b*r
2 楼
假设我的假说是A蛋白的表达会增强转录因子B与其已知binding DNA region的结合能力。
我的实验方法是:我用293细胞,分两组: 一个做mock transfection,一个转了我的
基因A表达质粒。然后我做ChIP(用抗转录因子B蛋白的抗体),用realtime检测转录因
子B的已知binding DNA region(看看A的过表达是否改变B与它已知的binding region
的binding 能力)。
我现在的问题是,我应该如何控制mock transfection 和基因A过表达 这两组的input
DNA量?我可以通过控制开始的细胞总数一致吗?
我的实验方法是:我用293细胞,分两组: 一个做mock transfection,一个转了我的
基因A表达质粒。然后我做ChIP(用抗转录因子B蛋白的抗体),用realtime检测转录因
子B的已知binding DNA region(看看A的过表达是否改变B与它已知的binding region
的binding 能力)。
我现在的问题是,我应该如何控制mock transfection 和基因A过表达 这两组的input
DNA量?我可以通过控制开始的细胞总数一致吗?
s*s
4 楼
应该吧。
是不是最好在找个和A无关的C做一下control
力。
region
input
【在 b****r 的大作中提到】
: 假设我的假说是A蛋白的表达会增强转录因子B与其已知binding DNA region的结合能力。
: 我的实验方法是:我用293细胞,分两组: 一个做mock transfection,一个转了我的
: 基因A表达质粒。然后我做ChIP(用抗转录因子B蛋白的抗体),用realtime检测转录因
: 子B的已知binding DNA region(看看A的过表达是否改变B与它已知的binding region
: 的binding 能力)。
: 我现在的问题是,我应该如何控制mock transfection 和基因A过表达 这两组的input
: DNA量?我可以通过控制开始的细胞总数一致吗?
是不是最好在找个和A无关的C做一下control
力。
region
input
【在 b****r 的大作中提到】
: 假设我的假说是A蛋白的表达会增强转录因子B与其已知binding DNA region的结合能力。
: 我的实验方法是:我用293细胞,分两组: 一个做mock transfection,一个转了我的
: 基因A表达质粒。然后我做ChIP(用抗转录因子B蛋白的抗体),用realtime检测转录因
: 子B的已知binding DNA region(看看A的过表达是否改变B与它已知的binding region
: 的binding 能力)。
: 我现在的问题是,我应该如何控制mock transfection 和基因A过表达 这两组的input
: DNA量?我可以通过控制开始的细胞总数一致吗?
x*p
5 楼
Normally 4-5 months.
g*n
6 楼
借题发挥一下。我见过很多这样的实验,就是搞不明白。
这个方法能回答“binding 能力(affinity)”的问题吗?用ChiP所测出来的DNA量的增
高能说明B蛋白的“binding 能力”的增强吗?我觉得,这表明含有B蛋白binding的细
胞增多了。也就是说,A刺激了B在更多的细胞里表达。
力。
region
input
【在 b****r 的大作中提到】
: 假设我的假说是A蛋白的表达会增强转录因子B与其已知binding DNA region的结合能力。
: 我的实验方法是:我用293细胞,分两组: 一个做mock transfection,一个转了我的
: 基因A表达质粒。然后我做ChIP(用抗转录因子B蛋白的抗体),用realtime检测转录因
: 子B的已知binding DNA region(看看A的过表达是否改变B与它已知的binding region
: 的binding 能力)。
: 我现在的问题是,我应该如何控制mock transfection 和基因A过表达 这两组的input
: DNA量?我可以通过控制开始的细胞总数一致吗?
这个方法能回答“binding 能力(affinity)”的问题吗?用ChiP所测出来的DNA量的增
高能说明B蛋白的“binding 能力”的增强吗?我觉得,这表明含有B蛋白binding的细
胞增多了。也就是说,A刺激了B在更多的细胞里表达。
力。
region
input
【在 b****r 的大作中提到】
: 假设我的假说是A蛋白的表达会增强转录因子B与其已知binding DNA region的结合能力。
: 我的实验方法是:我用293细胞,分两组: 一个做mock transfection,一个转了我的
: 基因A表达质粒。然后我做ChIP(用抗转录因子B蛋白的抗体),用realtime检测转录因
: 子B的已知binding DNA region(看看A的过表达是否改变B与它已知的binding region
: 的binding 能力)。
: 我现在的问题是,我应该如何控制mock transfection 和基因A过表达 这两组的input
: DNA量?我可以通过控制开始的细胞总数一致吗?
l*e
8 楼
这种最好用cell free system / in vitro translated protein 和sythesized DNA
力。
region
input
【在 b****r 的大作中提到】
: 假设我的假说是A蛋白的表达会增强转录因子B与其已知binding DNA region的结合能力。
: 我的实验方法是:我用293细胞,分两组: 一个做mock transfection,一个转了我的
: 基因A表达质粒。然后我做ChIP(用抗转录因子B蛋白的抗体),用realtime检测转录因
: 子B的已知binding DNA region(看看A的过表达是否改变B与它已知的binding region
: 的binding 能力)。
: 我现在的问题是,我应该如何控制mock transfection 和基因A过表达 这两组的input
: DNA量?我可以通过控制开始的细胞总数一致吗?
力。
region
input
【在 b****r 的大作中提到】
: 假设我的假说是A蛋白的表达会增强转录因子B与其已知binding DNA region的结合能力。
: 我的实验方法是:我用293细胞,分两组: 一个做mock transfection,一个转了我的
: 基因A表达质粒。然后我做ChIP(用抗转录因子B蛋白的抗体),用realtime检测转录因
: 子B的已知binding DNA region(看看A的过表达是否改变B与它已知的binding region
: 的binding 能力)。
: 我现在的问题是,我应该如何控制mock transfection 和基因A过表达 这两组的input
: DNA量?我可以通过控制开始的细胞总数一致吗?
z*a
9 楼
non-specific binding by protein B can be used as internal control
O*e
10 楼
这个实验设计太粗放了,结果不好解释。你至少要结合knockdown的实验才能大体知道
个方向。做overexpression的实验,mock transfection是个非常不好的control.最起码
你得转个空质粒做对照。
力。
region
input
【在 b****r 的大作中提到】
: 假设我的假说是A蛋白的表达会增强转录因子B与其已知binding DNA region的结合能力。
: 我的实验方法是:我用293细胞,分两组: 一个做mock transfection,一个转了我的
: 基因A表达质粒。然后我做ChIP(用抗转录因子B蛋白的抗体),用realtime检测转录因
: 子B的已知binding DNA region(看看A的过表达是否改变B与它已知的binding region
: 的binding 能力)。
: 我现在的问题是,我应该如何控制mock transfection 和基因A过表达 这两组的input
: DNA量?我可以通过控制开始的细胞总数一致吗?
个方向。做overexpression的实验,mock transfection是个非常不好的control.最起码
你得转个空质粒做对照。
力。
region
input
【在 b****r 的大作中提到】
: 假设我的假说是A蛋白的表达会增强转录因子B与其已知binding DNA region的结合能力。
: 我的实验方法是:我用293细胞,分两组: 一个做mock transfection,一个转了我的
: 基因A表达质粒。然后我做ChIP(用抗转录因子B蛋白的抗体),用realtime检测转录因
: 子B的已知binding DNA region(看看A的过表达是否改变B与它已知的binding region
: 的binding 能力)。
: 我现在的问题是,我应该如何控制mock transfection 和基因A过表达 这两组的input
: DNA量?我可以通过控制开始的细胞总数一致吗?
w*e
11 楼
估计你是想问input control吧?一般用genomic DNA. 细胞数尽量parallel就行了,因
为你可能很难控制得那么好,但是得保证细胞密度尽量相近,因为会影响crosslinking
的效果。
这个实验很容易false results.多设几个negative control. 上面一个提到用不相关抗
体是个通用的方法。
力。
region
input
【在 b****r 的大作中提到】
: 假设我的假说是A蛋白的表达会增强转录因子B与其已知binding DNA region的结合能力。
: 我的实验方法是:我用293细胞,分两组: 一个做mock transfection,一个转了我的
: 基因A表达质粒。然后我做ChIP(用抗转录因子B蛋白的抗体),用realtime检测转录因
: 子B的已知binding DNA region(看看A的过表达是否改变B与它已知的binding region
: 的binding 能力)。
: 我现在的问题是,我应该如何控制mock transfection 和基因A过表达 这两组的input
: DNA量?我可以通过控制开始的细胞总数一致吗?
为你可能很难控制得那么好,但是得保证细胞密度尽量相近,因为会影响crosslinking
的效果。
这个实验很容易false results.多设几个negative control. 上面一个提到用不相关抗
体是个通用的方法。
力。
region
input
【在 b****r 的大作中提到】
: 假设我的假说是A蛋白的表达会增强转录因子B与其已知binding DNA region的结合能力。
: 我的实验方法是:我用293细胞,分两组: 一个做mock transfection,一个转了我的
: 基因A表达质粒。然后我做ChIP(用抗转录因子B蛋白的抗体),用realtime检测转录因
: 子B的已知binding DNA region(看看A的过表达是否改变B与它已知的binding region
: 的binding 能力)。
: 我现在的问题是,我应该如何控制mock transfection 和基因A过表达 这两组的input
: DNA量?我可以通过控制开始的细胞总数一致吗?
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