吐血整理 | 超好用的生存分析在线工具，码住不谢！

2022-10-15 12:10

今天为大家分享几个操作简单、数据可靠，制作精美的预后生存分析在线网站，来制作高质量的Kaplan-Meier 图表。

本文中，UALCAN、OncoLnc和和GEPIA网站以GRAMD1C基因表达对肾癌（KIRC）患者生存预后（OS）影响为例；Kaplan Meier plotter工具我们以GRAMD1C基因表达对胃癌（STAD）患者生存预后（OS）影响为例。

一、 UALCAN

UALCAN 是一个基于 TCGA 数据库中的相关癌症数据进行在线分析和挖掘的网站。是一款操作简单、快速有效的TCGA数据挖掘分析的网站工具。目前已更新至包含mRNA, miRNA和LncRNA三类基因的预后分析

网址：http://ualcan.path.uab.edu/analysis.html

点击TCGA analysis，进入TCGA分析。

默认选择为TCGA gene analysis, 在右侧输入框中输入GRAMD1C，下方选择 Kidney renal clear cell carcinoma（KIRC），点击Explore。

点击Survival。

我们可以得到，GRAMD1C低表达与患者不良预后呈正相关，P=0.00014

二、OncoLnc

OncoLnc是一种用于交互式探索生存相关性的工具，收集了TCGA中21种肿瘤，共8647个病人的生存数据，以及对应的mRNA和miRNA的表达谱数据。提供了包含mRNA，miRNA，lncRNA 3种基因的生存分析。

网址：http://www.oncolnc.org/

在输入框中输入GRAMD1C，点击Submit。

找到KIRC，点击右方Yes Please。

我们以median作为cut-off value，输入50，50。得到GRAMD1C低表达与患者不良预后呈正相关。

三、Kaplan Meier plotter

Kaplan Meier plotter集合了 GEO、 TCGA 等数据库的生存数据，主要用于乳腺癌、卵巢癌、肺癌、胃癌的预后分析；数据类型有芯片数据、高通量测序数据，涉及 mRNA 和 miRNA，并且在不断丰富之中。

网址：https://kmplot.com/analysis/

我们以GRAMD1C基因表达对胃癌（STAD）患者预后影响为例，点击gastric cancer

在Gene symbol中输入GRAMD1C，选择median作为cut-off value, 选择所有分期分级，计算总体生存曲线，最后点击Draw Kaplan-Meier plot。

最后得到GRAMD1C低表达与患者不良预后呈正相关，P=0.0008，最后可点击Download下载PDF文件，直接用于文章中。

四、GEPIA

GEPIA全称Gene Expression Profiling Interactive Analysis。平台包括来自TCGA和GTEx数据库的9736个肿瘤组织和8587个正常组织的RNA测序数据，主要提供的功能有：基因表达分析，基因相关性分析，生存分析，相似基因预测等。

网址：http://gepia.cancer-pku.cn/index.html

进入页面后，选择下方Survival Analysis。

在Gene输入框中输入GRAMD1C，Methods选择OS，Cut-off选择Median，右侧Datasets Selection中找到KIRC（肾癌）后点击下方Add，最后点击Plot即可得到。

我们可以看到，GRAMD1C低表达与患者不良预后呈正相关。同样的该网站提供下载功能，可以下载PDF文件用于文章中。

据说点“在看”的都成功发表SCI了呢

微信扫码关注该文公众号作者

戳这里提交新闻线索和高质量文章给我们。

来源: qq

2024-01-28 18:01

2024-01-09 19:01

2024-01-07 18:01

2024-01-06 18:01

2024-01-06 18:01

2023-12-13 17:12

2023-12-02 07:12

2023-11-26 18:11

中美航班重磅消息！每周85班，直飞更方便！

微软、亚马逊、谷歌大裁员！哪些科技和零售公司有缩减规模计划？

中国外长王毅：中美关系已经止跌回稳

脱轨事故造成20多人受伤联邦调查纽约市全部地铁系统

更多 2024-11-17 的新闻