预测的miRNA target protein，处理之后发现蛋白不下降，反而明显增加了# Biology - 生物学
c*v
1 楼
Have fun with your family in six flags!
http://forums.slickdeals.net/showthread.php?sduid=119623&t=1464647
http://forums.slickdeals.net/showthread.php?sduid=119623&t=1464647
m*n
2 楼
预测的miRNA target protein，处理之后发现蛋白不下降，反而明显增加了
有啥可能性？
第一次做，miRNA 终浓度用到了20nM
有啥可能性？
第一次做，miRNA 终浓度用到了20nM
n*r
3 楼
不错，下周去玩
【在 c*v 的大作中提到】
: Have fun with your family in six flags!
: http://forums.slickdeals.net/showthread.php?sduid=119623&t=1464647
【在 c*v 的大作中提到】
: Have fun with your family in six flags!
: http://forums.slickdeals.net/showthread.php?sduid=119623&t=1464647
R*n
4 楼
Very normal, hehe
m*n
5 楼
啊，very normal
请说些潜在可能吧，看3UTR target site 还挺保守的
结果意料之外，提高了估计2-3倍。。。
太意外了
【在 R****n 的大作中提到】
: Very normal, hehe
请说些潜在可能吧，看3UTR target site 还挺保守的
结果意料之外，提高了估计2-3倍。。。
太意外了
【在 R****n 的大作中提到】
: Very normal, hehe
R*n
6 楼
computation can't predict everything. you are expecting 80-90% wrong pairs
from the pure computation approach.
from the pure computation approach.
m*n
7 楼
这个理解，所以还从功能上看看两者功能是不是相反才选的
结果令人意外
开始还在想offtaget，或者其他蛋白的影响
不知道这个浓度是不是太高了
记得版上有人用siRNA也遇到相同的问题，虽然siRNA和miRNA机制不一样
【在 R****n 的大作中提到】
: computation can't predict everything. you are expecting 80-90% wrong pairs
: from the pure computation approach.
结果令人意外
开始还在想offtaget，或者其他蛋白的影响
不知道这个浓度是不是太高了
记得版上有人用siRNA也遇到相同的问题，虽然siRNA和miRNA机制不一样
【在 R****n 的大作中提到】
: computation can't predict everything. you are expecting 80-90% wrong pairs
: from the pure computation approach.
c*b
8 楼
miRNA增强translation是已经报道过的吧
【在 m*******n 的大作中提到】
: 预测的miRNA target protein，处理之后发现蛋白不下降，反而明显增加了
: 有啥可能性？
: 第一次做，miRNA 终浓度用到了20nM
【在 m*******n 的大作中提到】
: 预测的miRNA target protein，处理之后发现蛋白不下降，反而明显增加了
: 有啥可能性？
: 第一次做，miRNA 终浓度用到了20nM
m*n
9 楼
还有这个说法？
能不能给个文献链接，多谢啊
这次增强还挺明显的
重复一下，要是真有这种说法
继续往下做过luciferase report看看是不是这样的
【在 c********b 的大作中提到】
: miRNA增强translation是已经报道过的吧
能不能给个文献链接，多谢啊
这次增强还挺明显的
重复一下，要是真有这种说法
继续往下做过luciferase report看看是不是这样的
【在 c********b 的大作中提到】
: miRNA增强translation是已经报道过的吧
m*n
10 楼
要是真是miRNA增强translation的
一定上来发包子
一定上来发包子
c*b
11 楼
不要太多。最早好像是一个08年的nature，找不到了。你自己在下面几个里面的ref里
面找。
http://www.nature.com/srep/2012/121113/srep00842/full/srep00842
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18498749
http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.p
http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.p
【在 m*******n 的大作中提到】
: 还有这个说法？
: 能不能给个文献链接，多谢啊
: 这次增强还挺明显的
: 重复一下，要是真有这种说法
: 继续往下做过luciferase report看看是不是这样的
面找。
http://www.nature.com/srep/2012/121113/srep00842/full/srep00842
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18498749
http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.p
http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.p
【在 m*******n 的大作中提到】
: 还有这个说法？
: 能不能给个文献链接，多谢啊
: 这次增强还挺明显的
: 重复一下，要是真有这种说法
: 继续往下做过luciferase report看看是不是这样的
m*n
12 楼
5’UTR的确找到报道的了
Mol Cell. 2008 May 23;30(4):460-71. doi: 10.1016/j.molcel.2008.05.001.
MicroRNA-10a binds the 5'UTR of ribosomal protein mRNAs and enhances their
translation
不知道有没有binding在3’UTR的报道
多谢啦
【在 c********b 的大作中提到】
: miRNA增强translation是已经报道过的吧
Mol Cell. 2008 May 23;30(4):460-71. doi: 10.1016/j.molcel.2008.05.001.
MicroRNA-10a binds the 5'UTR of ribosomal protein mRNAs and enhances their
translation
不知道有没有binding在3’UTR的报道
多谢啦
【在 c********b 的大作中提到】
: miRNA增强translation是已经报道过的吧
m*n
13 楼
有意思，谢谢啊
双黄包先奉上
等实验证实，在继续包子
【在 c********b 的大作中提到】
: 不要太多。最早好像是一个08年的nature，找不到了。你自己在下面几个里面的ref里
: 面找。
: http://www.nature.com/srep/2012/121113/srep00842/full/srep00842
: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18498749
: http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.p
: http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.p
双黄包先奉上
等实验证实，在继续包子
【在 c********b 的大作中提到】
: 不要太多。最早好像是一个08年的nature，找不到了。你自己在下面几个里面的ref里
: 面找。
: http://www.nature.com/srep/2012/121113/srep00842/full/srep00842
: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18498749
: http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.p
: http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.p
c*A
14 楼
基本上都是扯淡。。。
【在 c********b 的大作中提到】
: 不要太多。最早好像是一个08年的nature，找不到了。你自己在下面几个里面的ref里
: 面找。
: http://www.nature.com/srep/2012/121113/srep00842/full/srep00842
: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18498749
: http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.p
: http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.p
【在 c********b 的大作中提到】
: 不要太多。最早好像是一个08年的nature，找不到了。你自己在下面几个里面的ref里
: 面找。
: http://www.nature.com/srep/2012/121113/srep00842/full/srep00842
: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18498749
: http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.p
: http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.p
c*b
15 楼
第一篇是这个： http://www.sciencemag.org/content/318/5858/1931.abstract
在这之前有人就在会议上报告了，圈内大佬也是和你一样的态度：没有mechanism就是
扯淡，知道这位大牛，诺奖得主夫人发了文，才有后面的文章出来。
come on，science本身就不能证明只能证伪，这是一个思路，没有证伪前说不定有用呢？
【在 c**A 的大作中提到】
: 基本上都是扯淡。。。
在这之前有人就在会议上报告了，圈内大佬也是和你一样的态度：没有mechanism就是
扯淡，知道这位大牛，诺奖得主夫人发了文，才有后面的文章出来。
come on，science本身就不能证明只能证伪，这是一个思路，没有证伪前说不定有用呢？
【在 c**A 的大作中提到】
: 基本上都是扯淡。。。
u*1
16 楼
predicted miRNA target实在是太多的false positive了；TF binding也是一样
而且我记得在好几年前miRNA bind 3'UTR to suppress mRNA expression的经典theory
就被颠覆了，miRNA可以bind到5‘UTR，CDS，intron，intergenic等等，可以increase
可以decrease表达量，这种研究应该太多了吧
现在都没人单纯做miRNA了吧？都是做lincRNA，或者miRNA和TF搅合到一起的复杂机制
。。。
【在 m*******n 的大作中提到】
: 预测的miRNA target protein，处理之后发现蛋白不下降，反而明显增加了
: 有啥可能性？
: 第一次做，miRNA 终浓度用到了20nM
而且我记得在好几年前miRNA bind 3'UTR to suppress mRNA expression的经典theory
就被颠覆了，miRNA可以bind到5‘UTR，CDS，intron，intergenic等等，可以increase
可以decrease表达量，这种研究应该太多了吧
现在都没人单纯做miRNA了吧？都是做lincRNA，或者miRNA和TF搅合到一起的复杂机制
。。。
【在 m*******n 的大作中提到】
: 预测的miRNA target protein，处理之后发现蛋白不下降，反而明显增加了
: 有啥可能性？
: 第一次做，miRNA 终浓度用到了20nM
m*n
17 楼
估计纯miR是挺少的
当然要结合其他的，不然是有点小儿科了
theory
increase
【在 u*********1 的大作中提到】
: predicted miRNA target实在是太多的false positive了；TF binding也是一样
: 而且我记得在好几年前miRNA bind 3'UTR to suppress mRNA expression的经典theory
: 就被颠覆了，miRNA可以bind到5‘UTR，CDS，intron，intergenic等等，可以increase
: 可以decrease表达量，这种研究应该太多了吧
: 现在都没人单纯做miRNA了吧？都是做lincRNA，或者miRNA和TF搅合到一起的复杂机制
: 。。。
当然要结合其他的，不然是有点小儿科了
theory
increase
【在 u*********1 的大作中提到】
: predicted miRNA target实在是太多的false positive了；TF binding也是一样
: 而且我记得在好几年前miRNA bind 3'UTR to suppress mRNA expression的经典theory
: 就被颠覆了，miRNA可以bind到5‘UTR，CDS，intron，intergenic等等，可以increase
: 可以decrease表达量，这种研究应该太多了吧
: 现在都没人单纯做miRNA了吧？都是做lincRNA，或者miRNA和TF搅合到一起的复杂机制
: 。。。
l*1
18 楼
RE LZ
Did you note that some organism, anti-sense RNA likes RNAi can assist target
protein trans-splicing.
if not , pls go to one
2011 PhD dissertation of Université de Montréal
by Yan YF
pdf web link:
HTTPS double dot //papyrus.bib.umontreal.ca/xmlui/bitstream/handle/1866/5423
/Yan_Yifei_2011_memoire.pdf?sequence=5
its pp24:
>Does anti-sense mRNA assist trans-splicing?
A mechanism was recently identified in the ciliate Oxytricha trifallax
where larger RNA molecules are used as templates to direct the assembly
process of genomic DNA sequences [63]. Such long RNA template could also be
present
in D. papillatum but to direct the assembly of RNA modules. Alternatively,
Diplonema trans-splicing may be directed by small guide RNA (gRNA) in a way
similar to
mitochondrial RNA editing in kinetoplastids.
or
PMID 18046331
Nature, 451: 153-158. (2008)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18046331
Did you note that some organism, anti-sense RNA likes RNAi can assist target
protein trans-splicing.
if not , pls go to one
2011 PhD dissertation of Université de Montréal
by Yan YF
pdf web link:
HTTPS double dot //papyrus.bib.umontreal.ca/xmlui/bitstream/handle/1866/5423
/Yan_Yifei_2011_memoire.pdf?sequence=5
its pp24:
>Does anti-sense mRNA assist trans-splicing?
A mechanism was recently identified in the ciliate Oxytricha trifallax
where larger RNA molecules are used as templates to direct the assembly
process of genomic DNA sequences [63]. Such long RNA template could also be
present
in D. papillatum but to direct the assembly of RNA modules. Alternatively,
Diplonema trans-splicing may be directed by small guide RNA (gRNA) in a way
similar to
mitochondrial RNA editing in kinetoplastids.
or
PMID 18046331
Nature, 451: 153-158. (2008)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18046331
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