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审稿人这么说有道理么?

审稿人这么说有道理么?# Biology - 生物学

c*d2012-06-16 07:06

1 楼

如实观六道
https://chanworld.org/2017/10/13/%E8%8B%9F%E5%98%89%E9%99%B5-%E5%A6%82%E5%AE
%9E%E8%A7%82%E5%85%AD%E9%81%93/
苟嘉陵
许多人会觉得在今天讲佛法，如果还要讲什么六道轮迴，未免是有些陈腐。也以为基督
教不是都因为这些天堂、地狱等无法证实的观念，而愈来愈无法让受过科学洗礼的现代
知识份子们所信服？在人类的物理学已进步到量子物理学时，许多有科学素养的佛法修
行人会开始质疑佛法裡讲的六道，是完全可以被理解的。再加上佛法修行的主题是如实
观，和科学并没有冲突，也已经被西方的佛友们所了解。于是不少人就有想要重新阐释
佛法裡六道说的冲动。甚至会有人以为六道说在佛法裡纯属方便教，不是实教。故现代
人对此，可以不用重视。最多就是姑且听听罢了，不必认真。对于这个想法，我可以理
解。但不能同意。谨在此以此文直抒己见，就教于有深厚科学素养的修行朋友们。因为
我以为六道说在佛法修行裡不是方便教说，不能等閒视之。。。。。。

w*h2012-06-16 07:06

2 楼

"As mRNA often does not correlated to protein or cell differentiation,
protein study is needed."
(1) Is the first half correct?
(2) What does he/she mean by "protein study"? Protein expression or
immunostaining of differentiated cells?
Thanks!

w*a2012-06-16 07:06

3 楼

光RT-PCR结果不行，让你去做western。

【在 w********h 的大作中提到】

: "As mRNA often does not correlated to protein or cell differentiation,
: protein study is needed."
: (1) Is the first half correct?
: (2) What does he/she mean by "protein study"? Protein expression or
: immunostaining of differentiated cells?
: Thanks!

w*h2012-06-16 07:06

4 楼

为什么啊...
我是只做了RT-PCR,用来证明细胞分化的水平...
为什么他说often does not correlate?
那岂不是这么多做gene expression的都不能验证cell differentiation了?

【在 w***a 的大作中提到】

: 光RT-PCR结果不行，让你去做western。

b*y2012-06-16 07:06

5 楼

I saw cases, in which mRNA change but no change in western. So the first
half of the first half is correct. Not sure about differentiation though.
If you can, you should do western. It's really not that much to ask about it.

【在 w********h 的大作中提到】

b*y2012-06-16 07:06

6 楼

w*h2012-06-16 07:06

7 楼

我也对后者表示怀疑，gene expression不就是直接和cell differentiation相关的么？
我这篇文章根本没有蛋白的事，也没说gene expression表达水平indicate蛋白水平，
审稿人冒出这一句，让我做western，不是很无聊么。。。

it.

【在 b******y 的大作中提到】

: I saw cases, in which mRNA change but no change in western. So the first
: half of the first half is correct. Not sure about differentiation though.
: If you can, you should do western. It's really not that much to ask about it.

n*k2012-06-16 07:06

8 楼

1. the first half is correct and it is not unusual and in some case, it
could be opposite changing trend; And even mRNA level doesn't always
correlate well with transcription but usually people would let it go unless
one is directly studying transcription related question, so yes, it is
rather complex here as we know more and more...
2. It depends on exactly goals/experimental design in your study? for
example, if you are to study TF, I would say the protein is less relevant
but if you are saying for differentiation as markers etc, it would be more
convincing to go with proteins or staining...mRNA would be supporting...
Unless it is becoming a standard in the field...so it sounds in your case, I
could be asking the same as the review but again so it really depends...
another factor is what journal you are shooting for...

【在 w********h 的大作中提到】

w*h2012-06-16 07:06

9 楼

但我看到的做cell differentiation的，很多都没有做western阿？
关于蛋白，我不想纠缠了。
给我个明确的答案：gene expression和cell differentiation有没有关系？

unless
I

【在 n********k 的大作中提到】

: 1. the first half is correct and it is not unusual and in some case, it
: could be opposite changing trend; And even mRNA level doesn't always
: correlate well with transcription but usually people would let it go unless
: one is directly studying transcription related question, so yes, it is
: rather complex here as we know more and more...
: 2. It depends on exactly goals/experimental design in your study? for
: example, if you are to study TF, I would say the protein is less relevant
: but if you are saying for differentiation as markers etc, it would be more
: convincing to go with proteins or staining...mRNA would be supporting...
: Unless it is becoming a standard in the field...so it sounds in your case, I

n*k2012-06-16 07:06

10 楼

Yes and No---do you have a biologist collaborator? if not, I could have a
look of the MS later if you want...and perhaps we could do something
together in the future...From your question, I would say your thinking on
biology in this case is a
bit simple-minded...the reviewer is likely a biologist like me, rather than
a chemist/bioengering or nano guy like yourself...it is review2 or 3, isn't
it?

【在 w********h 的大作中提到】

: 但我看到的做cell differentiation的，很多都没有做western阿？
: 关于蛋白，我不想纠缠了。
: 给我个明确的答案：gene expression和cell differentiation有没有关系？
:
: unless
: I

b*n2012-06-16 07:06

11 楼

如果你的mRNA和protein水平一致，你用mRNA测的gene expression和cell
differentiation就有关系。
如果你的mRNA和protein水平不一致，你用mRNA测的gene expression和cell
differentiation就不一定有关系。基因转录成mRNA——>翻译成蛋白质——>蛋白质修
饰和折叠——>蛋白质的运输、分泌和定位——>基因发挥功能，中间这么多步骤呢。
当然如果你的基因是microRNA，那么RNA水平的变化就足以说明问题。

【在 w********h 的大作中提到】

n*k2012-06-16 07:06

12 楼

well said...nonetheless, I would say it could be even more complicate than
this, dependent on a given study...So without knowing the details, it is
hard to say...

【在 b*******n 的大作中提到】

: 如果你的mRNA和protein水平一致，你用mRNA测的gene expression和cell
: differentiation就有关系。
: 如果你的mRNA和protein水平不一致，你用mRNA测的gene expression和cell
: differentiation就不一定有关系。基因转录成mRNA——>翻译成蛋白质——>蛋白质修
: 饰和折叠——>蛋白质的运输、分泌和定位——>基因发挥功能，中间这么多步骤呢。
: 当然如果你的基因是microRNA，那么RNA水平的变化就足以说明问题。

w*h2012-06-16 07:06

13 楼

给我你的email，我马上发给你。
我要把revision今晚给submit呢，就这个问题是scientific问题。。。

than
t

【在 n********k 的大作中提到】

: Yes and No---do you have a biologist collaborator? if not, I could have a
: look of the MS later if you want...and perhaps we could do something
: together in the future...From your question, I would say your thinking on
: biology in this case is a
: bit simple-minded...the reviewer is likely a biologist like me, rather than
: a chemist/bioengering or nano guy like yourself...it is review2 or 3, isn't
: it?

w*h2012-06-16 07:06

14 楼

但我并不想严格证明他们的关系，只想用gene expression level来support细胞分化水
平。。。
似乎这种文章不是很多很多的么。。。

【在 b*******n 的大作中提到】

n*k2012-06-16 07:06

15 楼

Come and kill me!....alright alright check your box...

【在 w********h 的大作中提到】

: 给我你的email，我马上发给你。
: 我要把revision今晚给submit呢，就这个问题是scientific问题。。。
:
: than
: t

n*k2012-06-16 07:06

16 楼

make sure you forward the particular reviewer comment too....

【在 n********k 的大作中提到】

: Come and kill me!....alright alright check your box...

b*n2012-06-16 07:06

17 楼

如果你做的这个基因用gene expression level来support细胞分化水平是这一行公认的
流程，那就没问题。
你就可以引用相关的文章来反驳reviewer，至于对方是否接受，那就不知道了。

【在 w********h 的大作中提到】

: 但我并不想严格证明他们的关系，只想用gene expression level来support细胞分化水
: 平。。。
: 似乎这种文章不是很多很多的么。。。

O*e2012-06-16 07:06

18 楼

本来是个很简单的问题，结果被你们搞这么复杂。。。。
对蛋白编码基因而言，所谓的基因表达，最终应该由蛋白水平来确定。你想用基因
表达来对应细胞分化的程度，那reviewer让你去测蛋白水平，fair and simple。
你要么做WB，要么染色。如果实在没有好的抗体，恭喜你，你可以用这个理由来
回绝reviewer.

【在 w********h 的大作中提到】

: 但我并不想严格证明他们的关系，只想用gene expression level来support细胞分化水
: 平。。。
: 似乎这种文章不是很多很多的么。。。

n*k2012-06-16 07:06

19 楼

你要么做WB，要么染色。如果实在没有好的抗体，恭喜你，你可以用这个理由来
He is not that lucky:)) and I have everything he needs... I fully agree with
the reviewer he would either have to do it or drop/tone down that point...I
could have asked more, bad reviewer:))) and I am not the reviewer though

n*k2012-06-16 07:06

20 楼

check your email, I have replied to you---in short, I agree with the review
and
I could have asked more:)))

【在 w********h 的大作中提到】

: 给我你的email，我马上发给你。
: 我要把revision今晚给submit呢，就这个问题是scientific问题。。。
:
: than
: t

D*a2012-06-16 07:06

21 楼

如果你们这个是为了文章的主要结论的话，还是应该做WB或者IHC吧。
看了这个我也糊涂了，难道RNA表达和protein level不是经常不一致的么？我理解的这
就是做RNA seq或者microarray经常被问的问题之一？

d*82012-06-16 07:06

22 楼

最近好像有篇review,不记得是Nat Rev Gen还是N上面,总结了很多model里,基因表达和
蛋白表达level的相关性不是很高.

【在 D*a 的大作中提到】

: 如果你们这个是为了文章的主要结论的话，还是应该做WB或者IHC吧。
: 看了这个我也糊涂了，难道RNA表达和protein level不是经常不一致的么？我理解的这
: 就是做RNA seq或者microarray经常被问的问题之一？

S*l2012-06-16 07:06

23 楼

相关性不强。根据我以往处理过的不同物种数据，RNAseq和proteomics的data
correlation在0.2左右！

【在 D*a 的大作中提到】

n*k2012-06-16 07:06

24 楼

这里面有很多误区，我想相关性可能比这要高不少，但是牵涉到太多方法学，实验设计
，时机等等的东西，我不喜欢以前的过于简单化得想法但现在也有点过于。。。
有时候，我喜欢跳出具体问题想一想，从进化，能量和经济学上思考一下，进化是不完
美，但是很多东西还是真的很精巧，除了有人能给一个合理解释，这两种不相关性从进
化，能量和经济学是有利的，我不排除具体上有例外，但如果说是RULE，我比较难于相
信；现在有太多的技术和设计缺陷，不是BIOLOGY ＮＯＴｔｈｅｒｅ，而是我们ＮＯＴ
ｔｈｅｒｅ，而且每个人都想让世界惊喜。。。my two cents

【在 S**********l 的大作中提到】

: 相关性不强。根据我以往处理过的不同物种数据，RNAseq和proteomics的data
: correlation在0.2左右！

S*l2012-06-16 07:06

25 楼

你说的对，我想得太简单了。一切都可用‘测不准’来解释！

【在 n********k 的大作中提到】

: 这里面有很多误区，我想相关性可能比这要高不少，但是牵涉到太多方法学，实验设计
: ，时机等等的东西，我不喜欢以前的过于简单化得想法但现在也有点过于。。。
: 有时候，我喜欢跳出具体问题想一想，从进化，能量和经济学上思考一下，进化是不完
: 美，但是很多东西还是真的很精巧，除了有人能给一个合理解释，这两种不相关性从进
: 化，能量和经济学是有利的，我不排除具体上有例外，但如果说是RULE，我比较难于相
: 信；现在有太多的技术和设计缺陷，不是BIOLOGY ＮＯＴｔｈｅｒｅ，而是我们ＮＯＴ
: ｔｈｅｒｅ，而且每个人都想让世界惊喜。。。my two cents

t*k2012-06-16 07:06

26 楼

这么好补的实验你直接补了就好了，非要叫审稿人提些难补的实验让你补么。。。

b*n2012-06-16 07:06

27 楼

有些实验室可能就没有做western的这套系统
为了补一个实验建立起一整套系统并不值得
找个能做western的实验室，派个人过去跟着做了就是

【在 t******k 的大作中提到】

: 这么好补的实验你直接补了就好了，非要叫审稿人提些难补的实验让你补么。。。

P*l2012-06-16 07:06

28 楼

有道理吧
他想要点蛋白水平上直接的证据，几乎只有蛋白水平才影响功能
蛋白表达之前的证据都是间接的，都会受到其他过程的影响。
实验能做就做，做不了就解释
人家接受了解释或者觉得觉得没啥大问题就发
不行就换杂志，很可能还得接着解释

【在 w********h 的大作中提到】

w*a2012-06-16 07:06

29 楼

你需要蛋白表达的证据
mrna升高了蛋白量未必升高,尽管这种是极个别的

l*12012-06-16 07:06

30 楼

12.4 hr interval should be taken between IN VIVO De Novo blood sampling of
same tissue of
--Mouse/+-Mouse/++Mouse her/his mRNAs and proteins
if that mRNAs and produced proteins are Circadian controlled
please check one paper:
Connor K. and Gracey A.(2011)
Circadian cycles are the dominant transcriptional rhythm in the intertidal
mussel Mytilus californianus.
PNAS 108:16110-16115.
Abstract
Residents in the marine intertidal, the zone where terrestrial and marine
habitats converge, inhabit an environment that is subject to both the 24-h
day and night daily rhythm of the terrestrial earth and also the 12.4-h ebb
and flow of the tidal cycle. Here, we investigate the relative contribution
of the daily and tidal cycle on the physiology of intertidal mussels,
Mytilus californianus, by monitoring rhythms of gene expression in both
simulated and natural tidal environments. We report that >40% of the
transcriptome exhibits rhythmic gene expression, and that depending on the
specific tidal conditions, between 80% and 90% of the rhythmic transcripts
follow a circadian expression pattern with a period of 24 to 26 h.
Consistent with the dominant effect of the circadian cycle we show that the
expression of clock genes oscillates with a 24-h period. Our data indicate
that the circadian 24-h cycle is the dominant driver of rhythmic gene
expression in this intertidal inhabitant despite the profound environmental
and physiological changes associated with aerial exposure during tidal
emergence.
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21911390
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19343201

【在 S**********l 的大作中提到】

: 相关性不强。根据我以往处理过的不同物种数据，RNAseq和proteomics的data
: correlation在0.2左右！

f*e2012-06-16 07:06

31 楼

做分化，wb不一定合适，但是ihc还是需要的，关于这个问题，reviewer说的没有错，
很合理的要求

【在 w********h 的大作中提到】

: 为什么啊...
: 我是只做了RT-PCR,用来证明细胞分化的水平...
: 为什么他说often does not correlate?
: 那岂不是这么多做gene expression的都不能验证cell differentiation了?

n*72012-06-16 07:06

32 楼

这个不太对吧我记得多年前看过两片back-to-back的cell paper，就是专门讨论miRNA
target 在protein level的变化的，做miRNA target 预测的两个大牛组发的

【在 b*******n 的大作中提到】

i*y2012-06-16 07:06

33 楼

Global quantification of mammalian gene expression control.
Schwanhäusser B, Busse D, Li N, Dittmar G, Schuchhardt J, Wolf J, Chen
W, Selbach M.
Nature. 2011 May 19;473(7347):337-42.

【在 S**********l 的大作中提到】

: 相关性不强。根据我以往处理过的不同物种数据，RNAseq和proteomics的data
: correlation在0.2左右！

l*12012-06-16 07:06

34 楼

Mark!
plus two papers:
one review:
Vogel C. (2011)
Translation's coming of age.
Mol Syst Biol. 7:498.
link:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21613985
and another one:
María Rodríguez Martínez et al. (2010)
Messenger RNA fluctuations and regulatory RNAs shape the dynamics of a
negative feedback loop
Phys. Rev. E 81, 031924
link:
//pre.aps.org/abstract/PRE/v81/i3/e031924

Chen

【在 i**y 的大作中提到】

: Global quantification of mammalian gene expression control.
: Schwanhäusser B, Busse D, Li N, Dittmar G, Schuchhardt J, Wolf J, Chen
: W, Selbach M.
: Nature. 2011 May 19;473(7347):337-42.

A*r2012-06-16 07:06

35 楼

Well said!

【在 n********k 的大作中提到】

l*12012-06-16 07:06

36 楼

>【在 neverthink (nevernetbug) 的大作中提到: 】
同意 too
plus Alan Turing Reaction–diffusion system 这个理论
how to merge it to RNA and DNA NGS 2.0 or 3.0 data mining ?
for example:
果蝇胚胎发育 WNT system
发信人: cellcreator (cellcreator), 信区: Biology
标题: Re: 你们经常浏览science和nature杂志不？
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Apr 5 10:28:25 2011, 美东)
不好意思可能会让你失望了，Wnt的diffusion和我们的实验体系其实不太相关，所以我
不太了解，具体怎么测量还真不了解，做immunostaining？in situ？GFP tag？
不过Wnt的diffusion和果蝇胚胎发育早期经典的bicoid、hunchback等morphogen的
diffusion有所不同。bicoid、hunchback等好像都是transcription factor，果蝇早期
的胚胎是合胞体，一个细胞膜内N多核，转录因子直接通过扩散可以如何，调控基因表
达；Wnt是ligand，要和细胞表面的受体结合后经过复杂的信号传导后才有beta-
catenin，c-jun等入核调节基因表达或者有细胞骨架的变化，所以Wnt的diffusion应该
还受到受体分布和下游信号传导的制约的。
我们做的海胆胚胎，早期是没有localized Wnt ligand，只有Wnt下游的蛋白，比如
Dishevelled，是localized，但却足以激活并限制Wnt信号通路只在局部进行。稍晚一
些Wnt8表达，加强了这种效果。
另外关于Morphogen diffusion和patterning的形成，强烈建议了解一下图灵
(Alan Turing)几十年前就建立的Reaction–diffusion system和这个理论现在在
Morphogen patterning里的作用，有很多modeling的工作很强大。
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/31499597.html
or
Nakamura Y. et al.(2011)
Autoregulatory and repressive inputs localize Hydra Wnt3 to the head
organizer.
PNAS 108: 9137-42.
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21576458
-----
发信人: AmFarmer (农夫), 信区: Biology
标题: Re: 审稿人这么说有道理么?
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Jul 2 09:27:08 2012, 美东)
Well said!