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请教遗传高手：关于weak alleles双突变结果的解释
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请教遗传高手：关于weak alleles双突变结果的解释# Biology - 生物学
A*r
1 楼
原题如下：
９．７　A circus is designing an act consisting of a tower of people
standing atop one another’s shoulders. For practical and aesthetic reasons,
each person must be both shorter and lighter than the person below her.
Given the heights and weights of each person in the circus, what is the
largest possible number of people in such a tower?
我理解的就是要先ｓｏｒｔ一下，然后再在ｗｅｉｇｈｔ里找ＬＩＳ就好了，这个要用
ＤＰ需要额外保存一数组，最好的复杂度是Ｏ（ｎｌｏｇｎ）．
ＣａｒｅｅｒＣｕｐ给出的算法貌是不对的，从每一个ｕｎｆｉｔ开始重新计算ＬＩＳ
，只有Ｏ（ｎ）的样子，　还是我理解有误？
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g*o
2 楼
求推荐ipad app :
1,看动漫
2,看电影
3,看日本电影
4,ipad专用高质量游戏
谢谢大家
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g*n
3 楼
假设我有两个突变体，都是weak allele (hypomorph)，a的penetrance是30%，b的
penetrance是20%。
如果ab双突变的结果有四种情况，分别是1）80%（synergistic），2）50% (additive)
，3）40%（比单突变高，但比additive低），和4）30%（等同于最高的单突变）。请问
该怎么解释a和b的关系？哪种情况代表他们在同一个信号通路，哪种情况代表他们
independent pathway
非常感谢！
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p*7
4 楼
这个题在排序身高之后直接变为找到最长递增序列，你说的没错
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z*e
5 楼
自己去App Store里搜。

【在 g********o 的大作中提到】
: 求推荐ipad app :
: 1,看动漫
: 2,看电影
: 3,看日本电影
: 4,ipad专用高质量游戏
: 谢谢大家
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s*s
6 楼
一般来说4代表上下游一条pathway, 1代表平行的两条。
不过这都是老传统，实际上调控都是network，所有情况都是可能的

additive)

【在 g*****n 的大作中提到】
: 假设我有两个突变体，都是weak allele (hypomorph)，a的penetrance是30%，b的
: penetrance是20%。
: 如果ab双突变的结果有四种情况，分别是1）80%（synergistic），2）50% (additive)
: ，3）40%（比单突变高，但比additive低），和4）30%（等同于最高的单突变）。请问
: 该怎么解释a和b的关系？哪种情况代表他们在同一个信号通路，哪种情况代表他们
: independent pathway
: 非常感谢！
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I*t
7 楼
前三个百度网盘足矣
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g*n
8 楼
谢谢回复。
如果是两个null mutant的话，4代表同一个，1代表parallel，但我这里说的情况是两
个weak allele.
我的课题有一个基因的null allele是死的，所以没法做双突变
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a*x
9 楼
如果是纯independent的话，应该是1-(1-20%)*(1-30%)=44%;高于这个则有synergistic
,低于这个有redundancy (overlap).
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D*a
10 楼
我理解penetrance的意思是说有的后代表现有的后代 不表现啊？跟knockdown不一样啊
？
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a*x
11 楼
是啊，就是突变遗传了以后引起表型的概率。简单的说就是A突变有30%的概率引起表型
，B突变有20%的概率引起表型。
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D*a
12 楼
那除了表型有无，也还要看表型严重程度才知道？
还是说30%的penetrance是说30%的后代表型完全突变，70%的完全野生型？
这个叫hypomorph？hypomorph的意思不是说100% 的后代有部分的减弱么？
如果是30%透出来的后代突变程度也不一样，那再加上另一个基因我感觉完全没办法分
析啊。。。

【在 a*****x 的大作中提到】
: 是啊，就是突变遗传了以后引起表型的概率。简单的说就是A突变有30%的概率引起表型
: ，B突变有20%的概率引起表型。
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a*x
13 楼
hypomorph一般是指变异后的基因有部分功能，但是不一定就会引起部分表型。
penetrance应该就是我说的意思。
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a*x
14 楼
比如HD被认为是95%到100%的penetrance,因为几乎所有病人遗传了mutant HTT就会得病
，而得病的严重程度当然会不一样。
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g*n
15 楼
谢谢aardlbx。那请问到底哪种情况算是在同一个signaling pathway呢？
我所知道的是两个hypomorph的组合如果导致synergistic的话，应该是同一个pathway
，好像最理想化的是penetrance和其中一个的null allele的相同。
我对经典遗传只是初窥门径，谢谢各位同行指教
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D*a
16 楼
这个只是课本上的理论
越复杂的物种调控机制也越复杂，比如你说的基因如果是两个同一通路的上下游受体的
话，可能你hypomorph一个可以有retro control，本来如果没有retro control可以达
到60%的效果，你现在只有30%。然后你再搞掉一个，retro control被你抑制了，再加
上它自己的作用，就出来了60%的效果。但是它自己因为也会引起retro control，说不
定体现出来的效果也就是30%。但是从数字上来看你是不是会觉得这两个基因不是一个
通路的？其实他们是一个通路。

pathway

【在 g*****n 的大作中提到】
: 谢谢aardlbx。那请问到底哪种情况算是在同一个signaling pathway呢？
: 我所知道的是两个hypomorph的组合如果导致synergistic的话，应该是同一个pathway
: ，好像最理想化的是penetrance和其中一个的null allele的相同。
: 我对经典遗传只是初窥门径，谢谢各位同行指教
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l*1
17 楼
楼主 还有一个 antagonistic 的组合 也可能是同一个sgnalling pathway 哦
one book ite Chapter 11
by Barry Sinervo
title:
"Genetic Cooperation and Conflicts in Mating and Social System"
its web link:
//bio.research.ucsc.edu/~barrylab/classes/CHAPTER_PDFS/Chap_11_Conflict.pdf
推论: Stochastic Monte_carlo or Hiden Markov Modeling might be needed.
details pls refer:
Washington University in St. Louis the School of Medicine online lecture:
title:
Computational Molecular Biology, aka Algorithms for Computational
Biology
Syllabus
Hidden Markov Model Module Guide
NB: 没Tsinghua 本科物理系毕业以上的数学素养的可以绕过不看那个 Hiden Markov
Mode method
//bio5495.wustl.edu/HMMs/HmmModuleGuide.html
or
//bio5495.wustl.edu/syllabus.html
//bio5495.wustl.edu/

pathway

【在 g*****n 的大作中提到】
: 谢谢aardlbx。那请问到底哪种情况算是在同一个signaling pathway呢？
: 我所知道的是两个hypomorph的组合如果导致synergistic的话，应该是同一个pathway
: ，好像最理想化的是penetrance和其中一个的null allele的相同。
: 我对经典遗传只是初窥门径，谢谢各位同行指教
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a*x
18 楼
你们这种回答只会让lz更confuse。
如果A->表型，B->表型，完全独立的话，那么A&B->表型概率应该是44%。独立的意思是
A->表型发生的话不影响B->表型，反之亦然。所以是两个独立的pathway。即使连个
pathway作用在同一个蛋白上（比如同一个C蛋白的不同位点的磷酸化），或者甚至是同
一个作用，比如分别独立的磷酸化蛋白C的同一个位点，并不达到饱和。只要保证 P(A|
B)=P(B),以及P（B|A）= P(A)就行了。
如果A&B->表型概率不是44%，则表示连个pathway是相关的。相关的意思是A->表型发生
的话，会影响B->表型发生的概率，也就是Bayes Formula里所谓条件概率。产生的机制
有各种可能。如果A&B->表型概率大于44%，表示P(A|B)>P(B)或者以及P（B|A）> P(A),
也就是两个pathway之间正相关，生物上叫做"sensitize"。 sensitize往往是同一个
pathway不同层次的作用引起的。如果A&B->表型概率小于44%，那么表示他们也是在一
个pathway，但是附相关，desensitize。densentize往往是作用于同一个target而且达
到饱和。
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D*a
19 楼
不知道楼主问这个是干嘛啊
期末考试的话当然背书就行了
如果他自己做出来实验结果想知道怎么往下弄，那就复杂了。

A|
),

【在 a*****x 的大作中提到】
: 你们这种回答只会让lz更confuse。
: 如果A->表型，B->表型，完全独立的话，那么A&B->表型概率应该是44%。独立的意思是
: A->表型发生的话不影响B->表型，反之亦然。所以是两个独立的pathway。即使连个
: pathway作用在同一个蛋白上（比如同一个C蛋白的不同位点的磷酸化），或者甚至是同
: 一个作用，比如分别独立的磷酸化蛋白C的同一个位点，并不达到饱和。只要保证 P(A|
: B)=P(B),以及P（B|A）= P(A)就行了。
: 如果A&B->表型概率不是44%，则表示连个pathway是相关的。相关的意思是A->表型发生
: 的话，会影响B->表型发生的概率，也就是Bayes Formula里所谓条件概率。产生的机制
: 有各种可能。如果A&B->表型概率大于44%，表示P(A|B)>P(B)或者以及P（B|A）> P(A),
: 也就是两个pathway之间正相关，生物上叫做"sensitize"。 sensitize往往是同一个
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l*1
20 楼
无法解答confused bio task, how to Cell ms. submitted and published there?
JBC more one added?
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D*a
21 楼
还有一种情况是某表型，可能同一个通路抑制一点表型改善，再抑制一点表型恶化。
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l*1
22 楼
LZ PD or PI soon
Not 期末考试的话当然背书就行了 that case.

【在 D*a 的大作中提到】
: 不知道楼主问这个是干嘛啊
: 期末考试的话当然背书就行了
: 如果他自己做出来实验结果想知道怎么往下弄，那就复杂了。
:
: A|
: ),
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s*s
23 楼
我第二贴就说了。你这种独立只是完全的概率学概念，概率上独立和
pathway不相关只在教科书上存在，随便加点反馈就算不出来了，更不用
说network了。
实际上，我认为没啥两个基因是完全独立的。也许你算概率说independent，
不过，换一个phenotype呢？

A|
),

【在 a*****x 的大作中提到】
: 你们这种回答只会让lz更confuse。
: 如果A->表型，B->表型，完全独立的话，那么A&B->表型概率应该是44%。独立的意思是
: A->表型发生的话不影响B->表型，反之亦然。所以是两个独立的pathway。即使连个
: pathway作用在同一个蛋白上（比如同一个C蛋白的不同位点的磷酸化），或者甚至是同
: 一个作用，比如分别独立的磷酸化蛋白C的同一个位点，并不达到饱和。只要保证 P(A|
: B)=P(B),以及P（B|A）= P(A)就行了。
: 如果A&B->表型概率不是44%，则表示连个pathway是相关的。相关的意思是A->表型发生
: 的话，会影响B->表型发生的概率，也就是Bayes Formula里所谓条件概率。产生的机制
: 有各种可能。如果A&B->表型概率大于44%，表示P(A|B)>P(B)或者以及P（B|A）> P(A),
: 也就是两个pathway之间正相关，生物上叫做"sensitize"。 sensitize往往是同一个
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a*x
24 楼
Pathways need to be put in the context of phenotypes. A and B could be in
the same network, but the question is whether they cause the phenotype
independently.
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g*n
25 楼
谢谢aardlbx，虽然我不太懂您提到的概率方面的解释，不过总体来说我想我大概明白
您的意思。
谢谢lotkaeuler11 以及您给的参考文献，可惜我是做经典遗传的，对数学理解有限，
以后如果这方面基础提高了的话再精读一下 ：-）
谢谢Dua，我同意您说的“越复杂的物种调控机制也越复杂”，不过我这次想咨询的是
遗传领域一个比较常见的涉及双突变分析的问题，就是想了解一下通常出现这样的遗传
数据该怎么样去判断是否是同一个pathway，出于简单化的原因，我暂不考虑复杂的调
控机制。我对于两个null allele的双突变结果如何分析比较清楚，但对于两个weak
allele的分析就有点头疼。
谢谢shakuras，我也承认 “没啥两个基因是完全独立的”，但我研究的只是两个基因
的简单关系，而不是从高层面的整个调控网络的角度来研究。
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l*1
26 楼
sunnday 个把月前问 酵母内的 协同致死的叫synthetic lethal factors
而协同延命的叫啥
matrix 无意中搜到一篇nature
Lin YY et al. (2012)
Functional dissection of lysine deacetylases reveals that HDAC1 and p300
regulate AMPK.
Nature. 482: 251-5.
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22318606
就回帖她/他
可能叫
synthetic rescue factors
楼主你的原开贴 还有 antagonistic rescue factors 的可能性
当然 antagonistic lethal factors 的话 达尔文演化论中的不适应者 可能就无后了
具体如何定位pathway 0.44 概率以上的经典规则 不一定适用
-----just matrix two cents

【在 g*****n 的大作中提到】
: 谢谢aardlbx，虽然我不太懂您提到的概率方面的解释，不过总体来说我想我大概明白
: 您的意思。
: 谢谢lotkaeuler11 以及您给的参考文献，可惜我是做经典遗传的，对数学理解有限，
: 以后如果这方面基础提高了的话再精读一下 ：-）
: 谢谢Dua，我同意您说的“越复杂的物种调控机制也越复杂”，不过我这次想咨询的是
: 遗传领域一个比较常见的涉及双突变分析的问题，就是想了解一下通常出现这样的遗传
: 数据该怎么样去判断是否是同一个pathway，出于简单化的原因，我暂不考虑复杂的调
: 控机制。我对于两个null allele的双突变结果如何分析比较清楚，但对于两个weak
: allele的分析就有点头疼。
: 谢谢shakuras，我也承认 “没啥两个基因是完全独立的”，但我研究的只是两个基因
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l*1
27 楼
Mulet X et al.
Antagonistic interactions of Pseudomonas aeruginosa antibiotic resistance
mechanisms in planktonic but not biofilm growth.
Antimicrob Agents Chemother. 55: 4560-8.
Abstract
Pseudomonas aeruginosa has an extraordinary capacity to evade the activity
of antibiotics through a complex interplay of intrinsic and mutation-driven
resistance pathways, which are, unfortunately, often additive or synergistic
, leading to multidrug (or even pandrug) resistance. However, we show that
one of these mechanisms, overexpression of the MexCD-OprJ efflux pump (
driven by inactivation of its negative regulator NfxB), causes major changes
in the cell envelope physiology, impairing the backbone of P. aeruginosa
intrinsic resistance, including the major constitutive (MexAB-OprM) and
inducible (MexXY-OprM) efflux pumps and the inducible AmpC β-lactamase.
Moreover, it also impaired the most relevant mutation-driven β-lactam
resistance mechanism (constitutive AmpC overexpression), through a dramatic
decrease in periplasmic β-lactamase activity, apparently produced by an
abnormal permeation of AmpC out of the cell. While these results could
delineate future strategies for combating antibiotic resistance in cases of
acute nosocomial infections, a major drawback for the potential exploitation
of the described antagonistic interaction between resistance mechanisms
came from the differential bacterial physiology characteristics of biofilm
growth, a hallmark of chronic infections. Although the failure to
concentrate AmpC activity in the periplasm dramatically limits the
protection of the targets (penicillin-binding proteins [PBPs]) of β-lactams
at the individual cell level, the expected outcome for cells growing as
biofilm communities, which are surrounded by a thick extracellular matrix,
was less obvious. Indeed, our results showed that AmpC produced by nfxB
mutants is protective in biofilm growth, suggesting that the permeation of
AmpC into the matrix protects biofilm communities against β-lactams.
link:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21807976
or
Salvado B et al. (2012)
Two component systems: physiological effect of a third component.
PLoS One. 7: e31095.
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22363555

【在 a*****x 的大作中提到】
: Pathways need to be put in the context of phenotypes. A and B could be in
: the same network, but the question is whether they cause the phenotype
: independently.
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l*1
28 楼
ps:
LZ those two alle excluded HGT (horizontal gene transfer )acquired its/both
's possibility already?
unless even from 它物种 acquired HST gene that 物种 pathway/network can
control this 物种 ability 哦
Reference:
Chen HD et al. (2011)
Ancestral genes can control the ability of horizontally acquired loci to
confer new traits.
PLoS Genet. 7: e1002184.
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22363555
or
Kholodenko BN. (2006)
Cell-signalling dynamics in time and space.
Nat Rev Mol Cell Biol. 7: 165-76.
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16482094

additive)

【在 g*****n 的大作中提到】
: 假设我有两个突变体，都是weak allele (hypomorph)，a的penetrance是30%，b的
: penetrance是20%。
: 如果ab双突变的结果有四种情况，分别是1）80%（synergistic），2）50% (additive)
: ，3）40%（比单突变高，但比additive低），和4）30%（等同于最高的单突变）。请问
: 该怎么解释a和b的关系？哪种情况代表他们在同一个信号通路，哪种情况代表他们
: independent pathway
: 非常感谢！
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g*n
29 楼
谢谢lotkaeuler11热心的回复和搜索 ：-）非常感激！
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b*r
30 楼
假如你真是在讨论实际科研工作的基本思路，而不是辩论赛诡辩吵架，我觉得你的方向
性有点问题
解决实际问题的基本思路，应该首先考虑用最简单的model去拟合，如果行不通，才需
要开始考虑加修正项，或者高阶方程。你上来就扯这些，次序有问题

【在 s******s 的大作中提到】
: 我第二贴就说了。你这种独立只是完全的概率学概念，概率上独立和
: pathway不相关只在教科书上存在，随便加点反馈就算不出来了，更不用
: 说network了。
: 实际上，我认为没啥两个基因是完全独立的。也许你算概率说independent，
: 不过，换一个phenotype呢？
:
: A|
: ),
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D*a
31 楼
现在简单模型能发现的都发现得差不多了吧。
细菌虫子啥的应该好点，老鼠搞简单的上位显性model估计够呛。

【在 b****r 的大作中提到】
: 假如你真是在讨论实际科研工作的基本思路，而不是辩论赛诡辩吵架，我觉得你的方向
: 性有点问题
: 解决实际问题的基本思路，应该首先考虑用最简单的model去拟合，如果行不通，才需
: 要开始考虑加修正项，或者高阶方程。你上来就扯这些，次序有问题
avatar
D*a
32 楼
楼主那个问题，如果要搞简单模型，就是，重合，不重合。
1+1 大于1就说明不（完全）重合，等于1说明重合，然后去看看这两个基因控制什么通
路是正经，不要管什么80%还是40%的，你测量手段有局限，每一代培养条件也不可能完
全一样（比如你培养箱放左边还是放右边），从40%差到70%都有可能，synergistic还
是additive现实中很可能测不出来。你去找找上下游的控制基因，搞几个hypothesis出
来，再用别的手段看他们到底是synergistic还是additive。
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l*1
33 楼
double weak alleles plus upstream and downstream possbile multi inteactive
loci
how many
KO + + + - - - strains mice wanted by propability?
还得不包括楼主提到的null mutant 知死性 KO loci
有那种克服的工夫 和经费 at least 3-5 Y 还不一定最后搞明了了
还是搞 Hidden Markov Model etc Stochastis Biostatistics approach 的啦?
反正就是钱肯说的 搞统计的都不是搞科学的辈

【在 D*a 的大作中提到】
: 楼主那个问题，如果要搞简单模型，就是，重合，不重合。
: 1+1 大于1就说明不（完全）重合，等于1说明重合，然后去看看这两个基因控制什么通
: 路是正经，不要管什么80%还是40%的，你测量手段有局限，每一代培养条件也不可能完
: 全一样（比如你培养箱放左边还是放右边），从40%差到70%都有可能，synergistic还
: 是additive现实中很可能测不出来。你去找找上下游的控制基因，搞几个hypothesis出
: 来，再用别的手段看他们到底是synergistic还是additive。
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D*a
34 楼
现在哪有几个未知基因拉？总能扒拉paper扒拉出假说来。真要是完全未知的基因也不
用搞这么复杂了，发现新基因就够发paper的了，还搞什么上下位。如果是有潜力想攒
大paper发CNS的就不会跑版上来问思路了。
我虽然回了你的帖，但是不知道是否理解对了你的意思哈。。。

【在 l**********1 的大作中提到】
: double weak alleles plus upstream and downstream possbile multi inteactive
: loci
: how many
: KO + + + - - - strains mice wanted by propability?
: 还得不包括楼主提到的null mutant 知死性 KO loci
: 有那种克服的工夫 和经费 at least 3-5 Y 还不一定最后搞明了了
: 还是搞 Hidden Markov Model etc Stochastis Biostatistics approach 的啦?
: 反正就是钱肯说的 搞统计的都不是搞科学的辈
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l*1
35 楼
就是虫子
还有这个呢: cryptic development
pls refer:
Duveau F et al. (2012)
Role of pleiotropy in the evolution of a cryptic developmental variation in
Caenorhabditis elegans.
PLoS Biol. 10: e1001230.
link:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22235190
and
Chandler CH (2010)
Cryptic intraspecific variation in sex determination in Caenorhabditis
elegans revealed by mutations.
Heredity 105: 473-82.
link:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20502478
NB: LZ 没有透露任何 模式生物 或非模式生物其名称 也没有透露那两alleles 是否
有关性分化 或 进化 所以如果这两线虫的文章 和楼主的无关 还望海涵下哈
so totally might should refer this book
"Use R!
--Applied Statistical Genetics with R
For Population-based Association Studies"
by Andrea S. Foulkes
Springer Press (2009)
web link:
//taylor0.biology.ucla.edu/~bvonhold/R_files/UseR!.pdf

【在 D*a 的大作中提到】
: 现在哪有几个未知基因拉？总能扒拉paper扒拉出假说来。真要是完全未知的基因也不
: 用搞这么复杂了，发现新基因就够发paper的了，还搞什么上下位。如果是有潜力想攒
: 大paper发CNS的就不会跑版上来问思路了。
: 我虽然回了你的帖，但是不知道是否理解对了你的意思哈。。。
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s*s
36 楼
我是实话实说。生物实验里面到处都是variation。你搞一个
synthetic lethal的，或者10%+10%突然变成90%的，那么可以
用是不是一条pathway这样的考虑考虑。像你这样把这个当作
数学题，大于A*B是什么，小于A*B是什么，等于A*B是什么，难
到不是纸上谈兵，还说什么实际科研工作的思路，这个纯粹本科
考试思路

【在 b****r 的大作中提到】
: 假如你真是在讨论实际科研工作的基本思路，而不是辩论赛诡辩吵架，我觉得你的方向
: 性有点问题
: 解决实际问题的基本思路，应该首先考虑用最简单的model去拟合，如果行不通，才需
: 要开始考虑加修正项，或者高阶方程。你上来就扯这些，次序有问题
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a*x
37 楼
在readout足够清晰，样本数目足够大的时候，数学当然能说明问题。很多人就是不注
重生物中的数学，所以弄得很含糊又很难重复。
认识的一个大牛以前记录一个电生理的时候发现电流各种时间参数有些不吻合，用数学
模型拟合了以后断定溶液中参杂了微量的一种pore blocker。然后实验室上一个人果然
用了灌流系统后没有洗，残留了blocker在里面。类似的例子很多，Chris Miller也是
根据平衡电位和理论值差了几毫伏推断出clc是载体而非通道。经典遗传学还不是就是
根据概率推导出来的。
楼主给的信息有限，的确无法得到明确的结论。但并不表示根据概率做出一些初步的结
论不重要。

【在 s******s 的大作中提到】
: 我是实话实说。生物实验里面到处都是variation。你搞一个
: synthetic lethal的，或者10%+10%突然变成90%的，那么可以
: 用是不是一条pathway这样的考虑考虑。像你这样把这个当作
: 数学题，大于A*B是什么，小于A*B是什么，等于A*B是什么，难
: 到不是纸上谈兵，还说什么实际科研工作的思路，这个纯粹本科
: 考试思路
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l*1
38 楼
所以我估计人家在准备投Cell 吧 密不透风的 询问这类有悖论因素在内的开题 Lol

【在 a*****x 的大作中提到】
: 在readout足够清晰，样本数目足够大的时候，数学当然能说明问题。很多人就是不注
: 重生物中的数学，所以弄得很含糊又很难重复。
: 认识的一个大牛以前记录一个电生理的时候发现电流各种时间参数有些不吻合，用数学
: 模型拟合了以后断定溶液中参杂了微量的一种pore blocker。然后实验室上一个人果然
: 用了灌流系统后没有洗，残留了blocker在里面。类似的例子很多，Chris Miller也是
: 根据平衡电位和理论值差了几毫伏推断出clc是载体而非通道。经典遗传学还不是就是
: 根据概率推导出来的。
: 楼主给的信息有限，的确无法得到明确的结论。但并不表示根据概率做出一些初步的结
: 论不重要。
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g*n
39 楼
谢谢诸位同僚的探讨，不是我不肯说细节，而是因为这个问题属于经典孟德尔遗传学里
面非常常见的双突变分析（不包括数量遗传学），属于generic question。即使我告诉
你们细节（比如我研究的phenotype属于cell migration defect），对于我问题的解答
帮助并不大。
我知道如何解释其中的一种情况，就是当两个hypomorph导致synergistic effect （
strong phenotype/penetrance），表示这两个基因在同一个pathway。
Ex: http://wormbook.org/chapters/www_geneticenhancers/geneticenhancersfig2.jpg
我这次问这个问题其实是想了解一下如果出现其他情况，该如何解读实验结果。
无论如何，还是很谢谢大家热心的讨论和建议。
avatar
D*a
40 楼
可能做模拟的体会不到湿试验的痛苦，想加样本也不是那么简单的啊，两只笼子的一样
基因型的还不一样有木有啊，30只老鼠搞一天还担心早上跟下午不一样有木有啊，搞出
来了elisa只有96个孔有木有啊，没有elisa只能WB，还不能放marker旁边有木有啊，我
样本小我找谁哭去啊 T.T
avatar
Z*g
41 楼
不是做遗传的，试着我的理解：
1. 由于是hypomorph，如果是synergistic，一种可能是a和b在同一pathway上，双突变
后有synergistic效果，另一种可能是不同pathway上，但两pathway彼此有正调控作用
，故双突变也有synergistic效果。
2. 如果a和b处在完全独立的pathway上，应该是additive效果。
3. 如果a和b处在两条pathway上，但彼此有负调控作用，估计就是40%的情况。
4. 30%的情况？a和b处在两条pathway上，但彼此有更复杂的负调控？估计a pathway能
较强的抑制b pathway？
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a*x
42 楼
These are technical hurdles, which should be solved by finding better
conditions, readouts, or animal/cellular models, etc. Technology serves for
testing ideas, not the other way round

【在 D*a 的大作中提到】
: 可能做模拟的体会不到湿试验的痛苦，想加样本也不是那么简单的啊，两只笼子的一样
: 基因型的还不一样有木有啊，30只老鼠搞一天还担心早上跟下午不一样有木有啊，搞出
: 来了elisa只有96个孔有木有啊，没有elisa只能WB，还不能放marker旁边有木有啊，我
: 样本小我找谁哭去啊 T.T
avatar
a*x
43 楼
So called positive or negative regulation of A pathway on B pathway
indicates that they are in the same pathway, at least partially. The true
independent pathways will not yield additive probability. Think about A & B
cause phenotype independently at 60% & 70%, respectively.

【在 Z**********g 的大作中提到】
: 不是做遗传的，试着我的理解：
: 1. 由于是hypomorph，如果是synergistic，一种可能是a和b在同一pathway上，双突变
: 后有synergistic效果，另一种可能是不同pathway上，但两pathway彼此有正调控作用
: ，故双突变也有synergistic效果。
: 2. 如果a和b处在完全独立的pathway上，应该是additive效果。
: 3. 如果a和b处在两条pathway上，但彼此有负调控作用，估计就是40%的情况。
: 4. 30%的情况？a和b处在两条pathway上，但彼此有更复杂的负调控？估计a pathway能
: 较强的抑制b pathway？
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D*a
44 楼
所以嘛，我就说理解不了吧。。。

for

【在 a*****x 的大作中提到】
: These are technical hurdles, which should be solved by finding better
: conditions, readouts, or animal/cellular models, etc. Technology serves for
: testing ideas, not the other way round
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l*1
45 楼
Bayer one decade ago her Germany wet Biochemical high throught screening
assay already be done by robot

【在 D*a 的大作中提到】
: 所以嘛，我就说理解不了吧。。。
:
: for
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D*a
46 楼
plus 宏观对象的 学科 不能和protein dna ncRNA 等微观对象的学科 比较IF score
无论animal or plant
实验技术条件的限制是客观存在滴。。。不是我想解决就解决了的。。。

【在 l**********1 的大作中提到】
: Bayer one decade ago her Germany wet Biochemical high throught screening
: assay already be done by robot
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l*1
47 楼
Euro based budegt 2009-2010 Bayer one firm is as same as total French Bio
budget Lol

【在 D*a 的大作中提到】
: plus 宏观对象的 学科 不能和protein dna ncRNA 等微观对象的学科 比较IF score
: 无论animal or plant
: 实验技术条件的限制是客观存在滴。。。不是我想解决就解决了的。。。
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