现在大家都用什么软件模拟protein structure - 未名空间MITBBS历史存档

现在大家都用什么软件模拟protein structure# Biology - 生物学

d*i2014-05-28 07:05

1 楼

看到版上绝大多数大牛们都是工科或生化方向背景的，
有是高分子化学专业的吗？
希望能分享一下您的PL和recommendation letters
实在不清楚本领域申请的状况如何。
公司状况不好，快3年了还不给办1B，打算自己申请EB1A了。
背景如下：
1. papers：15 （11 articles (4 first) (all IF>3), 4 conferences (3 first))
2. citations: >300 independent
3. reviews: 15 (4 journals (1< IF <5) (13), NSF funding (2))
准备claim：
1. authorship
2. contribution
3. judge （review是不是太少了？一直因此而拖着！）
已经找好两推荐人了，都只是一面之缘，也没有合作，应该可以算独立推荐人吧？熬了两星期了，一封信也还没搞定。。。
希望有高分子背景的能分享一下经验。
多谢了先！
穷人，但愿倾囊以包子答谢！

h*b2014-05-28 07:05

2 楼

STEM专业Master毕业超过5年，最近被lay off，找工作中，想知道CIR通过的话，对我
是好事还是坏事呢？
如果不用雇主sponsor H-1B了，那就是说找工作容易了，是好事。
如果还是需要雇主sponsor H-1B，然后H-1B的门槛又大大提高了，那就是坏事。
有清楚的人能解释一下吗？谢了！

f*r2014-05-28 07:05

3 楼

【以下文字转载自 Living 讨论区】
发信人: fourwheeler (大力士), 信区: Living
标题: 借人气问：怎么改page file location
发信站: BBS 未名空间站 (Sat Oct 17 18:02:54 2015, 美东)
有一个win 8的板子，主ssd上没地方了，插了个SD卡，认出来了，做了D盘，可是，无
论怎么设虚拟内存的page file都在C上。咋办啊？
[发表自未名空间手机版 - m.mitbbs.com]

r*g2014-05-28 07:05

4 楼

请教一下大家一下，有两个功能是需要的：
1. 根据已有晶体结构的homologous protein预测目标蛋白结构？
2. 在蛋白上做突变，然后看其与新substrate的结合，需要重新模拟结构，比较和WT的
变化。
我以前用过MOE，Insight 2，但大概是快8年前了，想问一下现在大家用什么软件，有
免费的更好，非常感谢。

A*i2014-05-28 07:05

5 楼

CIR说的是5年以内，超过5年不知道啥情况
不过法案确实说的是硕士以上没提到雇主sponsor的事情

a92014-05-28 07:05

6 楼

sd卡做虚拟内存太慢了。
如果实在想改，windows上点右键，系统属性，高级系统设置，高级，性能，设置
再点高级，下面有个虚拟内存，点修改，去掉“自动管理”前面的勾
点一下C,选择No paging file,点一下“Set"
然后点D，选自定义尺寸或者系统管理尺寸，点一下"Set"
然后Ok Ok Ok关掉对话框，重启就行了。

【在 f*********r 的大作中提到】

: 【以下文字转载自 Living 讨论区】
: 发信人: fourwheeler (大力士), 信区: Living
: 标题: 借人气问：怎么改page file location
: 发信站: BBS 未名空间站 (Sat Oct 17 18:02:54 2015, 美东)
: 有一个win 8的板子，主ssd上没地方了，插了个SD卡，认出来了，做了D盘，可是，无
: 论怎么设虚拟内存的page file都在C上。咋办啊？
: [发表自未名空间手机版 - m.mitbbs.com]

s*g2014-05-28 07:05

7 楼

I-TASSER server 非常好用

J*A2014-05-28 07:05

8 楼

还没通过
不要yy

f*r2014-05-28 07:05

9 楼

是慢，不过也没办法，还能把什么放其它盘上去，系统是不行，程序也没几个。
另外，那个设置不好使，设过多少遍，如果C上不设，它就自己再打开，还不受大小限
制，Sd上还是没有。所以我只好在C上设一个小的，这样大小限制了，但SD卡上还是没
有，反而时不时就报告内存不够。所以才来问的。

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【在 a9 的大作中提到】

: sd卡做虚拟内存太慢了。
: 如果实在想改，windows上点右键，系统属性，高级系统设置，高级，性能，设置
: 再点高级，下面有个虚拟内存，点修改，去掉“自动管理”前面的勾
: 点一下C,选择No paging file,点一下“Set"
: 然后点D，选自定义尺寸或者系统管理尺寸，点一下"Set"
: 然后Ok Ok Ok关掉对话框，重启就行了。

q*g2014-05-28 07:05

10 楼

我也在用I-TASSER。但很多人用modeller9

a92014-05-28 07:05

11 楼

你点"set"了吗？

【在 f*********r 的大作中提到】

: 是慢，不过也没办法，还能把什么放其它盘上去，系统是不行，程序也没几个。
: 另外，那个设置不好使，设过多少遍，如果C上不设，它就自己再打开，还不受大小限
: 制，Sd上还是没有。所以我只好在C上设一个小的，这样大小限制了，但SD卡上还是没
: 有，反而时不时就报告内存不够。所以才来问的。
:
: [发表自未名空间手机版 - m.mitbbs.com]

r*g2014-05-28 07:05

12 楼

谢谢楼上两位，我原来做homology model的时候是选两个已知晶体结构的蛋白和自己目
标蛋白align，然后还要修改一些参数。这个I-Tasser貌似只需要输入序列就可以了，
所以我assume是机器自动去找同源并确有解析结构的蛋白在幕后做结构分析，是这样么
？准确度如何？

【在 q******g 的大作中提到】

: 我也在用I-TASSER。但很多人用modeller9

f*r2014-05-28 07:05

13 楼

【以下文字转载自 Living 讨论区】
发信人: fourwheeler (大力士), 信区: Living
标题: 借人气问：怎么改page file location
发信站: BBS 未名空间站 (Sat Oct 17 18:02:54 2015, 美东)
有一个win 8的板子，主ssd上没地方了，插了个SD卡，认出来了，做了D盘，可是，无
论怎么设虚拟内存的page file都在C上。咋办啊？
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j*x2014-05-28 07:05

14 楼

任何基于automated pipeline的结构预测工具其准确性都有其局限，对于同源建模而言
，基于先验知识/经验的序列比对可能是预测准确性的最基本和最重要的保证，而I-
tasser这类自动化/高通量的在线分析工具对于精细分析自然力有不逮。
商业软件里，Discovery Studio以及SYBYL是老牌大腕，功能强劲完善，当然价格也很
高端。如果能找到合作者提供软件平台是最理想了。免费学术软件其实功能也不差，但
往往界面不是特别友好，同时需要一定的编程至少是写脚本的能力，不过如果你以前有
基础，应该也不困难。同源建模自然首选MODELLER，和DS里Homology modoling的模块
师出同门，基本上就是业界标准了。点突变，活性位点分析，小分子对接，动力学分析
，这些根据具体的需要可以有不同的选择/组合，但个人经验很重要，最好找专业人士
合作。

【在 r*********g 的大作中提到】

:
: 谢谢楼上两位，我原来做homology model的时候是选两个已知晶体结构的蛋白和自己目
: 标蛋白align，然后还要修改一些参数。这个I-Tasser貌似只需要输入序列就可以了，
: 所以我assume是机器自动去找同源并确有解析结构的蛋白在幕后做结构分析，是这样么
: ？准确度如何？

a92014-05-28 07:05

15 楼

sd卡做虚拟内存太慢了。
如果实在想改，windows上点右键，系统属性，高级系统设置，高级，性能，设置
再点高级，下面有个虚拟内存，点修改，去掉“自动管理”前面的勾
点一下C,选择No paging file,点一下“Set"
然后点D，选自定义尺寸或者系统管理尺寸，点一下"Set"
然后Ok Ok Ok关掉对话框，重启就行了。

【在 f*********r 的大作中提到】

: 【以下文字转载自 Living 讨论区】
: 发信人: fourwheeler (大力士), 信区: Living
: 标题: 借人气问：怎么改page file location
: 发信站: BBS 未名空间站 (Sat Oct 17 18:02:54 2015, 美东)
: 有一个win 8的板子，主ssd上没地方了，插了个SD卡，认出来了，做了D盘，可是，无
: 论怎么设虚拟内存的page file都在C上。咋办啊？
: [发表自未名空间手机版 - m.mitbbs.com]

U*l2014-05-28 07:05

16 楼

现在都在用Rosetta了。预测任何小的水溶蛋白序列的结构已经很精确了，忘了具体
RMSD好像只有几Angstrom

★ 发自iPhone App: ChineseWeb 8.7

【在 r*********g 的大作中提到】

: 请教一下大家一下，有两个功能是需要的：
: 1. 根据已有晶体结构的homologous protein预测目标蛋白结构？
: 2. 在蛋白上做突变，然后看其与新substrate的结合，需要重新模拟结构，比较和WT的
: 变化。
: 我以前用过MOE，Insight 2，但大概是快8年前了，想问一下现在大家用什么软件，有
: 免费的更好，非常感谢。

f*r2014-05-28 07:05

17 楼

是慢，不过也没办法，还能把什么放其它盘上去，系统是不行，程序也没几个。
另外，那个设置不好使，设过多少遍，如果C上不设，它就自己再打开，还不受大小限
制，Sd上还是没有。所以我只好在C上设一个小的，这样大小限制了，但SD卡上还是没
有，反而时不时就报告内存不够。所以才来问的。

[发表自未名空间手机版 - m.mitbbs.com]

【在 a9 的大作中提到】

: sd卡做虚拟内存太慢了。
: 如果实在想改，windows上点右键，系统属性，高级系统设置，高级，性能，设置
: 再点高级，下面有个虚拟内存，点修改，去掉“自动管理”前面的勾
: 点一下C,选择No paging file,点一下“Set"
: 然后点D，选自定义尺寸或者系统管理尺寸，点一下"Set"
: 然后Ok Ok Ok关掉对话框，重启就行了。

K*42014-05-28 07:05

18 楼

Rosetta基于什么原理？他怎么选择template呢？
基于远源蛋白的modeling可以构建吗？

【在 U**l 的大作中提到】

: 现在都在用Rosetta了。预测任何小的水溶蛋白序列的结构已经很精确了，忘了具体
: RMSD好像只有几Angstrom
:
: ★ 发自iPhone App: ChineseWeb 8.7

a92014-05-28 07:05

19 楼

你点"set"了吗？

【在 f*********r 的大作中提到】

: 是慢，不过也没办法，还能把什么放其它盘上去，系统是不行，程序也没几个。
: 另外，那个设置不好使，设过多少遍，如果C上不设，它就自己再打开，还不受大小限
: 制，Sd上还是没有。所以我只好在C上设一个小的，这样大小限制了，但SD卡上还是没
: 有，反而时不时就报告内存不够。所以才来问的。
:
: [发表自未名空间手机版 - m.mitbbs.com]

j*x2014-05-28 07:05

20 楼

Rosetta做单纯的de nove structure prediction结果可能没有想象中的那么好。当然
，对于<10kD的蛋白而言确实可以接近同源建模的水平，但对于大蛋白而言，大致还停
留在“理论”阶段，除非特殊情况，RMSD>10A可以算常态吧。此外，除了Baker本家之
外，其他外人能玩得转Rosseta的似乎屈指可数:)目前个人觉得Rosetta所适用的，除了
小蛋白结构预测/设计之外，应该算是structure refinement这块，部分结合实验结果
，能获得非常好的效果。
对于存在显著的已知同源结构的蛋白而言，我个人相信基于homology modelling的预测
方法仍然会是首选，可靠性很有保障。Homology modelling进一步结合Rosetta自然是
很好的思路，但前提是你能玩得转它，呵呵。

【在 U**l 的大作中提到】

: 现在都在用Rosetta了。预测任何小的水溶蛋白序列的结构已经很精确了，忘了具体
: RMSD好像只有几Angstrom
:
: ★ 发自iPhone App: ChineseWeb 8.7

f*r2014-05-28 07:05

21 楼

点了7，8遍。也不给什么反应。不过，今天注意到"set'的颜色好像有些灰。

[发表自未名空间手机版 - m.mitbbs.com]

【在 a9 的大作中提到】

: 你点"set"了吗？

U*l2014-05-28 07:05

22 楼

Rosetta第一步也是基于PDB database的homology modeling，然后再用force field做
计算。Rosetta近年在蛋白计算届几乎是最火的软件，发了大量文献，baker组资源强大
，当然宣传也做得很好。
不过确实需要些基础Linux知识安装很运行，以及一台还可以的机子（记得以前组里的
人试过，12 core 的机子跑3-5天，from sequence to refined structure)。网上资料
现在做得应该更完善了，记得还有Robetta web server 应该是可以帮你

★ 发自iPhone App: ChineseWeb 8.7

【在 j****x 的大作中提到】

: Rosetta做单纯的de nove structure prediction结果可能没有想象中的那么好。当然
: ，对于<10kD的蛋白而言确实可以接近同源建模的水平，但对于大蛋白而言，大致还停
: 留在“理论”阶段，除非特殊情况，RMSD>10A可以算常态吧。此外，除了Baker本家之
: 外，其他外人能玩得转Rosseta的似乎屈指可数:)目前个人觉得Rosetta所适用的，除了
: 小蛋白结构预测/设计之外，应该算是structure refinement这块，部分结合实验结果
: ，能获得非常好的效果。
: 对于存在显著的已知同源结构的蛋白而言，我个人相信基于homology modelling的预测
: 方法仍然会是首选，可靠性很有保障。Homology modelling进一步结合Rosetta自然是
: 很好的思路，但前提是你能玩得转它，呵呵。

d*a2014-05-28 07:05

23 楼

这是因为page file 不能放在可移动介质上。试试把一些文件从SSD移到SD卡上，腾出
SSD的空间吧。

【在 f*********r 的大作中提到】

: 点了7，8遍。也不给什么反应。不过，今天注意到"set'的颜色好像有些灰。
:
: [发表自未名空间手机版 - m.mitbbs.com]

U*l2014-05-28 07:05

24 楼

网上资料现在做得应该更完善了，记得还有Robetta web server 应该是帮着从PDB
database里选fragment的，只需要输入protein sequence

★ 发自iPhone App: ChineseWeb 8.7

【在 U**l 的大作中提到】

: Rosetta第一步也是基于PDB database的homology modeling，然后再用force field做
: 计算。Rosetta近年在蛋白计算届几乎是最火的软件，发了大量文献，baker组资源强大
: ，当然宣传也做得很好。
: 不过确实需要些基础Linux知识安装很运行，以及一台还可以的机子（记得以前组里的
: 人试过，12 core 的机子跑3-5天，from sequence to refined structure)。网上资料
: 现在做得应该更完善了，记得还有Robetta web server 应该是可以帮你
:
: ★ 发自iPhone App: ChineseWeb 8.7

j*x2014-05-28 07:05

25 楼

你说的对，Resetta后来也推出了基于Homology modelling的模块，不单单只靠ab
initio presiction的算法，但和传统意义上的homology modelling经典方法还是有所
区别的。
Baker的牛文确实层出不穷，他提出的这套方法原创性太强，基本上这个领域就看他一
个人在做，所谓“走自己的路，让别人无路可走”。
如果我没记错，近几次CASP的结果，rosetta基本都比不上I-Tasser（或大致持平？）
，等今年CASP11的结果出来再看。前面提到过，其实rosetta眼下的亮点和强项，在
structure refinement以及protein design上，这一块确实没有敌手，尤其是后者，让
Resatta大热。但眼前为数不多的几个成功范例能否再进一步推广，有多少普遍意义，
可能还不好说。
Robetta server基本就是个joke，你可以试一下普通权限在线提交一个>100aa的序列，
看看系统计算出来大约需要多久能给你结果...而Rosetta的帮助文档做的是出了名的烂
，这么久以来一直就没变过...

【在 U**l 的大作中提到】

: Rosetta第一步也是基于PDB database的homology modeling，然后再用force field做
: 计算。Rosetta近年在蛋白计算届几乎是最火的软件，发了大量文献，baker组资源强大
: ，当然宣传也做得很好。
: 不过确实需要些基础Linux知识安装很运行，以及一台还可以的机子（记得以前组里的
: 人试过，12 core 的机子跑3-5天，from sequence to refined structure)。网上资料
: 现在做得应该更完善了，记得还有Robetta web server 应该是可以帮你
:
: ★ 发自iPhone App: ChineseWeb 8.7

K*42014-05-28 07:05

26 楼

好奇rosetta或者i-tasser作为protein function prediction program，成功地预测了
什么蛋白功能？谁给个例子阿

【在 j****x 的大作中提到】

: 你说的对，Resetta后来也推出了基于Homology modelling的模块，不单单只靠ab
: initio presiction的算法，但和传统意义上的homology modelling经典方法还是有所
: 区别的。
: Baker的牛文确实层出不穷，他提出的这套方法原创性太强，基本上这个领域就看他一
: 个人在做，所谓“走自己的路，让别人无路可走”。
: 如果我没记错，近几次CASP的结果，rosetta基本都比不上I-Tasser（或大致持平？）
: ，等今年CASP11的结果出来再看。前面提到过，其实rosetta眼下的亮点和强项，在
: structure refinement以及protein design上，这一块确实没有敌手，尤其是后者，让
: Resatta大热。但眼前为数不多的几个成功范例能否再进一步推广，有多少普遍意义，
: 可能还不好说。