localized translation
: 也可能只是通过最简单的影响细胞骨架张力
: 当这么多可能性摆在眼前的时候，怎么抓住主要问题做下去呢？
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E*u
27 楼
谢谢回复！
这不是我自己的project，是那天听个seminar有感而发
那个实验室是focus在细胞骨架tension上的，我当时的想法是1: 他们怎么跳过那么多
可能性乱军之中取上将首级的？
2， 如果是一个grant writing,大家会怎么写呢（假设手头只有myosin knock down
lead to EMT这个初步结果）？是挑自己直觉最可能的那个写，还是每个可能性平均分
配都讨论一下应对实验？（可能性似乎是无穷无尽的）

【在 s******y 的大作中提到】
: 首先，把大牛这个词眼删了吧。我看了标题后半天不知道我该不该回帖。
: 然后，你这个问题，得通过各种手段一一排除。
: １。先用RNAi control knockdown, 来证实不是knockdown 的副作用。
: ２。用其他方法来抑制myosin, 看看是否有类似效果。
: 上面两者都证实之后，再用比较简单的方法一一来检查你说的那几种可能性。
: １。用其他蛋白来影响golgi stack
: ２。knockdown ZBP
: 3. slightly disturb actin by over-expressing capping proteins.
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s*y
28 楼
有可能是他们做了其他测试，然后是阴性。或者挑了这个最有可能的来查是阳性，
但是同时不排除其他可能性.
另外，是哪个实验室呀？

【在 E***u 的大作中提到】
: 谢谢回复！
: 这不是我自己的project，是那天听个seminar有感而发
: 那个实验室是focus在细胞骨架tension上的，我当时的想法是1: 他们怎么跳过那么多
: 可能性乱军之中取上将首级的？
: 2， 如果是一个grant writing,大家会怎么写呢（假设手头只有myosin knock down
: lead to EMT这个初步结果）？是挑自己直觉最可能的那个写，还是每个可能性平均分
: 配都讨论一下应对实验？（可能性似乎是无穷无尽的）
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E*u
29 楼
还有一种可能性是他们没考虑别的可能性？ 哈哈
另外，还有另一种情况如何应对呢：如果自己是学生，在和老板交流过程中如果把所有
想到的可能性都兜出来，有时会显得思维很混乱，反而不如只说一两种可能性的情况（
一个讨巧与否的问题），大家关于这个怎么看？

【在 s******y 的大作中提到】
: 有可能是他们做了其他测试，然后是阴性。或者挑了这个最有可能的来查是阳性，
: 但是同时不排除其他可能性.
: 另外，是哪个实验室呀？
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E*u
30 楼
给您发站内信

【在 s******y 的大作中提到】
: 有可能是他们做了其他测试，然后是阴性。或者挑了这个最有可能的来查是阳性，
: 但是同时不排除其他可能性.
: 另外，是哪个实验室呀？
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s*y
31 楼
先说最有可能的，并举出原因说你为什么认为那个最可能
然后再说其他可能原因。

【在 E***u 的大作中提到】
: 还有一种可能性是他们没考虑别的可能性？ 哈哈
: 另外，还有另一种情况如何应对呢：如果自己是学生，在和老板交流过程中如果把所有
: 想到的可能性都兜出来，有时会显得思维很混乱，反而不如只说一两种可能性的情况（
: 一个讨巧与否的问题），大家关于这个怎么看？
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s*y
32 楼
给我发来看看吧。
主要是他们做的好像和我们做的有相关性，我说不定会和他们联系合作什么的。

【在 E***u 的大作中提到】
: 给您发站内信
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D*a
33 楼
一般seminar都已经是story了，不是纯粹的data展示了。所以要想知道就得自己去请教
经验了吧。
有时候paper看多了自然也就有思路了吧？
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s*e
34 楼
你们也作细胞骨架张力相关的研究吗?

【在 s******y 的大作中提到】
: 给我发来看看吧。
: 主要是他们做的好像和我们做的有相关性，我说不定会和他们联系合作什么的。
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35 楼
有些结果和这个沾边。
而且我一向都是觉得什么好玩就做什么。

【在 s***e 的大作中提到】
: 你们也作细胞骨架张力相关的研究吗?
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E*u
36 楼
那你们用哪个模型做呢？

【在 s******y 的大作中提到】
: 有些结果和这个沾边。
: 而且我一向都是觉得什么好玩就做什么。
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37 楼
细胞骨架蛋白里面挑几个来做呗
我其实主要还是做生化的

【在 E***u 的大作中提到】
: 那你们用哪个模型做呢？
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s*e
38 楼
你们具体都作什么蛋白? 我听过很多mechanobiology的报告，对细胞骨架相关的蛋白特
别有兴趣。
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39 楼
我前老板主要做actin
我做talin, 也做一些actin 的工作。

【在 s***e 的大作中提到】
: 你们具体都作什么蛋白? 我听过很多mechanobiology的报告，对细胞骨架相关的蛋白特
: 别有兴趣。
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s*e
40 楼
你们作Talin那些方面? Mike Sheetz 2009 年有篇Science的文章，证明一个Myosin产
生的张力就足够unfold Talin rod domains, 导致vinculin结合。你们的focus是这类
问题吗?
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41 楼
space (排骨教主) 的 再问下去 sunnyday 不从虚拟forum走到现实里来啦 还是保留
点虚拟的成份较妥。

【在 s***e 的大作中提到】
: 你们作Talin那些方面? Mike Sheetz 2009 年有篇Science的文章，证明一个Myosin产
: 生的张力就足够unfold Talin rod domains, 导致vinculin结合。你们的focus是这类
: 问题吗?
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s*e
42 楼
罪过罪过。我就是感兴趣顺便看看有没有什么合作机会。呵呵
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43 楼
可以站内短他 send SMS to him for true world some info.

【在 s***e 的大作中提到】
: 罪过罪过。我就是感兴趣顺便看看有没有什么合作机会。呵呵
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s*y
44 楼
我们有一片文章正在小修中，等发出来你就知道到底是做什么的了。呵呵
现在不能说，不能说，不能说。。。
不过，肯定和前人做的不一样，不然怎么可能发出去呢？

【在 s***e 的大作中提到】
: 你们作Talin那些方面? Mike Sheetz 2009 年有篇Science的文章，证明一个Myosin产
: 生的张力就足够unfold Talin rod domains, 导致vinculin结合。你们的focus是这类
: 问题吗?
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s*e
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好的。发出来通知我一声。
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l*1
46 楼
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U space (排骨教主) can send SMS to him/her or other member here for sth.
details about true project
if you had interest.

【在 s***e 的大作中提到】
: 好的。发出来通知我一声。
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给你发了一个私信。
去看看吧

【在 s***e 的大作中提到】
: 好的。发出来通知我一声。
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l*1
48 楼
sunnyday 有去法国找Dua的理由了吧 啊
for your last/corresponding authorship CNS draft from 2014 or later.
pls refer
Science, 08 June 2012 (Volume 336, Issue 6086)
by French CEA Grenoble team:
title: Actin Network Architecture Can Determine Myosin Motor Activity
Myosin crumples up antiparallel actin fibers and leaves parallel bundles
intact
link:
//www.sciencemag.org/cgi/content/summary/336/6086/1310
and their web site now only had French version no english version
so sunnyday pls use Google auto-translation Chrome
//www-dsv.cea.fr/en/instituts/institut-de-recherches-en-technologies-et-
sciences-pour-le-vivant-irtsv/unites/physiologie-cellulaire-vegetale-pcv/
equipe-05-physique-du-cytosquelette
but one funny PP from their Lab web:
Bikini bottom?

【在 s******y 的大作中提到】
: 我前老板主要做actin
: 我做talin, 也做一些actin 的工作。
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n*w
49 楼
搭车问下sunnyday
In vivo的话，怎么研究tension, 比如flow什么的？
谢谢。
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a*o
50 楼
sunnyday所说的这个paper online了啊~Arginylation-dependent regulation of a
proteolytic product of talin is essential for cell-cell adhesion
avatar
l*g
51 楼
同搭车问个相关的小白问题——如果某种情况下paxillin表达（或者activity）降低，
会对细胞骨架以及细胞motility有什么影响吗？
我现在观察到的是细胞migration降低，adhesion增高，不知道怎么联系起来。多谢！
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