1935年8月17日,德国共济会被纳粹解散,原因是认为其是犹太人和金融家高利贷食利者的组织。
现在保存下来的帝国安全办公室(Reichssicherheitshauptamt)记录显示了共济会在纳粹德国时期受到了残酷迫害。[38]一般认为,大约有80,000到200,000共济会会员被纳粹政权杀害。共济会的集中营囚犯被评定为政治犯,戴着一个倒置的红色三角形以识别身份。[39]
蓝色小花勿忘我最早是在1926年被 Zur Sonne 总会所采用作为德国不来梅市共济会年度会议的会徽。生产勿忘我会徽的工厂在1938年被纳粹党选为募捐机构。这个巧合,使共济会会员有机会将勿忘我徽章作为相互识别的秘密标记。[40][41][42]即便在纳粹时代受到了残酷迫害,但共济会会员们仍然坚持自己的信念,甚至在集中营里建立了 Liberté chérie 这样的会所。[43]在二战结束后,勿忘我在1948年再次成为德国总会所年度大会的会徽。[44]今天,佩戴勿忘我徽章已经是世界范围内共济会纪念历史上共济会会员所受到的迫害,尤其是那些死于纳粹时代的共济会会员。[44][45]
也有少数研究者认为:希特勒是欧洲共济会的一员,而二战也正是共济会高层示意希特勒进行的,以获得更多的世界控制权,也正是此事造成了之后欧洲共济会与美洲共济会的阶级分立,而希特勒本人成为共济会战争的牺牲品。