Re: ds DNA circularization: how many bp's?# Biology - 生物学
s*e
1 楼
现在这个问题不平庸了.
以前认为DNA具有线性弯曲弹性. 小于50nm的DNA成环需要的能量太大, 没有外部帮助的
情况下,基本不可能自发成环. 对小DNA链来说, 成环最小需要的弯曲能是:
Eb/KT=2*pi^2*50nm/L. 所以L=150 bp的DNA成换需要至少克服20 KT的energy barrier. 如果
100 bp成环需要克服大概30 KT的energy barrier.
最近西北大学的Widom的lab用T4 ligase作了成环实验. 成环概率大过理论结果up to
10,0000倍.
我们提了一个理论解释, 能很好的解释他们的结果. 就是热激发的连续几个base pair的
melting导致一些local defects. 这些local defects很稀少, 所以对长的DNA不起作用.
对短DNA的极限情况会有很大影响. 严格的理论计算结果果然如此.
Melting机制会使成环概率敏感依赖于温度.另外Melting机制也会影响到DNA的
twist rigidity. 这两个预言最近被Widom的新实验支持了.
所以我现在的看法是: 多小的DNA都能
以前认为DNA具有线性弯曲弹性. 小于50nm的DNA成环需要的能量太大, 没有外部帮助的
情况下,基本不可能自发成环. 对小DNA链来说, 成环最小需要的弯曲能是:
Eb/KT=2*pi^2*50nm/L. 所以L=150 bp的DNA成换需要至少克服20 KT的energy barrier. 如果
100 bp成环需要克服大概30 KT的energy barrier.
最近西北大学的Widom的lab用T4 ligase作了成环实验. 成环概率大过理论结果up to
10,0000倍.
我们提了一个理论解释, 能很好的解释他们的结果. 就是热激发的连续几个base pair的
melting导致一些local defects. 这些local defects很稀少, 所以对长的DNA不起作用.
对短DNA的极限情况会有很大影响. 严格的理论计算结果果然如此.
Melting机制会使成环概率敏感依赖于温度.另外Melting机制也会影响到DNA的
twist rigidity. 这两个预言最近被Widom的新实验支持了.
所以我现在的看法是: 多小的DNA都能