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【记录历史】NgAgo'2016
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【记录历史】NgAgo'2016# Biology - 生物学
c*n
1
【记录历史】NgAgo’2016 - Milestones Draft#1 2016.08.25
2016年夏天,大规模重复验证NgAgo基因编辑功能的各种信息,在网络上不断
地更新着, 大部分是不可重复的困惑,至今还没有正式的可重复的实验结果
的报道。
为了以后有兴趣的人们可以更好地了解和回顾这次“事件”的进程,记录一下
一些比较重要的milestones
第一阶段:
o记录draft日期:2016.08.25
o记录从NBT paper 上线 2016.05.02 到“火锅哥”的重复实验信息 发布于
2016.07.15
第一阶段Milestone记录简述:
Date:2016年5月2日
Title:DNA-guided genome editing using the Natronobacterium
gregoryi Argonaute
Link:
http://www.nature.com/nbt/journal/v34/n7/full/nbt.3547.html
Key Points:
- NBT paper 上线
Date:2016年05月26日(NBT paper 上线约3个星期以后)
Title:纯从science角度分析一下韩春雨的文章
Link:
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/32021669.html
Key Points:
- 从已知Ago蛋白家族的结构及性能上分析,觉得理论上有点想不通
- 对于文章里ss gDNA前后不同的用法也有点困惑
Date:2016年06月03日 (NBT paper 上线一个月以后)
Title:韩春雨的NgAgo效率怎么样?有人试过么?
Link:
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/32022589.html
Key Points:
- 6月初就有手快的researcher做了实验,没有能重复出来
- 后续几个星期,又有几个researcher没能重复出来
- 大家都是先检讨,是不是自己有什么没做好?
- 大家比较一致的一个想法,是不是有什么关键点,NBT文章没有写出来?
- Consensus:大家都不希望看到有造假的问题
Date:2016年06月30日(NBT paper 上线近两个月以后)
Title:河北科技大学韩春雨“诺贝尔奖级”实验的重复性问题
Link:
http://fangzhouzi.baijia.baidu.com/article/523403
Key Points:
从收集到的无法重复信息以及分析韩春雨的一些行为做法,问了3个问题:
1.有人重复出fig4了吗?
2.韩春雨在遗传所的报告上说的可重复的“20家”实验室没必要保密吧?
3.韩春雨说的做这个实验的“高超的实验技巧”是什么?
Date:2016年07月13日(NBT paper 上线约两个半月以后)
Title:韩的论文里的蛛丝马迹
Link:
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/32027669.html
Key Points:
无法重复试验后,仔细分析, fig4有点不大对劲
- 主要问题是4a和4e 有矛盾(band size separation on gel)
- 以及一些其他图片的问题,可能有PS的迹象
(注: fig4以及与其类似的结果,至今2016.08.25都没有人能重复出来)
Date:2016年07月14日(NBT paper 上线约两个半月以后)
Title:河北科大“韩春雨现象”的真相是什么?
Link:
http://fangzhouzi.baijia.baidu.com/article/542534
Key Points:
原文引用 “推测是,韩春雨只做出了图3的结果,不知道那是假阳性,以为有
戏,但是又没法验证,就伪造了图4结果,先发论文再说,赌一把,说不定别
人能做出图4。本来只是要借此评上教授,被《知识分子》当典型立起来,闹
大了”
Date:2016年07月15日(NBT paper 上线约两个半月以后,关于fig4网上开
题讨论两天以后,以及方舟子第二篇文章发表一天以后)
Title:忙了五个星期,NgAgo重复实验总算告一段落
Link:
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/32028091.html
Key Points:
- “火锅哥”出现了,声明可以重复出NgAgo 基因编辑功能
- 发布人没有公布图片和实验具体信息
- 信息发布后,发布人至今(2016.08.25)未发表任何follow-up实验结果
By CoinByCoin
-2016年8月25日
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P*R
2
可以请作家来写小说了。然后剧作家改写成电影剧本,最后如果韩春雨继续顽抗,可以
写电视连续剧了。
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c*n
3
编者按 2016年8月25日
由于“火锅哥”了解如何调整protocol而观察到韩春雨实验室NBT里的NgAgo基因编辑功能
而业界很多同行都无法重复验证NgAgo基因编辑功能
请“火锅哥”和业界同行分享实验调整细节,帮助业界同行troubleshoot
原文链接
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/32028091.html
原文引用
“做的中间发现了一个问题,才发现韩点播的很有道理。
于是调整了步骤,这在韩的paper里没有提。恰恰是这一步调整,后续平行结果虽说
variation很大,但平均值已经比较客观。关键是测序也和韩的报道能温和。”
-CoinByCoin
2016年8月25日
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v*a
4
这么有闲功夫
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c*n
5
【记录历史】NgAgo'2016 - Milestones draft 第一阶段时间点补充:
(added on 2016年8月28日)
NgAgo 序列,其基因编辑功能信息,以及相关实验流程, 对大众公开的几个时间点的
补充
Date:2016年04月13日(在NBT paper 上线前约2个多星期)
Title:以Argonaute核酸酶为核心的基因编辑技术 (中国专利号CN 105483118 A)
Links:
https://www.google.com/patents/CN105483118A
https://www.google.com/patents/CN105483118A?cl=zh
Key Points:
- 沈啸、韩春雨 (浙江大学)Ago基因编辑专利发表
- 特别注明:
1. 专利filing date:Dec 21, 2015
2. 根据专利描述,不但NgAgo有基因编辑功能,HpAgo、NaAgo和NtAgo “都与NgAgo一
样有很强的编辑哺乳动物细胞内基因表达的能力”;以及MaAgo,NpAgo,NIESAgo,
SchAgo,SPAgo “等Argonaute核酸酶也能在37°C编辑DNA”
Date:2015年5月20日(NBT paper 上线2个多星期以后)
Title:“1rst NgAgo plasmids got to Addgene and are in QC”
Link:
https://twitter.com/addgene/status/733780913478356992
Key Points:
-韩春雨组NBT文章中用到的一个vector,nls-NgAgo-GK plasmid,到达Addgene,进入
QC流程
Date:2016年06月06日(NBT paper 上线约1个月以后)
Title:“NEW! Han Lab #NgAgo @NatureBiotech #GenomeEngineering plasmid is
available for requests”
Link:
https://twitter.com/addgene/status/739851591965102080
Key Points:
- Addgene正式产品发布 韩春雨组NBT文章中用到的一个vector - nls-NgAgo-GK 质粒
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c*n
6
【记录历史】NgAgo'2016 - Milestones draft 第一阶段时间点补充:
(added on 2016年8月30日)
由于这则信息和以后第二阶段里的Addgene updated protocol有些相似之处
为了承前启后,也一并收入 第一阶段的milestones
Date:2016年06月28日
(NBT paper 上线近两个月以后)
(方舟子第二篇文章发表两天之前)
Title:please transfer to Biology. RE:Ng-Ago 重复
(发布于WaterWorld版)
Link:
http://www.mitbbs.com/article_t/WaterWorld/2680181.html
Key Points:
1. 提到3个关于optimize ss DNA “transformation tricks"
“Try these single stranded DNA transformation tricks.
1) transformation done at a low pH of ~6. Low pH significantly reduces the
nuclease activity of cutting single stranded DNA.
2) increase Mg++ to 1 mM. Mg is a conformation stabilizer of DNA and RNA.
3) No EDTA in the transformation system because it deprives Mg++ from the
buffer.”
2. 看来发布人很了解韩春雨老师的科研水平
“Han is a seasoned scientist with expertise on nucleic acid research. He
knows all of these tricks and may not disclose all of them.”
注:2016年7月15日,这则信息被转到了生物版
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/32028167.html
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