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低表达的蛋白做immunofluorescence

低表达的蛋白做immunofluorescence# Biology - 生物学

B*12015-02-15 08:02

1 楼

Given n arrays, find n number such that sum of their differences is minimum.
For e.g. if there are three arrays
A = {4, 10, 15, 20}
B = {1, 13, 29}
C = {5, 14, 28}
find three numbers a, b, c such that |a-b| + |b-c| + |c-a| is minimum. Here
the answer is a = 15, b = 13, and c = 14

s*y2015-02-15 08:02

2 楼

我在做一个蛋白，目前只有一个能用的蛋白抗体，能做western，无法IP或者IF。在老
板的建议下，我用CRISPR在我做的那个基因的后面加了3XFLAG tag。拿到这个内源
3XFLAG的细胞之后，用sigma m2抗体做western，可以杂到非常弱的条带（跟蛋白的抗
体差10倍左右）；m2的beads可以做IP。qPCR的话，跟actin比，大概差了七八个循环。
我感觉就是我这个蛋白表达量太低了。而且FLAG抗体也没想象中的那么好，只不过大家
一直用它做过表达，所检测的蛋白浓度高所以感觉很好而已。
现在的问题是，用FLAG抗体去做immunofluorescence，基本没有信号。抗体加浓了，
control的细胞（无任何内源的FLAG）也能染上。请问这种情况应该怎么处理？

f*t2015-02-15 08:02

3 楼

divide&conquer?
我只是猜测，想不出具体算法

y*i2015-02-15 08:02

4 楼

上TSA kit，太适合你的情况了

【在 s*********y 的大作中提到】

: 我在做一个蛋白，目前只有一个能用的蛋白抗体，能做western，无法IP或者IF。在老
: 板的建议下，我用CRISPR在我做的那个基因的后面加了3XFLAG tag。拿到这个内源
: 3XFLAG的细胞之后，用sigma m2抗体做western，可以杂到非常弱的条带（跟蛋白的抗
: 体差10倍左右）；m2的beads可以做IP。qPCR的话，跟actin比，大概差了七八个循环。
: 我感觉就是我这个蛋白表达量太低了。而且FLAG抗体也没想象中的那么好，只不过大家
: 一直用它做过表达，所检测的蛋白浓度高所以感觉很好而已。
: 现在的问题是，用FLAG抗体去做immunofluorescence，基本没有信号。抗体加浓了，
: control的细胞（无任何内源的FLAG）也能染上。请问这种情况应该怎么处理？

g*i2015-02-15 08:02

5 楼

O(n)吧,|a-b| + |b-c| + |c-a| = (Max(abc)-Min(abc))*2,然后每个array排序后一个
pointer,最小的那组移动.

r*s2015-02-15 08:02

6 楼

请问你这个knockin 花了多久？成功率有多高？是一个allele还是两个allele
knockin?

B*12015-02-15 08:02

7 楼

可以具体说说嘛？
譬如题目里面说的那个例子。
thanks

L*T2015-02-15 08:02

8 楼

换其他公司的Flag抗体试试。
另外有些蛋白的C端折叠之后会被包裹在内部，IF检测不到。过表达你的Flag-tagged的
目的蛋白，用Flag做IF能检测到么？

d*n2015-02-15 08:02

9 楼

|a-b| + |b-c| + |c-a| = (Max(abc)-Min(abc))*2对n=3成立
用这个思路，一般情况还是需要O(n)的时间来计算差和。
先对每个array排序时间O(klogk), k是array平均长度。
然后根据每个array最小的数对所有array排序时间O(nlogn)。
scan的时候要维持所有array按当前数的大小排序，每scan一个数需要logn时间调整排序（binary search or heap），计算新的差和O(n), scan完所有的数需要O(nk)个操作。
最终时间是O(nklogk + n^2klogn) = O(nk(logk+nlogn))。
不知有没有更快的方法。

【在 g*****i 的大作中提到】

: O(n)吧,|a-b| + |b-c| + |c-a| = (Max(abc)-Min(abc))*2,然后每个array排序后一个
: pointer,最小的那组移动.

s*r2015-02-15 08:02

10 楼

western能测到表达低不到哪里去，没tag上的占大部分，flag tag上的只有一小部分
是不是克隆不纯，或者tag了之后对细胞有影响
先确认一下knockin做对了，然后测一下带flag的allele和不带的allele表达差多少
话说为了做个IF去弄个knockin真是蛋疼，有这功夫还不如去打几个新抗体出来

【在 s*********y 的大作中提到】

d*y2015-02-15 08:02

11 楼

这个sum of difference怎么定义？
默认是排序后计算的话，这个做法是对的。

【在 d***n 的大作中提到】

: |a-b| + |b-c| + |c-a| = (Max(abc)-Min(abc))*2对n=3成立
: 用这个思路，一般情况还是需要O(n)的时间来计算差和。
: 先对每个array排序时间O(klogk), k是array平均长度。
: 然后根据每个array最小的数对所有array排序时间O(nlogn)。
: scan的时候要维持所有array按当前数的大小排序，每scan一个数需要logn时间调整排序（binary search or heap），计算新的差和O(n), scan完所有的数需要O(nk)个操作。
: 最终时间是O(nklogk + n^2klogn) = O(nk(logk+nlogn))。
: 不知有没有更快的方法。

a*n2015-02-15 08:02

12 楼

FLAG抗体本来就不好

【在 s*********y 的大作中提到】

r*y2015-02-15 08:02

13 楼

Is this true?
asume a1, a2, a3, a4, a5, a6..., an are decreasing, then
|a1 -a2| + |a2 - a3| + ... + |an - a1| = 2*(a1 - an).
Now assume they are 1, -1, 1, -1, 1, -1, ...., 1, -1 which have
2k numbers and n = 2k. At this time the sum should be 2n =
n*(Max - MIN)
So we don't have uniform equation for |a1 - a2| + ... + |an - a1| ?

【在 g*****i 的大作中提到】

: O(n)吧,|a-b| + |b-c| + |c-a| = (Max(abc)-Min(abc))*2,然后每个array排序后一个
: pointer,最小的那组移动.

L*T2015-02-15 08:02

14 楼

你说的有道理，可能只knockin了一个allete，那最多一半的内源蛋白可以被tag。如果
再加上克隆不纯，就更加麻烦了。
可能楼主knockin不光是为了IF，还可以做ChIP、做IP，可以玩很多花样啊。

【在 s******r 的大作中提到】

: western能测到表达低不到哪里去，没tag上的占大部分，flag tag上的只有一小部分
: 是不是克隆不纯，或者tag了之后对细胞有影响
: 先确认一下knockin做对了，然后测一下带flag的allele和不带的allele表达差多少
: 话说为了做个IF去弄个knockin真是蛋疼，有这功夫还不如去打几个新抗体出来

d*n2015-02-15 08:02

15 楼

Good point. guangyi's equation only applies to n = 3 case.

d*n2015-02-15 08:02

16 楼

试一下求四个数之间差和就明白为什么不对了。

c*t2015-02-15 08:02

17 楼

这道题是什么意思？
1. 是从每个array个各取一个数，sum of their differences is minimum？
2. 还是这 n 个数，可以多个从某一个array里取？如果是这种的话，就把所有的数组
放在一起排序，然后scan一边，就可以了。
谢谢！

minimum.
Here

【在 B*******1 的大作中提到】

: Given n arrays, find n number such that sum of their differences is minimum.
: For e.g. if there are three arrays
: A = {4, 10, 15, 20}
: B = {1, 13, 29}
: C = {5, 14, 28}
: find three numbers a, b, c such that |a-b| + |b-c| + |c-a| is minimum. Here
: the answer is a = 15, b = 13, and c = 14

i*e2015-02-15 08:02

18 楼

Good point.
The first thing came into my mind is to find a circle with minimal radius to
include n points.
'Cos all the points are on a single line, I believe the basic idea would be
similar to yours

【在 r*******y 的大作中提到】

: Is this true?
: asume a1, a2, a3, a4, a5, a6..., an are decreasing, then
: |a1 -a2| + |a2 - a3| + ... + |an - a1| = 2*(a1 - an).
: Now assume they are 1, -1, 1, -1, 1, -1, ...., 1, -1 which have
: 2k numbers and n = 2k. At this time the sum should be 2n =
: n*(Max - MIN)
: So we don't have uniform equation for |a1 - a2| + ... + |an - a1| ?