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怎么找到一个similarity matrix里面的不同的submatrix with high similarity?

怎么找到一个similarity matrix里面的不同的submatrix with high similarity?# Programming - 葵花宝典

u*o2014-04-04 07:04

1 楼

I have an NSF grant, the money is from ARRA. How may I move my NSF grant to
another US university? or may i move it to a foreign country?

E*F2014-04-04 07:04

2 楼

我去年用cpt在公司实习了几个月，那个时候还没毕业
可以享受5000美元免税吗
我没有从学校领取奖学金之类的
我搬家到了外州，有免税优惠吗
我贷款买了车，有优惠吗
PS 我按resident报税

l*n2014-04-04 07:04

3 楼

请问各位网友, 如果在简历上写的funtional title, 将来公司做背景调查时, 他们可
能看到的官方职称可能不同. 另外, 猎头公司问我当前工作工资去与当前面试的公司谈
工资,, 我把55K说成约60K, 因为老板正在准备给我涨10% 的工资. 这些在背景调查中
会有问题吗?
先谢谢了.

b*n2014-04-04 07:04

4 楼

长期个人以及带友求购，paypal交易。
1.云南大满龙七钱二分，宣统光绪都可以，要求几乎全龙鳞，最好没下过水，评级币裸
币不限
2.安徽各种毫子，0.72,1.44,0.36,要求70%以上龙鳞，最好没下过水，评级币裸币不限
3.吉林各种毫子，0.72,1.44,0.36,要求50%以上龙鳞，最好没下过水，评级币裸币不限
各位老玩家要是有的话如果可以让，价格好商量。
也可以和本人的币交换，怎么样都行，大家互通有无，开心就好~

N*n2014-04-04 07:04

5 楼

标题: 怎么找到一个similarity matrix里面的不同的submatrix with hi
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Apr 4 16:31:50 2014, 美东)
A is a symmetric matrix measuring the pair similarity between each node:
the higher value, the more similar the pair is.
我们的matrix里面每个值都是相互之间的相似性，比如50个国家直接的相似性。
如果对他的横坐标和纵坐标做hierarchical clustering, 就把相似的值都聚在一起，
如果用hotmap plot, 就会有很多hot spot.
比如：
matrix A：
【
0 30 25 1 2 3
30 0 22 2 2 1
22 20 0 2 2 2
1 2 1 0 2 2
1 2 2 3 0 9
1 1 1 2 10 0
】
很显然上面的matrix里面有两个submatrix 代表不同的区域：1 2 3高度相似，5 6高度
相似。上面我把对角设成了0.
就是想找个简单的算法把两个submatrix矩阵找出来，也可以设置不同的参数，
submatrix的size 必须大于2，那么上面那个小的submatrix(include 5 6)就去掉了了。
谢谢

h*a2014-04-04 07:04

6 楼

foreign 就算了。
其他学校不难。

to

【在 u******o 的大作中提到】

: I have an NSF grant, the money is from ARRA. How may I move my NSF grant to
: another US university? or may i move it to a foreign country?

l*n2014-04-04 07:04

7 楼

公司不一定会查。但是，诚实一点就那么难？

y*i2014-04-04 07:04

8 楼

一会儿上几个吉林毫子，你看看是否喜欢。

【在 b********n 的大作中提到】

: 长期个人以及带友求购，paypal交易。
: 1.云南大满龙七钱二分，宣统光绪都可以，要求几乎全龙鳞，最好没下过水，评级币裸
: 币不限
: 2.安徽各种毫子，0.72,1.44,0.36,要求70%以上龙鳞，最好没下过水，评级币裸币不限
: 3.吉林各种毫子，0.72,1.44,0.36,要求50%以上龙鳞，最好没下过水，评级币裸币不限
: 各位老玩家要是有的话如果可以让，价格好商量。
: 也可以和本人的币交换，怎么样都行，大家互通有无，开心就好~

G*Y2014-04-04 07:04

9 楼

你都hclust了，直接cut那些dendrogram不就完了。

【在 N******n 的大作中提到】

: 标题: 怎么找到一个similarity matrix里面的不同的submatrix with hi
: 发信站: BBS 未名空间站 (Fri Apr 4 16:31:50 2014, 美东)
: A is a symmetric matrix measuring the pair similarity between each node:
: the higher value, the more similar the pair is.
: 我们的matrix里面每个值都是相互之间的相似性，比如50个国家直接的相似性。
: 如果对他的横坐标和纵坐标做hierarchical clustering, 就把相似的值都聚在一起，
: 如果用hotmap plot, 就会有很多hot spot.
: 比如：
: matrix A：
: 【

u*o2014-04-04 07:04

10 楼

How to move to the other US university? the money is from ARRA.

【在 h******a 的大作中提到】

: foreign 就算了。
: 其他学校不难。
:
: to

G*h2014-04-04 07:04

11 楼

有以前的老同事用我当reference，我因此接到过HR或者猎头的电话。每次人家都要我
介绍一下当事人，然后才是我的评价。你连title都乱写，岂不是一下就穿帮了？
没有必要。

b*n2014-04-04 07:04

12 楼

好！

【在 y********i 的大作中提到】

: 一会儿上几个吉林毫子，你看看是否喜欢。

i*i2014-04-04 07:04

13 楼

这不是明显在找subtree吗？
你都分析到这了，找braches只是举手之劳吧．
随便给搜了一个．
http://stat.ethz.ch/R-manual/R-patched/library/stats/html/cutre

l*n2014-04-04 07:04

14 楼

我的背景有点复杂. 当时来当前的工作单位时, 因为学校冻结招聘, 他们只能把我临时
分在post doc 一类职位但新水与正式职位一样. 他们给我发offer时,offer letter里
确实提到我functional tittle是我当前简历上tittle. 照各位的意见, 我应该用post
doc 做为tittle?

【在 G*******h 的大作中提到】

: 有以前的老同事用我当reference，我因此接到过HR或者猎头的电话。每次人家都要我
: 介绍一下当事人，然后才是我的评价。你连title都乱写，岂不是一下就穿帮了？
: 没有必要。

N*n2014-04-04 07:04

15 楼

谢谢，不过cutree没有考虑到heat, 可能我觉得例子不全。
比如matrix每个格子代表pair similarity. 做hierarchical clustering rearrange
the index, and use heatmap to visualize the similarity intensity. 显然heat
degree 高的代表想要的，低的不想要，如果cutree,看不到高的和低的的区别因为相
似度低的也在一个cluster里面。

【在 i**i 的大作中提到】

: 这不是明显在找subtree吗？
: 你都分析到这了，找braches只是举手之劳吧．
: 随便给搜了一个．
: http://stat.ethz.ch/R-manual/R-patched/library/stats/html/cutre

l*n2014-04-04 07:04

16 楼

请问我现在要去跟recruitor解释吗?

N*n2014-04-04 07:04

17 楼

我们只需要hot的部分，你如果cut就可能把所有的cluster都找到了，比如图上绿色的
部分也在一个cluster里面，但是不够hot

【在 G**Y 的大作中提到】

: 你都hclust了，直接cut那些dendrogram不就完了。

i*i2014-04-04 07:04

18 楼

There are three kinds of lies: lies, damned lies, and statistics.
看你怎么理解cluster和heatmap. 你把这两个混起来了。
首先cluster（不管是几维）,讲的是根据vector之间的距离、差异程度分组。然后你把
他plot出来，标上颜色，就是heatmap。在这里，你展示了一个角。这个角的形成，可
能是其他没有显示的部分造成的。
然后你说，要把一小块红的挖出来。挖就是了。直接读图，挖。
挖很容易。举一个例子。
先造一个例子：
> d > d
[,1] [,2] [,3]
[1,] 1 4 7
[2,] 2 5 8
[3,] 3 6 9
根据行列，挖：
> d[2:3,1:2]
[,1] [,2]
[1,] 2 5
[2,] 3 6
假设cutoff是4，找包含大于4元素的行列
> col 4)})
> col
[1] FALSE TRUE TRUE
> row 4)})
> row
[1] TRUE TRUE TRUE
再挖：
> d[row,col]
[,1] [,2]
[1,] 4 7
[2,] 5 8
[3,] 6 9
>
这个结果代表什么意思，哈哈，鬼才知道。

i*i2014-04-04 07:04

19 楼

另外，试了一下cutree. 挺好用的。
用hclust里的例子，hc.
分4组，高度限制5000：
> g > g
Alabama Alaska Arizona Arkansas California
1 1 1 2 1
Colorado Connecticut Delaware Florida Georgia
2 3 1 4 2
...
> table(g)
g
1 2 3 4
14 14 20 2
第四组两个元素。
> g[g==4]
Florida North Carolina
4 4
>
这不挺好的吗？
BTW,怀念用R的时代。