l*e
2 楼
想比较两样品表达谱的相似性，如何作出x-y轴散点图，>log2的红色，中间的灰色。对matlab不懂，stanford 的SAM怎么用不了？
多谢！
多谢！
f*l
3 楼
中国人民很行。
20秒。
【在 z****n 的大作中提到】
: 一张暴雷人的假钞。我眼拙，看了5分钟才看出问题。您看出来没？说说，用了多久？
20秒。
【在 z****n 的大作中提到】
: 一张暴雷人的假钞。我眼拙，看了5分钟才看出问题。您看出来没？说说，用了多久？
l*e
4 楼
R是不是也可以做到？有高人贴个程序或者样本么，多谢
z*n
5 楼
你很行！！
我就没看出来
【在 f*******l 的大作中提到】
: 中国人民很行。
: 20秒。
我就没看出来
【在 f*******l 的大作中提到】
: 中国人民很行。
: 20秒。
l*1
6 楼
pls refer
> posted on FRIDAY, JULY 6, 2012
Fix Overplotting with Colored Contour Lines
I saw this plot in the supplement of a recent paper comparing microarray
results to RNA-seq results. Nothing earth-shattering in the paper - you've
probably seen a similar comparison many times before - but I liked how they
solved the overplotting problem using heat-colored contour lines to indicate
density. I asked how to reproduce this figure using R on Stack Exchange,
and my question was quickly answered by Christophe Lalanne.
Here's the R code to generate the data and all the figures here.
# Generate some data
library(MASS)
set.seed(101)
n X # A color palette from blue to yellow to red
library(RColorBrewer)
k my.cols ## compute 2D kernel density, see MASS book, pp. 130-131
z # Make the base plot
plot(X, xlab="X label", ylab="Y label", pch=19, cex=.4)
# Draw the colored contour lines
contour(z, drawlabels=FALSE, nlevels=k, col=my.cols, add=TRUE, lwd=2)
# Add lines for the mean of X and Y
abline(h=mean(X[,2]), v=mean(X[,1]), col="gray", lwd=1.5)
# Add the correlation coefficient to the top left corner
legend("topleft", paste("R=", round(cor(X)[1,2],3)), bty="n")
## Other methods to fix overplotting
# Make points smaller - use a single pixel as the plotting charachter
plot(X, pch=".")
# Hexbinning
library(hexbin)
plot(hexbin(X[,1], X[,2]))
# Make points semi-transparent
library(ggplot2)
qplot(X[,1], X[,2], alpha=I(.1))
# The smoothScatter function (graphics package)
smoothScatter(X)
*****
cited
from
http://gettinggeneticsdone.blogspot.co.uk/2012/07/fix-overplott
ps: original hint was from one former mitbbs post
同主题阅读：R: how to convert a scatter plot to a contour color plot?
[版面:统计][首篇作者：StatsGuy] , 2011年03月31日15:17
http://www.mitbbs.com/article_t/Statistics/31271563.html
【在 l******e 的大作中提到】
: R是不是也可以做到？有高人贴个程序或者样本么，多谢
> posted on FRIDAY, JULY 6, 2012
Fix Overplotting with Colored Contour Lines
I saw this plot in the supplement of a recent paper comparing microarray
results to RNA-seq results. Nothing earth-shattering in the paper - you've
probably seen a similar comparison many times before - but I liked how they
solved the overplotting problem using heat-colored contour lines to indicate
density. I asked how to reproduce this figure using R on Stack Exchange,
and my question was quickly answered by Christophe Lalanne.
Here's the R code to generate the data and all the figures here.
# Generate some data
library(MASS)
set.seed(101)
n X # A color palette from blue to yellow to red
library(RColorBrewer)
k my.cols ## compute 2D kernel density, see MASS book, pp. 130-131
z # Make the base plot
plot(X, xlab="X label", ylab="Y label", pch=19, cex=.4)
# Draw the colored contour lines
contour(z, drawlabels=FALSE, nlevels=k, col=my.cols, add=TRUE, lwd=2)
# Add lines for the mean of X and Y
abline(h=mean(X[,2]), v=mean(X[,1]), col="gray", lwd=1.5)
# Add the correlation coefficient to the top left corner
legend("topleft", paste("R=", round(cor(X)[1,2],3)), bty="n")
## Other methods to fix overplotting
# Make points smaller - use a single pixel as the plotting charachter
plot(X, pch=".")
# Hexbinning
library(hexbin)
plot(hexbin(X[,1], X[,2]))
# Make points semi-transparent
library(ggplot2)
qplot(X[,1], X[,2], alpha=I(.1))
# The smoothScatter function (graphics package)
smoothScatter(X)
*****
cited
from
http://gettinggeneticsdone.blogspot.co.uk/2012/07/fix-overplott
ps: original hint was from one former mitbbs post
同主题阅读：R: how to convert a scatter plot to a contour color plot?
[版面:统计][首篇作者：StatsGuy] , 2011年03月31日15:17
http://www.mitbbs.com/article_t/Statistics/31271563.html
【在 l******e 的大作中提到】
: R是不是也可以做到？有高人贴个程序或者样本么，多谢
f*l
7 楼
因为这是一个老笑话里面的包袱，所以特别留意了。
btw, 你不是看出来了吗？
【在 z****n 的大作中提到】
: 你很行！！
: 我就没看出来
btw, 你不是看出来了吗？
【在 z****n 的大作中提到】
: 你很行！！
: 我就没看出来
l*u
8 楼
看别人说了我才知道
【在 f*******l 的大作中提到】
: 因为这是一个老笑话里面的包袱，所以特别留意了。
: btw, 你不是看出来了吗？
【在 f*******l 的大作中提到】
: 因为这是一个老笑话里面的包袱，所以特别留意了。
: btw, 你不是看出来了吗？
t*g
9 楼
5秒钟
【在 z****n 的大作中提到】
: 一张暴雷人的假钞。我眼拙，看了5分钟才看出问题。您看出来没？说说，用了多久？
【在 z****n 的大作中提到】
: 一张暴雷人的假钞。我眼拙，看了5分钟才看出问题。您看出来没？说说，用了多久？
l*u
10 楼
我太笨了
【在 t****g 的大作中提到】
: 5秒钟
【在 t****g 的大作中提到】
: 5秒钟
r*e
11 楼
两秒,很行啊
【在 z****n 的大作中提到】
: 一张暴雷人的假钞。我眼拙，看了5分钟才看出问题。您看出来没？说说，用了多久？
【在 z****n 的大作中提到】
: 一张暴雷人的假钞。我眼拙，看了5分钟才看出问题。您看出来没？说说，用了多久？
wy
12 楼
我再看１年也没戏。就没见过这么大额的钞票
【在 z****n 的大作中提到】
: 一张暴雷人的假钞。我眼拙，看了5分钟才看出问题。您看出来没？说说，用了多久？
【在 z****n 的大作中提到】
: 一张暴雷人的假钞。我眼拙，看了5分钟才看出问题。您看出来没？说说，用了多久？
v*y
13 楼
毛泽东。。。生卒年 。。。
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