a*r
2 楼
目前在一个小的start up公司,如果公司帮我申请绿卡EB2,但是过两年如果公司被收
购的话怎么办?是不是一切都需要重新来?谢谢
购的话怎么办?是不是一切都需要重新来?谢谢
l*n
3 楼
看了一篇文献,说autodock的引用是最高的。把自己解出的结构试了一下,和docking
的结果根本不符合。从PDB下载了几个有ligand的去试,也根本没有找到正确的。看来
这玩意引用高是因为它是免费的,不靠谱。
有没有靠谱一点的推荐一下,谢谢。
的结果根本不符合。从PDB下载了几个有ligand的去试,也根本没有找到正确的。看来
这玩意引用高是因为它是免费的,不靠谱。
有没有靠谱一点的推荐一下,谢谢。
j*e
5 楼
no need
j*j
6 楼
花钱买的能稍微靠谱一点,e.g. "glide" or "gold"。。。
不过现在docking的软件是用来做高通量virtual screening的,成功率本来就低,小于
10%,不过你要用几百万的lignd库,还是能找出很多的。
如果要更精确,要用simulation算binding free energy, 耗时耗力。。。
docking
【在 l*****n 的大作中提到】
: 看了一篇文献,说autodock的引用是最高的。把自己解出的结构试了一下,和docking
: 的结果根本不符合。从PDB下载了几个有ligand的去试,也根本没有找到正确的。看来
: 这玩意引用高是因为它是免费的,不靠谱。
: 有没有靠谱一点的推荐一下,谢谢。
不过现在docking的软件是用来做高通量virtual screening的,成功率本来就低,小于
10%,不过你要用几百万的lignd库,还是能找出很多的。
如果要更精确,要用simulation算binding free energy, 耗时耗力。。。
docking
【在 l*****n 的大作中提到】
: 看了一篇文献,说autodock的引用是最高的。把自己解出的结构试了一下,和docking
: 的结果根本不符合。从PDB下载了几个有ligand的去试,也根本没有找到正确的。看来
: 这玩意引用高是因为它是免费的,不靠谱。
: 有没有靠谱一点的推荐一下,谢谢。
g*m
8 楼
我们公司最近被收购,没有影响。
E*g
9 楼
我只能说你不会用autodock!
v*n
10 楼
i once was interviewed by a director, but we only talked about 10 minutes.
he asked my paper and when can I start working, something like that. nothing
special. you must be very familiar with your resume, most likely, he will
ask some questions from your resume.
【在 q**f 的大作中提到】
: 都聊些什么啊?没谱啊
: 技术还是问些BEHAVIOR QUESTIONS啊?
he asked my paper and when can I start working, something like that. nothing
special. you must be very familiar with your resume, most likely, he will
ask some questions from your resume.
【在 q**f 的大作中提到】
: 都聊些什么啊?没谱啊
: 技术还是问些BEHAVIOR QUESTIONS啊?
s*r
11 楼
If it is a success in interest, nothing will change in most cases. You may
need a I-140 amendment. That is all.
need a I-140 amendment. That is all.
j*2
13 楼
有时候有些behavior的问题
有时候会有些技术问题
有时候会有些技术问题
s*i
14 楼
你从PDB下的结构有没有经过预处理?Autodock的流程我不熟悉,但Glide通常是要预处
理才行。另外楼上说得没错,docking这东西就是个参考,不能依赖它。
理才行。另外楼上说得没错,docking这东西就是个参考,不能依赖它。
q*g
15 楼
ucsf chimera
p*u
16 楼
做实验的。别要求太高。
[在 Enzyming (一支酶) 的大作中提到:]
:我只能说你不会用autodock!
:
:...........
[在 Enzyming (一支酶) 的大作中提到:]
:我只能说你不会用autodock!
:
:...........
p*u
21 楼
autodock的准确率本来也不高,文献报道不到50%,速度还是奇慢无比。引用率高因为
是比较早的开源软件,而且一堆物理公式也挺能吓唬人的,不明就里的往往以为物理公
式多,计算准确性就上去了,这差不多也是某种学术迷信吧。
同一个实验室的Vina,
没有那些高大上的物理公式,采用机器学习的方法,无论是速度还是准确率都要甩
autodock几条大街。
就晶体结构中配体的Redocking而言,现在好的对接软件成功率
在80%-90%,这个还是有保证的,否则我们做计算化学的早就混不下去了。如果是一个
新的配体,限制对接成功的主要因素是induced fit of protein,如果真有显著的
induced fit,rigid-protein based分子对接成功预测了对接构象,那是神话。不过即
使是Redocking,对接参数也要设置合理,尤其是结合口袋要设置对。
最近开发的
LeDock(http://lephar.com)比Vina的准确性更高一些,使用也更方便。可以参考一下基础教程http://bioms.org/thread-1227-1-1.html
是比较早的开源软件,而且一堆物理公式也挺能吓唬人的,不明就里的往往以为物理公
式多,计算准确性就上去了,这差不多也是某种学术迷信吧。
同一个实验室的Vina,
没有那些高大上的物理公式,采用机器学习的方法,无论是速度还是准确率都要甩
autodock几条大街。
就晶体结构中配体的Redocking而言,现在好的对接软件成功率
在80%-90%,这个还是有保证的,否则我们做计算化学的早就混不下去了。如果是一个
新的配体,限制对接成功的主要因素是induced fit of protein,如果真有显著的
induced fit,rigid-protein based分子对接成功预测了对接构象,那是神话。不过即
使是Redocking,对接参数也要设置合理,尤其是结合口袋要设置对。
最近开发的
LeDock(http://lephar.com)比Vina的准确性更高一些,使用也更方便。可以参考一下基础教程http://bioms.org/thread-1227-1-1.html
j*j
22 楼
您说的这个"ledock"的网站“http://lephar.com/ledock.htm”上面的图显示,”ledock“比gold和glide好了很多,是指晶体结构的redocking实验吧。
很好奇,如果不用晶体结构,而用homology modeling的蛋白质模型,"ledock"的准确
率如何?
另外,”ledock"可以做induced fit吗?”ledock"是如何处理protein和ligand的
flexibility的呢?
同一个实验室的Vina,
就晶体结构中配体的Redocking而言,现在好的对接软件成功率
最近开发的
【在 p*****u 的大作中提到】
: autodock的准确率本来也不高,文献报道不到50%,速度还是奇慢无比。引用率高因为
: 是比较早的开源软件,而且一堆物理公式也挺能吓唬人的,不明就里的往往以为物理公
: 式多,计算准确性就上去了,这差不多也是某种学术迷信吧。
: 同一个实验室的Vina,
: 没有那些高大上的物理公式,采用机器学习的方法,无论是速度还是准确率都要甩
: autodock几条大街。
: 就晶体结构中配体的Redocking而言,现在好的对接软件成功率
: 在80%-90%,这个还是有保证的,否则我们做计算化学的早就混不下去了。如果是一个
: 新的配体,限制对接成功的主要因素是induced fit of protein,如果真有显著的
: induced fit,rigid-protein based分子对接成功预测了对接构象,那是神话。不过即
很好奇,如果不用晶体结构,而用homology modeling的蛋白质模型,"ledock"的准确
率如何?
另外,”ledock"可以做induced fit吗?”ledock"是如何处理protein和ligand的
flexibility的呢?
同一个实验室的Vina,
就晶体结构中配体的Redocking而言,现在好的对接软件成功率
最近开发的
【在 p*****u 的大作中提到】
: autodock的准确率本来也不高,文献报道不到50%,速度还是奇慢无比。引用率高因为
: 是比较早的开源软件,而且一堆物理公式也挺能吓唬人的,不明就里的往往以为物理公
: 式多,计算准确性就上去了,这差不多也是某种学术迷信吧。
: 同一个实验室的Vina,
: 没有那些高大上的物理公式,采用机器学习的方法,无论是速度还是准确率都要甩
: autodock几条大街。
: 就晶体结构中配体的Redocking而言,现在好的对接软件成功率
: 在80%-90%,这个还是有保证的,否则我们做计算化学的早就混不下去了。如果是一个
: 新的配体,限制对接成功的主要因素是induced fit of protein,如果真有显著的
: induced fit,rigid-protein based分子对接成功预测了对接构象,那是神话。不过即
p*u
23 楼
首先不能把同源模建的错误赖到分子对接的头上。
至于蛋白的柔性,很多时候是不必要的。
[在 jameszhangj (james) 的大作中提到:]
:您说的这个"ledock"的网站“http://lephar.com/ledock.htm”上面的图显示,”ledock“比gold和glide好了很多,是指晶体结构的redocking实验吧。
:
:...........
至于蛋白的柔性,很多时候是不必要的。
[在 jameszhangj (james) 的大作中提到:]
:您说的这个"ledock"的网站“http://lephar.com/ledock.htm”上面的图显示,”ledock“比gold和glide好了很多,是指晶体结构的redocking实验吧。
:
:...........
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