how to explain: high protein expression but undetectable mRNA# Biology - 生物学
y*x
1 楼
刚结婚，ld在办f1 to h4，据说现在要好几个月。这段时间h1b能离境吗？
l*7
2 楼
Hello, everyone, the gene I am working on has protein expression as detected
by western blot, but its mRNA in the same type of cells is undetectable by
real-time PCR. Do you know how to explain this? Thanks very much!
by western blot, but its mRNA in the same type of cells is undetectable by
real-time PCR. Do you know how to explain this? Thanks very much!
s*s
3 楼
保证你实验设计操作都没问题的情况下，会不会
你的蛋白比较稳定
detected
by
【在 l***7 的大作中提到】
: Hello, everyone, the gene I am working on has protein expression as detected
: by western blot, but its mRNA in the same type of cells is undetectable by
: real-time PCR. Do you know how to explain this? Thanks very much!
你的蛋白比较稳定
detected
by
【在 l***7 的大作中提到】
: Hello, everyone, the gene I am working on has protein expression as detected
: by western blot, but its mRNA in the same type of cells is undetectable by
: real-time PCR. Do you know how to explain this? Thanks very much!
o*i
4 楼
我觉得你的realtime或者western有问题
detected
by
【在 l***7 的大作中提到】
: Hello, everyone, the gene I am working on has protein expression as detected
: by western blot, but its mRNA in the same type of cells is undetectable by
: real-time PCR. Do you know how to explain this? Thanks very much!
detected
by
【在 l***7 的大作中提到】
: Hello, everyone, the gene I am working on has protein expression as detected
: by western blot, but its mRNA in the same type of cells is undetectable by
: real-time PCR. Do you know how to explain this? Thanks very much!
f*e
5 楼
反着有可能，但是你的顺序不可能阿。。。。蛋白都行，怎么可能gene不行啊
detected
by
【在 l***7 的大作中提到】
: Hello, everyone, the gene I am working on has protein expression as detected
: by western blot, but its mRNA in the same type of cells is undetectable by
: real-time PCR. Do you know how to explain this? Thanks very much!
detected
by
【在 l***7 的大作中提到】
: Hello, everyone, the gene I am working on has protein expression as detected
: by western blot, but its mRNA in the same type of cells is undetectable by
: real-time PCR. Do you know how to explain this? Thanks very much!
w*e
6 楼
你确定抗体特异性很好么？
detected
by
【在 l***7 的大作中提到】
: Hello, everyone, the gene I am working on has protein expression as detected
: by western blot, but its mRNA in the same type of cells is undetectable by
: real-time PCR. Do you know how to explain this? Thanks very much!
detected
by
【在 l***7 的大作中提到】
: Hello, everyone, the gene I am working on has protein expression as detected
: by western blot, but its mRNA in the same type of cells is undetectable by
: real-time PCR. Do you know how to explain this? Thanks very much!
w*y
7 楼
估计蛋白不特异
【在 f*********e 的大作中提到】
: 反着有可能，但是你的顺序不可能阿。。。。蛋白都行，怎么可能gene不行啊
:
: detected
: by
【在 f*********e 的大作中提到】
: 反着有可能，但是你的顺序不可能阿。。。。蛋白都行，怎么可能gene不行啊
:
: detected
: by
f*e
8 楼
什么意思？说抗体specificity差？
那打质普吧。。。。如果知道什么蛋白，一了白了
【在 w******y 的大作中提到】
: 估计蛋白不特异
那打质普吧。。。。如果知道什么蛋白，一了白了
【在 w******y 的大作中提到】
: 估计蛋白不特异
Z*g
9 楼
搞一个表达该基因的阳性细胞和不表达该基因的阴性细胞作为对照,确定一下PCR或
western是否出问题.另外,你的样品是否经过处理(如药物),比方说,可能该处理抑制了
mRNA表达,但该蛋白比较稳定,半衰期长.
western是否出问题.另外,你的样品是否经过处理(如药物),比方说,可能该处理抑制了
mRNA表达,但该蛋白比较稳定,半衰期长.
l*7
10 楼
谢谢大家的回复。
我想要把人的FOXD３基因克隆到一个病毒载体上。看到有的公司用HEPG２细胞来检测他
们的抗FOXD３的抗体 （http://www.scbt.com/datasheet-133588-foxd3-f-23-antibody.html），我就用HEPG２细胞的cDNA来PCR FOXD３，总得不到所要的片段 （得到一片段，但大了１００多bp），即使是用real time pcr 的引物来检测cDNA，也没得到相应大小的片段。
有些细胞 (A-431, U-2 OS and U-251 MG) 检测不到FOXD３ RNA， 但能用FOXD３抗体
标记上，不知怎么解释。
RNA： http://www.proteinatlas.org/ENSG00000187140/rna
PROTEIN： http://www.proteinatlas.org/ENSG00000187140/cell
今天发现FOXD３只有一个外显子，没有内含子，所以我准备直接从基因组DNA里PCR试试。
谢谢。
我想要把人的FOXD３基因克隆到一个病毒载体上。看到有的公司用HEPG２细胞来检测他
们的抗FOXD３的抗体 （http://www.scbt.com/datasheet-133588-foxd3-f-23-antibody.html），我就用HEPG２细胞的cDNA来PCR FOXD３，总得不到所要的片段 （得到一片段，但大了１００多bp），即使是用real time pcr 的引物来检测cDNA，也没得到相应大小的片段。
有些细胞 (A-431, U-2 OS and U-251 MG) 检测不到FOXD３ RNA， 但能用FOXD３抗体
标记上，不知怎么解释。
RNA： http://www.proteinatlas.org/ENSG00000187140/rna
PROTEIN： http://www.proteinatlas.org/ENSG00000187140/cell
今天发现FOXD３只有一个外显子，没有内含子，所以我准备直接从基因组DNA里PCR试试。
谢谢。
l*a
11 楼
high GC 吧
l*7
12 楼
Yes, more than 70% GC. I have tried 10% DMSO or Enhancer Buffer from
Invitrogen for the PCR.
Invitrogen for the PCR.
l*a
13 楼
10%DMSO 有点高了。你的PCR有positive control 或者说 在genomic DNA 上work吗？
l*7
14 楼
用10%的DMSO是网上看到的，也有人用3%-8%的DMSO。
没有positive control。这基因GC含量很高，ORF含有72%的GC。我重新设计了一对不带
酶切位点（接头）的引物，今天刚从genomic DNA里扩出了一条大小相符的带。明天重
复一下，就送去测序看看。
谢谢。
没有positive control。这基因GC含量很高，ORF含有72%的GC。我重新设计了一对不带
酶切位点（接头）的引物，今天刚从genomic DNA里扩出了一条大小相符的带。明天重
复一下，就送去测序看看。
谢谢。
相关阅读
弱问一下怎么把protein extract里的Nuclease去掉？sensitivity and specificity有自己实验室搞得的方法自己后来做不出来，别人却能做出来事情？请问，排第一的第一作者， CV上标注么?有了解夏威夷做博后的吗？大家给点建议吧请教 生物信息刚从Biology of Genomes回来推荐一个小电影朱健康：农家子弟如何成为美国院士合成生物学请教：Research Fellowship Award对申请绿卡的影响 (转载)有什么办法把nitrocellulose membrane上的残余的page gel 彻底清除啊？想起李敖的一句话请大家推荐好的纯化hig-tag蛋白质的柱子要做长引物pcr，大家有没有啥建议呀～～请问一下这个回国机会如何？（上海同济co-PI)再问一下 postdoctoral fellowship的问题Plos genetics跟EMBO哪个口碑要强些熟悉Kenneth R. Chien@harvard的同学请进