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为啥diagnostics ppl那么fan FISH?
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为啥diagnostics ppl那么fan FISH?# Biology - 生物学
w*e
1
测biomarker OE的话,ELISA不够精确?还是ab在lysate里不work?还是
有OE的细胞占整体比重太少?感觉FISH对操作的要求太高啊呵呵
另外请教imaging牛人,为啥还没有nb 软件能代替人眼看FISH、IF image呢?
我哥们前段时间做ctc staining,整天对着显微镜简直要瞎
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b*r
2
biomarker OE是啥,over expression?那和FISH有啥关系啊
fish不是看染色体的吗,怎么和蛋白搅和到一起了,你说的神马俺都看不懂诶
FISH有软件的吧我记得。只是如果只是偶尔用一下,graduate student比软件便宜多了
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w*e
3
nb的FISH可以看RNA还能quantify,从RNA OE推出protein OE。
别问我为啥搞这么间接,我也想知道。估计跟ab不够sensitive不够specific有关吧

【在 b****r 的大作中提到】
: biomarker OE是啥,over expression?那和FISH有啥关系啊
: fish不是看染色体的吗,怎么和蛋白搅和到一起了,你说的神马俺都看不懂诶
: FISH有软件的吧我记得。只是如果只是偶尔用一下,graduate student比软件便宜多了

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t*d
4
为什么不 rt-pcr? FISH 看 RNA 比 rt-PCR 好在哪里?

【在 w******e 的大作中提到】
: nb的FISH可以看RNA还能quantify,从RNA OE推出protein OE。
: 别问我为啥搞这么间接,我也想知道。估计跟ab不够sensitive不够specific有关吧

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w*e
5
in situ

【在 t*d 的大作中提到】
: 为什么不 rt-pcr? FISH 看 RNA 比 rt-PCR 好在哪里?
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s*s
6
精确度不是一个数量级的! Realtime能看到每个细胞里面个位数的transcripts?
怎么防止reverse transcription的干扰?就算做dPCR,能够对每一个细胞分开统计?

【在 t*d 的大作中提到】
: 为什么不 rt-pcr? FISH 看 RNA 比 rt-PCR 好在哪里?
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w*e
7
FISH的好处确实如你所说,可是还是不能回答我的问题——干吗搞这么麻烦?
是sample太heterogenous?还是用ab做ELISA/IHC不够灵敏?还是其他?
另外RNA跟protein copy的corellation有那么好吗?有没有一个generally
applicable rule,比如protein增进X倍RNA平均也增进y倍?
thx

【在 s******s 的大作中提到】
: 精确度不是一个数量级的! Realtime能看到每个细胞里面个位数的transcripts?
: 怎么防止reverse transcription的干扰?就算做dPCR,能够对每一个细胞分开统计?

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s*s
8
RNA和Protein的corellation当然没那么强,不过不管是精度还是效率上
来说, FISH强太多了。想想药厂做screen, 几万个drug也就是100片384孔
板养的细胞,每个孔同时检测五六个marker的表达,就算要换一组基因看
也就换点probe, 多方便啊。

【在 w******e 的大作中提到】
: FISH的好处确实如你所说,可是还是不能回答我的问题——干吗搞这么麻烦?
: 是sample太heterogenous?还是用ab做ELISA/IHC不够灵敏?还是其他?
: 另外RNA跟protein copy的corellation有那么好吗?有没有一个generally
: applicable rule,比如protein增进X倍RNA平均也增进y倍?
: thx

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w*e
9
多谢指点。同时检测5、6个如何实现?全用不同颜色??@@

【在 s******s 的大作中提到】
: RNA和Protein的corellation当然没那么强,不过不管是精度还是效率上
: 来说, FISH强太多了。想想药厂做screen, 几万个drug也就是100片384孔
: 板养的细胞,每个孔同时检测五六个marker的表达,就算要换一组基因看
: 也就换点probe, 多方便啊。

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s*s
10
affimetrix好像现在是4-plex,用不同颜色
那个啥公司来着,我忘了名字了,N-plex的,用不用的barcode,不过要裂解细胞先

【在 w******e 的大作中提到】
: 多谢指点。同时检测5、6个如何实现?全用不同颜色??@@
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w*e
11
thx. 那个啥公司,如果是proteomics的话,估计是luminex?号称有100种组合呵呵

【在 s******s 的大作中提到】
: affimetrix好像现在是4-plex,用不同颜色
: 那个啥公司来着,我忘了名字了,N-plex的,用不用的barcode,不过要裂解细胞先

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t*d
12
谢谢!
有必要对没一个细胞分开统计么? FISH 可以计算每个细胞里个位数的 transcripts?
我对 FISH 的了解尽限于研究 cytogenetics,看染色体拷贝数的变化。不知道 FISH
还可以检测 RNA 表到量。

【在 s******s 的大作中提到】
: 精确度不是一个数量级的! Realtime能看到每个细胞里面个位数的transcripts?
: 怎么防止reverse transcription的干扰?就算做dPCR,能够对每一个细胞分开统计?

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c*r
13
我感觉前边几位在讨论RNA的荧光原位杂交,你说的是染色体的荧光原位杂交。
有时候确实需要区别一下这两个不同的实验,同样的名字。。。

【在 t*d 的大作中提到】
: 谢谢!
: 有必要对没一个细胞分开统计么? FISH 可以计算每个细胞里个位数的 transcripts?
: 我对 FISH 的了解尽限于研究 cytogenetics,看染色体拷贝数的变化。不知道 FISH
: 还可以检测 RNA 表到量。

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s*s
14
nnanostring

【在 w******e 的大作中提到】
: thx. 那个啥公司,如果是proteomics的话,估计是luminex?号称有100种组合呵呵
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s*s
15
最新的技术可以。
有没有必要,要看你打算研究什么了。
比如你想看各个细胞间的variation,用realtime就不行了把。
又比如你的细胞是个mixed的population,一起realtime显然不行。
当然你可以说我Flow,但是flow也不能看不同细胞间的相互关系

【在 t*d 的大作中提到】
: 谢谢!
: 有必要对没一个细胞分开统计么? FISH 可以计算每个细胞里个位数的 transcripts?
: 我对 FISH 的了解尽限于研究 cytogenetics,看染色体拷贝数的变化。不知道 FISH
: 还可以检测 RNA 表到量。

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