两个蛋白相互作用dependent on DNA?# Biology - 生物学
E*e
1 楼
家里有小树， 种在pot里边，想用复合肥让其长高长大。 该用是么复合肥？就像
nursery买来的果树，总看见一些小颗粒，估计就是复合肥。
谢谢。
nursery买来的果树，总看见一些小颗粒，估计就是复合肥。
谢谢。
r*e
2 楼
哪个更吸引？！
p*c
3 楼
求救：
我手里的课题，现已证明两个蛋白interaction is dependent on DNA?
是不是这个课题就死了？
是不是就没有必要往下做了？
非常感谢！！！
我手里的课题，现已证明两个蛋白interaction is dependent on DNA?
是不是这个课题就死了？
是不是就没有必要往下做了？
非常感谢！！！
c*p
4 楼
我常用的是这种，smart release， 比较安全，不会烧根， hd lowes都有卖
http://www.amazon.com/Osmocote-273260-Outdoor-Smart-Release-3-P
http://www.amazon.com/Osmocote-273260-Outdoor-Smart-Release-3-P
a*s
5 楼
nestea !!!
【在 r*********e 的大作中提到】
: 哪个更吸引？！
【在 r*********e 的大作中提到】
: 哪个更吸引？！
r*y
6 楼
Interestingly. Depending on how they interaction relies on DNA.
BTw, how did you get this conclusion? they did not have any physical
association in pulldown assay?
BTw, how did you get this conclusion? they did not have any physical
association in pulldown assay?
k*e
7 楼
我都不知道啥是复合肥-。-
都是用那种10-10-10的，难怪我家植物都长得不怎么地。。
【在 E**********e 的大作中提到】
: 家里有小树， 种在pot里边，想用复合肥让其长高长大。 该用是么复合肥？就像
: nursery买来的果树，总看见一些小颗粒，估计就是复合肥。
: 谢谢。
都是用那种10-10-10的，难怪我家植物都长得不怎么地。。
【在 E**********e 的大作中提到】
: 家里有小树， 种在pot里边，想用复合肥让其长高长大。 该用是么复合肥？就像
: nursery买来的果树，总看见一些小颗粒，估计就是复合肥。
: 谢谢。
l*u
8 楼
左
【在 r*********e 的大作中提到】
: 哪个更吸引？！
【在 r*********e 的大作中提到】
: 哪个更吸引？！
p*c
9 楼
谢谢你的回复，有physical interaction in IP, 但是在cell lysates 中加了DNase后
， interaction就很弱了，基本上就没有了。
能看到功能上相关的地方。不知道下一步该往哪儿走了？迷茫的很。
， interaction就很弱了，基本上就没有了。
能看到功能上相关的地方。不知道下一步该往哪儿走了？迷茫的很。
c*p
10 楼
复合肥就是含多种元素的肥料，10－10－10是典型的符合均衡肥料，氮磷钾含量是10％
－10％－10％
另外还有单元素肥料， 例如blood meal (只含氮肥），Rock Phosphate （只含磷肥）
,
【在 k*******e 的大作中提到】
: 我都不知道啥是复合肥-。-
: 都是用那种10-10-10的，难怪我家植物都长得不怎么地。。
－10％－10％
另外还有单元素肥料， 例如blood meal (只含氮肥），Rock Phosphate （只含磷肥）
,
【在 k*******e 的大作中提到】
: 我都不知道啥是复合肥-。-
: 都是用那种10-10-10的，难怪我家植物都长得不怎么地。。
o*e
11 楼
这种连狗都知道的问题。。。。
楼上两位太搞笑了，原贴不是J点，回帖才是J点。
好厉害的joke贴！让回帖的人自己造笑话。
建议Mark
楼上两位太搞笑了，原贴不是J点，回帖才是J点。
好厉害的joke贴！让回帖的人自己造笑话。
建议Mark
r*y
12 楼
To go further, you need to first confirn your current findings in different
ways. Some suggestions:
1. Do GST pulldown, to make sure there is little or no direct interaction
between them in vitro;
2. consider if the addition of DNase, which is also a protein, will directly
interfere with the physical association between these two proteins. In
other words, if DNase reduces the physical association only via chromatin/
DNA degradation but not other ways.
if you confirm that these two proteins are physically associated via
chromatin, then you will need to think about continuing this project. the
following are a number of examples:
1. One, or both of these two proteins, are transcripotion factors? if yes,
what is the binding sequence and where?
2. does they form ternary complex on one of the DNA bind elements?
3. Knockdown one of transcription factor will reduce DNA binding of the
other?
ways. Some suggestions:
1. Do GST pulldown, to make sure there is little or no direct interaction
between them in vitro;
2. consider if the addition of DNase, which is also a protein, will directly
interfere with the physical association between these two proteins. In
other words, if DNase reduces the physical association only via chromatin/
DNA degradation but not other ways.
if you confirm that these two proteins are physically associated via
chromatin, then you will need to think about continuing this project. the
following are a number of examples:
1. One, or both of these two proteins, are transcripotion factors? if yes,
what is the binding sequence and where?
2. does they form ternary complex on one of the DNA bind elements?
3. Knockdown one of transcription factor will reduce DNA binding of the
other?
M*7
13 楼
这肥怎么用？ 埋土里？一棵５英尺的小树大概需要用多少？如果用在花上，一个５加
仑的盆最多能施多少肥？抱歉啊，问题有点多。
【在 c***p 的大作中提到】
: 我常用的是这种，smart release， 比较安全，不会烧根， hd lowes都有卖
: http://www.amazon.com/Osmocote-273260-Outdoor-Smart-Release-3-P
仑的盆最多能施多少肥？抱歉啊，问题有点多。
【在 c***p 的大作中提到】
: 我常用的是这种，smart release， 比较安全，不会烧根， hd lowes都有卖
: http://www.amazon.com/Osmocote-273260-Outdoor-Smart-Release-3-P
c*7
14 楼
哈哈哈哈哈哈哈
p*c
15 楼
非常感谢你的指导：
两个蛋白都不是transcription factor，但是其中一个有报道可以识别sequence
specific DNA motif by a zinc finger protein。敲除之后，能看到另一个蛋白DNA
binding显著增高了。
chromatin fraction IP显示两个蛋白是在chromatin上相互作用。有没有相关的文献推
荐几篇给我？ 我找了挺久的，都没找着。
Ternary complex 不知道怎么检测？
两个蛋白都不是transcription factor，但是其中一个有报道可以识别sequence
specific DNA motif by a zinc finger protein。敲除之后，能看到另一个蛋白DNA
binding显著增高了。
chromatin fraction IP显示两个蛋白是在chromatin上相互作用。有没有相关的文献推
荐几篇给我？ 我找了挺久的，都没找着。
Ternary complex 不知道怎么检测？
c*p
16 楼
嗯，埋土里，瓶子上有说明，瓶子里面还有个勺，5加仑的盆子，大概1-2勺一次，宁少
勿多，3-4个月加一次
【在 M****7 的大作中提到】
: 这肥怎么用？ 埋土里？一棵５英尺的小树大概需要用多少？如果用在花上，一个５加
: 仑的盆最多能施多少肥？抱歉啊，问题有点多。
勿多，3-4个月加一次
【在 M****7 的大作中提到】
: 这肥怎么用？ 埋土里？一棵５英尺的小树大概需要用多少？如果用在花上，一个５加
: 仑的盆最多能施多少肥？抱歉啊，问题有点多。
r*e
17 楼
泪流满面啊,终于看懂了
【在 o**********e 的大作中提到】
: 这种连狗都知道的问题。。。。
: 楼上两位太搞笑了，原贴不是J点，回帖才是J点。
: 好厉害的joke贴！让回帖的人自己造笑话。
: 建议Mark
【在 o**********e 的大作中提到】
: 这种连狗都知道的问题。。。。
: 楼上两位太搞笑了，原贴不是J点，回帖才是J点。
: 好厉害的joke贴！让回帖的人自己造笑话。
: 建议Mark
r*y
18 楼
1. 两个蛋白都不是transcription factor，但是其中一个有报道可以识别sequence
specific DNA motif by a zinc finger protein。
Do you mean it recognizes DNA motif by a zinc finger domain?
2. 敲除之后，能看到另一个蛋白DNA binding显著增高了。
taken 1&2, it suggests that 1) the other protein is also able to bind DNA, 2
) the presence of the protein mentioned in "1" inhibited the DNA binding of
the other protein.
3. chromatin fraction IP显示两个蛋白是在chromatin上相互作用。
Regular ChIP does not tell you that these proteins interact on chromatin; it
only tells that both proteins bind to the same or similar region of
chromatin;
4. Ternary complex 不知道怎么检测？
EMSA can be used to test ternary complex formation.
Based on these results, I believe that you do not have a strong argument
that these two proteins physically interact relying on chromatin. You need
more compelling data.
specific DNA motif by a zinc finger protein。
Do you mean it recognizes DNA motif by a zinc finger domain?
2. 敲除之后，能看到另一个蛋白DNA binding显著增高了。
taken 1&2, it suggests that 1) the other protein is also able to bind DNA, 2
) the presence of the protein mentioned in "1" inhibited the DNA binding of
the other protein.
3. chromatin fraction IP显示两个蛋白是在chromatin上相互作用。
Regular ChIP does not tell you that these proteins interact on chromatin; it
only tells that both proteins bind to the same or similar region of
chromatin;
4. Ternary complex 不知道怎么检测？
EMSA can be used to test ternary complex formation.
Based on these results, I believe that you do not have a strong argument
that these two proteins physically interact relying on chromatin. You need
more compelling data.
k*e
19 楼
谢杯子普及！
种东西学问太多了，以前还以为只要有水有阳光就足够了呢。。
【在 c***p 的大作中提到】
: 复合肥就是含多种元素的肥料，10－10－10是典型的符合均衡肥料，氮磷钾含量是10％
: －10％－10％
: 另外还有单元素肥料， 例如blood meal (只含氮肥），Rock Phosphate （只含磷肥）
: ,
种东西学问太多了，以前还以为只要有水有阳光就足够了呢。。
【在 c***p 的大作中提到】
: 复合肥就是含多种元素的肥料，10－10－10是典型的符合均衡肥料，氮磷钾含量是10％
: －10％－10％
: 另外还有单元素肥料， 例如blood meal (只含氮肥），Rock Phosphate （只含磷肥）
: ,
c*7
20 楼
你是个厚道人啊，不然不知道多少人要来填坑呢，哇咔咔
【在 o**********e 的大作中提到】
: 这种连狗都知道的问题。。。。
: 楼上两位太搞笑了，原贴不是J点，回帖才是J点。
: 好厉害的joke贴！让回帖的人自己造笑话。
: 建议Mark
【在 o**********e 的大作中提到】
: 这种连狗都知道的问题。。。。
: 楼上两位太搞笑了，原贴不是J点，回帖才是J点。
: 好厉害的joke贴！让回帖的人自己造笑话。
: 建议Mark
s*y
21 楼
这两个蛋白能够纯化出来么？如果能的话，把它们和DNA 放到一起看看他们是否能够形
成复合体（这个有很多种方法可以检验，比方说把DNA连接在agarose 上)
如果单独是DNA 不行的话，那么就看看是不是需要核蛋白，你可以把纯化出来的核小体
进去。
当然，最重要的是，既然你们有KO cell,那么你们应该试图看看这些蛋白是干什么功能
的。
【在 p*****c 的大作中提到】
: 非常感谢你的指导：
: 两个蛋白都不是transcription factor，但是其中一个有报道可以识别sequence
: specific DNA motif by a zinc finger protein。敲除之后，能看到另一个蛋白DNA
: binding显著增高了。
: chromatin fraction IP显示两个蛋白是在chromatin上相互作用。有没有相关的文献推
: 荐几篇给我？ 我找了挺久的，都没找着。
: Ternary complex 不知道怎么检测？
成复合体（这个有很多种方法可以检验，比方说把DNA连接在agarose 上)
如果单独是DNA 不行的话，那么就看看是不是需要核蛋白，你可以把纯化出来的核小体
进去。
当然，最重要的是，既然你们有KO cell,那么你们应该试图看看这些蛋白是干什么功能
的。
【在 p*****c 的大作中提到】
: 非常感谢你的指导：
: 两个蛋白都不是transcription factor，但是其中一个有报道可以识别sequence
: specific DNA motif by a zinc finger protein。敲除之后，能看到另一个蛋白DNA
: binding显著增高了。
: chromatin fraction IP显示两个蛋白是在chromatin上相互作用。有没有相关的文献推
: 荐几篇给我？ 我找了挺久的，都没找着。
: Ternary complex 不知道怎么检测？
E*e
22 楼
谢谢
【在 c***p 的大作中提到】
: 我常用的是这种，smart release， 比较安全，不会烧根， hd lowes都有卖
: http://www.amazon.com/Osmocote-273260-Outdoor-Smart-Release-3-P
【在 c***p 的大作中提到】
: 我常用的是这种，smart release， 比较安全，不会烧根， hd lowes都有卖
: http://www.amazon.com/Osmocote-273260-Outdoor-Smart-Release-3-P
p*c
23 楼
非常感谢你的建议！
是的，两个组独立做出来的。
3. chromatin fraction IP显示两个蛋白是在chromatin上相互作用。
Regular ChIP does not tell you that these proteins interact on chromatin; it
only tells that both proteins bind to the same or similar region of
chromatin;
我是isolate细胞的chromatin组分做的IP。如果证据不充分的话，是不是必须要做
Sunnday建议的体外reconstitution的实验才可以？
是的，两个组独立做出来的。
3. chromatin fraction IP显示两个蛋白是在chromatin上相互作用。
Regular ChIP does not tell you that these proteins interact on chromatin; it
only tells that both proteins bind to the same or similar region of
chromatin;
我是isolate细胞的chromatin组分做的IP。如果证据不充分的话，是不是必须要做
Sunnday建议的体外reconstitution的实验才可以？
M*7
24 楼
谢谢!
【在 c***p 的大作中提到】
: 嗯，埋土里，瓶子上有说明，瓶子里面还有个勺，5加仑的盆子，大概1-2勺一次，宁少
: 勿多，3-4个月加一次
【在 c***p 的大作中提到】
: 嗯，埋土里，瓶子上有说明，瓶子里面还有个勺，5加仑的盆子，大概1-2勺一次，宁少
: 勿多，3-4个月加一次
p*c
25 楼
谢谢你的评论！ 这些蛋白的功能有一点初步的结果，还挺有意思的。如果蛋白的相互
作用是成立的话，就可以有些机理上的数据了。你建议的这个实验很有意思，我会试一
试。
【在 s******y 的大作中提到】
: 这两个蛋白能够纯化出来么？如果能的话，把它们和DNA 放到一起看看他们是否能够形
: 成复合体（这个有很多种方法可以检验，比方说把DNA连接在agarose 上)
: 如果单独是DNA 不行的话，那么就看看是不是需要核蛋白，你可以把纯化出来的核小体
: 进去。
: 当然，最重要的是，既然你们有KO cell,那么你们应该试图看看这些蛋白是干什么功能
: 的。
T*m
26 楼
想让小树长得快，最好是鸡粪，养分完全一些。
【在 E**********e 的大作中提到】
: 家里有小树， 种在pot里边，想用复合肥让其长高长大。 该用是么复合肥？就像
: nursery买来的果树，总看见一些小颗粒，估计就是复合肥。
: 谢谢。
【在 E**********e 的大作中提到】
: 家里有小树， 种在pot里边，想用复合肥让其长高长大。 该用是么复合肥？就像
: nursery买来的果树，总看见一些小颗粒，估计就是复合肥。
: 谢谢。
k*n
27 楼
是不是序列特异性的哇？
u*9
28 楼
会有臭味吗？小后院里用
【在 T*******m 的大作中提到】
: 想让小树长得快，最好是鸡粪，养分完全一些。
【在 T*******m 的大作中提到】
: 想让小树长得快，最好是鸡粪，养分完全一些。
p*c
29 楼
是不是序列特异性的哇？
是的。
【在 k*****n 的大作中提到】
: 是不是序列特异性的哇？
T*m
30 楼
用土盖起来，就没有异味了。
【在 u****9 的大作中提到】
: 会有臭味吗？小后院里用
【在 u****9 的大作中提到】
: 会有臭味吗？小后院里用
k*n
31 楼
很有意思哇，貌似像个负反馈调控啊
p*y
32 楼
我记得你一直崇尚化肥的吧 好吧，我记得了
【在 T*******m 的大作中提到】
: 想让小树长得快，最好是鸡粪，养分完全一些。
【在 T*******m 的大作中提到】
: 想让小树长得快，最好是鸡粪，养分完全一些。
l*1
33 楼
might has seesaw model too?
pls refer Tang C and Deng HK
their Cell paper:
同主题阅读：细胞命运，系于“跷跷板”？
[版面:中国科学技术大学][首篇作者：joeliu] , 2013年05月30日
http://www.mitbbs.com/article_t/USTC/31190059.html
【在 k*****n 的大作中提到】
: 很有意思哇，貌似像个负反馈调控啊
pls refer Tang C and Deng HK
their Cell paper:
同主题阅读：细胞命运，系于“跷跷板”？
[版面:中国科学技术大学][首篇作者：joeliu] , 2013年05月30日
http://www.mitbbs.com/article_t/USTC/31190059.html
【在 k*****n 的大作中提到】
: 很有意思哇，貌似像个负反馈调控啊
y*8
34 楼
你师傅最崇尚的是什么化肥激愤一相逢 此标题混吃过无数包子的，嗬嗬。
我记得你一直崇尚化肥的吧 好吧，我记得了
【在 p*****y 的大作中提到】
: 我记得你一直崇尚化肥的吧 好吧，我记得了
我记得你一直崇尚化肥的吧 好吧，我记得了
【在 p*****y 的大作中提到】
: 我记得你一直崇尚化肥的吧 好吧，我记得了
h*w
35 楼
游大的化肥专家形象真是深入人心啊。
【在 p*****y 的大作中提到】
: 我记得你一直崇尚化肥的吧 好吧，我记得了
【在 p*****y 的大作中提到】
: 我记得你一直崇尚化肥的吧 好吧，我记得了
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