这个ENCODE其实就是UCSC那帮人在忽悠# Biology - 生物学
M*n
1 楼
ENCODE这东西太general，就像一本《永乐大典》、《四库全书》
其实，没有什么novel的findings，就是编了一本dictionary,或者用他们的话说
catalog而已
ENCODE里面比较有用的，也就是他们做的TF的map吧
（请看他们paper之一：“Circuitry and Dynamics of Human TF Regulatory
Networks”）
他们用的是DNase footprinting
给我的感觉是，false positives 太多
每个cell-type多达800多万个binding sites
这不是问题，问题是，知道这些sites
本身没用，要知道什么TF bind到这些sites
最终他们还是用了TRANSFAC的数据
在TRANSFAC里有出现的binding sites留下，其他滤掉
这相当于什么都没做
其实，没有什么novel的findings，就是编了一本dictionary,或者用他们的话说
catalog而已
ENCODE里面比较有用的，也就是他们做的TF的map吧
（请看他们paper之一：“Circuitry and Dynamics of Human TF Regulatory
Networks”）
他们用的是DNase footprinting
给我的感觉是，false positives 太多
每个cell-type多达800多万个binding sites
这不是问题，问题是，知道这些sites
本身没用，要知道什么TF bind到这些sites
最终他们还是用了TRANSFAC的数据
在TRANSFAC里有出现的binding sites留下，其他滤掉
这相当于什么都没做