有没有熟悉blast的大牛啊？ - 未名空间MITBBS历史存档

国际科技财经博客移民网络热点娱乐民生时事公众号

Redian新闻

>未名空间

>Biology - 生物学

有没有熟悉blast的大牛啊？

有没有熟悉blast的大牛啊？# Biology - 生物学

w*n2012-10-01 07:10

1 楼

一年前帮A杂志审过，我和另一位reviewer都不看好，编辑就给拒了
今天早上接受了杂志B的一个review邀请，杂志不错，就直接接受了
打开文章一看，就是以前帮A审过的
这种情况，我需要跟编辑说明吗？
如果我继续审，那肯定还是原来的意见，是不是对作者有点儿不公平？

J*12012-10-01 07:10

2 楼

移民局受到申请后，大概需要多久才能产生一个收据号码？申请人怎么知道这个号码？
信件，EMAIL还是短信？

C*U2012-10-01 07:10

3 楼

最近跑了几个例子，用的是blastn做nuc-nuc对比。发现一个很奇怪的现象。
如果我用word size 11跑和用default word size跑，两个的运行时间差距很大！word
size 11的那个2个小时都没做完，default的那个只要30分钟。
但是根据文档说明，blastn的default word size是11.
有没有哪个大牛可以解释一下？谢谢了！！

M*P2012-10-01 07:10

4 楼

看看有没有改进吧。另外杂志降了档次估计也可以降降标准呗？
我的文章就被同一个人毙过两次。

【在 w*****n 的大作中提到】

: 一年前帮A杂志审过，我和另一位reviewer都不看好，编辑就给拒了
: 今天早上接受了杂志B的一个review邀请，杂志不错，就直接接受了
: 打开文章一看，就是以前帮A审过的
: 这种情况，我需要跟编辑说明吗？
: 如果我继续审，那肯定还是原来的意见，是不是对作者有点儿不公平？

A*L2012-10-01 07:10

5 楼

CO ask

b*r2012-10-01 07:10

6 楼

结果是不是一样

z*82012-10-01 07:10

7 楼

听过几个牛牛都说过一样的话：这文章我据的次数太多，直接跟editor说，你要想发这
个还是找别人审吧。

【在 w*****n 的大作中提到】

a*a2012-10-01 07:10

8 楼

信件 7～10天。如果填了 email sms 通知的表格，1～2天吧。

【在 J***1 的大作中提到】

: 移民局受到申请后，大概需要多久才能产生一个收据号码？申请人怎么知道这个号码？
: 信件，EMAIL还是短信？

C*U2012-10-01 07:10

9 楼

没得比较。因为我第一次提交1小时，没跑完就被kill了。因为超时。后来提交提交2小
时任务，结果还是超时。所以现在不知道该提交几个小时就还没跑新的。所以只有
default的结果。

【在 b****r 的大作中提到】

: 结果是不是一样

j*n2012-10-01 07:10

10 楼

我们被恶心过一次
reviewer直接附上之前的peer review report 说着文章太差。。。
问题是我们根据他的comments 还是改了不少的

【在 M*P 的大作中提到】

: 看看有没有改进吧。另外杂志降了档次估计也可以降降标准呗？
: 我的文章就被同一个人毙过两次。

J*12012-10-01 07:10

11 楼

信件寄给律师还是申请人？

【在 a***a 的大作中提到】

: 信件 7～10天。如果填了 email sms 通知的表格，1～2天吧。

b*r2012-10-01 07:10

12 楼

blastn我常用啊，怎么会要这么久，一般5分钟了不起了

P*i2012-10-01 07:10

13 楼

还以为是我自己发的帖，上次碰到过这个情况，我给第一个杂志写了一页的COMMENT，
结果收到另外一个杂志的审稿邀请发现一个字都没改，连几个比较明显的指出来的单词
错误都没改。

【在 w*****n 的大作中提到】

a*a2012-10-01 07:10

14 楼

都有一份。

【在 J***1 的大作中提到】

: 信件寄给律师还是申请人？

C*U2012-10-01 07:10

15 楼

哦。。。
我的情况是这样的
我把BLAST装在我们学校的HPC上了，然后用自己的数据建立了数据库，然后我有数据和
这个数据库比较。

【在 b****r 的大作中提到】

: blastn我常用啊，怎么会要这么久，一般5分钟了不起了

n*s2012-10-01 07:10

16 楼

Nmd, 别装b，一是要看人家该进了没有。即使没有，也不一定就是你对
我以前就遇到一个中国reviewer，让我cite这cite那，一看这b就是在boost自己的垃圾
paper。回了不相干就没cite。谁知这b竟然reject。正好我老板认识editor，editor让
重头,一周后直接接受
真是天公做美，前后收到此人的两个稿子，我从写作再到算法，结果讨论，一一找茬再
据，知道现在还没看到这几篇发表了

【在 w*****n 的大作中提到】

J*12012-10-01 07:10

17 楼

谢谢你的耐心解答。

【在 a***a 的大作中提到】

: 都有一份。

g*t2012-10-01 07:10

18 楼

which version and which command are you using? by default, blastn might use
the megablast method, in which the word size is 28. please check the
document.

word

【在 C***U 的大作中提到】

: 最近跑了几个例子，用的是blastn做nuc-nuc对比。发现一个很奇怪的现象。
: 如果我用word size 11跑和用default word size跑，两个的运行时间差距很大！word
: size 11的那个2个小时都没做完，default的那个只要30分钟。
: 但是根据文档说明，blastn的default word size是11.
: 有没有哪个大牛可以解释一下？谢谢了！！

a*z2012-10-01 07:10

19 楼

对经常看到有人装b说什么自己连续据了同一个文章几次云云像自己多牛逼一样
这种情况怎么就不谦虚得想想是不是自己错了？如果是我我会和editor说明，然后给
一次revise看作者到底怎么回应

【在 n**s 的大作中提到】

: Nmd, 别装b，一是要看人家该进了没有。即使没有，也不一定就是你对
: 我以前就遇到一个中国reviewer，让我cite这cite那，一看这b就是在boost自己的垃圾
: paper。回了不相干就没cite。谁知这b竟然reject。正好我老板认识editor，editor让
: 重头,一周后直接接受
: 真是天公做美，前后收到此人的两个稿子，我从写作再到算法，结果讨论，一一找茬再
: 据，知道现在还没看到这几篇发表了

C*U2012-10-01 07:10

20 楼

I am using NCBI BLAST, here it is
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/
in the document, it says it takes 11 as default value for word size.
Thanks.

use

【在 g**********t 的大作中提到】

: which version and which command are you using? by default, blastn might use
: the megablast method, in which the word size is 28. please check the
: document.
:
: word

n*g2012-10-01 07:10

21 楼

您这就不专业了
发表文章就在于抛砖引玉，您还不如写篇文章来弥补他文章的不足，何不双赢？

【在 n**s 的大作中提到】

n*72012-10-01 07:10

22 楼

你没明白他问的什么
-W Word size, default if zero (blastn 11, megablast 28, all others 3) [
Integer]
default = 0
blastn 和 megablast 的default不一样

【在 C***U 的大作中提到】

: I am using NCBI BLAST, here it is
: http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/
: in the document, it says it takes 11 as default value for word size.
: Thanks.
:
: use

C*U2012-10-01 07:10

23 楼

我用的是blastn

【在 n******7 的大作中提到】

: 你没明白他问的什么
: -W Word size, default if zero (blastn 11, megablast 28, all others 3) [
: Integer]
: default = 0
: blastn 和 megablast 的default不一样

C*U2012-10-01 07:10

24 楼

我想我明白了他的问题，所以我才说我用的NCBI的版本，然后给了那个链接。
然后用的命令是blastn。

【在 n******7 的大作中提到】

: 你没明白他问的什么
: -W Word size, default if zero (blastn 11, megablast 28, all others 3) [
: Integer]
: default = 0
: blastn 和 megablast 的default不一样

g*32012-10-01 07:10

25 楼

3*10^9/(4^11)

g*t2012-10-01 07:10

26 楼

I am a little bit confused. you said you used the local blast but the link
is the online version. anyway the default nucleotide blast (online) is
optimized for highly similar sequences (megablast) . be sure you used the
correct setting.

【在 C***U 的大作中提到】

: I am using NCBI BLAST, here it is
: http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/
: in the document, it says it takes 11 as default value for word size.
: Thanks.
:
: use

C*U2012-10-01 07:10

27 楼

不好意思
我是从那个网页下载的
更细的链接是这个
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/
那个网页确实是网上的blast
是我没说清楚

【在 g**********t 的大作中提到】

: I am a little bit confused. you said you used the local blast but the link
: is the online version. anyway the default nucleotide blast (online) is
: optimized for highly similar sequences (megablast) . be sure you used the
: correct setting.

g*t2012-10-01 07:10

28 楼

I checked the help document of blastn (version 2.2.23+). there's a flag, -
task,and its default value is megablast. so by default you use megablast.
change it to blastn.

word

【在 C***U 的大作中提到】

C*U2012-10-01 07:10

29 楼

我用的命令是
blastn -query ***.fa -db *** -out ***.out -num_threads 200 -outfmt 'std' -
word_size 11
blastn -query ***.fa -db *** -out ***.out -num_threads 200 -outfmt 'std'
所以说他其实用的是megablast,那么他的default word_size是28 而不是document上的
blastn的default word_size是11.

【在 g**********t 的大作中提到】

: I checked the help document of blastn (version 2.2.23+). there's a flag, -
: task,and its default value is megablast. so by default you use megablast.
: change it to blastn.
:
: word

C*U2012-10-01 07:10

30 楼

恩
我在机器上看了一下blastn -help
确实是你说的那样
大牛太感谢你了。。。。我的老板问我咋回事我都没找出来原因
拜谢了！！！

【在 g**********t 的大作中提到】

: I checked the help document of blastn (version 2.2.23+). there's a flag, -
: task,and its default value is megablast. so by default you use megablast.
: change it to blastn.
:
: word