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现在大家都用什么软件模拟protein structure
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现在大家都用什么软件模拟protein structure# Biology - 生物学
d*i
1
看到版上绝大多数大牛们都是工科或生化方向背景的,
有是高分子化学专业的吗?
希望能分享一下您的PL和recommendation letters
实在不清楚本领域申请的状况如何。
公司状况不好,快3年了还不给办1B,打算自己申请EB1A了。
背景如下:
1. papers:15 (11 articles (4 first) (all IF>3), 4 conferences (3 first))
2. citations: >300 independent
3. reviews: 15 (4 journals (1< IF <5) (13), NSF funding (2))
准备claim:
1. authorship
2. contribution
3. judge (review是不是太少了?一直因此而拖着!)
已经找好两推荐人了,都只是一面之缘,也没有合作,应该可以算独立推荐人吧?熬了两星期了,一封信也还没搞定。。。
希望有高分子背景的能分享一下经验。
多谢了先!
穷人,但愿倾囊以包子答谢!
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h*b
2
STEM专业Master毕业超过5年,最近被lay off,找工作中,想知道CIR通过的话,对我
是好事还是坏事呢?
如果不用雇主sponsor H-1B了,那就是说找工作容易了,是好事。
如果还是需要雇主sponsor H-1B,然后H-1B的门槛又大大提高了,那就是坏事。
有清楚的人能解释一下吗?谢了!
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f*r
3
【 以下文字转载自 Living 讨论区 】
发信人: fourwheeler (大力士), 信区: Living
标 题: 借人气问:怎么改page file location
发信站: BBS 未名空间站 (Sat Oct 17 18:02:54 2015, 美东)
有一个win 8的板子,主ssd上没地方了,插了个SD卡,认出来了,做了D盘,可是,无
论怎么设虚拟内存的page file都在C上。咋办啊?
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r*g
4
请教一下大家一下,有两个功能是需要的:
1. 根据已有晶体结构的homologous protein预测目标蛋白结构?
2. 在蛋白上做突变,然后看其与新substrate的结合,需要重新模拟结构,比较和WT的
变化。
我以前用过MOE,Insight 2, 但大概是快8年前了,想问一下现在大家用什么软件,有
免费的更好,非常感谢。
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A*i
5
CIR说的是5年以内,超过5年不知道啥情况
不过法案确实说的是硕士以上没提到雇主sponsor的事情
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a9
6
sd卡做虚拟内存太慢了。
如果实在想改,windows上点右键,系统属性,高级系统设置, 高级,性能, 设置
再点高级,下面有个虚拟内存,点修改,去掉“自动管理”前面的勾
点一下C,选择No paging file,点一下“Set"
然后点D,选自定义尺寸或者系统管理尺寸,点一下"Set"
然后Ok Ok Ok关掉对话框,重启就行了。

【在 f*********r 的大作中提到】
: 【 以下文字转载自 Living 讨论区 】
: 发信人: fourwheeler (大力士), 信区: Living
: 标 题: 借人气问:怎么改page file location
: 发信站: BBS 未名空间站 (Sat Oct 17 18:02:54 2015, 美东)
: 有一个win 8的板子,主ssd上没地方了,插了个SD卡,认出来了,做了D盘,可是,无
: 论怎么设虚拟内存的page file都在C上。咋办啊?
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s*g
7
I-TASSER server 非常好用
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J*A
8
还没通过
不要yy
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f*r
9
是慢,不过也没办法,还能把什么放其它盘上去,系统是不行,程序也没几个。
另外,那个设置不好使,设过多少遍,如果C上不设,它就自己再打开,还不受大小限
制,Sd上还是没有。所以我只好在C上设一个小的,这样大小限制了,但SD卡上还是没
有,反而时不时就报告内存不够。所以才来问的。

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【在 a9 的大作中提到】
: sd卡做虚拟内存太慢了。
: 如果实在想改,windows上点右键,系统属性,高级系统设置, 高级,性能, 设置
: 再点高级,下面有个虚拟内存,点修改,去掉“自动管理”前面的勾
: 点一下C,选择No paging file,点一下“Set"
: 然后点D,选自定义尺寸或者系统管理尺寸,点一下"Set"
: 然后Ok Ok Ok关掉对话框,重启就行了。

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q*g
10
我也在用I-TASSER。但很多人用modeller9
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a9
11
你点"set"了吗?

【在 f*********r 的大作中提到】
: 是慢,不过也没办法,还能把什么放其它盘上去,系统是不行,程序也没几个。
: 另外,那个设置不好使,设过多少遍,如果C上不设,它就自己再打开,还不受大小限
: 制,Sd上还是没有。所以我只好在C上设一个小的,这样大小限制了,但SD卡上还是没
: 有,反而时不时就报告内存不够。所以才来问的。
:
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r*g
12

谢谢楼上两位,我原来做homology model的时候是选两个已知晶体结构的蛋白和自己目
标蛋白align,然后还要修改一些参数。这个I-Tasser貌似只需要输入序列就可以了,
所以我assume是机器自动去找同源并确有解析结构的蛋白在幕后做结构分析,是这样么
?准确度如何?

【在 q******g 的大作中提到】
: 我也在用I-TASSER。但很多人用modeller9
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f*r
13
【 以下文字转载自 Living 讨论区 】
发信人: fourwheeler (大力士), 信区: Living
标 题: 借人气问:怎么改page file location
发信站: BBS 未名空间站 (Sat Oct 17 18:02:54 2015, 美东)
有一个win 8的板子,主ssd上没地方了,插了个SD卡,认出来了,做了D盘,可是,无
论怎么设虚拟内存的page file都在C上。咋办啊?
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j*x
14
任何基于automated pipeline的结构预测工具其准确性都有其局限,对于同源建模而言
,基于先验知识/经验的序列比对可能是预测准确性的最基本和最重要的保证,而I-
tasser这类自动化/高通量的在线分析工具对于精细分析自然力有不逮。
商业软件里,Discovery Studio以及SYBYL是老牌大腕,功能强劲完善,当然价格也很
高端。如果能找到合作者提供软件平台是最理想了。免费学术软件其实功能也不差,但
往往界面不是特别友好,同时需要一定的编程至少是写脚本的能力,不过如果你以前有
基础,应该也不困难。同源建模自然首选MODELLER,和DS里Homology modoling的模块
师出同门,基本上就是业界标准了。点突变,活性位点分析,小分子对接,动力学分析
,这些根据具体的需要可以有不同的选择/组合,但个人经验很重要,最好找专业人士
合作。

【在 r*********g 的大作中提到】
:
: 谢谢楼上两位,我原来做homology model的时候是选两个已知晶体结构的蛋白和自己目
: 标蛋白align,然后还要修改一些参数。这个I-Tasser貌似只需要输入序列就可以了,
: 所以我assume是机器自动去找同源并确有解析结构的蛋白在幕后做结构分析,是这样么
: ?准确度如何?

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a9
15
sd卡做虚拟内存太慢了。
如果实在想改,windows上点右键,系统属性,高级系统设置, 高级,性能, 设置
再点高级,下面有个虚拟内存,点修改,去掉“自动管理”前面的勾
点一下C,选择No paging file,点一下“Set"
然后点D,选自定义尺寸或者系统管理尺寸,点一下"Set"
然后Ok Ok Ok关掉对话框,重启就行了。

【在 f*********r 的大作中提到】
: 【 以下文字转载自 Living 讨论区 】
: 发信人: fourwheeler (大力士), 信区: Living
: 标 题: 借人气问:怎么改page file location
: 发信站: BBS 未名空间站 (Sat Oct 17 18:02:54 2015, 美东)
: 有一个win 8的板子,主ssd上没地方了,插了个SD卡,认出来了,做了D盘,可是,无
: 论怎么设虚拟内存的page file都在C上。咋办啊?
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U*l
16
现在都在用Rosetta了。预测任何小的水溶蛋白序列的结构已经很精确了,忘了具体
RMSD好像只有几Angstrom

★ 发自iPhone App: ChineseWeb 8.7

【在 r*********g 的大作中提到】
: 请教一下大家一下,有两个功能是需要的:
: 1. 根据已有晶体结构的homologous protein预测目标蛋白结构?
: 2. 在蛋白上做突变,然后看其与新substrate的结合,需要重新模拟结构,比较和WT的
: 变化。
: 我以前用过MOE,Insight 2, 但大概是快8年前了,想问一下现在大家用什么软件,有
: 免费的更好,非常感谢。

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f*r
17
是慢,不过也没办法,还能把什么放其它盘上去,系统是不行,程序也没几个。
另外,那个设置不好使,设过多少遍,如果C上不设,它就自己再打开,还不受大小限
制,Sd上还是没有。所以我只好在C上设一个小的,这样大小限制了,但SD卡上还是没
有,反而时不时就报告内存不够。所以才来问的。

[发表自未名空间手机版 - m.mitbbs.com]

【在 a9 的大作中提到】
: sd卡做虚拟内存太慢了。
: 如果实在想改,windows上点右键,系统属性,高级系统设置, 高级,性能, 设置
: 再点高级,下面有个虚拟内存,点修改,去掉“自动管理”前面的勾
: 点一下C,选择No paging file,点一下“Set"
: 然后点D,选自定义尺寸或者系统管理尺寸,点一下"Set"
: 然后Ok Ok Ok关掉对话框,重启就行了。

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K*4
18
Rosetta基于什么原理?他怎么选择template呢?
基于远源蛋白的modeling可以构建吗?

【在 U**l 的大作中提到】
: 现在都在用Rosetta了。预测任何小的水溶蛋白序列的结构已经很精确了,忘了具体
: RMSD好像只有几Angstrom
:
: ★ 发自iPhone App: ChineseWeb 8.7

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a9
19
你点"set"了吗?

【在 f*********r 的大作中提到】
: 是慢,不过也没办法,还能把什么放其它盘上去,系统是不行,程序也没几个。
: 另外,那个设置不好使,设过多少遍,如果C上不设,它就自己再打开,还不受大小限
: 制,Sd上还是没有。所以我只好在C上设一个小的,这样大小限制了,但SD卡上还是没
: 有,反而时不时就报告内存不够。所以才来问的。
:
: [发表自未名空间手机版 - m.mitbbs.com]

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j*x
20
Rosetta做单纯的de nove structure prediction结果可能没有想象中的那么好。当然
,对于<10kD的蛋白而言确实可以接近同源建模的水平,但对于大蛋白而言,大致还停
留在“理论”阶段,除非特殊情况,RMSD>10A可以算常态吧。此外,除了Baker本家之
外,其他外人能玩得转Rosseta的似乎屈指可数:)目前个人觉得Rosetta所适用的,除了
小蛋白结构预测/设计之外,应该算是structure refinement这块,部分结合实验结果
,能获得非常好的效果。
对于存在显著的已知同源结构的蛋白而言,我个人相信基于homology modelling的预测
方法仍然会是首选,可靠性很有保障。Homology modelling进一步结合Rosetta自然是
很好的思路,但前提是你能玩得转它,呵呵。

【在 U**l 的大作中提到】
: 现在都在用Rosetta了。预测任何小的水溶蛋白序列的结构已经很精确了,忘了具体
: RMSD好像只有几Angstrom
:
: ★ 发自iPhone App: ChineseWeb 8.7

avatar
f*r
21
点了7,8遍。也不给什么反应。不过,今天注意到"set'的颜色好像有些灰。

[发表自未名空间手机版 - m.mitbbs.com]

【在 a9 的大作中提到】
: 你点"set"了吗?
avatar
U*l
22
Rosetta第一步也是基于PDB database的homology modeling,然后再用force field做
计算。Rosetta近年在蛋白计算届几乎是最火的软件,发了大量文献,baker组资源强大
,当然宣传也做得很好。
不过确实需要些基础Linux知识安装很运行,以及一台还可以的机子(记得以前组里的
人试过,12 core 的机子跑3-5天,from sequence to refined structure)。网上资料
现在做得应该更完善了,记得还有Robetta web server 应该是可以帮你

★ 发自iPhone App: ChineseWeb 8.7

【在 j****x 的大作中提到】
: Rosetta做单纯的de nove structure prediction结果可能没有想象中的那么好。当然
: ,对于<10kD的蛋白而言确实可以接近同源建模的水平,但对于大蛋白而言,大致还停
: 留在“理论”阶段,除非特殊情况,RMSD>10A可以算常态吧。此外,除了Baker本家之
: 外,其他外人能玩得转Rosseta的似乎屈指可数:)目前个人觉得Rosetta所适用的,除了
: 小蛋白结构预测/设计之外,应该算是structure refinement这块,部分结合实验结果
: ,能获得非常好的效果。
: 对于存在显著的已知同源结构的蛋白而言,我个人相信基于homology modelling的预测
: 方法仍然会是首选,可靠性很有保障。Homology modelling进一步结合Rosetta自然是
: 很好的思路,但前提是你能玩得转它,呵呵。

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d*a
23
这是因为page file 不能放在可移动介质上。试试把一些文件从SSD移到SD卡上,腾出
SSD的空间吧。

【在 f*********r 的大作中提到】
: 点了7,8遍。也不给什么反应。不过,今天注意到"set'的颜色好像有些灰。
:
: [发表自未名空间手机版 - m.mitbbs.com]

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U*l
24
网上资料现在做得应该更完善了,记得还有Robetta web server 应该是帮着从PDB
database里选fragment的,只需要输入protein sequence

★ 发自iPhone App: ChineseWeb 8.7

【在 U**l 的大作中提到】
: Rosetta第一步也是基于PDB database的homology modeling,然后再用force field做
: 计算。Rosetta近年在蛋白计算届几乎是最火的软件,发了大量文献,baker组资源强大
: ,当然宣传也做得很好。
: 不过确实需要些基础Linux知识安装很运行,以及一台还可以的机子(记得以前组里的
: 人试过,12 core 的机子跑3-5天,from sequence to refined structure)。网上资料
: 现在做得应该更完善了,记得还有Robetta web server 应该是可以帮你
:
: ★ 发自iPhone App: ChineseWeb 8.7

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j*x
25
你说的对,Resetta后来也推出了基于Homology modelling的模块,不单单只靠ab
initio presiction的算法,但和传统意义上的homology modelling经典方法还是有所
区别的。
Baker的牛文确实层出不穷,他提出的这套方法原创性太强,基本上这个领域就看他一
个人在做,所谓“走自己的路,让别人无路可走”。
如果我没记错,近几次CASP的结果,rosetta基本都比不上I-Tasser(或大致持平?)
,等今年CASP11的结果出来再看。前面提到过,其实rosetta眼下的亮点和强项,在
structure refinement以及protein design上,这一块确实没有敌手,尤其是后者,让
Resatta大热。但眼前为数不多的几个成功范例能否再进一步推广,有多少普遍意义,
可能还不好说。
Robetta server基本就是个joke,你可以试一下普通权限在线提交一个>100aa的序列,
看看系统计算出来大约需要多久能给你结果...而Rosetta的帮助文档做的是出了名的烂
,这么久以来一直就没变过...

【在 U**l 的大作中提到】
: Rosetta第一步也是基于PDB database的homology modeling,然后再用force field做
: 计算。Rosetta近年在蛋白计算届几乎是最火的软件,发了大量文献,baker组资源强大
: ,当然宣传也做得很好。
: 不过确实需要些基础Linux知识安装很运行,以及一台还可以的机子(记得以前组里的
: 人试过,12 core 的机子跑3-5天,from sequence to refined structure)。网上资料
: 现在做得应该更完善了,记得还有Robetta web server 应该是可以帮你
:
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K*4
26
好奇rosetta或者i-tasser作为protein function prediction program,成功地预测了
什么蛋白功能?谁给个例子阿

【在 j****x 的大作中提到】
: 你说的对,Resetta后来也推出了基于Homology modelling的模块,不单单只靠ab
: initio presiction的算法,但和传统意义上的homology modelling经典方法还是有所
: 区别的。
: Baker的牛文确实层出不穷,他提出的这套方法原创性太强,基本上这个领域就看他一
: 个人在做,所谓“走自己的路,让别人无路可走”。
: 如果我没记错,近几次CASP的结果,rosetta基本都比不上I-Tasser(或大致持平?)
: ,等今年CASP11的结果出来再看。前面提到过,其实rosetta眼下的亮点和强项,在
: structure refinement以及protein design上,这一块确实没有敌手,尤其是后者,让
: Resatta大热。但眼前为数不多的几个成功范例能否再进一步推广,有多少普遍意义,
: 可能还不好说。

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