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adjacent p和FDR的区别？

adjacent p和FDR的区别？# Biology - 生物学

f*l2017-03-31 07:03

1 楼

需要取消两张chase的卡，发现login后有secure message选项，想问一下，可不可以发
message取消卡。

j*g2017-03-31 07:03

2 楼

两者等价吗

h*a2017-03-31 07:03

3 楼

yes

f*k2017-03-31 07:03

4 楼

adjacent p? 应该是adjusted p吧？
两个不一样，adjusted p value是FDR corrected过的p value。

i*o2017-03-31 07:03

5 楼

yes

b*r2017-03-31 07:03

6 楼

我不是很懂，抛砖引玉
P-value 就是false的discovery (positive)的概率，用统计的话说就是，incorrect
rejection of a true null hypothesis (也就是你的 false positive)。但是这个是
针对single test, 但是对于multiple test, 在用p-value就会造成过多的false
positives, 所以需要adjust, 最简单的就是Bonferroni，直接除以the number of
tests, 但是这样的话会造成很多true positives 不能被发现，降低了power. 于是，
BH 提出FDR(False discovery rate), 其实也是一种adjust p-value的方法 for
multiple tests, 是p-values 排序(step-up, step-down)的方法来找到threshold. 这
样能保证false positive 在一定level情况下，找到尽可能多的true positives. 但
是BH证明时， set assumption of independence of tests, 很多情况下并不适用，
于是不断有人做优化，针对不同depend structure (e.g effective number Meff).
比如，做blast,在对比query sequence with database时，由于the size of
database, lengths of sequences 的不同， the number of test 也不同，所以提出
E-value as adjusted p-value based on the size of database and query sequence
.
不过我也不是很懂

f*l2017-03-31 07:03

7 楼

thanks a lot.