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请教个Re-CHIP的问题~~

请教个Re-CHIP的问题~~# Biology - 生物学

s*82012-09-06 07:09

1 楼

今天Kroger龙虾促销，5刀each，买了个回家蒸了一下。
龙虾头好大，我只把里面红红的膏吃了，还有些黄黄灰灰的不知道是什么，虾脑子吗？
不知道能吃吗？

y*g2012-09-06 07:09

2 楼

目的是想要证明A和B两个转录因子binding在一起。
方法1：IP
方法2：荧光显微镜
问题在方法3：如果想证明两个转录因子physical binding在一起，哪个方法是对的？？
a) 用抗体拉A，然后+蛋白酶, 做qPCR (引物直接用设计好的，跨B的binding site的）
b) 用抗体拉A，然后用抗体B拉，然后+蛋白酶, 做qPCR (引物直接用设计好的，跨B的
binding site的），那还要不要做 qPCR 来检测 A的binding activity 啊 (用第一次
Chip的样品，还是用Re-CHIP的样品来测啊？）Re-CHIP的时候，不可避免的会有丢失哦
~~
这个实验可行么？
谢谢~~~

B*n2012-09-06 07:09

3 楼

有些讲究的不吃，说怕汞超标
不过我平时会把腮什么弄干净了烧龙虾泡饭

s*s2012-09-06 07:09

4 楼

direct binding难道不是应该in vitro的pull down么？

？？

【在 y********g 的大作中提到】

: 目的是想要证明A和B两个转录因子binding在一起。
: 方法1：IP
: 方法2：荧光显微镜
: 问题在方法3：如果想证明两个转录因子physical binding在一起，哪个方法是对的？？
: a) 用抗体拉A，然后+蛋白酶, 做qPCR (引物直接用设计好的，跨B的binding site的）
: b) 用抗体拉A，然后用抗体B拉，然后+蛋白酶, 做qPCR (引物直接用设计好的，跨B的
: binding site的），那还要不要做 qPCR 来检测 A的binding activity 啊 (用第一次
: Chip的样品，还是用Re-CHIP的样品来测啊？）Re-CHIP的时候，不可避免的会有丢失哦
: ~~
: 这个实验可行么？

R*s2012-09-06 07:09

5 楼

真便宜啊！！好像只有膏能吃....

【在 s**********8 的大作中提到】

: 今天Kroger龙虾促销，5刀each，买了个回家蒸了一下。
: 龙虾头好大，我只把里面红红的膏吃了，还有些黄黄灰灰的不知道是什么，虾脑子吗？
: 不知道能吃吗？

y*g2012-09-06 07:09

6 楼

CHIP也是IP的一种吧？
也是要裂细胞，然后再pull down~~ 无非就是pull down 蛋白的时候和DNA一起pd下来~~

【在 s******s 的大作中提到】

: direct binding难道不是应该in vitro的pull down么？
:
: ？？

w*y2012-09-06 07:09

7 楼

俺只吃肉。龙虾头扔掉

【在 s**********8 的大作中提到】

s*s2012-09-06 07:09

8 楼

我说的是表达纯化蛋白，然后看有没有interaction

来~~

【在 y********g 的大作中提到】

: CHIP也是IP的一种吧？
: 也是要裂细胞，然后再pull down~~ 无非就是pull down 蛋白的时候和DNA一起pd下来~~

m*r2012-09-06 07:09

9 楼

龙虾头洗干净做菜泡饭，鲜美无比啊！！！！！！！

u*d2012-09-06 07:09

10 楼

关于方法3——
你说的检测A的binding activity是什么意思？
另外，因为你做ChIP的input其实是超声过的chromatin片段，跨越数百上千bp的DNA，
包括好几个nucleosome和很多TF的结合位点，所以re-ChIP只能证明两TF挨得近，但不
能证明它们在chromatin上直接相互作用，可能需要更进一步的实验来确证。

？？

【在 y********g 的大作中提到】

s*82012-09-06 07:09

11 楼

菜泡饭怎么做？没吃过啊。你是说整个龙虾头放进去吗？

【在 m**********r 的大作中提到】

: 龙虾头洗干净做菜泡饭，鲜美无比啊！！！！！！！