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what is number of variables?

what is number of variables?# Chemistry - 化学

e*e2011-05-05 07:05

1 楼

【以下文字转载自 ME 讨论区】
发信人: eastfire (~~随便提高晓松), 信区: ME
标题: 有趣的家庭加工中心
发信站: BBS 未名空间站 (Sat Sep 8 19:43:53 2018, 美东)
（原文及微信版请到我俱乐部查看）
众所周知，加工件产业一直是中国的优势被国内大小厂家垄断，其低廉的价格
令全世界任何其他国家都无法靠近相争。数控机床set up好了自己运转，加上
人工，原材料，设施等成品国内也是最低的，所以这个行业一直是中国的天
下。但是由于这些一般都是低技术型工艺且市场竞争大，所以往往利润却是很
低。
最近有一批项目按照客户要求涉及一些加工件的返工修改，其实都是很简单
的。因为成本和时间问题不可能再发到国内去做再运回来了，于是打算在周围
附近找美国的加工厂处理。
以前这批零件在美国加工过，当然价格贵出很多。这次又找这家工厂报价，大
约需要$10一个返工，实在太黑。后来我找的本文中的这家家庭加工中心完成，
基本上是$1多一个。在美国是再也找不到的低价了。
和老板聊天得知，这是个家族产业，厂房就搭建在自家后院，两个大帐篷。里
面基本机加工的主要机器设备，仪器仪表应有尽有，犹如一个小型工厂。老板
说这样可以大大减少成本，适合一些低端客户的需求。
走进院子：
进去看看机器。由于时间不巧，只拍了其中一个“厂房”的：
最后这个就是这批加工件的主机，Milling Machine:
工件加工中：
加工完后还有一道工序叫：Black Oxide，就是侵泡在化学药水里黑化处理。
全部完成后就是下面的样子了：
全部80只零件加工和后期处理完只用了2天。如果拿去美国工厂这点活都要往后
排，一般是4周以上。
有了这种经济实惠的家庭加工中心，以后再有小型和少量的机加工件需求，或
者工程设计样品Prototype制作就可以来这里了。再也不用被美国工厂宰！
美国这类加工件业务可以和我联系。

j*u2011-05-05 07:05

2 楼

网站上说：如果您的签证申请得到批准，我们会将签证印在您的护照上并将印有签证的
护照在面谈后的五个工作日内邮寄给您。
请问5个工作日指的是寄出时间还是收到时间？

s*l2011-05-05 07:05

3 楼

http://www.mitbbs.com/mitbbs_article_t.php?board=sysop&gid=3132

w*r2011-05-05 07:05

4 楼

【以下文字转载自 Wisdom 讨论区】
发信人: waterer (快义恩仇之灌水山寨王), 信区: Wisdom
标题: Re: 童鞋们还是不要搭理修佛的啦，入我仙剑门吧。
发信站: BBS 未名空间站 (Tue May 17 19:01:18 2011, 美东)
既已仰至当无语,
却见大头莫道儒.
言出必行方实在,
羊头狗肉非中庸.
口是心非耍滑头
既要牌坊还掐油
心中一陀大头肉,
却怪"素材不够用".
虚伪, B4之.
据版大私信解释, 那头大非本意, 主要是作者"素材不够", 不得不大.

b*h2011-05-05 07:05

5 楼

%mem=8gb
%nproc=8
%chk=firstcoordinates.chk
# opt=maxcyc=300 td(triplets,nstate=6,root=1) b3lyp/genecp
Title Card Required
1 3
C -0.893744 -0.839754 2.682360
C 0.130643 -0.406188 3.540921....
可是error report showes
** ERROR IN INITNF. NUMBER OF VARIABLES ( 0) **
** INCORRECT (SHOULD BE BETWEEN 1 AND 50) **
不知道如何改我的syntax，如果number of variables 是在syntax里的话。
谢谢！

a*g2011-05-05 07:05

6 楼

不错啊。ｗ

【在 e******e 的大作中提到】

: 【以下文字转载自 ME 讨论区】
: 发信人: eastfire (~~随便提高晓松), 信区: ME
: 标题: 有趣的家庭加工中心
: 发信站: BBS 未名空间站 (Sat Sep 8 19:43:53 2018, 美东)
: （原文及微信版请到我俱乐部查看）
: 众所周知，加工件产业一直是中国的优势被国内大小厂家垄断，其低廉的价格
: 令全世界任何其他国家都无法靠近相争。数控机床set up好了自己运转，加上
: 人工，原材料，设施等成品国内也是最低的，所以这个行业一直是中国的天
: 下。但是由于这些一般都是低技术型工艺且市场竞争大，所以往往利润却是很
: 低。

a*t2011-05-05 07:05

7 楼

支持

l*a2011-05-05 07:05

8 楼

素材不够是啥意思？天大一个禅字呢？

【在 w*****r 的大作中提到】

: 【以下文字转载自 Wisdom 讨论区】
: 发信人: waterer (快义恩仇之灌水山寨王), 信区: Wisdom
: 标题: Re: 童鞋们还是不要搭理修佛的啦，入我仙剑门吧。
: 发信站: BBS 未名空间站 (Tue May 17 19:01:18 2011, 美东)
: 既已仰至当无语,
: 却见大头莫道儒.
: 言出必行方实在,
: 羊头狗肉非中庸.
: 口是心非耍滑头
: 既要牌坊还掐油

d*n2011-05-05 07:05

9 楼

不要用cartisian coordinates,改用Z-matrix(internal coordinates)试试。

【在 b******h 的大作中提到】

: %mem=8gb
: %nproc=8
: %chk=firstcoordinates.chk
: # opt=maxcyc=300 td(triplets,nstate=6,root=1) b3lyp/genecp
: Title Card Required
: 1 3
: C -0.893744 -0.839754 2.682360
: C 0.130643 -0.406188 3.540921....
: 可是error report showes
: ** ERROR IN INITNF. NUMBER OF VARIABLES ( 0) **

i*a2011-05-05 07:05

10 楼

支持~

【在 s**l 的大作中提到】

: http://www.mitbbs.com/mitbbs_article_t.php?board=sysop&gid=3132

w*r2011-05-05 07:05

11 楼

就是说手上只有大头的素材, 没得选, 不大也得大.

【在 l*****a 的大作中提到】

: 素材不够是啥意思？天大一个禅字呢？

b*h2011-05-05 07:05

12 楼

Thanks dragon. I am working on it

w*82011-05-05 07:05

13 楼

支持

l*a2011-05-05 07:05

14 楼

这个。。

【在 w*****r 的大作中提到】

: 就是说手上只有大头的素材, 没得选, 不大也得大.

b*h2011-05-05 07:05

15 楼

still can't work.
By the way,how to convert cartesian into z-matrix.From the website, it's
like need a special softeware to convert.
I doult if my "zmatrix" is the z-matrix you mean. would u please show me an
example.
thanks

d*n2011-05-05 07:05

16 楼

%chk=test.chk
#p opt td(root=1,triplets,nstate=6) b3lyp/3-21g gfinput
test
0 3
H
H 1 R
Variables
R=1.0

an

【在 b******h 的大作中提到】

: still can't work.
: By the way,how to convert cartesian into z-matrix.From the website, it's
: like need a special softeware to convert.
: I doult if my "zmatrix" is the z-matrix you mean. would u please show me an
: example.
: thanks

b*h2011-05-05 07:05

17 楼

dragon,
问点弱智问题：
1 提示符“#p” 和 “#” 是一回事么？我以前从老板那里拿的模板就是“#”
（见顶楼）
2 你给的syntax里%chk=test.chk，我的是fistcoordinates.chk,应该没有问题的，对
不？
3 你上次给我的模板是
#p td ub3lyp/basis geom=check guess=read gfinput
请问basis要换成自己用的basis set 如我用的6-31g(d,p)吗？还是和gfinput 配套使
用的就是”basis“ as basis set?
4 #p 可以改成“#”吧？真的不知道这些提示符是不是不同的supercomputer
要求不同的。
多谢，多谢。如果不太麻烦你的话，能不能，打电话给你问一下呀？实在是五月十六号
就要对committee做presentation决定能不能写thesis授学位了。
再谢！

d*n2011-05-05 07:05

18 楼

呵呵，看出来你没怎么用过gaussian。#p,和#是控制print多少的，不影响计算。
file.chk是check point file的filename. ".chk"是文件格式。
basis是指你用的basis。如果是“6-31g"就用method/6-31g
gfinput是让gaussian打印出basis information，用来核对高斯用的基组是不是你想要
的基组。
你可以找一个你学理论化学的同学，如果他/她用过高斯，你可以让他/她教教你。
那个z-matrix和caritsian coordiantes之间变换，高斯里面就可以做。
还有上面的都是些小问题。不要紧，你如果不是做理论化学的，也不用太care吧。让你
同学帮你算出来，不就行了。
你用的TD（root=1),我试了，因为没有analytical gradient,所以要用numerical
methods.这样不能用cartisian coordinates,否则，就会报“too many variables"的
错误。
如果你改成z-matrix，那样就不会报这种错误了。
这个具体原因我也不知道，可能是高斯里面的bug.

【在 b******h 的大作中提到】

: dragon,
: 问点弱智问题：
: 1 提示符“#p” 和 “#” 是一回事么？我以前从老板那里拿的模板就是“#”
: （见顶楼）
: 2 你给的syntax里%chk=test.chk，我的是fistcoordinates.chk,应该没有问题的，对
: 不？
: 3 你上次给我的模板是
: #p td ub3lyp/basis geom=check guess=read gfinput
: 请问basis要换成自己用的basis set 如我用的6-31g(d,p)吗？还是和gfinput 配套使
: 用的就是”basis“ as basis set?

b*h2011-05-05 07:05

19 楼

明白了，就是半年前才和另外一个老板合作计算部分，我是做合成的。
其实合作老板也不会做自由基的计算，再加上manual
里没有input sample。他估计也要重新学，要不他怎么老是让我做过渡态的计算，而合
成的老板又一直催促要自由基生成的光波长度。他还说不重要。就我夹中间受气好了：
-）
谢谢

b*h2011-05-05 07:05

20 楼

C
C 1 1.552639
C 2 1.537535 1 103.891428
C 3 1.356474 2 111.7238
H 14 1.096030 10 146.846989 1 -45.
427525
...
is this the Z-matrix coordination?
why there still " No Z-matrix found on checkpoint file.
Cartesian coordinates read from the checkpoint file:
firstcoordinates.chk"
how can I make my computational file to be checkpoint file? thanks.

d*n2011-05-05 07:05

21 楼

要不你给我发个站内信，把你写的input file给我，我改改看。
你给的那个是z-matrix.可是高斯里面，没有analytical gradient的优化，
用
C
C 1 R1
C 2 R2 1 A1
C 3 R3 2 A2
H 14 R3 10 A3 1 D1
.....
Variable
R1=1.552639
R2=1.537535
R3=1.356474
...
D1=-45
这样才能保证用的是internal coordinates优化，否则高斯还是用cartisian
coordinate,看输出结果就可以看出来是这样的，我也不知道为什么，即便你用opt=z-
matrix也没有用，很奇怪。

【在 b******h 的大作中提到】

: C
: C 1 1.552639
: C 2 1.537535 1 103.891428
: C 3 1.356474 2 111.7238
: H 14 1.096030 10 146.846989 1 -45.
: 427525
: ...
: is this the Z-matrix coordination?
: why there still " No Z-matrix found on checkpoint file.
: Cartesian coordinates read from the checkpoint file:

b*h2011-05-05 07:05

22 楼

谢谢，dragon.我觉得这次好像对了
Excitation energies and oscillator strengths:
Excited State 1: Singlet-A 3.4295 eV 361.52 nm f=0.0002
129 ->132 0.66560
This state for optimization and/or second-order correction.
Copying the excited state density for this state as the 1-particle RhoCI
density.
Excited State 2: Singlet-A 3.9319 eV 315.33 nm f=0.0078
130 ->132 0.10718
131 ->132 0.69085
Excited State 3: Singlet-A 4.0723 eV 304.46 nm f=0.0382
130 ->132 0.68169
130 ->133 0.10295
131 ->132 -0.10422
Excited State 4: Singlet-A 4.2712 eV 290.28 nm f=0.0006
130 ->133 -0.13070
131 ->133 0.66724
Excited State 5: Singlet-A 4.4027 eV 281.61 nm f=0.0035
130 ->133 0.67224
131 ->133 0.15647
Excited State 6: Singlet-A 4.5989 eV 269.60 nm f=0.0042
125 ->132 0.11173
126 ->132 0.67040
129 ->132 0.10461
这是起始物分子的（A）。
我的syntax 是写的：
%mem=8gb
%nproc=8
Will use up to 8 processors via shared memory.
%chk=firstcoordinates.chk
Default route: MaxDisk=25GB
-------------------------------------
# td(singlets,nstate=6) b3lyp/lanl2dz
请再帮我看看这个模型建对了没有？
太谢谢dragon和先前给我发reference的朋友了，即使这个结果不太对，我也觉得自己
上路了。
鞠躬谢~~~~

d*n2011-05-05 07:05

23 楼

这个。。。。，我没有办法帮你看，我不知道你研究的是什么分子，
还有你要确定从1X(ground state)->2(first Excited state).这个跃迁能够给出
dissociation的结果，（ B(radical)+C(radical)).你可以看看文献上怎么说的，或者
你扫描第一激发态的势能面看看，是什么情况，否则我也不知道你算的是不是你想要的
。

d*n2011-05-05 07:05

24 楼

还有你这次算成功的原因是你没有用optimization(opt),对于single point
calculation，可以不用internal coordinates.
估计你一开始是误解了我的意思，我是说基态要优化，然后用优化过的基态构型，做
TDDFT计算。

【在 b******h 的大作中提到】

: 谢谢，dragon.我觉得这次好像对了
: Excitation energies and oscillator strengths:
: Excited State 1: Singlet-A 3.4295 eV 361.52 nm f=0.0002
: 129 ->132 0.66560
: This state for optimization and/or second-order correction.
: Copying the excited state density for this state as the 1-particle RhoCI
: density.
: Excited State 2: Singlet-A 3.9319 eV 315.33 nm f=0.0078
: 130 ->132 0.10718
: 131 ->132 0.69085

b*h2011-05-05 07:05

25 楼

OK, I will do that. Thanks

b*h2011-05-05 07:05

26 楼

上面的分子在算三线态时，所有f=0, 是否说明三线态的激发态是不存在的？
谢谢

d*n2011-05-05 07:05

27 楼

因为你的基态multiplicity是1，激发态的multiplicity是3，所以应该是跃迁禁阻（在
不考虑LS coupling的情况下）。

【在 b******h 的大作中提到】

: 上面的分子在算三线态时，所有f=0, 是否说明三线态的激发态是不存在的？
: 谢谢

b*h2011-05-05 07:05

28 楼