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RNA seq求教

RNA seq求教# Biology - 生物学

l*l2014-05-22 07:05

1 楼

六封推荐信发出后，其中四封不到一周就回来了，有的当天就回给我了！还有两封，十
天没回复之后我写了一封信委婉的崔了一下，其中一个也就是我们老板的老板很快就回
给我，说下周（也就是上周）给我弄，结果这都到这周四了也没给我。另一个老板（我
们还有合作呢）一直没有回音。这周一我又写信催了一下，两个人都没回音.他们之前
都答应给我写，我才发过去的。
大家说他们到底什么意思？我知道他们的电话，该不该打电话催一催？心里实在是有些
急！
谢谢！！

L*n2014-05-22 07:05

2 楼

谢谢！回复必发！

y*u2014-05-22 07:05

3 楼

又闷又热了块2周，终于下雨了。还好辣椒早上下雨前去了趟公园，上了无数狗，也被
上无数次。恩

a*g2014-05-22 07:05

4 楼

大家好，我最近在做RNA seq。样品来自于激光剪切老鼠组织，RIN只有6左右，量也不
多，用了150ng total RNA.True seq V3建的library，qPCR显示library量够多。用
highseq 2500测了，在highthrough output条件下，4个样品在一个lane里，结果每个
样品只得到了10-15M 2X100bp，远低于预计的30M。core facility说他们也不知道原因
。请问大家有什么经验可以分享吗？另外，有没好的测序服务中心推荐呢？

l*92014-05-22 07:05

5 楼

唉，大家都碰到过类似情况。我个人是不会打电话去催的，我碰到这种情况就move one
了。不过我的朋友有打过电话催的，结果有好有坏。真的是unpredictable。
祝你好运！

【在 l***l 的大作中提到】

: 六封推荐信发出后，其中四封不到一周就回来了，有的当天就回给我了！还有两封，十
: 天没回复之后我写了一封信委婉的崔了一下，其中一个也就是我们老板的老板很快就回
: 给我，说下周（也就是上周）给我弄，结果这都到这周四了也没给我。另一个老板（我
: 们还有合作呢）一直没有回音。这周一我又写信催了一下，两个人都没回音.他们之前
: 都答应给我写，我才发过去的。
: 大家说他们到底什么意思？我知道他们的电话，该不该打电话催一催？心里实在是有些
: 急！
: 谢谢！！

L*n2014-05-22 07:05

6 楼

刚查了一下金融中心，我好像才3块多钱，最低转账说是10块。。
这可咋办好啊，啥时候才能转成正式会员啊

a*y2014-05-22 07:05

7 楼

呵呵，真巧，我们这边今天下午也下雨了

y*32014-05-22 07:05

8 楼

建库的kit好像只有v2啊。
如果qPCR做完显示library的量足够的话，那应该是可以测到你想要的reads数的，可能
你们的core测序这一步估算的不够准，或者做的不够好。

I*t2014-05-22 07:05

9 楼

我也刚发了一个类似的帖子，祝我们都好运！

L*n2014-05-22 07:05

10 楼

有了，谢谢关注！

b*a2014-05-22 07:05

11 楼

好黄好暴力。。。

【在 y*********u 的大作中提到】

: 又闷又热了块2周，终于下雨了。还好辣椒早上下雨前去了趟公园，上了无数狗，也被
: 上无数次。恩

f*a2014-05-22 07:05

12 楼

我也是做小量的RNA,一般有20ng我就比较confident了。如果有80ng以上应该就不用扩
增，150ng非常好了。但是你的RIN确实比较差。一般我的样品低于1ng/ul的时候RIN也
能达到9以上。我不知道这个会不会对你的结果有影响。

p*32014-05-22 07:05

13 楼

I would move on. There are a lot of professors who would like to help you.
The only problem is you don't know who they are until you try.

c*a2014-05-22 07:05

14 楼

今天我家这边106度.....

x*g2014-05-22 07:05

15 楼

如果不是最后的library不好的话，应该就是你们core 定量的问题。这个问题应该好
诊断呀。 Illumina HiSeq 2000 和2500 应该能有至少120M reads per lane.

【在 a*******g 的大作中提到】

: 大家好，我最近在做RNA seq。样品来自于激光剪切老鼠组织，RIN只有6左右，量也不
: 多，用了150ng total RNA.True seq V3建的library，qPCR显示library量够多。用
: highseq 2500测了，在highthrough output条件下，4个样品在一个lane里，结果每个
: 样品只得到了10-15M 2X100bp，远低于预计的30M。core facility说他们也不知道原因
: 。请问大家有什么经验可以分享吗？另外，有没好的测序服务中心推荐呢？