如何拿到人类和小鼠整个基因组的基因list# Biology - 生物学
h*u
1 楼
差前年的W2表找不到，怎么办？没有W2表是不是一定不能贷款？天哪！好不容易看上一
个房子，inspection也做了，居
然在节骨眼上出这种差错！
个房子，inspection也做了，居
然在节骨眼上出这种差错！
j*1
2 楼
《甄嬛传》相信很多人都看过这部剧，这部剧是孙俪，蔡少芬，蒋欣，陈建斌等演员联
袂出演的清宫戏。这部剧说的是后宫宫斗戏，不知道为什么这么火？除了大陆很火，港
台也很火。并且这部剧还火到了国外。这部剧和很多古装剧，清代的宫斗戏有什么区别
。这部剧好像当年的《还珠格格》，爆红程度都差不多。《甄嬛传》播出几年了还有很
多人看这部剧，有很多朋友喜欢看这部电视剧。我承认这部电视剧拍的很好，演员演技
好，场景很美，服装道具都不错。
不过这部只是一部宫斗剧而已，为什么这么火？
袂出演的清宫戏。这部剧说的是后宫宫斗戏，不知道为什么这么火？除了大陆很火，港
台也很火。并且这部剧还火到了国外。这部剧和很多古装剧，清代的宫斗戏有什么区别
。这部剧好像当年的《还珠格格》，爆红程度都差不多。《甄嬛传》播出几年了还有很
多人看这部剧，有很多朋友喜欢看这部电视剧。我承认这部电视剧拍的很好，演员演技
好，场景很美，服装道具都不错。
不过这部只是一部宫斗剧而已，为什么这么火？
y*i
3 楼
据爆料现在的苹果系统出问题了，说是系统里安插了监视跟踪插件，现实版的《黑镜》
要上演了。面对如此情况，你会怎么办？你还会用吗？
原来正用的好好的苹果电脑和手机，你会怎么处理，你可能说了，我能有啥秘密，我又
不是什么重要人物，只是小老百姓，监视我那是既浪费人力也浪费物力。
不过我想说的是，即便如此你就任由别人监视你了，虽说我们不是什么大人物，但是也
有隐私，你的隐私都成为别人的筹码时，你不感到愤怒吗？系统安插跟踪和插件，这件
事想想很可能，想想看用苹果产品的都是什么人，至少是白领吧，否则谁买得起。
如此说来一旦情况属实，那么监视的可是中国的精英啊，如果以此推论那么苹果手机越
来越贵是有目的的。怪不得越来越贵，这本身就是要锁定部分人群，不会管你是不是有
钱买的去。原本美国可能就是想这么做，先是锁定人群，然后再监视这部分人，只是他
们失算了，没想到中国的人比较好面子，即便自己穷的叮当响，也要打肿脸充胖子，非
要买苹果手机来标榜一下自己的身份。
这么以来苹果虽然越卖越贵，可不是有钱人想要的，失算了吧，伙计！
要上演了。面对如此情况，你会怎么办？你还会用吗？
原来正用的好好的苹果电脑和手机，你会怎么处理，你可能说了，我能有啥秘密，我又
不是什么重要人物，只是小老百姓，监视我那是既浪费人力也浪费物力。
不过我想说的是，即便如此你就任由别人监视你了，虽说我们不是什么大人物，但是也
有隐私，你的隐私都成为别人的筹码时，你不感到愤怒吗？系统安插跟踪和插件，这件
事想想很可能，想想看用苹果产品的都是什么人，至少是白领吧，否则谁买得起。
如此说来一旦情况属实，那么监视的可是中国的精英啊，如果以此推论那么苹果手机越
来越贵是有目的的。怪不得越来越贵，这本身就是要锁定部分人群，不会管你是不是有
钱买的去。原本美国可能就是想这么做，先是锁定人群，然后再监视这部分人，只是他
们失算了，没想到中国的人比较好面子，即便自己穷的叮当响，也要打肿脸充胖子，非
要买苹果手机来标榜一下自己的身份。
这么以来苹果虽然越卖越贵，可不是有钱人想要的，失算了吧，伙计！
r*i
4 楼
请问各位xdjm，如何拿到人类和小鼠整个基因组的基因list。
谢谢。
谢谢。
j*8
5 楼
Easy, ask pay office to reprint one for you. They have records
【在 h****u 的大作中提到】
: 差前年的W2表找不到，怎么办？没有W2表是不是一定不能贷款？天哪！好不容易看上一
: 个房子，inspection也做了，居
: 然在节骨眼上出这种差错！
【在 h****u 的大作中提到】
: 差前年的W2表找不到，怎么办？没有W2表是不是一定不能贷款？天哪！好不容易看上一
: 个房子，inspection也做了，居
: 然在节骨眼上出这种差错！
C*t
6 楼
不喜欢这部戏，试着看了几次都看不下去
f*h
7 楼
我有个script可以干这事，你给我个邮箱吧，我发给你，不是我写的，但我找不到下载
地址了
【在 r*****i 的大作中提到】
: 请问各位xdjm，如何拿到人类和小鼠整个基因组的基因list。
: 谢谢。
地址了
【在 r*****i 的大作中提到】
: 请问各位xdjm，如何拿到人类和小鼠整个基因组的基因list。
: 谢谢。
a*o
8 楼
tax return有吗?
【在 h****u 的大作中提到】
: 差前年的W2表找不到，怎么办？没有W2表是不是一定不能贷款？天哪！好不容易看上一
: 个房子，inspection也做了，居
: 然在节骨眼上出这种差错！
【在 h****u 的大作中提到】
: 差前年的W2表找不到，怎么办？没有W2表是不是一定不能贷款？天哪！好不容易看上一
: 个房子，inspection也做了，居
: 然在节骨眼上出这种差错！
f*h
9 楼
给你贴了吧，大家想用都可以
#!/usr/bin/perl -w
#############################################
#Author: Jiang Li
#email: r**********[email protected]
#Creat Time: Tue 23 Oct 2012 01:37:54 PM CDT
#Vanderbilt Center for Quantitative Sciences
#############################################
use strict;
use warnings;
=pod
=head1 SYNOPSIS
Given a genbank format file (.gb), parse its feature parts (mRNA feature to
get exon regions) to get information like transcript id, gene name, etc.,
and store the result in gtf format
=head1 USAGE
perl genbank2gtf_mRNA.pl input.gb chromosome >chromosome_mRNA.gtf
=head1 RESULTS
The output is a file named as chromosome_mRNA.gtf, in which chromosome is
given as the input parameter
=cut
#Script begin
#Convert a genbank file into a gtf format file (Only parse mRNA feature)
my $usage = "perl $0 GenBank.gb chromosome >chromosome.gtf n";
die $usage unless (@ARGV==2);
genbank2gtf($ARGV[0],$ARGV[1]);
sub genbank2gtf{
my ($in,$chr) = @_;
print $in," ",$chr,"n";
open(IN,$in) or die "The genbank annotation is not exists n";
my $feature="";
my $flag=0;
#Getting feature lines
while(){
if(/^FEATURES/){
$flag=1;
next;
}
last if(/^ORIGIN/); #The following lines display the sequences
$feature.=$_ if ($flag);
}
close IN;
#Begin parse the $feature;
#print $feature;
my @features;
while($feature=~/^ {5}S.*n(^ {21}S.*n)*/gm){
push @features,$&;
# print $&,"hahan";
# print $feature,"wawan";
}
#Loop each feature and only parse those mRNA features to get the exon
region, together with other
#information like gene name, transcript id, etc.
foreach my $f (@features){
if($f=~/^ {5}(S+).*n(^ {21}S.*n)*/){
#Only feature is mRNA
if($1 ne "source"){
# information need to be fetched
my ($gene_id,$transcript_id,$gene_name,$transcript_name);
my $strand="+";
$strand="-" if($f=~/complement(/);
#transcript_id and transcript_name share the same name
if($f=~//transcript_id="(.*?)"/){
$transcript_id=$1;
$transcript_name=$1;
}
#gene id
if($f=~//db_xref="GeneID:(d+)"n/){
$gene_id=$1;
}
#gene name
if($f=~//gene="(.*?)"/){
$gene_name=$1;
}
=head1 EXON REGION PARSE
=head2 CODE
if($f=~/(complement()?(join()?(d+[d.n,> ]+d)())?/){
my $tmp=$3;
$tmp=~s/s|n|>//g;
my @array = split ",",$tmp;
my @start;
my @end;
foreach my $s(@array){
if($s=~/(d+)..(d+)/){
push @start,$1;
push @end,$2;
}else{
push @start,$s;
push @end,$s+1;
}
}
if($strand eq "-"){
@start=reverse @start;
@end=reverse @end;
}
}
=head2 EXAMPLE
mRNA complement(join(102429..103045,104811..104942,
105561..105643,105732..105835,105910..106035))
/gene="CCDC115"
/product="coiled-coil domain containing 115"
/note="Derived by automated computational analysis
using
gene prediction method: GNOMON. Supporting evidence
includes similarity to: 4 ESTs, 1 Protein"
/transcript_id="XM_003980242.1"
/db_xref="GI:410947098"
/db_xref="GeneID:101080349"
=cut
#Parse exons
if($f=~/(complement()?(join()?(d+[d.n,> ]+d)())?/){
my $tmp=$3;
$tmp=~s/s|n|>//g;
my @array = split ",",$tmp;
my @start;
my @end;
foreach my $s(@array){
if($s=~/(d+)..(d+)/){
push @start,$1;
push @end,$2;
}else{
push @start,$s;
push @end,$s+1;
}
}
if($strand eq "-"){
@start=reverse @start;
@end=reverse @end;
}
#if($gene_name eq "ITK"){print STDERR $tmp,"n";print
STDERR join "n",@array;};
for(my $i=0;$imy $j=$i+1;
my $group="gene_id "$gene_id"; transcript_id "$
transcript_id"; exon_number "$j"; gene_name "$gene_name"; transcript_name "$
transcript_name";n";
print join "t",($chr,"protein_coding","exon",$start[
$i],$end[$i],
".",$strand,".",$group);
}
}
}
}
}
}
【在 r*****i 的大作中提到】
: 请问各位xdjm，如何拿到人类和小鼠整个基因组的基因list。
: 谢谢。
#!/usr/bin/perl -w
#############################################
#Author: Jiang Li
#email: r**********[email protected]
#Creat Time: Tue 23 Oct 2012 01:37:54 PM CDT
#Vanderbilt Center for Quantitative Sciences
#############################################
use strict;
use warnings;
=pod
=head1 SYNOPSIS
Given a genbank format file (.gb), parse its feature parts (mRNA feature to
get exon regions) to get information like transcript id, gene name, etc.,
and store the result in gtf format
=head1 USAGE
perl genbank2gtf_mRNA.pl input.gb chromosome >chromosome_mRNA.gtf
=head1 RESULTS
The output is a file named as chromosome_mRNA.gtf, in which chromosome is
given as the input parameter
=cut
#Script begin
#Convert a genbank file into a gtf format file (Only parse mRNA feature)
my $usage = "perl $0 GenBank.gb chromosome >chromosome.gtf n";
die $usage unless (@ARGV==2);
genbank2gtf($ARGV[0],$ARGV[1]);
sub genbank2gtf{
my ($in,$chr) = @_;
print $in," ",$chr,"n";
open(IN,$in) or die "The genbank annotation is not exists n";
my $feature="";
my $flag=0;
#Getting feature lines
while(
if(/^FEATURES/){
$flag=1;
next;
}
last if(/^ORIGIN/); #The following lines display the sequences
$feature.=$_ if ($flag);
}
close IN;
#Begin parse the $feature;
#print $feature;
my @features;
while($feature=~/^ {5}S.*n(^ {21}S.*n)*/gm){
push @features,$&;
# print $&,"hahan";
# print $feature,"wawan";
}
#Loop each feature and only parse those mRNA features to get the exon
region, together with other
#information like gene name, transcript id, etc.
foreach my $f (@features){
if($f=~/^ {5}(S+).*n(^ {21}S.*n)*/){
#Only feature is mRNA
if($1 ne "source"){
# information need to be fetched
my ($gene_id,$transcript_id,$gene_name,$transcript_name);
my $strand="+";
$strand="-" if($f=~/complement(/);
#transcript_id and transcript_name share the same name
if($f=~//transcript_id="(.*?)"/){
$transcript_id=$1;
$transcript_name=$1;
}
#gene id
if($f=~//db_xref="GeneID:(d+)"n/){
$gene_id=$1;
}
#gene name
if($f=~//gene="(.*?)"/){
$gene_name=$1;
}
=head1 EXON REGION PARSE
=head2 CODE
if($f=~/(complement()?(join()?(d+[d.n,> ]+d)())?/){
my $tmp=$3;
$tmp=~s/s|n|>//g;
my @array = split ",",$tmp;
my @start;
my @end;
foreach my $s(@array){
if($s=~/(d+)..(d+)/){
push @start,$1;
push @end,$2;
}else{
push @start,$s;
push @end,$s+1;
}
}
if($strand eq "-"){
@start=reverse @start;
@end=reverse @end;
}
}
=head2 EXAMPLE
mRNA complement(join(102429..103045,104811..104942,
105561..105643,105732..105835,105910..106035))
/gene="CCDC115"
/product="coiled-coil domain containing 115"
/note="Derived by automated computational analysis
using
gene prediction method: GNOMON. Supporting evidence
includes similarity to: 4 ESTs, 1 Protein"
/transcript_id="XM_003980242.1"
/db_xref="GI:410947098"
/db_xref="GeneID:101080349"
=cut
#Parse exons
if($f=~/(complement()?(join()?(d+[d.n,> ]+d)())?/){
my $tmp=$3;
$tmp=~s/s|n|>//g;
my @array = split ",",$tmp;
my @start;
my @end;
foreach my $s(@array){
if($s=~/(d+)..(d+)/){
push @start,$1;
push @end,$2;
}else{
push @start,$s;
push @end,$s+1;
}
}
if($strand eq "-"){
@start=reverse @start;
@end=reverse @end;
}
#if($gene_name eq "ITK"){print STDERR $tmp,"n";print
STDERR join "n",@array;};
for(my $i=0;$imy $j=$i+1;
my $group="gene_id "$gene_id"; transcript_id "$
transcript_id"; exon_number "$j"; gene_name "$gene_name"; transcript_name "$
transcript_name";n";
print join "t",($chr,"protein_coding","exon",$start[
$i],$end[$i],
".",$strand,".",$group);
}
}
}
}
}
}
【在 r*****i 的大作中提到】
: 请问各位xdjm，如何拿到人类和小鼠整个基因组的基因list。
: 谢谢。
d*n
10 楼
没关系的，反正我们可以帮客人向IRS request W2。不是什么大事，问一下你的broker。
r*i
11 楼
谢谢，
好人一生平安
【在 f*****h 的大作中提到】
: 给你贴了吧，大家想用都可以
: #!/usr/bin/perl -w
: #############################################
: #Author: Jiang Li
: #email: r**********[email protected]
: #Creat Time: Tue 23 Oct 2012 01:37:54 PM CDT
: #Vanderbilt Center for Quantitative Sciences
: #############################################
: use strict;
: use warnings;
好人一生平安
【在 f*****h 的大作中提到】
: 给你贴了吧，大家想用都可以
: #!/usr/bin/perl -w
: #############################################
: #Author: Jiang Li
: #email: r**********[email protected]
: #Creat Time: Tue 23 Oct 2012 01:37:54 PM CDT
: #Vanderbilt Center for Quantitative Sciences
: #############################################
: use strict;
: use warnings;
s*n
12 楼
我的loan agent说一年就行！
d*7
13 楼
use ucsc table browser
【在 r*****i 的大作中提到】
: 请问各位xdjm，如何拿到人类和小鼠整个基因组的基因list。
: 谢谢。
【在 r*****i 的大作中提到】
: 请问各位xdjm，如何拿到人类和小鼠整个基因组的基因list。
: 谢谢。
w*i
14 楼
我们当时也没有要前年的W2。就是要了一年的。
X*n
15 楼
bioconductor packages:
org.Hs.eg.db
org.Mm.eg.db
org.Hs.eg.db
org.Mm.eg.db
l*o
16 楼
找当时单位的payroll, 他们可以直接email给你的。
【在 h****u 的大作中提到】
: 差前年的W2表找不到，怎么办？没有W2表是不是一定不能贷款？天哪！好不容易看上一
: 个房子，inspection也做了，居
: 然在节骨眼上出这种差错！
【在 h****u 的大作中提到】
: 差前年的W2表找不到，怎么办？没有W2表是不是一定不能贷款？天哪！好不容易看上一
: 个房子，inspection也做了，居
: 然在节骨眼上出这种差错！
r*i
17 楼
谢谢各位
b*d
18 楼
给HR打个电话就搞定了.
【在 h****u 的大作中提到】
: 差前年的W2表找不到，怎么办？没有W2表是不是一定不能贷款？天哪！好不容易看上一
: 个房子，inspection也做了，居
: 然在节骨眼上出这种差错！
【在 h****u 的大作中提到】
: 差前年的W2表找不到，怎么办？没有W2表是不是一定不能贷款？天哪！好不容易看上一
: 个房子，inspection也做了，居
: 然在节骨眼上出这种差错！
y*n
19 楼
MARK,3x
y*n
20 楼
能解释下这句什么意思？
if($f=~/(complement()?(join()?(d+[d.n,> ]+d)())?/){
Perl编译报错：
Unmatched ( in regex; marked by )?(d+[d.n,> ]+d)())?/ at genbank2gtf.pl line 135.
if($f=~/(complement()?(join()?(d+[d.n,> ]+d)())?/){
Perl编译报错：
Unmatched ( in regex; marked by )?(d+[d.n,> ]+d)())?/ at genbank2gtf.pl line 135.
f*h
21 楼
话说我原来的Script可以用，肯定是由于mitbbs每行只能显示若干字符，把原来script
truncate了。。。 我刚找到原网址
https://sites.google.com/site/riverlee2008/post/
asetofscriptstogetannotationingtffromncbigenbankfiles
join(
【在 y****n 的大作中提到】
: 能解释下这句什么意思？
: if($f=~/(complement()?(join()?(d+[d.n,> ]+d)())?/){
: Perl编译报错：
: Unmatched ( in regex; marked by : )?(d+[d.n,> ]+d)())?/ at genbank2gtf.pl line 135.
truncate了。。。 我刚找到原网址
https://sites.google.com/site/riverlee2008/post/
asetofscriptstogetannotationingtffromncbigenbankfiles
join(
【在 y****n 的大作中提到】
: 能解释下这句什么意思？
: if($f=~/(complement()?(join()?(d+[d.n,> ]+d)())?/){
: Perl编译报错：
: Unmatched ( in regex; marked by : )?(d+[d.n,> ]+d)())?/ at genbank2gtf.pl line 135.
f*h
22 楼
话说我原来的Script可以用，由于mitbbs每行只能显示若干字符，原来script被
truncate了。。。 我刚找到原网址
https://sites.google.com/site/riverlee2008/post/
asetofscriptstogetannotationingtffromncbigenbankfiles
【在 r*****i 的大作中提到】
: 请问各位xdjm，如何拿到人类和小鼠整个基因组的基因list。
: 谢谢。
truncate了。。。 我刚找到原网址
https://sites.google.com/site/riverlee2008/post/
asetofscriptstogetannotationingtffromncbigenbankfiles
【在 r*****i 的大作中提到】
: 请问各位xdjm，如何拿到人类和小鼠整个基因组的基因list。
: 谢谢。
相关阅读
求一篇paper, 有点急。生物信息，微生物，生物技术等有偿求审稿南三番某生物公司招人面对明目张胆作假的老板，该怎么办？颜教授应该不会再海归了颜宁走了，表明一公有麻烦请推荐一下合成生物学的资料急！！访学1年因自费压力大且不是同一个领域，每天很郁闷，想换实验室，求内推微生物，生物信息，生物技术，分子生物学。Nature communications上的文章够烂数学与生物专业学好了各有利弊 (转载)bioinformatics招聘主要看啥呢？Postdoctoral positions in Cancer Biology at Roswell Park Cancer Institute版上有制造电镜的吗？NIH这个21点policy九月开始实施 (转载)国内不给颜宁科研经费是对的用浙大范衡宇为例，说一个因为贪婪而毁了大好前途的事 (转载)求同胞们提供内推微生物，生物信息，生物技术等方向施一公在美国有没有place 人啊？求文献一篇，急用！谢谢！是wiley的！科研界未来归海或部分归海应该是常态