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大鼠的RNA-seq应该使用那个reference genome？

大鼠的RNA-seq应该使用那个reference genome？# Biology - 生物学

s*h2012-09-17 07:09

1 楼

做了一回RNA-seq，但是在差异表达的Tag中有很多都没有找到相应的基因，这个常见吗
？是不是跟选择的reference genome有关？如果有关，该选择那个？
谢谢大牛指教！

l*m2012-09-17 07:09

2 楼

最常用的mm9
你是想说用什么gene database？

p*s2012-09-17 07:09

3 楼

But his animal model is rat?

【在 l****m 的大作中提到】

: 最常用的mm9
: 你是想说用什么gene database？

s*h2012-09-17 07:09

4 楼

对，我是想问出现no-match的情况跟gene data base的选择有没有关系，如果有的话，
常用的大鼠的data base选哪个好些。

p*p2012-09-17 07:09

5 楼

不是很明白你的问题：
你的差异表达分析是对什么最差异分析（差异表达的Tag）？
对于组装很完善的大鼠大基因组，要注意的是不要把那些短的CONTIG一起全部做
REFERENCE，可能会给MAPPING带来问题--比如很多CONTIG和主要染色体有序列高度相似
的地方，会导致最后这些地方没有MAPPING报告。具体没有做到过大鼠，猜测可能有这
样的问题。
至于后面的差异分析，我的理解是，如果你提供了基因的注释（ANNOTATION）要基于
MAP到一定的基因特征（EXON，ISOFORM，GENE）上的READS的分析。那么你用哪个版本
的注释比较会影响你说到的有很多对不到基因上（你用的那个注释的版本和你关注比较
的基因不完全的一样）。
要是用泪水CUFFLINKS类似的工具不提供基因组注释而组装的ISOFROM 或者GENE的分析
，如果发现差异表达的ISOFORM或者基因不在作者感兴趣的基因序列里，只能说明这些
工具从RNA-SEQ数据发现了新的基因了。
不知道是不是猜对你的问题。

【在 s*******h 的大作中提到】

: 做了一回RNA-seq，但是在差异表达的Tag中有很多都没有找到相应的基因，这个常见吗
: ？是不是跟选择的reference genome有关？如果有关，该选择那个？
: 谢谢大牛指教！