问个技术问题：如何通过已知蛋白找到互作DNA序列# Biology - 生物学
h*y
1 楼
蛋白是已知的，并且发现了它有与DNA互作的迹象，怀疑它是个反式作用因子。
目标DNA是个150KB的病毒基因组，已经做成BAC了。
如何把找到与蛋白互作的确定DNA序列？谢谢。
目标DNA是个150KB的病毒基因组，已经做成BAC了。
如何把找到与蛋白互作的确定DNA序列？谢谢。
m*D
2 楼
ChIP-seq，如果你有针对你蛋白的抗体的话。
Z*5
3 楼
1. 序列分析预测有没有DBD和TAD domain；也可以预测一下有没有已知转录因子的
domain
2. ChIP-seq后做motif富集分析，看看可能是哪些motif
3. 预测出来后，合成短序列做supershift验证
domain
2. ChIP-seq后做motif富集分析，看看可能是哪些motif
3. 预测出来后，合成短序列做supershift验证
h*y
4 楼
谢谢楼上两位朋友的回答，看来还是躲不过ChIP,但问题是目标DNA是病毒的染色体，没
有核小体结构啊。
有核小体结构啊。
c*y
5 楼
一个蛋白的话，pull-down 就可以吧
【在 h******y 的大作中提到】
: 蛋白是已知的，并且发现了它有与DNA互作的迹象，怀疑它是个反式作用因子。
: 目标DNA是个150KB的病毒基因组，已经做成BAC了。
: 如何把找到与蛋白互作的确定DNA序列？谢谢。
【在 h******y 的大作中提到】
: 蛋白是已知的，并且发现了它有与DNA互作的迹象，怀疑它是个反式作用因子。
: 目标DNA是个150KB的病毒基因组，已经做成BAC了。
: 如何把找到与蛋白互作的确定DNA序列？谢谢。
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