【 以下文字转载自 Postdoc 讨论区 】
发信人: ItoMakoto (ItoMakoto), 信区: Postdoc
标 题: 如何研究转录因子的功能?
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Mar 22 23:32:01 2012, 美东)
我现在有一个影响干细胞的转录因子,表达也很特异,请问如何找该基因的下游或者他
的调节子呢?
我想到几点,请大家补充!
1: 比较野生型,突变体和超表达的材料的芯片表达谱,可以找出一些下游基因;
2:用诱导系统如GR做芯片,也可以找出一些下游基因;
3:用上面的材料做CHIP-seq
4:已知我研究的这个转录因子A与其他转录因子B互作转录下游基因,然后我比较A和B
的芯片表达谱,找共同的基因;
5:分析CHIP的结果,找出下游基因的motif,然后在全基因组搜索?
6:将前面的实验全部再弄一遍cell specific microarray?
请各位补充,特别是实验设计上,有没有巧妙的设计,我这个维持干细胞的转录因子表
达很特异,也发现了它的一些调控子,该如何继续做呢?