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怎样将一个细菌感染的人组织标本中的细菌RNA和人RNA分离开?

怎样将一个细菌感染的人组织标本中的细菌RNA和人RNA分离开?# Biology - 生物学

q*02017-07-15 07:07

1 楼

请教高人：将一个细菌感染的人组织标本中的细菌RNA和人RNA分离开作细菌的
transcriptome分析，用什么方法／技术？谢谢先！

m*D2017-07-15 07:07

2 楼

能想出来的就是polyA了。过Poly-T的柱子，也许能把人的mRNA搞掉大部分。

q*02017-07-15 07:07

3 楼

谢谢回复！
细菌mRNA也是Polyadenylated的吧？过Poly-T的柱也会跟着一起下来的。

【在 m*********D 的大作中提到】

: 能想出来的就是polyA了。过Poly-T的柱子，也许能把人的mRNA搞掉大部分。

s*62017-07-15 07:07

4 楼

这在分析时用不同的参考基因组和GTF文件，人的和细菌的应该差异很大，估计不需要
分别做文库。

c*y2017-07-15 07:07

5 楼

bacterial mRNA polyadenylation不是主流吧

【在 q**********0 的大作中提到】

: 谢谢回复！
: 细菌mRNA也是Polyadenylated的吧？过Poly-T的柱也会跟着一起下来的。

x*a2017-07-15 07:07

6 楼

如果只是分析细菌transcriptome，无需将两者的RNA分开，直接进行mapping即可。

C*n2017-07-15 07:07

7 楼

如果你只是需要提取细菌的RNA，你可以先把细菌从感染的人体组织里提取出来。如果
你用的组织是血液或者细胞，可以用专门的溶剂把血液和细胞破坏掉，我记得有一种含
有deoxycolate自己可以配,然后spin down wash几次。如果感染的组织是器官，可以先
用meganetic beats。

q*02017-07-15 07:07

8 楼

Sequencing facility requires separation of bacteria RNA.

【在 x***a 的大作中提到】

: 如果只是分析细菌transcriptome，无需将两者的RNA分开，直接进行mapping即可。

q*02017-07-15 07:07

9 楼

Thanks. Do you know the catalog of the kit to separate bacteria from tissue
or blood cells?

【在 C*********n 的大作中提到】

: 如果你只是需要提取细菌的RNA，你可以先把细菌从感染的人体组织里提取出来。如果
: 你用的组织是血液或者细胞，可以用专门的溶剂把血液和细胞破坏掉，我记得有一种含
: 有deoxycolate自己可以配,然后spin down wash几次。如果感染的组织是器官，可以先
: 用meganetic beats。

C*n2017-07-15 07:07

10 楼

A new technique for obtaining whole pathogen transcriptomes from infected
host tissues
搜一下

q*02017-07-15 07:07

11 楼

Thanks a million.

【在 C*********n 的大作中提到】

: A new technique for obtaining whole pathogen transcriptomes from infected
: host tissues
: 搜一下