2015年12月，自然出版集团发布增刊《2015自然指数·中国》，报告显示中国高质量的科研产出在2012年1月至2014年12月期间，增长了37%；相比下，美国同期下降4%。目前，中国对世界高质量科研的总体贡献居全球第二位，仅次于美国。上海在国内科研产出城市排行榜上位列第二，仅次于北京。自然指数还按照中国各院校总科研产出，及化学、物理、生命科学、地球和环境科学几大学科分类作出了综合排名。
《自然指数》于2014年11月首次发布，由物理学和生命科学两组科学家筛选出68份自然科学期刊，评选过程体现学者对期刊质量的认知，而非采用影响因子等量化方法。据施普林格·自然集团统计，这68种期刊虽然数量不到汤森路透Web of Science数据库自然科学期刊的1%，但引用量达到了整体的30%。自然指数采用三种计量方法，分别是论文计数 (AC)、分数式计量 (FC) 和加权分数式计量 (WFC)，另外还就机构合作水平进行了打分。
对 于最新发布的自然指数，《自然》杂志执行主编尼克·坎贝尔博士表示：“显然，中国正在追赶美国，并已成为拥有高质量科研产出的强国。中国经济的快速发展， 持续推动其研发投入增长。中国高等教育规模的扩大、科研人员数量增加和水平提升，也是关键要素，使中国科研投入带来了惊人的回报。”
科研产出
2014年中国科研产出排名前十的城市依次是：北京、上海、南京、武汉、合肥、长春、香港、杭州、广州和天津。这10个城市的总分值，占中国WFC分值的70.4%。《2015中国自然指数》显示，北京、上海和南京是中国三大科研中心。北京纳入自然指数的研究机构数量最多，化学和物理学的科研实力特别强。上海纳入自然指数的研究机构数量不足北京的二分之一，但其前十大研究机构的贡献，与北京前十大研究机构的贡献不分伯仲。
在2012到2014这三年中，中国整体自然指数WFC增长为37%，而杭州、西安、成都三座城市的进步尤为突出。 杭州三年期间科研产出增长达55%，浙江大学作为杭州的主要代表院校，是2014年中国自然指数的第五大贡献者；西安的科研增长迅猛如飞，三年达 142%。西安交通大学作为领衔者，其金属材料强度国家重点实验室表现尤为突出；成都已拥有10个国家重点实验室和30个地方实验室，三年中科研产出增长 近80%。
如上所述，中国在自然指数中的科研成果主要来自化学和物理学。2014年中国化学WFC达到3783，占到总分数的61%；物理学占到总分数的30%。
产业化能力
与很多国家一样，中国也非常看重改革和创新所带来的经济效益。然而在这方面，中国还是显得动力不足。很多大型企业仍然为国有性质，这对于基金科研来说并不是有利的。尽管中国在过去二十年中对基础研究进行了大量的投入，但实际的产业转化率仍然较低。
不过，在政策支持下，深圳、北京、武汉等 城市仍具有较强的产业化能力，各地企业的科研产出也较为可观。深圳作为中国的产业研发基地，目前拥有很多优秀公司，如华为、中兴、华大基因、光启、比亚迪 以及中科院深圳先进技术研究院等；北京则具有很多以清华、北大、中科院为背景的企业；在武汉，华中科技大学武汉光电国家实验室非常抢眼，他们在太阳能电池 等领域的研究尤为突出。
国内外合作
在国际合作方面，中国2012年到2014年的分数提高了31%。在2014年中，几乎有一半分数来自同美国的合作。同时，中国也超过德国，成为美国的首要合作国。中国其他重要的合作方还包括英国、日本、澳大利亚、沙特阿拉伯等。
香港、合肥和天津的合作开展最为活跃。分别以香港大学、中国科学技术大学、天津大学和南开大学为代表。其中天津大学和南开大学两所院校间的合作关系非常密切。
中国院校科研产出总排名
及学科分类排名
高质量科研产出前200机构
生命科学前50机构
化学前50机构
物理学前50机构
地球和环境科学前25机构
Nature和Science发文前25机构
以上排名所参考统计数据截至2015年9月14日。最新数据可能会有所变化，请查看Nature Index网站。
自然指数说明
1.论文计数 (article count/AC): 不论一篇文章有一个还是多个作者，每位作者所在的国家或机构都获得1个AC分值。
2.文章分数 (fractional count/FC): 考虑的是每位论文作者的相对贡献。一篇文章的FC总分值为1，在假定每人的贡献是相同的情况下，该分值由所有作者平等共享。例如，一篇论文有十个作者，那每位作者的FC得分为0.1。如果作者有多个工作单位，那其个人FC分值将在这些工作单位中再进行平均分配。
3.加权文章分数 (weighted fractional count/WFC): 即为FC增加权重，以调整占比过多的天文学和天体物理学论文。这两个学科有四种期刊入选自然指数，其发表的论文量约占该领域国际期刊论文发表量的50%， 大致相当于其它学科的五倍。因此，尽管其数据编制方法与其他学科相同，但这四种期刊上论文的权重为其他论文的1/5。
4.合作分数 (collaboration score): 根据FC来计算机构或国家的合作水平。如果机构A与另外两家机构B和C都有合作关系，那么机构A的合作分数为AB合作文章分数与AC合作文章分数的总和。