请教HOMER/findPeaks方法和MACS和MUltiScale的差别大吗?# Biology - 生物学x*i2016-10-27 07:101 楼也来宝地求大家祝福!140很不顺,3次PP才批。1/21的RD,还在熬着。周围都一片绿油油了.如果四月绿,散尽家财,抱歉包子有限。并祝没绿的早绿!!
u*g2016-10-27 07:102 楼【 以下文字转载自 Prepaid 俱乐部 】发信人: ubcxzhang (Now we are one!), 信区: Prepaid标 题: 正在用freedompop的进来看看发信站: BBS 未名空间站 (Tue Jan 8 16:30:47 2013, 美东)打算上freedompop,需要解决一些问题。用过的能帮忙答两个问题么?解决了防备大家complain过的乱收费的问题,准备用boa的shopsafe。现在还有几个问题:1. 有办法知道自己的打他用量么?比如他们的网站登陆自己账号后有没有这个功能?如果有是不是实时的更新?2. 如果用过量了,怎么办?他们是直接停止服务还是试图收钱继续提供服务?如果过量后试图收钱,有没有办法控制流量,那shopsafe就搞不定了。
j*g2016-10-27 07:103 楼有一个转录因子的两组ChIPseq数据,用MUltiScale或者MACS来分析,只能得到几十个或者上百个peaks,assign到基因,基本没有什么有效信息。而用HOMER的findPeaks command,却得到数千个peaks,并且通过motif分析,这些peaks确实含有该转录因子的binding motif。根据peaks附近TSS去assign到数百个基因,这些基因也确实跟该TF的功能非常相关。但是有人跟我说findPeaks command的方法很不好。想请教一下怎么会有这么大的差异?谢谢!
g*g2016-10-27 07:105 楼1. freedompop每15分钟统计一次流量(以MB为单位),(几分钟或者半小时1小时)之后会在网站自己帐号下显示出来。2.我的理解是最基本的免费计划关了auto topup之后,用到限量会停止服务。但是由于覆盖在本地区不好,我基本没用,所以没测试过。【在 u*******g 的大作中提到】: 【 以下文字转载自 Prepaid 俱乐部 】: 发信人: ubcxzhang (Now we are one!), 信区: Prepaid: 标 题: 正在用freedompop的进来看看: 发信站: BBS 未名空间站 (Tue Jan 8 16:30:47 2013, 美东): 打算上freedompop,需要解决一些问题。用过的能帮忙答两个问题么?: 解决了防备大家complain过的乱收费的问题,准备用boa的shopsafe。: 现在还有几个问题:: 1. 有办法知道自己的打他用量么?比如他们的网站登陆自己账号后有没有这个功能?: 如果有是不是实时的更新?: 2. 如果用过量了,怎么办?他们是直接停止服务还是试图收钱继续提供服务?
p*s2016-10-27 07:107 楼Bless★ 发自iPhone App: ChineseWeb 8.6【在 x****i 的大作中提到】: 也来宝地求大家祝福!: 140很不顺,3次PP才批。1/21的RD,还在熬着。周围都一片绿油油了.如果四月绿,散: 尽家财,抱歉包子有限。: 并祝没绿的早绿!!
j*g2016-10-27 07:108 楼是调哪里的para?是比对的时候,还是peak calling的时候??【在 R****n 的大作中提到】: peak calling 一般不会差这么多的,5-10% vairation正常,估计里面那些para需要调: 整
e*f2016-10-27 07:109 楼bless!【在 x****i 的大作中提到】: 也来宝地求大家祝福!: 140很不顺,3次PP才批。1/21的RD,还在熬着。周围都一片绿油油了.如果四月绿,散: 尽家财,抱歉包子有限。: 并祝没绿的早绿!!
R*n2016-10-27 07:1012 楼我用过MACS和homer,但是没有深入比较。有一篇文章比较这些通用的peak calling程序,差距都不是很大。【在 j*********g 的大作中提到】: 是调哪里的para?是比对的时候,还是peak calling的时候??
F*g2016-10-27 07:1014 楼【在 x****i 的大作中提到】: 也来宝地求大家祝福!: 140很不顺,3次PP才批。1/21的RD,还在熬着。周围都一片绿油油了.如果四月绿,散: 尽家财,抱歉包子有限。: 并祝没绿的早绿!!
F*g2016-10-27 07:1015 楼Bless!【在 x****i 的大作中提到】: 也来宝地求大家祝福!: 140很不顺,3次PP才批。1/21的RD,还在熬着。周围都一片绿油油了.如果四月绿,散: 尽家财,抱歉包子有限。: 并祝没绿的早绿!!
f*72016-10-27 07:1017 楼Bless!【在 x****i 的大作中提到】: 也来宝地求大家祝福!: 140很不顺,3次PP才批。1/21的RD,还在熬着。周围都一片绿油油了.如果四月绿,散: 尽家财,抱歉包子有限。: 并祝没绿的早绿!!
e*f2016-10-27 07:1018 楼bless bless!!!【在 x****i 的大作中提到】: 也来宝地求大家祝福!: 140很不顺,3次PP才批。1/21的RD,还在熬着。周围都一片绿油油了.如果四月绿,散: 尽家财,抱歉包子有限。: 并祝没绿的早绿!!
x*02016-10-27 07:1044 楼跟你一天 bless bless 同绿同绿 你哪个center的【在 x****i 的大作中提到】: 也来宝地求大家祝福!: 140很不顺,3次PP才批。1/21的RD,还在熬着。周围都一片绿油油了.如果四月绿,散: 尽家财,抱歉包子有限。: 并祝没绿的早绿!!