关于chip assay的一个疑问# Biology - 生物学
a*y
1 楼
现在是H1B身份，即将被National lab lay off。准备转F2身份找Faculty job。
如果拿到Offer，基本都是秋季的。请问再从F2转成H1B会不会有什么问题？新工作开始
前能一直保持F2身份么？或者说H1B能指定工作开始那天生效么？
如果拿到Offer，基本都是秋季的。请问再从F2转成H1B会不会有什么问题？新工作开始
前能一直保持F2身份么？或者说H1B能指定工作开始那天生效么？
m*3
2 楼
在一个小公司工作，昨天一大早被老板拉进办公司批评，主要最近进展不顺利，最后老
板提了一句：“我注意到你老是和公司的中国人一起混，如果你想在公司长期待的话，
最好多和美国人交往。”我现在也就是个临时工，本来一直希望能转正，但前不久老板
又跟我说我没有什么转正的机会，自己多努力，好找工作，现在又这么说，不知道啥意
思，我也想和老美聊天，可人家都不理我，就中国人还乐意帮帮忙，教你一些东西，所
以也乐意和中国人来往，不知道以后怎么办，觉得人特别分裂。大家有什么意见?谢谢
。
板提了一句：“我注意到你老是和公司的中国人一起混，如果你想在公司长期待的话，
最好多和美国人交往。”我现在也就是个临时工，本来一直希望能转正，但前不久老板
又跟我说我没有什么转正的机会，自己多努力，好找工作，现在又这么说，不知道啥意
思，我也想和老美聊天，可人家都不理我，就中国人还乐意帮帮忙，教你一些东西，所
以也乐意和中国人来往，不知道以后怎么办，觉得人特别分裂。大家有什么意见?谢谢
。
i*y
3 楼
翻来覆去的在ＨＯＭＯＥＲＯＴＩＣ上打转，杨幂爱周迅，周迅爱赵薇，赵薇爱陈坤．
不得不说周迅的演技不错，演得越来越有妖气冲天的感觉．
不得不说周迅的演技不错，演得越来越有妖气冲天的感觉．
N*D
4 楼
只是个g, 找不到偶的router
b*e
5 楼
初次做chip assay, 一个疑问，有没有可能pull down 下来的不是transcripition
factor,而是一个和DNA没有直接binding，但是和transcription factor binding 的蛋
白呢，是不是如果要证明这个蛋白就是直接和DNA binding 的，还需要做给shift
assay呢？
factor,而是一个和DNA没有直接binding，但是和transcription factor binding 的蛋
白呢，是不是如果要证明这个蛋白就是直接和DNA binding 的，还需要做给shift
assay呢？
s*g
6 楼
I think there is no problem.
You probably need to pp you h1b case if your offer is later than march.
You probably need to pp you h1b case if your offer is later than march.
b*c
7 楼
老板哪国人？
【在 m*********3 的大作中提到】
: 在一个小公司工作，昨天一大早被老板拉进办公司批评，主要最近进展不顺利，最后老
: 板提了一句：“我注意到你老是和公司的中国人一起混，如果你想在公司长期待的话，
: 最好多和美国人交往。”我现在也就是个临时工，本来一直希望能转正，但前不久老板
: 又跟我说我没有什么转正的机会，自己多努力，好找工作，现在又这么说，不知道啥意
: 思，我也想和老美聊天，可人家都不理我，就中国人还乐意帮帮忙，教你一些东西，所
: 以也乐意和中国人来往，不知道以后怎么办，觉得人特别分裂。大家有什么意见?谢谢
: 。
【在 m*********3 的大作中提到】
: 在一个小公司工作，昨天一大早被老板拉进办公司批评，主要最近进展不顺利，最后老
: 板提了一句：“我注意到你老是和公司的中国人一起混，如果你想在公司长期待的话，
: 最好多和美国人交往。”我现在也就是个临时工，本来一直希望能转正，但前不久老板
: 又跟我说我没有什么转正的机会，自己多努力，好找工作，现在又这么说，不知道啥意
: 思，我也想和老美聊天，可人家都不理我，就中国人还乐意帮帮忙，教你一些东西，所
: 以也乐意和中国人来往，不知道以后怎么办，觉得人特别分裂。大家有什么意见?谢谢
: 。
N*n
8 楼
看标题进来的，求link~：）
r*z
9 楼
嗯，需要支持b或者g兼容模式
【在 N**D 的大作中提到】
: 只是个g, 找不到偶的router
【在 N**D 的大作中提到】
: 只是个g, 找不到偶的router
W*C
10 楼
ｃｈｉｐ ａｓｓａｙ测到的不一定是直接ｂｉｎｄ的， ｃｒｏｓｓｌｉｎｋ把距离
接近的蛋白， 核酸都连在一起了。 我不喜欢这个实验， 背景很高， 结果就是个
ｐｃｒ，作假的太多
接近的蛋白， 核酸都连在一起了。 我不喜欢这个实验， 背景很高， 结果就是个
ｐｃｒ，作假的太多
b*d
11 楼
学校H1b没有cap,任何时候都可以申.只要提前时间够,可以按时批地.
m*3
12 楼
老板美国人。
L*n
13 楼
陈坤也算女的啊
【在 i*****y 的大作中提到】
: 翻来覆去的在ＨＯＭＯＥＲＯＴＩＣ上打转，杨幂爱周迅，周迅爱赵薇，赵薇爱陈坤．
: 不得不说周迅的演技不错，演得越来越有妖气冲天的感觉．
【在 i*****y 的大作中提到】
: 翻来覆去的在ＨＯＭＯＥＲＯＴＩＣ上打转，杨幂爱周迅，周迅爱赵薇，赵薇爱陈坤．
: 不得不说周迅的演技不错，演得越来越有妖气冲天的感觉．
d*z
14 楼
$114？
【在 N**D 的大作中提到】
: 只是个g, 找不到偶的router
【在 N**D 的大作中提到】
: 只是个g, 找不到偶的router
b*e
15 楼
我也是有这个怀疑，那如果要确认，是不是得做shift assay了？
有没有别的其他实验可以证明的呢？多谢
【在 W****C 的大作中提到】
: ｃｈｉｐ ａｓｓａｙ测到的不一定是直接ｂｉｎｄ的， ｃｒｏｓｓｌｉｎｋ把距离
: 接近的蛋白， 核酸都连在一起了。 我不喜欢这个实验， 背景很高， 结果就是个
: ｐｃｒ，作假的太多
有没有别的其他实验可以证明的呢？多谢
【在 W****C 的大作中提到】
: ｃｈｉｐ ａｓｓａｙ测到的不一定是直接ｂｉｎｄ的， ｃｒｏｓｓｌｉｎｋ把距离
: 接近的蛋白， 核酸都连在一起了。 我不喜欢这个实验， 背景很高， 结果就是个
: ｐｃｒ，作假的太多
a*y
16 楼
谢谢楼上两位。先转F2在慢慢找工作吧。
b*c
17 楼
老板说话很不professional
【在 m*********3 的大作中提到】
: 老板美国人。
【在 m*********3 的大作中提到】
: 老板美国人。
d*l
18 楼
听说杨幂演了个鸟...
【在 i*****y 的大作中提到】
: 翻来覆去的在ＨＯＭＯＥＲＯＴＩＣ上打转，杨幂爱周迅，周迅爱赵薇，赵薇爱陈坤．
: 不得不说周迅的演技不错，演得越来越有妖气冲天的感觉．
【在 i*****y 的大作中提到】
: 翻来覆去的在ＨＯＭＯＥＲＯＴＩＣ上打转，杨幂爱周迅，周迅爱赵薇，赵薇爱陈坤．
: 不得不说周迅的演技不错，演得越来越有妖气冲天的感觉．
N*D
19 楼
是啊， ebay上更贵
【在 d****z 的大作中提到】
: $114？
【在 d****z 的大作中提到】
: $114？
Z*5
20 楼
还可以做binding motif突变实验。
A*l
21 楼
+1
或者是lz表达有误
【在 b*******c 的大作中提到】
: 老板说话很不professional
或者是lz表达有误
【在 b*******c 的大作中提到】
: 老板说话很不professional
i*y
22 楼
【在 N********n 的大作中提到】
: 看标题进来的，求link~：）
F*e
23 楼
chip拉下来的实际上应该称为transcriptional complex，可能你的转录因子是直接
binding DNA的，也可能是通过结合其他蛋白一起binding DNA，如果要看直接binding
估计得上gel shift
binding DNA的，也可能是通过结合其他蛋白一起binding DNA，如果要看直接binding
估计得上gel shift
l*t
24 楼
你老板几岁？
【在 m*********3 的大作中提到】
: 在一个小公司工作，昨天一大早被老板拉进办公司批评，主要最近进展不顺利，最后老
: 板提了一句：“我注意到你老是和公司的中国人一起混，如果你想在公司长期待的话，
: 最好多和美国人交往。”我现在也就是个临时工，本来一直希望能转正，但前不久老板
: 又跟我说我没有什么转正的机会，自己多努力，好找工作，现在又这么说，不知道啥意
: 思，我也想和老美聊天，可人家都不理我，就中国人还乐意帮帮忙，教你一些东西，所
: 以也乐意和中国人来往，不知道以后怎么办，觉得人特别分裂。大家有什么意见?谢谢
: 。
【在 m*********3 的大作中提到】
: 在一个小公司工作，昨天一大早被老板拉进办公司批评，主要最近进展不顺利，最后老
: 板提了一句：“我注意到你老是和公司的中国人一起混，如果你想在公司长期待的话，
: 最好多和美国人交往。”我现在也就是个临时工，本来一直希望能转正，但前不久老板
: 又跟我说我没有什么转正的机会，自己多努力，好找工作，现在又这么说，不知道啥意
: 思，我也想和老美聊天，可人家都不理我，就中国人还乐意帮帮忙，教你一些东西，所
: 以也乐意和中国人来往，不知道以后怎么办，觉得人特别分裂。大家有什么意见?谢谢
: 。
b*e
25 楼
对，这就是我想要说的，虽然用的primer是locate在有binding site的DNA上的，但也
不能百分百说明是直接binding,
我觉得也得上emsa才能最后证明，
gel shift没做过是不是很难搞，特别是用什么样的buffer做呢？
binding
【在 F*****e 的大作中提到】
: chip拉下来的实际上应该称为transcriptional complex，可能你的转录因子是直接
: binding DNA的，也可能是通过结合其他蛋白一起binding DNA，如果要看直接binding
: 估计得上gel shift
不能百分百说明是直接binding,
我觉得也得上emsa才能最后证明，
gel shift没做过是不是很难搞，特别是用什么样的buffer做呢？
binding
【在 F*****e 的大作中提到】
: chip拉下来的实际上应该称为transcriptional complex，可能你的转录因子是直接
: binding DNA的，也可能是通过结合其他蛋白一起binding DNA，如果要看直接binding
: 估计得上gel shift
W*C
26 楼
而且分辨率很差， 至少>500bp， 也就是说就是你测到有bind， 这个bind不但可能是
非直接的， 甚至可能都不在你primer的范围内。crosslink大大降低抗体的识别 （即
便多抗也有影响， 说没影响的， 做个WB试试就知道了）， 所以对抗体要求还特别高
（估计要用全长蛋白做的多抗才好一些， 可是现在很多都是用重组肽段做多抗的）。
唯一的好处， 这个算是in vivo， 要是shift assay的话肯定是 in vitro了。 in
vivo的话 应该还可以用luciferase assay + 1.过表达/抑制 TF, 2. 突变/deletion 结合序列 来做， 我倒觉得这个更可
信。
非直接的， 甚至可能都不在你primer的范围内。crosslink大大降低抗体的识别 （即
便多抗也有影响， 说没影响的， 做个WB试试就知道了）， 所以对抗体要求还特别高
（估计要用全长蛋白做的多抗才好一些， 可是现在很多都是用重组肽段做多抗的）。
唯一的好处， 这个算是in vivo， 要是shift assay的话肯定是 in vitro了。 in
vivo的话 应该还可以用luciferase assay + 1.过表达/抑制 TF, 2. 突变/deletion 结合序列 来做， 我倒觉得这个更可
信。
F*e
27 楼
发paper的话，ChIP加Luciferase就足够了吧，gel shift主要是in vitro的，还是in
vivo的
结果更真实。
高
。
结合
序列 来做， 我倒觉得这个更可
【在 W****C 的大作中提到】
: 而且分辨率很差， 至少>500bp， 也就是说就是你测到有bind， 这个bind不但可能是
: 非直接的， 甚至可能都不在你primer的范围内。crosslink大大降低抗体的识别 （即
: 便多抗也有影响， 说没影响的， 做个WB试试就知道了）， 所以对抗体要求还特别高
: （估计要用全长蛋白做的多抗才好一些， 可是现在很多都是用重组肽段做多抗的）。
: 唯一的好处， 这个算是in vivo， 要是shift assay的话肯定是 in vitro了。 in
: vivo的话 应该还可以用luciferase assay + 1.过表达/抑制 TF, 2. 突变/deletion 结合序列 来做， 我倒觉得这个更可
: 信。
vivo的
结果更真实。
高
。
结合
序列 来做， 我倒觉得这个更可
【在 W****C 的大作中提到】
: 而且分辨率很差， 至少>500bp， 也就是说就是你测到有bind， 这个bind不但可能是
: 非直接的， 甚至可能都不在你primer的范围内。crosslink大大降低抗体的识别 （即
: 便多抗也有影响， 说没影响的， 做个WB试试就知道了）， 所以对抗体要求还特别高
: （估计要用全长蛋白做的多抗才好一些， 可是现在很多都是用重组肽段做多抗的）。
: 唯一的好处， 这个算是in vivo， 要是shift assay的话肯定是 in vitro了。 in
: vivo的话 应该还可以用luciferase assay + 1.过表达/抑制 TF, 2. 突变/deletion 结合序列 来做， 我倒觉得这个更可
: 信。
b*e
28 楼
说得很好，多谢！
高
。
结合序列 来做， 我倒觉得这个更可
【在 W****C 的大作中提到】
: 而且分辨率很差， 至少>500bp， 也就是说就是你测到有bind， 这个bind不但可能是
: 非直接的， 甚至可能都不在你primer的范围内。crosslink大大降低抗体的识别 （即
: 便多抗也有影响， 说没影响的， 做个WB试试就知道了）， 所以对抗体要求还特别高
: （估计要用全长蛋白做的多抗才好一些， 可是现在很多都是用重组肽段做多抗的）。
: 唯一的好处， 这个算是in vivo， 要是shift assay的话肯定是 in vitro了。 in
: vivo的话 应该还可以用luciferase assay + 1.过表达/抑制 TF, 2. 突变/deletion 结合序列 来做， 我倒觉得这个更可
: 信。
高
。
结合序列 来做， 我倒觉得这个更可
【在 W****C 的大作中提到】
: 而且分辨率很差， 至少>500bp， 也就是说就是你测到有bind， 这个bind不但可能是
: 非直接的， 甚至可能都不在你primer的范围内。crosslink大大降低抗体的识别 （即
: 便多抗也有影响， 说没影响的， 做个WB试试就知道了）， 所以对抗体要求还特别高
: （估计要用全长蛋白做的多抗才好一些， 可是现在很多都是用重组肽段做多抗的）。
: 唯一的好处， 这个算是in vivo， 要是shift assay的话肯定是 in vitro了。 in
: vivo的话 应该还可以用luciferase assay + 1.过表达/抑制 TF, 2. 突变/deletion 结合序列 来做， 我倒觉得这个更可
: 信。
W*C
29 楼
ChIP的真实只是理想中的事情。。。
【在 F*****e 的大作中提到】
: 发paper的话，ChIP加Luciferase就足够了吧，gel shift主要是in vitro的，还是in
: vivo的
: 结果更真实。
:
: 高
: 。
: 结合
: 序列 来做， 我倒觉得这个更可
F*e
30 楼
ChIP的真实性确实是个问题，特别是ChIP-PCR。 请问目前有没有更好的in vivo的方法
来做
transcription factor和DNA的binding？
【在 W****C 的大作中提到】
:
: ChIP的真实只是理想中的事情。。。
来做
transcription factor和DNA的binding？
【在 W****C 的大作中提到】
:
: ChIP的真实只是理想中的事情。。。
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