2023年4月5日,新型冠状病毒(SARS-CoV-2)起源研究的重磅新闻是中国疾控中心关于Huanan海鲜市场的环境采样的测序数据终于被Nature以快速预览形式发表。
从3月开始,因为中国疾控中心在GISAID上传的数据提示Huanan海鲜市场中2020年1月的采样样本提示貉感染了SARS-CoV-2,因此引起了大量关注。Science:新冠溯源最关键的数据被公布,指向这里、及这种动物 - 竟是九年前就被福尔摩斯拍过照的貉!
这个发表在Nature的研究就是上传到GISAID数据的research square预印本原文。但是相比预印本文章,这篇Nature文章增加了貉的内容,以回答3月以来国际学术界提出的问题。
2020年1月1日起,市场关闭后,卫生机构从Huanan海鲜市场环境中收集了923个样本。从1月18日起,中国疾控中心共采集了包括18种动物的457个环境样本,包括冰箱和冰柜未售出的物品、野生动物的拭子和水产品中的样本。(样本采集)
研究使用RT-qPCR,在73个环境样本中检测到SARS-CoV-2,成功分离出3种活病毒。分离出的活病毒与人类分离株HCoV-19/Wuhan/IVDC-HB-01/2019的核苷酸同源性为99.99%-100%。另外,研究对SARS-CoV-2阳性和阴性环境样本的RNA-seq分析显示,市场上有大量不同的脊椎动物属。
这个研究最重要的发现是,首次证明SARS-CoV-2的第一个谱系,谱系A出现在环境样本中,而目前全球流行的都为谱系B,这印证了去年两篇Science文章的结论,即最早的谱系来自于Huanan海鲜市场。
总之,这项研究提供了有关COVID-19暴发最早期的SARS-CoV-2在Huanan海鲜市场的分布和流行情况的信息。这项研究提供的数据与国际科学界对于GISAID数据分析报告一起,可作为SARS-CoV-2源于动物的跨种传播的最关键证据之一。
【1】 https://www.nature.com/articles/s41586-023-06043-2本公众号仅作已发表研究论文的数据分享和解读,仅供学术讨论,而不具临床指导意义。
Hanson临床科研团队,在美国的七位生物医学科学家主持并担任独立理事。主要通过大数据分析,分享医学研究前沿、数据库建设、医学统计分析方面的进展;交流规范的课题设计与SCI论文撰写经验。更多阅读:
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