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x chromosome transcription regulation求助
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d*i
2
他平时爪子中间会有些小肿块,但是没有这次这么严重.以前用双氧水就消下去了
但是这次没用,肿的特别厉害,还破了,他一直舔爪子.
请问有什么药可以上吗?斗牛是不是爪子都有这种毛病?
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i*0
3
最近有发现一个现象。mESCs,用一个gene 的shRNA 处理以后,通过RNA-seq, 发现整
个X 染色体上的gene 都被silence了 (程度不一,但是都在shRNA treated ESCs
samples,都有2-8倍数的reduction)。 这种现象说明了什么?
有没有做X染色体transcription牛牛来说说看?
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h*k
4
想起了英国的苏珊大妈
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t*g
5
哎呀,不知道
看着好痛
bless bless!
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t*k
6
X chromesome silence?
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T*U
7
大叔这是在唱歌还是口技?
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m*h
8
看医生吧

【在 d*****i 的大作中提到】
: 他平时爪子中间会有些小肿块,但是没有这次这么严重.以前用双氧水就消下去了
: 但是这次没用,肿的特别厉害,还破了,他一直舔爪子.
: 请问有什么药可以上吗?斗牛是不是爪子都有这种毛病?

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l*i
9
有意思。
是female mESC吗?是的话,先做两个实验:
1)H3K27me3 immunostaing:可能发现small dot in nucleus.
2)qRT-PCR测Xist的表达,或者用FISH。
证实的话,就说明出现X chormosome inactivation了。
几个问题:
3) mESC的培养条件?serum,还是2i/LIF?
1)knockdown的mESC是否仍保持未分化状态,还是开始分化了?如果未分化,那么很有
可能你发现了一个新的调节X reactivation/inactivation的因子,做深了,至少是
cell stem cell.如果细胞分化了,那么X chromosome上的genes表达下调不奇怪,有多
大新意取决于你的这个gene
2)看一下这个基因的功能,是否已有先关报道,与X chromosome reactivation有关。
是histone modifier, TF还是在X chromsome上的新lncRNA?
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s*h
10
主持人有毛病……申犯人呢?
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s*M
11
以我的心理承受能力,都可以加慎入二字在标题里了
我觉得赶紧看vet,避免恶化感染
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i*0
12
我明天确认一下是不是female 的ESCs。
对于其他的问题:
几个问题:
3) mESC的培养条件?serum,还是2i/LIF?
serum + LIF的培养条件
1)knockdown的mESC是否仍保持未分化状态,还是开始分化了?如果未分化,那么很有
可能你发现了一个新的调节X reactivation/inactivation的因子,做深了,至少是
cell stem cell.如果细胞分化了,那么X chromosome上的genes表达下调不奇怪,有多
大新意取决于你的这个gene
如果要看Oct4等gene的表达的话,RNA 水平上看到降低,Protein水平上有20%左右的降
低。但是这些pluripotency的gene在蛋白水平还维持在一个高的状态。
2)看一下这个基因的功能,是否已有先关报道,与X chromosome reactivation有关。
是histone modifier, TF还是在X chromsome上的新lncRNA?
该gene目前的功能还不清楚。另外,我看到Xist gene在shRNA处理想样品中,在RNA水
平上有3倍数的降低。

【在 l*******i 的大作中提到】
: 有意思。
: 是female mESC吗?是的话,先做两个实验:
: 1)H3K27me3 immunostaing:可能发现small dot in nucleus.
: 2)qRT-PCR测Xist的表达,或者用FISH。
: 证实的话,就说明出现X chormosome inactivation了。
: 几个问题:
: 3) mESC的培养条件?serum,还是2i/LIF?
: 1)knockdown的mESC是否仍保持未分化状态,还是开始分化了?如果未分化,那么很有
: 可能你发现了一个新的调节X reactivation/inactivation的因子,做深了,至少是
: cell stem cell.如果细胞分化了,那么X chromosome上的genes表达下调不奇怪,有多

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i*i
13
那个胖子评委一口官腔,额滴神

【在 s*********h 的大作中提到】
: 主持人有毛病……申犯人呢?
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s*i
14
yaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa, one of my favorite dogs!!!!!!!!!! so so so
cute. big bless to him/her~~~~
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l*i
15
Xist下调是RNA-seq的结果,还是qPCR结果?这一点比较奇怪,与X chromosome
inactivation不一致。
按理说,在mESC中,X chromosome是active的,即XaXa,Xist应该不表达才对。Xist表
达时,会把其中一条X chromosome“包裹”起来,这条chromosome进而失活。X
inactivation一般指发生在female mEpiSC与分化的细胞中.
你这个结果与理论相反,X chromosome基因下调时,Xist竟然也降低。Xist在对照和
knockdown细胞中的表达分别是多少(RPKM or CT value)?
另一个问题,由于你用的培养条件是serum+LIF,这会导致heterogeneity.建议你用2i/
LIF.
knockdown mESC分化明显吗? colony morphology改变如何,还是依旧维持与WT一样的
形态?
如果你确定用的是female mESCs的话,建议先做H3K27me3 staining,看看X chromosome
是不是失活的。

【在 i*********0 的大作中提到】
: 我明天确认一下是不是female 的ESCs。
: 对于其他的问题:
: 几个问题:
: 3) mESC的培养条件?serum,还是2i/LIF?
: serum + LIF的培养条件
: 1)knockdown的mESC是否仍保持未分化状态,还是开始分化了?如果未分化,那么很有
: 可能你发现了一个新的调节X reactivation/inactivation的因子,做深了,至少是
: cell stem cell.如果细胞分化了,那么X chromosome上的genes表达下调不奇怪,有多
: 大新意取决于你的这个gene
: 如果要看Oct4等gene的表达的话,RNA 水平上看到降低,Protein水平上有20%左右的降

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s*h
16
不过总觉得唱歌的哥们儿口型对不上

【在 i*i 的大作中提到】
: 那个胖子评委一口官腔,额滴神
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A*R
17
looks pretty bad...better see vet asap.
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i*0
18

是RNA-seq的结果。我也觉得很奇怪,
这一点比较奇怪,与X chromosome
Xist在对照和
这个我要去问一下我们的搞生物信息学的。
ok!
分化不明显。
colony morphology改变如何,还是依旧维持与WT一样的
colony looks like the control shRNA clone。 shiny and clear boundary

【在 l*******i 的大作中提到】
: Xist下调是RNA-seq的结果,还是qPCR结果?这一点比较奇怪,与X chromosome
: inactivation不一致。
: 按理说,在mESC中,X chromosome是active的,即XaXa,Xist应该不表达才对。Xist表
: 达时,会把其中一条X chromosome“包裹”起来,这条chromosome进而失活。X
: inactivation一般指发生在female mEpiSC与分化的细胞中.
: 你这个结果与理论相反,X chromosome基因下调时,Xist竟然也降低。Xist在对照和
: knockdown细胞中的表达分别是多少(RPKM or CT value)?
: 另一个问题,由于你用的培养条件是serum+LIF,这会导致heterogeneity.建议你用2i/
: LIF.
: knockdown mESC分化明显吗? colony morphology改变如何,还是依旧维持与WT一样的

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s*y
19
主持人sb啊

【在 l****f 的大作中提到】

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y*o
20
小家伙看着好可怜啊,希望早日康复!!!!

【在 d*****i 的大作中提到】
: 他平时爪子中间会有些小肿块,但是没有这次这么严重.以前用双氧水就消下去了
: 但是这次没用,肿的特别厉害,还破了,他一直舔爪子.
: 请问有什么药可以上吗?斗牛是不是爪子都有这种毛病?

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o*i
21
5 楼说得对.mESC XaXa的
我记得naive的mESC是 XaXa的到了primed阶段就变成了XaXi,自然X上的gene有差别.我
忘记这两者之间有哪个gene的变化了.但colony形态上会有差别.
我猜可能你哪个基因跟维持mESC 的naive状态相关.
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l*f
22
人后来有清唱

【在 s*********h 的大作中提到】
: 不过总觉得唱歌的哥们儿口型对不上
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w*y
23
看医生吧, 可能是什么东西扎进去了
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o*i
24
我觉得肯定是female的啊,不用看了.
如果是male的细胞.人家本来就一个x 您还给knockdown了 还让不让细胞活了.细胞没Y
活的好好的,没X死翘翘啊.
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q*x
25
niuren
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j*6
26
看着好可怜啊,尤其结合第一张的脸,快去看医生吧.
big bless!
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s*r
27
你的RNAseq是strand specific的?
不是的话应该没法区分xist和tsix因为它俩有一部分互为antisense,需要做specific
region的qPCR来验证是哪个的变化,可能降低的是tsix那是会激活xi的

【在 i*********0 的大作中提到】
:
: 是RNA-seq的结果。我也觉得很奇怪,
: 这一点比较奇怪,与X chromosome
: Xist在对照和
: 这个我要去问一下我们的搞生物信息学的。
: ok!
: 分化不明显。
: colony morphology改变如何,还是依旧维持与WT一样的
: colony looks like the control shRNA clone。 shiny and clear boundary

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s*a
28
同意
主持人表现的很弱智
评委表现更弱智
攻击性的态度对待大叔
一份高高在上的口气

【在 s****y 的大作中提到】
: 主持人sb啊
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i*0
29
谢谢大家的comment。我再读一下paper,好好的消化一下,再和大家讨论。
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i*a
30
这个是真牛

【在 l****f 的大作中提到】
: 人后来有清唱
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a*h
31
这主持人忒SB了
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A*r
32
赞!

【在 l****f 的大作中提到】
: 人后来有清唱
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e*3
33
这唱的太牛逼了!唱的驼铃简直和原唱一样,而且最牛的就是讲话一口山东口音,但是
唱歌特标准的普通话。

【在 l****f 的大作中提到】
: 人后来有清唱
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i*o
34
主持人和评委全市sb,鉴定完毕
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b*a
35
樵字仿佛念的是焦

【在 e********3 的大作中提到】
: 这唱的太牛逼了!唱的驼铃简直和原唱一样,而且最牛的就是讲话一口山东口音,但是
: 唱歌特标准的普通话。

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s*e
36
主持人大SB
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L*L
37
出口不凡,真的是秒杀
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w*n
38
为毛评委都介么二逼呢。
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p*t
39
评委那就是配角,配角的2B衬托主角的NB
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h*y
40
没觉得评委有啥太不好的,只不过想含蓄的说他唱的专业吧,口气也是开玩笑的吧
avatar
f*l
41
嗯。故意装做吃惊不相信的样子。

【在 h*********y 的大作中提到】
: 没觉得评委有啥太不好的,只不过想含蓄的说他唱的专业吧,口气也是开玩笑的吧
avatar
m*n
42

很赞!
主持人评委都该来出去喂野狗!

【在 l****f 的大作中提到】
: 人后来有清唱
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h*y
43
怎么都这么没有幽默感,这还是joke版吗
avatar
D*a
44
评委还能再2点么
avatar
S*r
45
恩,我也觉得是

【在 f*******l 的大作中提到】
: 嗯。故意装做吃惊不相信的样子。
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