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大家怎么看ATAC-seq footprint？

大家怎么看ATAC-seq footprint？# Biology - 生物学

j*g2017-07-09 07:07

1 楼

无意中看到Xiaole Shirley Liu的博客 http://www.longwoodgenomics.org/2016/09/23/dnase-footprint-analyses/
看来她对DNase I footprint analyse，包括ATAC-seq footprint很不感冒啊。
这个能取代TF ChIPseq么？一次ATACseq相当于几十上百个转录因子的ChIPseq啊。（可
以同时加上RNA-seq结果，考虑TF的表达情况，做一个权重matrix）。

c*r2017-07-09 07:07

2 楼

赞分享！
我们实验室之前没多做过ChIP-seq，但是现在有全面倒向ATAC-seq的趋势，bulk ATAC-
seq在做，single cell的也在开发。看来我们需要仔细研究一些Shirley的观点和数据
，再分析一下我们的approach是否真的合适。多谢！

【在 j*********g 的大作中提到】

: 无意中看到Xiaole Shirley Liu的博客 http://www.longwoodgenomics.org/2016/09/23/dnase-footprint-analyses/
: 看来她对DNase I footprint analyse，包括ATAC-seq footprint很不感冒啊。
: 这个能取代TF ChIPseq么？一次ATACseq相当于几十上百个转录因子的ChIPseq啊。（可
: 以同时加上RNA-seq结果，考虑TF的表达情况，做一个权重matrix）。

j*g2017-07-09 07:07

3 楼

ATACseq的好处就是一次实验可以获得类似几百个TF的ChIPseq的结果（通过footprint
分析），50-100 million有效reads可以满足需求
Shirley Liu也只是一家之言，Greenleaf恐怕不会同意，他和Howard Chang 刚刚发了
一篇Cancer Cell的ATACseq文章，卖点之一就是footprint呢

ATAC-

【在 c*********r 的大作中提到】

: 赞分享！
: 我们实验室之前没多做过ChIP-seq，但是现在有全面倒向ATAC-seq的趋势，bulk ATAC-
: seq在做，single cell的也在开发。看来我们需要仔细研究一些Shirley的观点和数据
: ，再分析一下我们的approach是否真的合适。多谢！