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大包求快速中通量genotyping方法

大包求快速中通量genotyping方法# Biology - 生物学

b*r2015-08-28 07:08

1 楼

希望一次能genotyping 20-40个snp，也有STR， in del等。我知道有个技术是
autogenomics，不过那个机器贵还要一个标本一块芯片，贵。
似乎有人用multiplex pcr的办法，然后不同位点用不同长度片段和不同荧光，用测序
仪做，大家听过吗。或者还有什么别的技术吗

v*e2015-08-28 07:08

2 楼

taqman？

b*r2015-08-28 07:08

3 楼

taqman一管只能做一个snp一个dna，最低的通量啦，没法用。要中通量！

a*k2015-08-28 07:08

4 楼

你们不用luminex？还有mass array也可以。
说实话taqman最容易，我们实验室一天做几百个病人，每个也是你这么多SNP

【在 b****r 的大作中提到】

: 希望一次能genotyping 20-40个snp，也有STR， in del等。我知道有个技术是
: autogenomics，不过那个机器贵还要一个标本一块芯片，贵。
: 似乎有人用multiplex pcr的办法，然后不同位点用不同长度片段和不同荧光，用测序
: 仪做，大家听过吗。或者还有什么别的技术吗

b*r2015-08-28 07:08

5 楼

怎么做反应呢？用BioMark之类的？那不然几百个病人+几十个位点手工加不是累死

【在 a********k 的大作中提到】

: 你们不用luminex？还有mass array也可以。
: 说实话taqman最容易，我们实验室一天做几百个病人，每个也是你这么多SNP

T*G2015-08-28 07:08

6 楼

老大你们那不用 Qxt platform？用bravo automation, nextgen sequencing.

【在 b****r 的大作中提到】

: 怎么做反应呢？用BioMark之类的？那不然几百个病人+几十个位点手工加不是累死

b*r2015-08-28 07:08

7 楼

我其实是在帮国内的朋友打听，希望能用比较屌丝的东西，而且批量也不大，这玩意太
杀鸡用牛刀了，taqman来搞几十个位点那也是很不秀气的一笔支出。所以我开始就打听
那种用ABI 的capillary+multiplex PCR的平台，不知道有谁用过没
你们几位请先吃包子，继续有效

【在 T*G 的大作中提到】

: 老大你们那不用 Qxt platform？用bravo automation, nextgen sequencing.

a*k2015-08-28 07:08

8 楼

哥，样品照你说的不太多，直接送测序公司呗。MassArray仪器最贵，试剂最便宜。

T*G2015-08-28 07:08

9 楼

我们做mcc用阿，就是做satellite SNPs,你的probe设计够好，deletion也应该能run
ABI 看出来。

【在 b****r 的大作中提到】

: 我其实是在帮国内的朋友打听，希望能用比较屌丝的东西，而且批量也不大，这玩意太
: 杀鸡用牛刀了，taqman来搞几十个位点那也是很不秀气的一笔支出。所以我开始就打听
: 那种用ABI 的capillary+multiplex PCR的平台，不知道有谁用过没
: 你们几位请先吃包子，继续有效

t*k2015-08-28 07:08

10 楼

如果都是做PCR能不能这样：
合成PCR的引物前面加一组barcode序列，每个标本所有SNP只用一种barcode，然后把所
有sample P出来的东西全部mix以后NGS，在结果里利用barcode把不同标本分开。

【在 b****r 的大作中提到】

n*72015-08-28 07:08

11 楼

这不就是amplicon/targeted sequencing吗
基本策略就两类 multiplex PCR 或者probe enrichment
各有优劣了

o*a2015-08-28 07:08

12 楼

就像楼上说的，基本思路就是那些。
前几天正好Affymetrix的人发来EurekaGenomics LDMA技术（Low Density Marker
Assay），可以给每个样品每种基因型加barcode然后混合在一起测序。现在好像被
Affymetrix收购了。国内找affymetrix应该就行。感觉就是个改良了的多重PCR，不知
道自己实现的难度有多大。
这有个简介
http://oardc.osu.edu/mcic/newsletters/1211_newsletter_images/EG
各个公司的多重PCR应该也实现了类似功能，不知道具体性能如何

【在 b****r 的大作中提到】

b*r2015-08-28 07:08

13 楼

当然可以这么做
不过NGS 做这么一点点genotyping还是有点用牛刀吧，除非真的可以标本量很大

【在 t******k 的大作中提到】

: 如果都是做PCR能不能这样：
: 合成PCR的引物前面加一组barcode序列，每个标本所有SNP只用一种barcode，然后把所
: 有sample P出来的东西全部mix以后NGS，在结果里利用barcode把不同标本分开。

b*r2015-08-28 07:08

14 楼

一个患者测个10多个序，一个月几百个患者，那不是一点点钱啊。还有个问题就是
Sanger的自动识别能力比较差，自动化程度不够

【在 a********k 的大作中提到】

: 哥，样品照你说的不太多，直接送测序公司呗。MassArray仪器最贵，试剂最便宜。

b*r2015-08-28 07:08

15 楼

看了下，步骤好多啊，必须得专门买他们这个大仪器，不知道猴年马月能收回成本。。。

【在 o*****a 的大作中提到】

: 就像楼上说的，基本思路就是那些。
: 前几天正好Affymetrix的人发来EurekaGenomics LDMA技术（Low Density Marker
: Assay），可以给每个样品每种基因型加barcode然后混合在一起测序。现在好像被
: Affymetrix收购了。国内找affymetrix应该就行。感觉就是个改良了的多重PCR，不知
: 道自己实现的难度有多大。
: 这有个简介
: http://oardc.osu.edu/mcic/newsletters/1211_newsletter_images/EG
: 各个公司的多重PCR应该也实现了类似功能，不知道具体性能如何

s*r2015-08-28 07:08

16 楼

如果对时间要求不高的，能一周一批做甚至一个月一批的肯定NGS最便宜，平均下来一
个病人几块钱的成本，benchtop的NGS又不是什么高大上的东西，这种通量正好

【在 b****r 的大作中提到】

: 一个患者测个10多个序，一个月几百个患者，那不是一点点钱啊。还有个问题就是
: Sanger的自动识别能力比较差，自动化程度不够

b*r2015-08-28 07:08

17 楼

不太可能做到一个标本几美元吧，一个患者做几个位点？能达到什么样的覆盖深度？

【在 s******r 的大作中提到】

: 如果对时间要求不高的，能一周一批做甚至一个月一批的肯定NGS最便宜，平均下来一
: 个病人几块钱的成本，benchtop的NGS又不是什么高大上的东西，这种通量正好

s*r2015-08-28 07:08

18 楼

一个位点几块钱
amplicon不用考虑coverage，随便一个位点都是上千上万的，跑一个run本身不贵的可
能就1-2千，library prep那步成本差异比较大看用土豪还是钓丝做法

【在 b****r 的大作中提到】

: 不太可能做到一个标本几美元吧，一个患者做几个位点？能达到什么样的覆盖深度？

v*g2015-08-28 07:08

19 楼

一个字，luminex。

o*a2015-08-28 07:08

20 楼

没看到要买专有仪器啊，就是用他们的试剂扩增建库拿去测序

。。

【在 b****r 的大作中提到】

: 看了下，步骤好多啊，必须得专门买他们这个大仪器，不知道猴年马月能收回成本。。。

b*r2015-08-28 07:08

21 楼

还是不能这么说吧，打个比方用最屌丝的PGM, 小芯片314，一个run才30M data，如果
200个标本50个位点，要分成一万份，每个bp平均也就10个coverage，会有大量漏掉的
，根本没法用吧。
另外就是你说的library prep了，这个贵得很啊，有什么最屌丝的做法的SOP吗？

【在 s******r 的大作中提到】

: 一个位点几块钱
: amplicon不用考虑coverage，随便一个位点都是上千上万的，跑一个run本身不贵的可
: 能就1-2千，library prep那步成本差异比较大看用土豪还是钓丝做法

s*r2015-08-28 07:08

22 楼

ion torrent的机器没什么人用了，都是用的illumina，miseq一个run出10-20m的reads
，5G的data，芯片本身也就一千多块，一万个位点做一个pool理论可行但保险点的还是
要上大机器，或者拆成几份跑
amplicon的library prep说到底就是个PCR

【在 b****r 的大作中提到】

: 还是不能这么说吧，打个比方用最屌丝的PGM, 小芯片314，一个run才30M data，如果
: 200个标本50个位点，要分成一万份，每个bp平均也就10个coverage，会有大量漏掉的
: ，根本没法用吧。
: 另外就是你说的library prep了，这个贵得很啊，有什么最屌丝的做法的SOP吗？