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看那美国科学院报PNAS杂志的文章,如果只看图一不看附图四,那你什么也没看懂

看那美国科学院报PNAS杂志的文章,如果只看图一不看附图四,那你什么也没看懂

博客

文章:Phylogenetic network analysis of SARS-CoV-2 genomes

连接:https://www.pnas.org/content/early/2020/04/07/2004999117

文章附属资料和图连接:https://www.pnas.org/content/suppl/2020/04/08/2004999117.DCSupplemental

图一:

附图四:

重叠后(差半个圆)的图一和附图四:

 

图一和附图四都是进化树,注重点不同。作者收集了所有公布的SARS-CoV-2基因测序资料,大约253个例。但是有的很短,大部分是完整的。作者的注重在T29095C节点,然后根据其他突变划分成三个组A,B和C,见图一。

如果你头晕,我简单介绍一下。每一个小圆点代表一株病毒,如果有同样基因序列的病毒株越多,圆点就越大。同样,如果在T29095C节点是相同的,但带有其他突变,那就是分支出来一个小圆,每发现一个突变就增加一小节。线越长代表基因序列差别越大。比如蝙蝠的基因文库是在远远的右下角。

附图四代表每一周测序结果,代表病毒在时间上的衍变,其实更说明问题。比如,第一周石正丽的团队测了很多(灰色的小点),病毒基因序列变化很大,但很多都没有继续保留,后期测序结果就都集中在一个大圆上了。附图四更容易看懂,时间顺序上,第一周就出现了B(大圆和小圆,见附图四),然后到第四第五周才出现A和C(散发)。所以实际上,所有病毒株都是来自中国,或中国到东南亚某国,然后传遍了全世界。

那么为什么作者将图一放重点呢?因为是PNAS文章,没有一点理论人家也不好意思发表。所以作者搞出三个A,B,C家族来。

但是我觉得有一点收获是:现在不是西方国家在控诉中国的数据造假吗?中国的数据当然有不真实的一面(有隐瞒的动机),比如被找出无症状带病毒者部分,也有遗漏的部分(如武汉的死亡率可能因为来不及诊断被压低了)。但是,病毒传入欧美时,毒性变大了,表现在第五第六周(浅红色和紫色圆点)又出现大量变异。因此,在欧洲大部和美国,病毒株的传播能力更强大,死亡率也更高。这可以解释中国的感染者数和死亡率都不是那么高的原因。

 

 

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来源: 文学城-金笔
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