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RNAseq, cDNA normalization的问题
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RNAseq, cDNA normalization的问题# Biology - 生物学
x*n
1
每年的年夜饭,都是妈妈打主手,我就跟着打打下手,共同完成丰富的年饭。年夜饭家
宴菜肴各地都有自己的特色,在我家也有我家的特色,这一年都会按照一家喜欢的口味
去做,每年年夜饭桌上扣肉是不可少的,必是最最经典的保留大菜,一家大小都是吃着
妈妈做的扣肉长大的,妈妈说吃着扣肉,寓意着合家团圆、吉祥、幸福,在父母心里,
守望着一家子团圆幸福比什么都重要,所以我们一定要懂得回报父母的辛劳,希望他们
健康长寿,也希望天下的父母都是健康长寿。。。
食材:五花肉一大块 糯米一碗 萝卜干一小碗 姜片 蒜段
调料:生抽 腐乳 红糖粉 五香粉 辣椒粉
做法:
1.五花肉洗净后,下锅滚水煮,放入姜片和蒜段,煮至用筷子可以轻易刺穿即可;
2.取出后,在猪皮面上用牙签戳洞,均匀抹上酱油备用;
3.热油锅,将五花肉放入炸成金黄色,且猪皮呈现器泡沫状态后取出,切成厚度一样的
片状;
4.将所有调料用一大碗温水调开均匀成调料汁备用;
5.糯米提前煮好,倒入切末碎的萝卜干搅拌均匀,淋入适量调料汁搅拌均匀;
6.将五花肉放进装有调料汁的碗里裹上料汁,取两块五花肉中间夹上糯米,平铺的盘中
,猪皮部位朝下,剩下的五花肉糯米依次按照摆放;
7.最后把剩余多的糯米全铺在碗上,按结实,成满满的一碗状;
8.用另一个同等的盘子盖住装有扣肉的盘子;
9.放入高压锅中蒸2个小时;
10.取出后,倒扣在盘子上即可上桌食用。
小贴士:
1:炸五花肉时记得一定要把自己武装起来呦,小心油溅身上,小心脸和手哦,很吓人
的说。
2:倒扣的时候因为糯米比较粘碗,所以我像取戚风蛋糕似的,满满抠出来的。
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b*e
2
今天跟狗队走了才5麦,下山还是膝盖外侧老地方疼痛,回家以后得到了医生邻居的指
点,才知道自己得了肌腱炎,不是膝盖本身的问题,看看有没有同学和我一个症状的,
都是膝盖上方外侧有刺痛感。
百度了一下:
肌雁或肌健周围组织的一种炎症.肌健是一束连结肌肉和骨骼,传导肌肉产生的压力的
纤维组织。肌健具有耐受弯曲、伸展和扭曲的功能。但当过度疲劳,纤维撕裂或其他损
伤时肌健会发炎。如果关节的不断运动使损伤进一步发展的话,疼痛会很明显或加重。
大多数肌健炎在大约两周内可以愈合,但慢性肌鲢炎可超过6周,通常由于患者未给肌
膛充分愈合的时间。糖尿痛、关节炎和痛风等疾病均可减缓愈合。
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c*y
3
transcriptome analysis需要normalized cDNA吗?
通常什么情况下需要normalized cDNA?
多谢了!
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b*e
4
症状
◆关节或关节附近的触痛,尤其肩腕或脚后跟(此处称为Achilles跟腱炎)等周围
或肘外侧(此处病变称为网球肘)。
◆在一些病例,出现麻木或刺痛。
◆伴有疼痛的关节僵硬,限制了受累关节的运动。
◆偶尔关节轻微肿胀。
◆持续疼痛,肌腱从原来的损伤复发后持续疼痛或很久以后再发。出现以下情况应
去就医
◆疼痛7~10天无好转,若想避免转变为慢性肌键炎,或合并其他疾病如滑囊炎,
腕关节综合征或静脉炎,应看医生。
◆疼痛很严重并伴有肿胀,可能有肌腱断裂,需立即进行治疗。病 因
当运动时肌腱过度受压,可引起肌腱发炎。偶尔而非经常运动的周末运动员很少被
肌腱痛困扰、最常见的原因是同一关节受同一反复的动作的压迫而引起。不仅仅发生在
体育运动,而且在许多类型的办公室工作或其他情况下也可发生。
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B8
5
貌似不需要。
静等大牛详解。
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b*e
6
常规治疗
对肌腱炎进行紧急治疗,医生和理疗师建议用RICE法ICRE步骤,即休息(rest)、
冷敷(ice)、热敷患处(compression)和抬高患肢(elevation)。也可用阿司匹林
和布洛芬帮助减轻炎症和疼痛。超声和桑拿浴疗法可放松肌肉和肌腱,改善血循环,促
进愈合。偶尔也可用皮质类固醇激素治疗。
理疗师也可能提出你的运动计划以帮忙在保持附近肌肉群的功能和总体肌力的前提
下休息肌腱,只能慢慢地逐渐进行肌腱自身锻炼。你的训练计划可能包括有趣的练习,
慢慢增加受伤区域的使用次数,当有疼痛时立即停止。你也可做一些很容易的伸展运动
,一日几次。
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g*r
7
一般来说,如果目标是differential expression,不应用normalization。
normalization的一个好处是会降低整个转录组中高表达基因的含量。
早期测序实验很昂贵,如果大部分数据重复用在高表达基因身上,从gene discovery角
度来看是很浪费的。
个人意见。
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l*t
8
我是里面酸痛,今天在老牛建议下用了护膝,舒服多了。

【在 b**********e 的大作中提到】
: 今天跟狗队走了才5麦,下山还是膝盖外侧老地方疼痛,回家以后得到了医生邻居的指
: 点,才知道自己得了肌腱炎,不是膝盖本身的问题,看看有没有同学和我一个症状的,
: 都是膝盖上方外侧有刺痛感。
: 百度了一下:
: 肌雁或肌健周围组织的一种炎症.肌健是一束连结肌肉和骨骼,传导肌肉产生的压力的
: 纤维组织。肌健具有耐受弯曲、伸展和扭曲的功能。但当过度疲劳,纤维撕裂或其他损
: 伤时肌健会发炎。如果关节的不断运动使损伤进一步发展的话,疼痛会很明显或加重。
: 大多数肌健炎在大约两周内可以愈合,但慢性肌鲢炎可超过6周,通常由于患者未给肌
: 膛充分愈合的时间。糖尿痛、关节炎和痛风等疾病均可减缓愈合。

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c*y
9
那是不是一个未知样本作RNAseq,同时作两个library比较好,normalized 可以看看到
底那些基因表达, non-normalized, 看看相当基因表达abundance??

【在 g*r 的大作中提到】
: 一般来说,如果目标是differential expression,不应用normalization。
: normalization的一个好处是会降低整个转录组中高表达基因的含量。
: 早期测序实验很昂贵,如果大部分数据重复用在高表达基因身上,从gene discovery角
: 度来看是很浪费的。
: 个人意见。

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b*e
10
是膝盖里面?你今天爬到什么高度?护膝据说是很有用的,就是太影响美观了

【在 l******t 的大作中提到】
: 我是里面酸痛,今天在老牛建议下用了护膝,舒服多了。
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g*r
11
未知是指物种没有已知的基因组参照? 还是指没有类似的实验结果?
如果经费不是问题,当然可以制两种library。
对已知物种一般没必要normalization。基因表达量太低,生物学意义也不明了。
对未知物种,当ribosomal depletion 或polyA seletion 成功,并且sequencing
depth足够高,绝大部分有表达的基因都能测到。
normalization可以降低高表达基因的读数,但我也不确定会不会提高低表达基因的读
数。你可以先拿public data做research看变化有多大。无责任推测不会有太大帮助,
因为被测出来的基因都起码有一定的表达量。

【在 c***y 的大作中提到】
: 那是不是一个未知样本作RNAseq,同时作两个library比较好,normalized 可以看看到
: 底那些基因表达, non-normalized, 看看相当基因表达abundance??

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l*t
12
最高点九千尺多一点儿。只要膝盖不疼,丑一点又何妨呢?

【在 b**********e 的大作中提到】
: 是膝盖里面?你今天爬到什么高度?护膝据说是很有用的,就是太影响美观了
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c*y
13
我目前的数据,illumina 都是non-normalized, pacbio都是normalized
难道pacbio已经被认为不够deep???

【在 g*r 的大作中提到】
: 未知是指物种没有已知的基因组参照? 还是指没有类似的实验结果?
: 如果经费不是问题,当然可以制两种library。
: 对已知物种一般没必要normalization。基因表达量太低,生物学意义也不明了。
: 对未知物种,当ribosomal depletion 或polyA seletion 成功,并且sequencing
: depth足够高,绝大部分有表达的基因都能测到。
: normalization可以降低高表达基因的读数,但我也不确定会不会提高低表达基因的读
: 数。你可以先拿public data做research看变化有多大。无责任推测不会有太大帮助,
: 因为被测出来的基因都起码有一定的表达量。

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b*e
14
最好是里面穿一条贴身的长裤,戴上,外面再穿个裤子

【在 l******t 的大作中提到】
: 最高点九千尺多一点儿。只要膝盖不疼,丑一点又何妨呢?
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g*r
15
pacbio的数据产量低。除非基因组很小,要deep就上illumina。
比较这两种平台,illumina的优势是量大质优又便宜,pacbio的优势是序列很长。各自
的优点都是对方的弱点,因此常有人在两种平台上都测。pacbio用于测基因组比较常见
,因为long read对解决repeat/duplicated区域很有帮助。
你已经在illumina测了non-normalized,pacbio要扬长避短测normalized,这是很合理
的。

【在 c***y 的大作中提到】
: 我目前的数据,illumina 都是non-normalized, pacbio都是normalized
: 难道pacbio已经被认为不够deep???

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l*t
16
同学,你这样做很快会捂出痱子来的

【在 b**********e 的大作中提到】
: 最好是里面穿一条贴身的长裤,戴上,外面再穿个裤子
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G*h
17
计算 FPKM 本身应该就是一种 normalization 吧?
此外,可以在样本中添加 “External RNA Controls Consortium” exogenous spike-
in mRNAs,并用它们来 normalization 或者对照。这样可以用传统的和新的方法看看
能否找到不同的 DE genes,然后用 qRT-PCR 检测。
文献:Loven J, Orlando DA, Sigova AA, Lin CY, Rahl PB, Burge CB, Levens DL,
Lee TI, Young RA (2012). Revisiting global gene expression analysis. Cell.
151(3):476-482. PMID: 23101621; PMCID: PMC3505597
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b*e
18
只要膝盖不疼又美观,悟出点痱子又何妨呢?

【在 l******t 的大作中提到】
: 同学,你这样做很快会捂出痱子来的
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g*r
19
楼主说的是制library过程中的normalization。跟数据分析中的fpkm normalization目
的是不一样的。
ERCC spike-in没用过,效果如何不便评价。只是目前看来没有普及,光打雷不下雨。
楼主勇于尝试是好事,到时记得分享经验阿。

spike-
,

【在 G*****h 的大作中提到】
: 计算 FPKM 本身应该就是一种 normalization 吧?
: 此外,可以在样本中添加 “External RNA Controls Consortium” exogenous spike-
: in mRNAs,并用它们来 normalization 或者对照。这样可以用传统的和新的方法看看
: 能否找到不同的 DE genes,然后用 qRT-PCR 检测。
: 文献:Loven J, Orlando DA, Sigova AA, Lin CY, Rahl PB, Burge CB, Levens DL,
: Lee TI, Young RA (2012). Revisiting global gene expression analysis. Cell.
: 151(3):476-482. PMID: 23101621; PMCID: PMC3505597

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l*t
20
痱子处理不好会发炎,就疼了

【在 b**********e 的大作中提到】
: 只要膝盖不疼又美观,悟出点痱子又何妨呢?
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c*y
21
多谢回复!

【在 g*r 的大作中提到】
: pacbio的数据产量低。除非基因组很小,要deep就上illumina。
: 比较这两种平台,illumina的优势是量大质优又便宜,pacbio的优势是序列很长。各自
: 的优点都是对方的弱点,因此常有人在两种平台上都测。pacbio用于测基因组比较常见
: ,因为long read对解决repeat/duplicated区域很有帮助。
: 你已经在illumina测了non-normalized,pacbio要扬长避短测normalized,这是很合理
: 的。

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b*e
22
说真的,护膝真的很有用吗?我上山没事,主要下山疼,我要好好休息,不想变成慢性
的。。。

【在 l******t 的大作中提到】
: 痱子处理不好会发炎,就疼了
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c*y
23
是的,我说的事tech层面的normalization, 不是数据分析的normalization

【在 g*r 的大作中提到】
: 楼主说的是制library过程中的normalization。跟数据分析中的fpkm normalization目
: 的是不一样的。
: ERCC spike-in没用过,效果如何不便评价。只是目前看来没有普及,光打雷不下雨。
: 楼主勇于尝试是好事,到时记得分享经验阿。
:
: spike-
: ,

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l*t
24
别人的情况我不敢说,我今天下山的时候,使用护膝有立竿见影的效果。

【在 b**********e 的大作中提到】
: 说真的,护膝真的很有用吗?我上山没事,主要下山疼,我要好好休息,不想变成慢性
: 的。。。

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b*e
25
那我回头也去买个好看的试试

【在 l******t 的大作中提到】
: 别人的情况我不敢说,我今天下山的时候,使用护膝有立竿见影的效果。
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l*t
26
其实除非是那种紧身的裤子,在外面根本就看不出来。

【在 b**********e 的大作中提到】
: 那我回头也去买个好看的试试
avatar
b*e
27
你绑里面的?我还以为直接绑裤子外面

【在 l******t 的大作中提到】
: 其实除非是那种紧身的裤子,在外面根本就看不出来。
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l*t
28
绑里面的,主要是为了固定半月板的位置,减轻摩擦。

【在 b**********e 的大作中提到】
: 你绑里面的?我还以为直接绑裤子外面
avatar
q*n
29
那你快点买,我也跟一个。

【在 b**********e 的大作中提到】
: 那我回头也去买个好看的试试
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t*7
30
我的knee就被justin搞残废乐lol
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m*g
31
效果非常明显。

【在 b**********e 的大作中提到】
: 说真的,护膝真的很有用吗?我上山没事,主要下山疼,我要好好休息,不想变成慢性
: 的。。。

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J*h
32
咳咳,这位同学年方25跟俺上山最难的是wilson.他的毛病是在国内洗脚洗出来的,和
justin gg无关

【在 t*********7 的大作中提到】
: 我的knee就被justin搞残废乐lol
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J*h
33
楼上各位,护膝起的作用和肌肉,筋腱一样,是支持和保护作用。需要用护膝说明腿部
肌肉需要加强。
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l*t
34
天天你去看看医生吧,治好了就又可以去滑雪了。年纪轻轻的不要说残废这两个字。

【在 t*********7 的大作中提到】
: 我的knee就被justin搞残废乐lol
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l*t
35
大概是这么个过程:人在疲劳的时候,肌肉和韧带的力量下降,不足以维持膝盖骨在正
确的位置,它就会跟附近的部位产生非正常摩擦,导致疼痛,护膝的作用就是帮助你维
持膝盖骨的正确位置。当然了如果你有强健的肌肉和韧带,在体力下降的时候也能很好
地固定膝盖骨,这时候就不用护膝了。所以锻炼腿部力量仍然是最重要,护膝只是个临
时方案。
这段时间版上关于膝盖的讨论好多,要是在我受伤之前就好了。当时有个叫做justin的
蒙古大夫老是跟我唠叨什么glucosamine,可惜忠言总是逆耳,现在我每天glucosamine
吃到饱。。。
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b*e
36
展开说说怎么锻炼腿部肌肉,我跑步跑了一年了还经常作leg press,现在小腿肚已经出
现W形的肌肉,不知道再加强还看得出去是女人否?

【在 J******h 的大作中提到】
: 楼上各位,护膝起的作用和肌肉,筋腱一样,是支持和保护作用。需要用护膝说明腿部
: 肌肉需要加强。

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l*t
37
应该不是小腿,而是大腿肌肉比如股四头肌。女人有腿粗的也有腿细的,不必太在意。

【在 b**********e 的大作中提到】
: 展开说说怎么锻炼腿部肌肉,我跑步跑了一年了还经常作leg press,现在小腿肚已经出
: 现W形的肌肉,不知道再加强还看得出去是女人否?

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b*e
38
我就是因为天生腿细所以加强了也就这样没法再加强了。。。

【在 l******t 的大作中提到】
: 应该不是小腿,而是大腿肌肉比如股四头肌。女人有腿粗的也有腿细的,不必太在意。
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l*t
39
bso自己的腿型好?其实膝关节附近的肌肉和韧带不是那么容易加强的,我练了有一阵
子了但是效果很慢。

【在 b**********e 的大作中提到】
: 我就是因为天生腿细所以加强了也就这样没法再加强了。。。
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b*e
40
细又不一定好,要大腿粗壮结实,小腿细才好看,我小腿没问题,大腿不够粗壮
你什么动作可以练膝盖附近肌肉?借鉴一下

【在 l******t 的大作中提到】
: bso自己的腿型好?其实膝关节附近的肌肉和韧带不是那么容易加强的,我练了有一阵
: 子了但是效果很慢。

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