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epigenetic的哪方面数据最为可靠

epigenetic的哪方面数据最为可靠# Biology - 生物学

e*62016-11-12 08:11

1 楼

好多paper都在预测这预测那里，但是这个领域最难说的就是ground truth, 哪方面的
数据可以作为ground truth来讨论其他数据呢？我知道这个问题很宽泛，希望大家能不
吝赐教。
我个人现在理解，对基因表达来说，只有RNA的表达才能算是ground truth, histobe只
能算是"推测"基因表达对吧？enhancer和promoter之间的相互作用，现在主要还考猜对
吧？还有什么CTCF和三维结构，也是主要靠猜，没有广泛认可的ground truth对吧？
希望大家多多赐教

j*u2016-11-12 08:11

2 楼

楼主一边advocate plus one一边在这里当伸手党。你既然只想发plus one那也不用搞
清楚ground truth拉，胡扯也能发

l*e2016-11-12 08:11

3 楼

Genome wide epigenetics 基本是扯。最明显的就是enhancer的histone mark, 靠这个
预测出来的enhancer至少有一半是无法验证的。至于3C 4C hiC, 就基本是胡扯了。

e*62016-11-12 08:11

4 楼

谢谢建议，想问的就是这个验证，是靠什么验证？这就是我很困惑的问题，通过各种预
测只是给未来提供一个可能性，但是确认要看什么数据可以作为ground truth

【在 l********e 的大作中提到】

: Genome wide epigenetics 基本是扯。最明显的就是enhancer的histone mark, 靠这个
: 预测出来的enhancer至少有一半是无法验证的。至于3C 4C hiC, 就基本是胡扯了。

e*62016-11-12 08:11

5 楼

这真不是伸手党，我看过很多文献，但文献里肯定打太极居多，哪种指标支持自己的结
论哪种就是正确的呗。
至于plos one, 个人觉得的确是个趋势，尤其是这种跨学科的，还是个很好的选择

【在 j*******u 的大作中提到】

: 楼主一边advocate plus one一边在这里当伸手党。你既然只想发plus one那也不用搞
: 清楚ground truth拉，胡扯也能发

l*e2016-11-12 08:11

6 楼

经典的验证方法无非是
1) 用这个enhancer drive reporter gene expression看在不在target tissue, 有没
有和endogenous expression partially overlap.
2) knockout enhancer看有没有影响endogenous gene expression

: 谢谢建议，想问的就是这个验证，是靠什么验证？这就是我很困惑的问题，通过
各种预

: 测只是给未来提供一个可能性，但是确认要看什么数据可以作为ground truth

【在 e*********6 的大作中提到】

: 这真不是伸手党，我看过很多文献，但文献里肯定打太极居多，哪种指标支持自己的结
: 论哪种就是正确的呗。
: 至于plos one, 个人觉得的确是个趋势，尤其是这种跨学科的，还是个很好的选择

e*62016-11-12 08:11

7 楼

谢谢，这种方法毕竟没法大规模来。
不同细胞系上测RNA-seq，看看某个基因有没有对应的RNA-seq可以当成这个基因是否表
达的一个决定性证据吗？

【在 l********e 的大作中提到】

: 经典的验证方法无非是
: 1) 用这个enhancer drive reporter gene expression看在不在target tissue, 有没
: 有和endogenous expression partially overlap.
: 2) knockout enhancer看有没有影响endogenous gene expression
:
:
: 谢谢建议，想问的就是这个验证，是靠什么验证？这就是我很困惑的问题，通过
: 各种预
:
: 测只是给未来提供一个可能性，但是确认要看什么数据可以作为ground truth
:

l*e2016-11-12 08:11

8 楼

对于比较严谨的研究者来说，如果能提供多条细胞系（3 case 3 control)的数据，可
以作为比较弱的证据。
如果只是忽悠一下reviewer的话，就随意了。

: 谢谢，这种方法毕竟没法大规模来。

: 不同细胞系上测RNA-seq，看看某个基因有没有对应的RNA-seq可以当成这个基因
是否表

: 达的一个决定性证据吗？

【在 e*********6 的大作中提到】

: 谢谢，这种方法毕竟没法大规模来。
: 不同细胞系上测RNA-seq，看看某个基因有没有对应的RNA-seq可以当成这个基因是否表
: 达的一个决定性证据吗？

e*62016-11-12 08:11

9 楼

补充一下问题，比如在图片识别领域，大部分情况下，人工识别的结果就可以当成一个
ground truth的数据，各种prediction，就可以拿人工识别的结果测准确率。在
epigenetic领域，比如基因表达，histone modification，promoter enhancer都不能
被当成这种ground truth，是不是RNA-seq的结果可以被当成ground truth？
作为ground truth的结果，还不能太少，纯实验的结果样本太少，所以我现在才很疑惑
这个问题。不然用一个不可靠的东西预测另一个不可靠的东西，这不太靠谱

【在 l********e 的大作中提到】

: 对于比较严谨的研究者来说，如果能提供多条细胞系（3 case 3 control)的数据，可
: 以作为比较弱的证据。
: 如果只是忽悠一下reviewer的话，就随意了。
:
:
: 谢谢，这种方法毕竟没法大规模来。
:
: 不同细胞系上测RNA-seq，看看某个基因有没有对应的RNA-seq可以当成这个基因
: 是否表
:
: 达的一个决定性证据吗？
:

l*e2016-11-12 08:11

10 楼

从这个意义上说，是的，RNA-seq 可以作为ground truth.
当然比较抠门的人还会说RNA-seq signal不等于transcriptionally active ... 措辞
注意一下就行了

: 补充一下问题，比如在图片识别领域，大部分情况下，人工识别的结果就可以当
成一个

: ground truth的数据，各种prediction，就可以拿人工识别的结果测准确率。在

: epigenetic领域，比如基因表达，histone modification，promoter enhancer
都不能

: 被当成这种ground truth，是不是RNA-seq的结果可以被当成ground truth？

: 作为ground truth的结果，还不能太少，纯实验的结果样本太少，所以我现在才
很疑惑

: 这个问题。不然用一个不可靠的东西预测另一个不可靠的东西，这不太靠谱

【在 e*********6 的大作中提到】

: 补充一下问题，比如在图片识别领域，大部分情况下，人工识别的结果就可以当成一个
: ground truth的数据，各种prediction，就可以拿人工识别的结果测准确率。在
: epigenetic领域，比如基因表达，histone modification，promoter enhancer都不能
: 被当成这种ground truth，是不是RNA-seq的结果可以被当成ground truth？
: 作为ground truth的结果，还不能太少，纯实验的结果样本太少，所以我现在才很疑惑
: 这个问题。不然用一个不可靠的东西预测另一个不可靠的东西，这不太靠谱

e*62016-11-12 08:11

11 楼

好的，谢谢，除了RNAseq以外，还有啥类似的指标呢？

【在 l********e 的大作中提到】

: 从这个意义上说，是的，RNA-seq 可以作为ground truth.
: 当然比较抠门的人还会说RNA-seq signal不等于transcriptionally active ... 措辞
: 注意一下就行了
:
:
: 补充一下问题，比如在图片识别领域，大部分情况下，人工识别的结果就可以当
: 成一个
:
: ground truth的数据，各种prediction，就可以拿人工识别的结果测准确率。在
:
: epigenetic领域，比如基因表达，histone modification，promoter enhancer
: 都不能
:
: 被当成这种ground truth，是不是RNA-seq的结果可以被当成ground truth？

j*u2016-11-12 08:11

12 楼

个人认为RNA Seq是最不靠谱的指标之一。实在是一言难尽
另外，用histon marker predict enhancer并不是那么糟糕，一半一半吧。最好还是要
结合transcription factor occupancy之类的指标作为证据。怎么挑选enhancer，落
实到单个enhancer，还是需要一定经验的。

【在 e*********6 的大作中提到】

: 好的，谢谢，除了RNAseq以外，还有啥类似的指标呢？

j*u2016-11-12 08:11

13 楼

3c 4c 结合histon marker和chromatin openning 预测enhancer是很准的
现在有一种误区，认为有genomewide approach，对于biological question的经验就不
重要了，这很不对。 genomewide approach也是需要对于biological question的经验
设置对照的。
个人认为genomewide 筛选就像早期的蛋白质纯化，要过一道又一道筛选，结合经验和
对想要的蛋白组分biological question的了解设置对照，最后拿到想要的fraction

【在 l********e 的大作中提到】

: Genome wide epigenetics 基本是扯。最明显的就是enhancer的histone mark, 靠这个
: 预测出来的enhancer至少有一半是无法验证的。至于3C 4C hiC, 就基本是胡扯了。

e*62016-11-12 08:11

14 楼

这不冲突啊，现在数据多，有足够经验搞biological question的少，肯定要先尽量用
机器自动预测。就好比银行用机器监控fraud,真要确认的时候，再用人工判定

【在 j*******u 的大作中提到】

: 3c 4c 结合histon marker和chromatin openning 预测enhancer是很准的
: 现在有一种误区，认为有genomewide approach，对于biological question的经验就不
: 重要了，这很不对。 genomewide approach也是需要对于biological question的经验
: 设置对照的。
: 个人认为genomewide 筛选就像早期的蛋白质纯化，要过一道又一道筛选，结合经验和
: 对想要的蛋白组分biological question的了解设置对照，最后拿到想要的fraction

e*62016-11-12 08:11

15 楼

预测enhancer很准，那怎么知道很准呢？如何判定一个地方真的是enhancer?

【在 j*******u 的大作中提到】

j*u2016-11-12 08:11

16 楼

你去看看别的做你们machine learning的人的training dataset不就好了

【在 e*********6 的大作中提到】

: 预测enhancer很准，那怎么知道很准呢？如何判定一个地方真的是enhancer?

e*62016-11-12 08:11

17 楼

打太极的居多，别人用不代表就是ground truth 啊

【在 j*******u 的大作中提到】

: 你去看看别的做你们machine learning的人的training dataset不就好了

l*e2016-11-12 08:11

18 楼

怎么不靠谱法 biological variation 大？

: 个人认为RNA Seq是最不靠谱的指标之一。实在是一言难尽

: 另外，用histon marker predict enhancer并不是那么糟糕，一半一半吧。最好
还是要

: 结合transcription factor occupancy之类的指标作为证据。怎么挑选
enhancer，落

: 实到单个enhancer，还是需要一定经验的。

【在 j*******u 的大作中提到】

: 你去看看别的做你们machine learning的人的training dataset不就好了

l*e2016-11-12 08:11

19 楼

很准是什么概念，预测了一个准了一个，还是预测了10个准了10个，还是预测了1000个
准了1000个？

: 3c 4c 结合histon marker和chromatin openning 预测enhancer是很准的

: 现在有一种误区，认为有genomewide approach，对于biological question的经
验就不

: 重要了，这很不对。 genomewide approach也是需要对于biological question
的经验

: 设置对照的。

: 个人认为genomewide 筛选就像早期的蛋白质纯化，要过一道又一道筛选，结合
经验和

: 对想要的蛋白组分biological question的了解设置对照，最后拿到想要的
fraction

【在 j*******u 的大作中提到】

: 你去看看别的做你们machine learning的人的training dataset不就好了

z*t2016-11-12 08:11

20 楼

我觉得楼主是想讨论如何用非常reliable的数据进行机器学习的预测吧？

【在 e*********6 的大作中提到】

: 好多paper都在预测这预测那里，但是这个领域最难说的就是ground truth, 哪方面的
: 数据可以作为ground truth来讨论其他数据呢？我知道这个问题很宽泛，希望大家能不
: 吝赐教。
: 我个人现在理解，对基因表达来说，只有RNA的表达才能算是ground truth, histobe只
: 能算是"推测"基因表达对吧？enhancer和promoter之间的相互作用，现在主要还考猜对
: 吧？还有什么CTCF和三维结构，也是主要靠猜，没有广泛认可的ground truth对吧？
: 希望大家多多赐教

e*62016-11-12 08:11

21 楼

正是。

【在 z*t 的大作中提到】

: 我觉得楼主是想讨论如何用非常reliable的数据进行机器学习的预测吧？

z*t2016-11-12 08:11

22 楼

其实有很多ground truce
比如DHS已经做了很长时间了，早期locus specific的data也做了很多，很多locus都有
很清晰的认识
但是这个是不是你想要的？

【在 e*********6 的大作中提到】

: 正是。