急问：需要多少内存 - 未名空间MITBBS历史存档

国际科技财经博客移民网络热点娱乐民生时事公众号

Redian新闻

>未名空间

>Biology - 生物学

急问：需要多少内存

急问：需要多少内存# Biology - 生物学

d*12015-01-23 08:01

1 楼

H-1B 8月底到期，现在联系community college,转 F1 ，拿 I20，马上准备交上去，F1
据说要3个月才能批下来，学校说每学期要休够12 个学分，可是现在F1 pending期
间，我能上课吗？

w*d2015-01-23 08:01

2 楼

都三个月了，还是initial review

s*l2015-01-23 08:01

3 楼

Illumina targeted resequencing 产生比如说100M reads (10Gb data) for one
sample，需要把reads map to human genome (3GB), and use GATK to call variants
需要多少内存（最少要求多少，最好是多少，最多再多了也没有用）？

d*12015-01-23 08:01

4 楼

w*u2015-01-23 08:01

5 楼

问题是有几个1月拿到的

【在 w*****d 的大作中提到】

: 都三个月了，还是initial review

c*e2015-01-23 08:01

6 楼

mapping 用不了多少内存，主要占CPU比较多。
call variants 需要的内存大一点，64G绝对够了。其实内存小点也没有问题，你可以
分成chromosome分别运行，还可以分得更小，所以基本上16G以下也没有什么问题，都
可以跑。

variants

【在 s****l 的大作中提到】

: Illumina targeted resequencing 产生比如说100M reads (10Gb data) for one
: sample，需要把reads map to human genome (3GB), and use GATK to call variants
: 需要多少内存（最少要求多少，最好是多少，最多再多了也没有用）？