抢占新技术红利，用FFPE样本轻松发SCI

过去几年一直是高通量单细胞发文的“黄金期”。但由于近几年的技术创新乏善可陈，且受限于新鲜样本检测，单细胞领域发文章越来越难了。

这篇文献中的技术有哪些过人之处？能为实验人员在FFPE单细胞研究上带来哪些新思路？读完全文，相信下一个发高分文献的人就是你。

图1. snRandom-seq技术进行FFPE样本检测的原理及流程

将snRandom-seq应用于一个保存2年左右的MTM肝癌亚型FFPE样本，发现了一个增殖和激活的肝细胞亚群，高表达增殖标记物，其中大部分细胞处于G2M期。

图2. snRandom-seq在MTM肝癌FFPE人类标本标本中发现了一个增殖亚群

snRandom-seq具有全转录组覆盖的优势。snRandom-seq检测发现，肝细胞簇显著表达lncRNA，且不同肝细胞簇表达的lncRNA存在差异，提示可能存在不同的发病机制。

图3. snRandoy-seq在人肝癌FFPE标本亚群中检测到不同的lncRNA

对结直肠癌肝转移患者的一对原发和复发的FFPE样本进行了snRandom-seq检测。发现复发样本有更活跃的抗肿瘤免疫反应，高表达脂质代谢的癌细胞簇比例增加。

图4. snRandom-seq显示了原发和复发的FFPE标本的细胞异质性

文章显示，snRandom-seq双胞率低、基因捕获灵敏度高，5’-3’覆盖度均一，在单细胞水平、单基因水平的覆盖表现良好；在FFPE样本中可捕获全转录组的全长信息，适合进行RNA速率分析、非编码RNA分析等。snRandom-seq探究小鼠以及人临床肿瘤FFPE样本的细胞异质性中，可进行精细的分群以及生物功能预测。

福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）是临床检验、随访主要的样本保存方式，构成了数量庞大且具有巨大价值的临床资料库。临床研究者对于FFPE样本，可以说又恨又爱，一方面FFPE样本具有诸多优势：保存温度要求低、保存时间长、样本可及性强、运输方便，在需要检测的时候，几乎可以随时获得，可与丰富的临床数据相关联，例如病理诊断数据等；并且可进行免疫组化等蛋白水平分析，可与基因组、转录组等测序数据进行多组学综合分析。

但是要从这“小小”的石蜡切片中提取出高质量基因组，并构建出信息完整、无偏好、可用于后续各类组学研究的文库，则是“大大”的难题。由于FFPE样本存在核酸降解、蛋白质与核酸交联的问题，基于poly(A)捕获的传统单细胞技术对FFPE样本也是束手无策。

snRandom-seq在FFPE样本领域的重大应用突破，为实验室和临床FFPE标本提供了高通量单细胞检测的可能性，可以在更大范围的生物学研究和临床实践中进行单细胞层面的研究。新技术往往可以覆盖传统技术的一些检测盲区，谁能快速掌握，谁就可以成为抢占新技术福利发文章的先行者。那么snRandom-seq可以应用于哪些场景呢？

回顾性研究是利用临床工作中现有的临床资料进行回顾性总结、分析的一种研究方法。具有占用人力资源较少，不需要太多的经费，不干扰正常的临床工作，不存在伦理问题，研究周期短的优点。但是基于poly(A)单细胞技术由于对RNA完整度要求非常高，对FFPE样本、长期冻存样本的检测效果较差，无法应用于回顾性研究。

snRandom-seq的出现正如一把钥匙，打开了沉睡的样本库宝藏，为临床回顾性研究带来了新希望。比如文章中的结直肠癌肝转移，肿瘤复发转移在临床上非常常见，一般原发手术样本以FFPE形式保存，比较复发前后FFPE样本的细胞类型、基因表达情况，可以深入挖掘癌症复发机制，指导临床治疗。

与“常见病”相对，“罕见病”指患病率相对较低的一类疾病。截止2018年10月，全球最大的罕见病数据库Orphanet共收录6172种罕见病，约占全部人类疾病的10%。罕见病对人体的影响通常涉及多系统、多脏器；病程往往呈慢性、进行性、耗竭性地发展，甚至造成残疾或危及生命。

由于每种罕见病的患者数量非常少，等待新鲜样本的周期会非常长。基于snRandom-seq对罕见病患者的FFPE样本进行单细胞检测，不需要等新鲜样本，可在短时间内收集到可用于分析的足够数量样本，为罕见病的发病机制、治疗、患者生存改善提供理论基础。

使用FFPE样本进行单细胞转录组检测的好处之一，取用其中的一部分而不影响样本的剩余部分。且医学样本库中的FFPE样本具有丰富的临床数据，如病理诊断数据。因此可将FFPE单细胞转录组检测信息与临床数据、免疫组化，以及基因组、蛋白组、代谢组、表观遗传学、空间转录组、蛋白修饰组学等研究数据结合进行多组学联合分析。

利用单细胞技术发表高分SCI越来越难，研究者需要新的突破点，而snRandom-seq的出现打开了单细胞研究的另一扇门。

近年来，非编码RNA受到了研究领域的高度重视。非编码RNA广泛参与生命活动中重要的生物功能，如生物个体的发育与分化、生殖、细胞凋亡和细胞重编程等，并且与心血管疾病、肿瘤、代谢性疾病、感染免疫性疾病等密切相关。lncRNA是非编码RNA中的一种重要类型，但在以往单细胞转录组研究中总是被忽略，这是因为基于poly(A)的方法对lncRNA的捕获效率有限。snRandom-seq的肝癌FFPE数据中，肝细胞簇显著表达lncRNA，且不同肝细胞簇表达的lncRNA存在差异，提示可能存在不同的发病机制。

除了lncRNA，snRandom-seq还可以捕获到其他非编码RNA类型，如circleRNA、snRNA等。利用snRandom-seq进行非编码RNA分析将具有广阔前景。

相比新鲜样本，使用FFPE样本除了以上新的单细胞研究思路，还具有其他优势：

看完技术解读+应用场景的解析，是否对使用FFPE单细胞检测发高分文献有了一些全新的认知呢？据小编了解目前这项来自M20 Genomics的技术已经全面商业化，国内的各大服务商几乎都可以使用其进行单细胞研究，如果有心动的小伙伴不妨可以联系起来了～毕竟联系快人一步，发SCI就能加快落地的脚步。