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数据说话:核酸检测准确率太低 最终只能静默

数据说话:核酸检测准确率太低 最终只能静默

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作者:任易
来源:任易
文章已获授权


最近广州、北京、郑州、石家庄等城市的阳性病例和无症状感染者病例快速增长,北京和广州已经达到了一天几千例的程度;某四字省会甚至封控了100多天,同样没有清零,背后原因究竟是什么呢?

作为搞数据的IT狗,我提一个最严重的问题:目前新冠病毒核酸检测的准确率太低,阳性检出率最低只有39%,阴性误检率最高35%,这简直堪称脏数据,这还怎么实现动态清零?

数据来源是2022年10月10日,《预防医学情报杂志》发表的《冯玉亮,杨慧萍,黄忠平,徐朝花,张磊,黄伟峰,刘丽,马小珍.新标准 下 17 种新型冠状病毒核酸检测试剂性能比对研究[1]》。

文章作者选取了2021-08/2022-03 入境的46份新冠疑似病例鼻拭子样本,用精密仪器测量了病毒载量,用17种已获得医疗器械注册证的新冠核酸检测试剂盒进行准确性分析。

在46份样本中,23份是阳性样本,其中ORF基因检测值为118~257 200 copies/ml;N 基 因 检 测 值 为 414~ 559 400 copies/ml。

ORF基因和N基因是用来检测新冠的标识基因,经过等温扩增之后,这两种基因片段会一次一次循环翻倍(扩增复制),浓度会变得越来越高,浓度高于试剂盒的检测阈值,就会被检出。

目前第九版规定CT<35(循环次数),也就是样本倍增不满35次就产生荧光反应,则视为核酸检测阳性。

在17个试剂盒中,有三种试剂盒是三靶标试剂,阳性检出率在56%~91% 之间。双靶标试剂阳性检出率在48%~96%之间,单靶标试剂阳性检出率在39%-96%之间。

这个准确率恶心在哪里?我们看图中的E、F、H、J、N五款试剂盒,在23个阳性样本中都漏掉了10个以上的样本!最坑的就是N品牌试剂盒,阳性漏检率达到61%!——我有一句脏话不知道当讲不当讲。

除了阳性的准确率,还有阴性的误检率。用医学术语来说,敏感性指的是在试剂盒检出的阳性样本中,属于真阳性(真感染)的概率;特异性值得是在试剂盒检出的阴性样本朱,属于真阴性(真的没感染)的概率。

上述这五款试剂盒,你说他不灵敏吧?他同样能把没感染的病例识别为阳性,也是服气。

核酸检测不准会有什么结果呢?我们假设广州疫情的全民核酸中,采用的是E、H两款阳性漏检率达到52%,超过半数的试剂盒,他们的阴性假阳率都是4%。

截至11月26日,广州常住人口1881万,其中累积新冠感染者137494例,其中无症状11.6万例,总感染率0.73%。

所以广州居民的核酸检测结果如下表,因为未感染的概率为99.27%,所以没病的张三仍然可能被检查出来阳性,有病的李四也会被检查出来阴性。

张三感染未感染
阳性0.73%×48%99.27%×4%
阴性0.73%×52%99.27%×96%

我们用第一次检测为阳性的张三计算一下概率,考虑没感染的同学也会有一大批人被识别为阳性,所以张三是真阳性患者的概率为

P=(0.73×48)/(0.73×48+99.27×4)=8.1%

只有8.1%,所以第一轮核酸检查是必然不准的;那么第二次呢?上一批核酸阳性的居民中,仍然有91.9%的人是假阳性。

复杂的计算用Excel来做,我给大家做了个表,可以看出,如果用E和H这种质量的试剂盒来做,要做到第五次核酸,才能准确(99.35%)地确定张三是不是阳性

按照现在的新冠传播速度,一天可以传染10个人;如果采用精准防控的方式,在四天之后,用92%的概率认定张三为阳性病例的话,那张三可以传播上千人,那还防控个P呢

我们再计算一下漏检率,也就是一个真实感染的李四,他连续参与五次核酸检测,次次漏网的概率是0.06%。

这个0.06%的数字有多可怕呢?广州目前有1881万人,扣去13.7万筛查出来的阳性,还有1857.2万阴性居民,五次筛查之后,还有万分之六的感染者趴在人群中,这数量是多少呢?

漏网之鱼=1857.2×10000×0.0006=11813人

这下大家明白,为什么上海疫情搞了3个多月,四字省会封控了100多天,然后仍然无法动态清零了吧?

如果用的是这种准确度的试剂盒,某市连续一周搞了五次大筛,最后还会有1万多感染者流落在防控体系之外,他们可是会传染社区工作人员、快递小哥、家属,也会在全民核酸的时候传染同一小区的居民。

这种准确程度下,疫情自然没完没了;最后任何尝试精准防控的城市,都只能咬牙静默封控,熬到疫情过去,因为动态清零从数学上就不可行。

那什么情况下动态清零是可行的呢?如果全部使用靠谱的三靶标试剂盒,漏检率35%,假阳率0.1%,那么在第三次广州全民核酸的时候,真阳性识别率就达到99.7%了,漏网之毒在第六次核酸检测中也基本上全都能找出来了。

我们刚刚分析的还只是试剂盒的准确率,核酸检查是一个漫长的环节,包括采样、转运、核收、检测、结果判读和报告,每个环节都会有误差的!

核酸检测“假阳性”是如何发生的?专家提示这几大可能[2]

比如,按照检测要求,要用咽拭子在舌根处刮擦3-5次才能取样;这种操作差不多要一小时采样80人;但是现在呢?有几个核酸点能够严格按照采样规范取样?是不是都是在舌头上划拉两下?然后一小时能采样200人,误差又引入了。

还有最新的消息,11月27日,兰州通报了一个消息,诺丁山3号院的核酸采样人员白某某(医院检验士)的核酸为阳性。这个姑娘作为采样人员,竟然没做24小时核酸。《#兰州通报核酸采样人员阳性[3]

我还听说有的核酸检测机构,已经用了十混一,但是到检测的时候,又再次把十个采样管中的样本混合了,做到了100混1,这成本当然下来了,但是准确率再次打折了吧。

有的核酸检测机构因为连轴转,有可能整个环境都被气溶胶污染了,这样检测出来的结果就更加失真了。

还有可能在核酸检测的时候,用于对标的阳性质控品很容易被污染(对照组),如果对照组被污染了,那所有的检测结果数据都是脏数据了。

比如,八连管是核酸检测试剂的必备耗材,如果八连管质量不好,比如封盖没封紧或者受热性不好,在加热过程中出现融化、体积变化、漏盖等情况,也会影响样本的荧光度,然后准确度又下滑了。

如果广州用了准确性不高的合法试剂盒,加上采样的不规范,运输的不靠谱,某些核酸检测机构的李鬼操作,如果核酸检测的漏检率达到52%(上表中最高),假阳性率达到35%(上表中最高),会是什么结果?

哪怕新冠病毒突然失去传染力,也需要40次核酸大筛,才能达到99.94%的真阳性识别率;48次核酸大筛才能达到近乎100%的真阳性识别率。

这也差不多就是上海封控期间,上海同胞做的核酸次数了。《核酸检测准确率有多高?高频次核酸检测必要性是什么?专家解读→[4]

如果核酸检测不能达到三天三检识别出所有真阳性病例的准确度,如果转运的速度赶不上传播的速度,想靠核酸大筛精准防控,就是建立在脏数据基础上的理想化模型,全域严格静默必然是不可避免的最后一招。

IT狗的很多方案都可以用于动态清零的,目前相对可行的方案,应该是在核酸检测时采样两次,分别送到不同的检验机构,用不同的试剂盒和仪器进行检测,靠主备冗余机制,达到降低误差的效果。

比如未来还可以搞核酸检测三副本,用三个机构分别检验同一个人的三份样本,大幅提高准确率。

又比如可以用快速抗原检测再过滤一轮,这个上海也玩过了,但这个痛点是总有一小撮人担心被隔离,没有用好抗原检测,结果又变成了脏数据。但这个风险可以用AI人脸识别+行为监测去克服。

还可以搞个沙盒,也就是二十条里所说的「免隔离闭环管理区」,区内是阳性病例工作生活的阳界,可以自由活动,区外是无感染的人界,这样也能提高隔离人士的生活质量。

但在这之前,如果不能从质控层面上,整体提升核酸检测试剂盒的准确性(提高敏感性),降低核酸检测试剂盒的假阳性率(提高特异性);

如果不能把不准确的核酸检测试剂盒强行退市,如果各城市还要用上表中E、F、H、J、N这五款合法的低准确率试剂盒,面对传染性极强的奥密克戎,十混一全民核酸这个抗疫武器,已经基本失灵了

核酸检测可不是精准射击,一管一个真阳性的;高等数学和概率论这两门课,各地疾控部门还是要好好学啊。

参考资料

[1]

冯玉亮,杨慧萍,黄忠平,徐朝花,张磊,黄伟峰,刘丽,马小珍.新标准 下 17 种新型冠状病毒核酸检测试剂性能比对研究[J/OL]: https://kns.cnki.net/kcms/detail/51.1276.r.20221008.1625.003.html

[2]

核酸检测“假阳性”是如何发生的?专家提示这几大可能: https://www.yicai.com/news/101409919.html

[3]

#兰州通报核酸采样人员阳性: https://weibo.com/1887344341/MgY1r5tb1?refer_flag=1001030103_

[4]

核酸检测准确率有多高?高频次核酸检测必要性是什么?专家解读→: http://m.fznews.com.cn/gngj/20220425/R2y7Y1nMi5.shtml


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