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Illumina sequencing library insert size
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Illumina sequencing library insert size# Biology - 生物学
c*g
1
几十年前刚到美国的时候,和学校里的教授教师们聊天,就听他们说,Chinese food
is very good, Moo Goo Gai Pan is DDDDDelicious, Wow!
什么是Moo Goo Gai Pan呀? 我土生土长的中国人,知道炸酱面,知道红烧肉,知道清
蒸鱼,知道叫化鸡,就连满汉全席,酥炸鲤鱼,街边小吃,流水宴席我都知道,我怎么
不知道 Moo Goo Gai Pan 这道风靡美国的著名的中国菜呢?
后来,和美国的教师教授们去了中国餐馆,(那个时候,那个地方的中国餐馆,菜单上
全都是外国字)点了 Moo Goo Gai Pan。
Moo Goo Gai Pan, 有的地方也叫做 Mugu Gaipan, 就是几种青菜,蘑菇加鸡肉,搁在
一起一炒,老美都说是人间美味,我没有感觉呀。
又去过几次中国餐馆,也看到人家点 Moo Goo Gai Pan,自己一直纳闷儿,这是什么东
东,怎么让老美如醉如痴?
后来,暑假去纽约在中餐馆里打工,就请教餐馆里的中国大厨。:“Moo Goo Gai Pan
是什么高大上的菜呀?”人家大厨说了:“高级个屁呀,什么Moo Goo Gai Pan,就是
我们广东的蘑菇鸡片,糊弄鬼佬的。”
嗨!原来就是蘑菇鸡片呀?广东话叫做Moo Goo Gai Pan 或者是 Mugu Gaipan.
一转眼,二十多年没有吃 Moo Goo Gai Pan 了。不知道新一代的老美是喜欢了 Mala
Gaichi, Zhouheiya, Xiangsu Duck, 还是依然喜欢早一代移民带来的广东菜 Moo Goo
Gai Pan呢?
今天就想吃点 Qing Tang Gua Mian, 里面放两片 Moo Goo Gai Pan。
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c*y
2
看他们的document一般建议比 2Xreads 长度多个50,100的。这个原理是什么?如果太
短会怎样?
多谢了!
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m*g
3
it is delicious if cooked right.
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l*6
4
太短,就测通了,把接头都测了。

【在 c***y 的大作中提到】
: 看他们的document一般建议比 2Xreads 长度多个50,100的。这个原理是什么?如果太
: 短会怎样?
: 多谢了!

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d*m
5
这个菜真的不错,属于美餐里我最喜欢的一种了
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n*7
6
另外不同sample混一起的时候会造成bias

【在 l********6 的大作中提到】
: 太短,就测通了,把接头都测了。
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c*y
7
下游数据分析应该注意点什么?

【在 n******7 的大作中提到】
: 另外不同sample混一起的时候会造成bias
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n*7
8
主要短的library会有更多的reads
会让别人的library测的reads不够。。
另外可能造成cluster过度拥挤,从而影响测序质量
对于数据分析倒是问题不大
如果你的数据对读长不敏感

【在 c***y 的大作中提到】
: 下游数据分析应该注意点什么?
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s*s
9
有些软件是要model insert size的,很多indel caller是这样的,还有BWA.
如果不同的library混测,BWA可以align by read group, 没有问题,但是
indel caller会有问题,如果它们assume unimodal distribution的话。

【在 n******7 的大作中提到】
: 主要短的library会有更多的reads
: 会让别人的library测的reads不够。。
: 另外可能造成cluster过度拥挤,从而影响测序质量
: 对于数据分析倒是问题不大
: 如果你的数据对读长不敏感

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n*7
10
我说的是sequencer方面的问题
一个library片段太短的话很容易让其他library的reads少很多
上样的时候不好估计
后续处理问题应该不大
因为每个library的size distribution都会单独测定
而sequencing reads demultiplex之后也没啥影响

【在 s******s 的大作中提到】
: 有些软件是要model insert size的,很多indel caller是这样的,还有BWA.
: 如果不同的library混测,BWA可以align by read group, 没有问题,但是
: indel caller会有问题,如果它们assume unimodal distribution的话。

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c*y
11
多谢了!
对于需要model insert size 的aligner 只能做single-end read 处理了

【在 n******7 的大作中提到】
: 我说的是sequencer方面的问题
: 一个library片段太短的话很容易让其他library的reads少很多
: 上样的时候不好估计
: 后续处理问题应该不大
: 因为每个library的size distribution都会单独测定
: 而sequencing reads demultiplex之后也没啥影响

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s*r
12
这种考虑这个考虑那个的aligner都是做bioinfo的人弄出来骗paper的,直接上个操快
猛的用就行

【在 c***y 的大作中提到】
: 多谢了!
: 对于需要model insert size 的aligner 只能做single-end read 处理了

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n*7
13
用它们的default值就好了

【在 c***y 的大作中提到】
: 多谢了!
: 对于需要model insert size 的aligner 只能做single-end read 处理了

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