Affymetrix microarray data 请教# Biology - 生物学
c*y
1 楼
最近要比较RNAseq data 和 old array data. 找到一个 online workflow:
https://www.bioconductor.org/packages/devel/workflows/vignettes/maEndToEnd/
inst/doc/MA-Workflow.html
我一直是做 RNAseq data, 有个印象就是array data 是信号数据，很少是整数。 可是
这里的raw data居然都是整数啊：
Biobase::exprs(raw_data)[1:5, 1:5]
164_I_.CEL 164_II.CEL 183_I.CEL 183_II.CEL 2114_I.CEL
1 4496 5310 4492 4511 2872
2 181 280 137 101 91
3 4556 5104 4379 4608 2972
4 167 217 99 79 82
5 89 110 69 58 47
还做了 log2 transformation
这个workflow 正常吗？
多谢了！
https://www.bioconductor.org/packages/devel/workflows/vignettes/maEndToEnd/
inst/doc/MA-Workflow.html
我一直是做 RNAseq data, 有个印象就是array data 是信号数据，很少是整数。 可是
这里的raw data居然都是整数啊：
Biobase::exprs(raw_data)[1:5, 1:5]
164_I_.CEL 164_II.CEL 183_I.CEL 183_II.CEL 2114_I.CEL
1 4496 5310 4492 4511 2872
2 181 280 137 101 91
3 4556 5104 4379 4608 2972
4 167 217 99 79 82
5 89 110 69 58 47
还做了 log2 transformation
这个workflow 正常吗？
多谢了！