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深度测序的精确度会随被测的目的基因改变吗？

深度测序的精确度会随被测的目的基因改变吗？# Biology - 生物学

s*l2012-02-14 08:02

1 楼

假如说要测
1，一百个随机片段，每个片段两三百碱基，两段的引物都是基因组内独特没有重复的。
2，一千个随机片段，每个片段两三百碱基，两段的引物都是基因组内独特没有重复的。
3，一万个随机片段，每个片段两三百碱基，两段的引物都是基因组内独特没有重复的。
4，一次上升到百万级别，大概就相当于基因组重测序吧。
这四组相比，测序的精确度会改变吗？为什么？
我不是想知道同样的测序方法同样的测序通量，这样下来每个组的coverage会怎么样不
同。我想知道，某个测序方法，可以是Illumina or Ion or SOLiD or 454，这个测序
方法的每个碱基（per base）的精确度会不会改变？

s*s2012-02-14 08:02

2 楼

首先，哪个叫做准确度，不叫精确度。
准确度当然不会变。不过你一个序列测10000编最后分析能提高10000倍

的。
的。
的。

【在 s****l 的大作中提到】

: 假如说要测
: 1，一百个随机片段，每个片段两三百碱基，两段的引物都是基因组内独特没有重复的。
: 2，一千个随机片段，每个片段两三百碱基，两段的引物都是基因组内独特没有重复的。
: 3，一万个随机片段，每个片段两三百碱基，两段的引物都是基因组内独特没有重复的。
: 4，一次上升到百万级别，大概就相当于基因组重测序吧。
: 这四组相比，测序的精确度会改变吗？为什么？
: 我不是想知道同样的测序方法同样的测序通量，这样下来每个组的coverage会怎么样不
: 同。我想知道，某个测序方法，可以是Illumina or Ion or SOLiD or 454，这个测序
: 方法的每个碱基（per base）的精确度会不会改变？

s*l2012-02-14 08:02

3 楼

叫什么度先不管，就是那个意思

~~~~~~~~~~~~~~~~~你这个说法很显然经不住推敲啊，老兄，如果你说的提高的是我指
的测序本身的准确度，而不是指第三个染色体上的第一百个碱基我现在更有10000倍高
的把握肯定它是C.我指的是测序技术本身。

【在 s******s 的大作中提到】

: 首先，哪个叫做准确度，不叫精确度。
: 准确度当然不会变。不过你一个序列测10000编最后分析能提高10000倍
:
: 的。
: 的。
: 的。

s*s2012-02-14 08:02

4 楼

你到底墨迹半天想说啥

【在 s****l 的大作中提到】

: 叫什么度先不管，就是那个意思
:
: ~~~~~~~~~~~~~~~~~你这个说法很显然经不住推敲啊，老兄，如果你说的提高的是我指
: 的测序本身的准确度，而不是指第三个染色体上的第一百个碱基我现在更有10000倍高
: 的把握肯定它是C.我指的是测序技术本身。

l*12012-02-14 08:02

5 楼

人家可能打算否定人类基因组库的现SNP数据内容
by Illumina or Ion or SOLiD or 454
一句话并行高通量测的样本越多
不同run之间的同一sample (i.e. 乔教主的blood serum sample)
同位点的同SNP的
p<0.05 的可能失去成了>1.0或其它值
from chip wells interaction with their target might had some error contact (random artificial SNP data)
----Sorry just my thought from his words.
要是其成功了并提出解决protocol
炸药奖提名至少吧

【在 s******s 的大作中提到】

: 你到底墨迹半天想说啥

s*l2012-02-14 08:02

6 楼

我知道深度测序的精确度会随被测的目的基因改变，举个简单的例子就是一段序列比如
ACGTGGGGGGGGGGGGCTGAC，用454 or Ion来测，精确度或者说准确度肯定会比
ACGTGTACGTCGTACACCGTA要糟糕得多。
但是这不是我想问的，我更想知道除了这种很显然的这两家的技术上的限制之外，有没
有什么原因会导致跨技术平台的精确度的降低。

l*12012-02-14 08:02

7 楼

just go to
http://www.mitbbs.com/article_t1/Biology/31624641_0_4.html
65F

【在 s****l 的大作中提到】

: 我知道深度测序的精确度会随被测的目的基因改变，举个简单的例子就是一段序列比如
: ACGTGGGGGGGGGGGGCTGAC，用454 or Ion来测，精确度或者说准确度肯定会比
: ACGTGTACGTCGTACACCGTA要糟糕得多。
: 但是这不是我想问的，我更想知道除了这种很显然的这两家的技术上的限制之外，有没
: 有什么原因会导致跨技术平台的精确度的降低。