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大家来谈谈蛋白质的热点吧

大家来谈谈蛋白质的热点吧# Biology - 生物学

l*n2014-08-23 07:08

1 楼

很喜欢版面上关于具体科研问题的讨论，每次我都受益多多．coinbycoin的系列帖子读
起来都很有收获和感触．
想听听大家的意见，关于蛋白质研究，现在的瓶颈在哪里？换句话说，有哪些核心的大
家都感兴趣的希望解决的问题？技术上有什么需求，希望有哪些突破呢？
很不具体的一个问题，欢迎发散思维讨论．

b*02014-08-23 07:08

2 楼

big COW won't come here

【在 l******n 的大作中提到】

: 很喜欢版面上关于具体科研问题的讨论，每次我都受益多多．coinbycoin的系列帖子读
: 起来都很有收获和感触．
: 想听听大家的意见，关于蛋白质研究，现在的瓶颈在哪里？换句话说，有哪些核心的大
: 家都感兴趣的希望解决的问题？技术上有什么需求，希望有哪些突破呢？
: 很不具体的一个问题，欢迎发散思维讨论．

l*y2014-08-23 07:08

3 楼

我比较看好nanopore类似的新技术用在蛋白上，实现真正的蛋白组全覆盖。
质谱蛋白组先天不足太多，勉强凑合，做出来的东西实在问题多多。

【在 l******n 的大作中提到】

s*y2014-08-23 07:08

4 楼

我每次在合作者那里做完质谱之后，都会有类似感慨。质谱仪名义上是有单分子检测的
精度的，但是实际应用上很难做到。而且最让人尴尬的是可靠性太差了。我们把同一个
样品分成两半，送到不同的组去用同一型号的仪器来做，做出来的结果居然差别很大，
根本上就是各说各的，可重复性如此的低让人无语得一塌糊涂。

【在 l****y 的大作中提到】

: 我比较看好nanopore类似的新技术用在蛋白上，实现真正的蛋白组全覆盖。
: 质谱蛋白组先天不足太多，勉强凑合，做出来的东西实在问题多多。

E*g2014-08-23 07:08

5 楼

用nanopore做蛋白质测序

【在 l******n 的大作中提到】

K*S2014-08-23 07:08

6 楼

分怎么做和做什么了，同实验室和不同实验室之间的差别NCI的CPTAC几年前已经做过了
，而且同样的质朴的参数设定可以很不一样，前面连的HPLC可以有很多种，COLUMN也有
很多种。但是质谱的好处是结果可以一直追溯到最初的RAW FILE，造假很难，只要一次
的RAW DATA好就能很确定。

【在 s******y 的大作中提到】

: 我每次在合作者那里做完质谱之后，都会有类似感慨。质谱仪名义上是有单分子检测的
: 精度的，但是实际应用上很难做到。而且最让人尴尬的是可靠性太差了。我们把同一个
: 样品分成两半，送到不同的组去用同一型号的仪器来做，做出来的结果居然差别很大，
: 根本上就是各说各的，可重复性如此的低让人无语得一塌糊涂。

l*82014-08-23 07:08

7 楼

不晓得热点欸，不过以前实验室做chaperone，应该是“曾经的热点”了吧。。。。

s*c2014-08-23 07:08

8 楼

跟药物和疾病相关重要membrane proteins，比如ion channels，GPCRs，EGF
receptors，cytokine receptors等signaling，molecular mechanisms的研究

l*n2014-08-23 07:08

9 楼

准确率高的high throughput?同意阿，我觉得pull-down assay的artifact的确有一些
，而且对transient interaction很难识别
蛋白组覆盖之后呢？我比较好奇大家对大面积识别出的蛋白，接下来怎么做怎么看.

【在 l****y 的大作中提到】

: 我比较看好nanopore类似的新技术用在蛋白上，实现真正的蛋白组全覆盖。
: 质谱蛋白组先天不足太多，勉强凑合，做出来的东西实在问题多多。

l*n2014-08-23 07:08

10 楼

不能同意你更多，遇到过类似的情况
可重复性在定性和定量分析里都是最关键的

【在 s******y 的大作中提到】

l*n2014-08-23 07:08

11 楼

benchmark study对一个技术是很不错的检验，不同的仪器（型号，厂家）不同的操作
手段，不同的操作人员．
我觉得能具体到一个或几个经典protocol（当然需要指定一定的或者类似的分子特性，
因为不同分子差别太大了）会大幅提高可重复性

【在 K******S 的大作中提到】

: 分怎么做和做什么了，同实验室和不同实验室之间的差别NCI的CPTAC几年前已经做过了
: ，而且同样的质朴的参数设定可以很不一样，前面连的HPLC可以有很多种，COLUMN也有
: 很多种。但是质谱的好处是结果可以一直追溯到最初的RAW FILE，造假很难，只要一次
: 的RAW DATA好就能很确定。

l*n2014-08-23 07:08

12 楼

nanopore　两票了^_^

【在 E******g 的大作中提到】

: 用nanopore做蛋白质测序

l*n2014-08-23 07:08

13 楼

曾经的热点有什么后续发展麽？对哪些相关方向有比较大的影响？

【在 l********8 的大作中提到】

: 不晓得热点欸，不过以前实验室做chaperone，应该是“曾经的热点”了吧。。。。

l*n2014-08-23 07:08

14 楼

记得前一阵关于结构/mechanisms/drug development有过深度讨论，结论是对药物研发
的作用很有限，主要的药物还是靠传统筛查，甚至不知道反应机理很多年
membrane proteins现在结构越来越多被解析出来，接下来的功能相关研究有哪些主要
需要突破的呢？不好意思，很小白的问题

【在 s******c 的大作中提到】

: 跟药物和疾病相关重要membrane proteins，比如ion channels，GPCRs，EGF
: receptors，cytokine receptors等signaling，molecular mechanisms的研究

l*n2014-08-23 07:08

15 楼

nanobody对膜蛋白结构的帮助也许也可以算个技术方面的突破？
nano-disk and etc

l*n2014-08-23 07:08

16 楼

传统生化手段往high throughput方向转变会是生物科研相关方向生产效率提高的一大
进步．
插一句感受，最近接触过一些对科研感兴趣的高中生，感觉他们对生物技术的估计／期
待很多时候是希望一键搞定数据采集和数据分析．对生物这么复杂的体系的了解，用各
种方法去研究，都有一定的学习过程，很多微妙的地方就在于对研究体系和实验手段的
彻底理解和调节．认识一个牛人，对他们做的各种项目使用的各种方法都有相当深度的
了解，纵观全局又能把手里的技术发挥到全面透彻的程度，深感做到这样是多么不容易
，但个人认为却又是必须．

e*s2014-08-23 07:08

17 楼

晕。我现在还在拼命往质谱上靠。不过蛋白组是不做的。

【在 s******y 的大作中提到】

e*s2014-08-23 07:08

18 楼

大蛋白、膜蛋白的dynamics应该算是个热点、难点吧。不过，不是那么吸引眼球就是了。