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完全的外行问一个NGS的问题。。。

完全的外行问一个NGS的问题。。。# Biology - 生物学

g*r2012-09-21 07:09

1 楼

网友promising的帖子里面提到
3．不认可media report （Media: 1 journal highlight）。认为 media report
should be “published material about you”. “Published material about your
work” 应该放到authorship和contribution里. (很体贴的建议，当时都挺感动)
我当时的IO(TSC #399)也说了相同的话media report should be “published material
primarily about you".
我现在的理解是你不能给IO一个良好的整体印象，特别是类似的证据你只有一两条的话
，他就一定会用这样的回复吧你拒掉。但是如果你能搞定7，8条类似的Highlight，IO
说不定就认可了。

s*y2012-09-21 07:09

2 楼

【以下文字转载自 Military 讨论区】
发信人: LoneWolf (孤独的狼), 信区: Military
标题: 日本外相促北京减少工潮温家宝严辞反击
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Aug 29 20:03:11 2010, 美东)
日本在华企业的劳资纠纷成为中日经济对话一大争议。针对日本外相冈田克也因应日资
企业罢工潮要求中国增加劳工法透明度、减少劳工纠纷，中国总理温家宝昨天反指工人
罢工问题根源，在于日资企业薪酬低，并敦促日本方面处理，突显双方矛盾加剧。
内地连串工潮引起日本方面关注，外相冈田克也周六在与副总理王岐山会谈时，提到一
连串贸易问题，指近期在华日企的劳资纠纷，困扰日资企业，要求中国完善有关劳资纠
纷的法律。他在会后说﹕「应日本在华企业要求，我们讨论到确保政策透明度。至于近
日频繁的劳资纠纷，日方表示希望加强讨论。」
「根源是工资相对较低请正视」
但中国总理温家宝昨毫不示弱地反击，指问题根源其实在日方。根据日本外务省会后的
新闻发布，温家宝昨向冈田克也说﹕「一些外资企业发生劳资纠纷，根源是因为工人工
资相对较低。我希望你们正视这问题。」中国

a*g2012-09-21 07:09

3 楼

有没有可能把qPCR引入到NGS读sample的过程？
可能是个很小白的问题。。。希望大侠不吝赐教！！

l*52012-09-21 07:09

4 楼

这就是为什么俺老大一再说：想CLAIM MEDIA REPORT很难的原因，关键是这个东西没
有个量化标准，全在IO一念之间：说你行你就行不行也行，说你不行你就不行行也
不行。

b*e2012-09-21 07:09

5 楼

土共相当流氓，哈哈

【在 s******y 的大作中提到】

: 【以下文字转载自 Military 讨论区】
: 发信人: LoneWolf (孤独的狼), 信区: Military
: 标题: 日本外相促北京减少工潮温家宝严辞反击
: 发信站: BBS 未名空间站 (Sun Aug 29 20:03:11 2010, 美东)
: 日本在华企业的劳资纠纷成为中日经济对话一大争议。针对日本外相冈田克也因应日资
: 企业罢工潮要求中国增加劳工法透明度、减少劳工纠纷，中国总理温家宝昨天反指工人
: 罢工问题根源，在于日资企业薪酬低，并敦促日本方面处理，突显双方矛盾加剧。
: 内地连串工潮引起日本方面关注，外相冈田克也周六在与副总理王岐山会谈时，提到一
: 连串贸易问题，指近期在华日企的劳资纠纷，困扰日资企业，要求中国完善有关劳资纠
: 纷的法律。他在会后说﹕「应日本在华企业要求，我们讨论到确保政策透明度。至于近

l*e2012-09-21 07:09

6 楼

三个字不可以

【在 a******g 的大作中提到】

: 有没有可能把qPCR引入到NGS读sample的过程？
: 可能是个很小白的问题。。。希望大侠不吝赐教！！

g*r2012-09-21 07:09

7 楼

但是你Laoda还有别的可以claim。如果没有的话，也就只有铤而走险试一试了，不成功
就成仁。但是有个7,8个类似的Highlight一般的IO也许就放行了。

【在 l******5 的大作中提到】

: 这就是为什么俺老大一再说：想CLAIM MEDIA REPORT很难的原因，关键是这个东西没
: 有个量化标准，全在IO一念之间：说你行你就行不行也行，说你不行你就不行行也
: 不行。

M*u2012-09-21 07:09

8 楼

说的有理
日本人太坏了

2002

【在 s******y 的大作中提到】

b*r2012-09-21 07:09

9 楼

起码我们系里普遍认为NGS定量比realtime定量更准

d*d2012-09-21 07:09

10 楼

偷看的律师的底线，media report的criteria是 >3个report关于本人的

your
material
IO

【在 g******r 的大作中提到】

: 网友promising的帖子里面提到
: 3．不认可media report （Media: 1 journal highlight）。认为 media report
: should be “published material about you”. “Published material about your
: work” 应该放到authorship和contribution里. (很体贴的建议，当时都挺感动)
: 我当时的IO(TSC #399)也说了相同的话media report should be “published material
: primarily about you".
: 我现在的理解是你不能给IO一个良好的整体印象，特别是类似的证据你只有一两条的话
: ，他就一定会用这样的回复吧你拒掉。但是如果你能搞定7，8条类似的Highlight，IO
: 说不定就认可了。

l*e2012-09-21 07:09

11 楼

证据？

【在 b****r 的大作中提到】

: 起码我们系里普遍认为NGS定量比realtime定量更准

c*e2012-09-21 07:09

12 楼

逻辑有点不对啊
agree 你下面的话，不agree你的标题
你看每条标准都不是说你有就行，都需要丰满起来，io就承认了
publication是不是运气，你一片文章当然io会找毛病，你好多文章，引用多多，都是
牛杂志，io也承认了
review是不是运气，你几个review当然io找毛病，你几十个review，十几个journal,也
就好承认了

your
material
IO

【在 g******r 的大作中提到】

Z*52012-09-21 07:09

13 楼

没做过NGS，但是看过一篇cell paper：A Mammalian microRNA Expression Atlas
Based on Small RNA Library Sequencing，再结合一些已有的miRNA文献研究，感觉这
个NGS的数据质量非常高啊。
不清楚NGS那些miRNA的copy数是怎么来的，有没有用内参，用的是什么内参。
反正普通qPCR就用GAPDH，actin之类的做内参貌似不是很靠谱。
现在有一些qPCR array，都会带有结果计算软件，可以从array的分析中自己去选定内
参。

【在 l********e 的大作中提到】

: 证据？

l*52012-09-21 07:09

14 楼

俺老大关于这条的底线是：如果真是关于本人的，如类似传记的东西，一个就够了。

【在 d*****d 的大作中提到】

: 偷看的律师的底线，media report的criteria是 >3个report关于本人的
:
: your
: material
: IO

b*r2012-09-21 07:09

15 楼

这要去问那些教授们，我还是新手
反正我们实验室现在发临床诊断报告，比如说线粒体heteroplasmic mutation，哪怕2%
以下的low heteroplasmy的重复性都极好，这个是用realtime之类的技术很难做到的，
所以我们才敢报这么低的数字
临床报告的要求比科研应该是高多了，如果病人第二次送一样的标本，或者送到其他地
方重做，跟你的结果差别很大，搞不好吃官司赔个几百万刀

【在 l********e 的大作中提到】

: 证据？

p*g2012-09-21 07:09

16 楼

同意，现在看来，要有一定的数量
再好的journal highlight，数量少了就很容易被斩
数目到了一定量，通过可能性大，但不是绝对,极品的IO总会找到理由
欲加之罪，何患无词

【在 c*****e 的大作中提到】

: 逻辑有点不对啊
: agree 你下面的话，不agree你的标题
: 你看每条标准都不是说你有就行，都需要丰满起来，io就承认了
: publication是不是运气，你一片文章当然io会找毛病，你好多文章，引用多多，都是
: 牛杂志，io也承认了
: review是不是运气，你几个review当然io找毛病，你几十个review，十几个journal,也
: 就好承认了
:
: your
: material

c*e2012-09-21 07:09

17 楼

楼上bcm的？碰到同行

c*e2012-09-21 07:09

18 楼

heihei
我打算出本书《在美杰出华人录》，给每个办绿卡的人写个传记
收多少钱合适呢

了。

【在 l******5 的大作中提到】

: 俺老大关于这条的底线是：如果真是关于本人的，如类似传记的东西，一个就够了。

l*e2012-09-21 07:09

19 楼

这个只要测到序列就可以肯定了
和定量准确度关系不大吧又不是说NGS可以定量2%的差异

2%

【在 b****r 的大作中提到】

: 这要去问那些教授们，我还是新手
: 反正我们实验室现在发临床诊断报告，比如说线粒体heteroplasmic mutation，哪怕2%
: 以下的low heteroplasmy的重复性都极好，这个是用realtime之类的技术很难做到的，
: 所以我们才敢报这么低的数字
: 临床报告的要求比科研应该是高多了，如果病人第二次送一样的标本，或者送到其他地
: 方重做，跟你的结果差别很大，搞不好吃官司赔个几百万刀

g*r2012-09-21 07:09

20 楼

已经有了类似的,如各种各样的Who is who。

【在 c*****e 的大作中提到】

: heihei
: 我打算出本书《在美杰出华人录》，给每个办绿卡的人写个传记
: 收多少钱合适呢
:
: 了。

a*g2012-09-21 07:09

21 楼

谢谢大虾们指教！

c*e2012-09-21 07:09

22 楼

who's who太短小了
谁敢用who's who的bio去claim媒体报道哈哈
要做就针对的 published materials about you regarding your work，最好把每个人
的petition letter直接改编成每个人的bio

【在 g******r 的大作中提到】

: 已经有了类似的,如各种各样的Who is who。

b*r2012-09-21 07:09

23 楼

当然就是说可以定量2%的差异

【在 l********e 的大作中提到】

: 这个只要测到序列就可以肯定了
: 和定量准确度关系不大吧又不是说NGS可以定量2%的差异
:
: 2%

g*r2012-09-21 07:09

24 楼

当然和运气很有关系。我在版上见过喏review有20多次也没有被承认，pubication超20
的也没有被承认。所以即使量过了临界值，就看有没有运气了

【在 c*****e 的大作中提到】

l*e2012-09-21 07:09

25 楼

委婉的说法:
... ... 你牛我败了
负责任的说法:
那是不可能的 NGS我常做

【在 b****r 的大作中提到】

: 当然就是说可以定量2%的差异

c*e2012-09-21 07:09

26 楼

跟运气有关跟赌运气还是差别挺大的：）

20

【在 g******r 的大作中提到】

: 当然和运气很有关系。我在版上见过喏review有20多次也没有被承认，pubication超20
: 的也没有被承认。所以即使量过了临界值，就看有没有运气了

b*r2012-09-21 07:09

27 楼

我真不牛，我说了我只是刚刚接触，只是教授们的说法
请教你，是说0%和2%不能稳定区分开吗
我们的coverage一般都有3万次，这个也是个因素吧

【在 l********e 的大作中提到】

: 委婉的说法:
: ... ... 你牛我败了
: 负责任的说法:
: 那是不可能的 NGS我常做

l*e2012-09-21 07:09

28 楼

看来是我没说清楚不好意思
0% 和 2%可以
100% 和 102% 不可以

【在 b****r 的大作中提到】

: 我真不牛，我说了我只是刚刚接触，只是教授们的说法
: 请教你，是说0%和2%不能稳定区分开吗
: 我们的coverage一般都有3万次，这个也是个因素吧

O*e2012-09-21 07:09

29 楼

我也比较好奇，2%感觉是有点低，不知道具体如何做到如此高的灵敏度

【在 b****r 的大作中提到】

: 我真不牛，我说了我只是刚刚接触，只是教授们的说法
: 请教你，是说0%和2%不能稳定区分开吗
: 我们的coverage一般都有3万次，这个也是个因素吧