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有人发帖说小保方晴子的文章可能有问题。。

有人发帖说小保方晴子的文章可能有问题。。# Biology - 生物学

A*e2014-02-15 08:02

1 楼

【以下文字转载自 Dreamer 讨论区】
发信人: Dreamer (不要问我从哪里来), 信区: Dreamer
标题: 在校期间多次获得康师傅再来一碗奖励。
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Feb 27 19:43:56 2011, 美东)
怎么翻译好呢

a*a2014-02-15 08:02

2 楼

STAP細胞で有名になった理化学研究所の小保方晴子（その他）。時の人だ。はやくも
ノーベル賞受賞濃厚と騒ぐ人もいる。
現在そんな彼女が"ある分野"でも話題になっている。すでに彼女が筆頭著者になって
いる論文にいくつかの指摘がある[1]。某サイトでは話題になり現在検証中。STAP細
胞の議論関連のサイトも一部で話題だ[2][3]。そのうちまとめサイトができるだろう。
一部紹介すると次のもの。[1]の論文に関して。
http://blog.goo.ne.jp/lemon-stoism/e/008ac025ee1ccf4c694869f09b

i*02014-02-15 08:02

3 楼

我双手抱肩，坐等重复。

H*O2014-02-15 08:02

4 楼

http://www.ipscell.com
谁重复了她的实验就可以在这里报告
迄今没有人能重复
当然也可能重复不出来的才去blog报告重复出来的在做后续
如果真的是假的，那晴子妹妹也太傻了吧明知道这么惊天动地的结果，一定会引起全
世界的关注，肯定会
有很多实验室跟进，还敢造假啊

q*g2014-02-15 08:02

5 楼

看了他的文章，好像应该不难重复阿

D*a2014-02-15 08:02

6 楼

我们和隔壁实验室打算重复

d*02014-02-15 08:02

7 楼

2011年《时代》周刊被为当年十大科技发现之一的，哈佛用miRNA来诱导干细胞产生，
被认为是ips可用于临床的重要技术，因为是无毒无害的，可到现在为止，包括哈佛自
己在内，没有一家可以重复成功
小保方的方法并不难，如果也不能重复成功，则无疑是造假了

M*P2014-02-15 08:02

8 楼

重复不了不等于造假。条件太难，成功率太低而已。

★ 发自iPhone App: ChineseWeb 7.8

【在 d********0 的大作中提到】

: 2011年《时代》周刊被为当年十大科技发现之一的，哈佛用miRNA来诱导干细胞产生，
: 被认为是ips可用于临床的重要技术，因为是无毒无害的，可到现在为止，包括哈佛自
: 己在内，没有一家可以重复成功
: 小保方的方法并不难，如果也不能重复成功，则无疑是造假了

k*a2014-02-15 08:02

9 楼

尼玛，酸激一下就可以，进化这么easy，那整个系统不崩掉。
老实讲，我仔细看了两遍，还是觉得不可思议。

l*r2014-02-15 08:02

10 楼

如果成功率很低，条件很难，那怎么能成为临床上的技术呢

【在 M*P 的大作中提到】

: 重复不了不等于造假。条件太难，成功率太低而已。
:
: ★ 发自iPhone App: ChineseWeb 7.8

b*H2014-02-15 08:02

11 楼

这不是进化吧。

【在 k*******a 的大作中提到】

: 尼玛，酸激一下就可以，进化这么easy，那整个系统不崩掉。
: 老实讲，我仔细看了两遍，还是觉得不可思议。

B*w2014-02-15 08:02

12 楼

你在加拿大找到位置啦？恭喜恭喜！

【在 D*a 的大作中提到】

: 我们和隔壁实验室打算重复

k*n2014-02-15 08:02

13 楼

我们最近也计划重复……

【在 D*a 的大作中提到】

: 我们和隔壁实验室打算重复

d*p2014-02-15 08:02

14 楼

你仔细看看她用的什么细胞！
adult 的细胞，激一下再培养，基本都死掉了。

【在 k*******a 的大作中提到】

: 尼玛，酸激一下就可以，进化这么easy，那整个系统不崩掉。
: 老实讲，我仔细看了两遍，还是觉得不可思议。

i*02014-02-15 08:02

15 楼

她的细胞太奇怪了。说不能clonal生长，但是显示的图片都是clonal的；说viablity有
问题，但是在各种differentiation assay表现的超极好；我用E14细胞做embyronic
chimerism 的效率都没有她的STAP细胞高。
从图来看，免疫荧光什么都做的非常漂亮，但是phase contrast和AP的染色看起来是相
当的ugly。

j*n2014-02-15 08:02

16 楼

说实话她用的那个脾细胞系统本来就有问题有本事用完全终端分化细胞做实验主体对
象看看

【在 d*p 的大作中提到】

: 你仔细看看她用的什么细胞！
: adult 的细胞，激一下再培养，基本都死掉了。

D*a2014-02-15 08:02

17 楼

哈~多谢哈~干了几个月了

【在 B******w 的大作中提到】

: 你在加拿大找到位置啦？恭喜恭喜！

s*x2014-02-15 08:02

18 楼

完全造假是不可能的，要不然何不搞个更复杂的protocol。
只不过效率上很可能比较低，或者有些tricky的东西。
而且最近nature podcast上好像有人已经重复了。
酸葡萄心理是没用的

j*i2014-02-15 08:02

19 楼

去年我们这里有个学生ipcs用virus诱导不出来，碰巧又到了圣诞，干脆一扔，回家过
圣诞了。结果两周后回来，居然长出克隆来了。现在看来，有可能是stress诱导了ipcs
. 所以，可信度还是挺大的。确实不应该妒忌。伟大的发现往往看起来就这么简单。比
如，dna双螺旋。如果理论看起来很美，它很可能是对的。

E*g2014-02-15 08:02

20 楼

她去了好久了吧～～～

【在 B******w 的大作中提到】

: 你在加拿大找到位置啦？恭喜恭喜！

H*r2014-02-15 08:02

21 楼

这个virus诱导出ips是有data支持的。virus会激活toll like4/nfkb signaling,很大
地增加成功率。不知这个酸刺激是不是也会激活nfkb signaling。

j*i2014-02-15 08:02

22 楼

那个学生用的是一种没有报道过的细胞，所以即使成熟的protocal也不容易成功。我倒
觉得他把细胞扔下两周，medium的环境已经变成一种stress, 比如低ph. 诱导效率跟
nfkb关系大吗？用non-viral vector效率也很不错啊。

【在 H*******r 的大作中提到】

: 这个virus诱导出ips是有data支持的。virus会激活toll like4/nfkb signaling,很大
: 地增加成功率。不知这个酸刺激是不是也会激活nfkb signaling。

H*r2014-02-15 08:02

23 楼

This is the link to the TLK3-ipscs paper i mentioned.
http://www.cell.com/retrieve/pii/S0092867412011816
Lee et al., Cell Volume 151, Issue 3 2012 547 - 558

G*O2014-02-15 08:02

24 楼

许多实验室尝试用她的诱导条件重复实验，均告失败。一些重复实验还在进行中。
见博客最新更新：http://www.ipscell.com/stap-new-data/

う。

【在 a*******a 的大作中提到】

: STAP細胞で有名になった理化学研究所の小保方晴子（その他）。時の人だ。はやくも
: ノーベル賞受賞濃厚と騒ぐ人もいる。
: 現在そんな彼女が"ある分野"でも話題になっている。すでに彼女が筆頭著者になって
: いる論文にいくつかの指摘がある[1]。某サイトでは話題になり現在検証中。STAP細
: 胞の議論関連のサイトも一部で話題だ[2][3]。そのうちまとめサイトができるだろう。
: 一部紹介すると次のもの。[1]の論文に関して。
: http://blog.goo.ne.jp/lemon-stoism/e/008ac025ee1ccf4c694869f09b

G*O2014-02-15 08:02

25 楼

Deepsequencing结果没有找到？
Casey Bergman：
I was also unable to find the data associated with this paper. As such, I
have written to Nature to ask them to confirm whether the NGS data from
Obokata et al has indeed been deposited in a public database, as is required
by their “Availability of data and materials” policy. My letter is as
follows and was posted today 13-2-2014.
Dear Editor -
It has come to my attention that a recent paper published in your journal
that reports next-generation sequencing data may not have deposited the raw
data in a public database such as SRA or GEO. The paper in question is
Obokata et al “Bidirectional developmental potential in reprogrammed cells
with acquired pluripotency” http://www.nature.com/nature/journal/v505/n7485/full/nature12969.html. The data in question are reported in Supplemental Tables 2 and 3 http://www.nature.com/nature/journal/v505/n7485/extref/nature12969-s1.pdf.
For the RNA-seq and Chip-seq experiments, the authors only report accession
numbers for NCBI’s BioSample database, as follows: “RNA-seq and ChIP-seq
files have been submitted to the NCBI BioSample databases under accessions
SAMN02393426, SAMN02393427, SAMN02393428, SAMN02393429, SAMN02393430,
SAMN02393431, SAMN02393432, SAMN02393433, SAMN02393434 and SAMN02393435.”
However, NCBI’s BioSample database contains only “description of the
biological source materials used in experimental assays”, it does not
warehouse raw next-generation sequence data https://submit.ncbi.nlm.nih.gov
/subs/biosample/).
I have searched extensively at NCBI for these data, and can find no evidence
that they exist in SRA or GEO. In fact, these BioSample accessions are not
referred to by any other accessions in Entrez, and specifically are not
found in SRA/GEO where raw next-generation sequence data should be deposited
, as can be confirmed by the following query:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gquery/?term=SAMN02393426All%20Fiel
Nature Publishing Group’s policy on the “Availability of data and
materials” states that “A condition of publication in a Nature journal”
is that “submission to a community-endorsed, public repository is mandatory
” for “DNA and RNA sequencing data (traces for capillary electrophoresis
and short reads for next-generation sequencing)” http://www.nature.com/authors/policies/availability.html. Thus, as far as I can tell, it appears that the conditions for availability of data required for publication in your journal have not been met for for this paper.
Therefore I ask could you (i) please verify whether SRA/GEO accession
numbers are indeed available for the next-generation sequence DNA sequence
data reported in this paper; and, if not (ii) please contact the authors and
ensure that this data is submitted to SRA/GEO or another public database as
soon as possible to fulfil the conditions for publication in your journal?
I look forward to hearing from you concerning this matter at your earliest
convenience.
Yours sincerely,
Casey Bergman

【在 H**O 的大作中提到】

: http://www.ipscell.com
: 谁重复了她的实验就可以在这里报告
: 迄今没有人能重复
: 当然也可能重复不出来的才去blog报告重复出来的在做后续
: 如果真的是假的，那晴子妹妹也太傻了吧明知道这么惊天动地的结果，一定会引起全
: 世界的关注，肯定会
: 有很多实验室跟进，还敢造假啊

m*u2014-02-15 08:02

26 楼

http://www.nature.com/news/acid-bath-stem-cell-study-under-inve

m*z2014-02-15 08:02

27 楼

两周不换液？就算细胞不死也干了吧。。。

【在 j******i 的大作中提到】

: 那个学生用的是一种没有报道过的细胞，所以即使成熟的protocal也不容易成功。我倒
: 觉得他把细胞扔下两周，medium的环境已经变成一种stress, 比如低ph. 诱导效率跟
: nfkb关系大吗？用non-viral vector效率也很不错啊。

T*u2014-02-15 08:02

28 楼

感觉应该是真的。
我觉得她的胆子不至于大到这个地步。
也许是不想让大家这么快重复好keep自己的优势。
从而做human cell以及后续的工作。
Just guess

i*02014-02-15 08:02

29 楼

我觉得不可能。人的primary 细胞那么多，而且她的STAP细胞的制作周期那么短。用她
的方法做人的iPS不是小case？

【在 T****u 的大作中提到】

: 感觉应该是真的。
: 我觉得她的胆子不至于大到这个地步。
: 也许是不想让大家这么快重复好keep自己的优势。
: 从而做human cell以及后续的工作。
: Just guess

T*u2014-02-15 08:02

30 楼

human和mouse iPSC是不一样的，同一种配方不一定适用。
Deng HK的chemical也是一样。
而且不是说你做了一下拿到细胞就行，还得characterize, HiSeq,功能实验，诱导分化
来证明你的iPSC的全能性，Not easy.

【在 i*********0 的大作中提到】

: 我觉得不可能。人的primary 细胞那么多，而且她的STAP细胞的制作周期那么短。用她
: 的方法做人的iPS不是小case？

j*i2014-02-15 08:02

31 楼

这几天没什么动静啊是不是有人做出来捂着不说

b*l2014-02-15 08:02

32 楼

她自己刚刚claim又重复了一遍，，，有人重复出来了吗？
According to the news media in Japan, Dr. Obokata recently succeeded to
reproduce the results by following the exact protocol as published. It is
confirmed by Riken CDB so it’s not a tabloid:
http://sankei.jp.msn.com/science/news/140306/scn14030609000001-
I am rather surprised by the fact that she is allowed to run experiments
when the paper is under investigation, but in any case, I encourage everyone
who are trying reproducing the results to contact Riken CDB asking for
material samples from this reproduction.

【在 j******i 的大作中提到】

: 这几天没什么动静啊是不是有人做出来捂着不说

h*n2014-02-15 08:02

33 楼

这个其实是science --> engineering 通用问题.
加入一个技术在实验室里可行, 但成功率低, 条件高, 总会有一帮人把它改进成为可以
实用的技术.

【在 l*******r 的大作中提到】

: 如果成功率很低，条件很难，那怎么能成为临床上的技术呢