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hypermethyation 统计问题求教

hypermethyation 统计问题求教# Biology - 生物学

t*y2011-03-29 07:03

1 楼

album里的歌曲自动按照字母顺序排列, 不知道该如何按照专辑顺序排.

g*y2011-03-29 07:03

2 楼

我得到这个数据
CellTypeI CellTypeII CellTypeIII
Hypermethylated 5400 1600 500
Hypomethylated 450 1500 150
用Fisher exact test or chisq test只能说明methyaltion和CellType是相关的。
但是不能表明CellType中的哪种enriched with hyper or hypo-methylation。
显然，CellTypeI中Hypermethylated的数目比较多，要用什么test来说明
CellTypeI is significantly enriched with Hypermethylation。
另外 Is CellTypeII enriched with Hypomethylation?
Thanks!!!

I*t2011-03-29 07:03

3 楼

Track number没搞好

y*i2011-03-29 07:03

4 楼

我觉得这个数据本身就够了。画个diagram不会有疑问的，弄出个pvalue来是画蛇添
足。

【在 g**********y 的大作中提到】

: 我得到这个数据
: CellTypeI CellTypeII CellTypeIII
: Hypermethylated 5400 1600 500
: Hypomethylated 450 1500 150
: 用Fisher exact test or chisq test只能说明methyaltion和CellType是相关的。
: 但是不能表明CellType中的哪种enriched with hyper or hypo-methylation。
: 显然，CellTypeI中Hypermethylated的数目比较多，要用什么test来说明
: CellTypeI is significantly enriched with Hypermethylation。
: 另外 Is CellTypeII enriched with Hypomethylation?
: Thanks!!!

a*y2011-03-29 07:03

5 楼

itunes?
iphone?

【在 t*******y 的大作中提到】

: album里的歌曲自动按照字母顺序排列, 不知道该如何按照专辑顺序排.

g*y2011-03-29 07:03

6 楼

如果不作test,怎么回答
Is CellTypeII enriched with Hypomethylation?

t*y2011-03-29 07:03

7 楼

我问的是iphone, 进了album后, 实在找不到如何排列它们. 谢谢

y*i2011-03-29 07:03

8 楼

直接说CellTypeII is enriched with Hypomethylation.这么大的差距没人会质疑的。

【在 g**********y 的大作中提到】

: 如果不作test,怎么回答
: Is CellTypeII enriched with Hypomethylation?

e*02011-03-29 07:03

9 楼

难道不是按照专辑名称排列吗，右侧有一列小小的字母。不知道我是不是理解错了。

【在 t*******y 的大作中提到】

: 我问的是iphone, 进了album后, 实在找不到如何排列它们. 谢谢

g*y2011-03-29 07:03

10 楼

permutation test or hypergeometric test for each row?

t*y2011-03-29 07:03

11 楼

应该是我说的不清楚. 我的意思是专辑里的歌曲, 不是按照歌手本意排列的. 而是字母
顺序表排列, 很烦恼.

【在 e**********0 的大作中提到】

: 难道不是按照专辑名称排列吗，右侧有一列小小的字母。不知道我是不是理解错了。

c*22011-03-29 07:03

12 楼

How about one-sided fisher exact test

I*t2011-03-29 07:03

13 楼

你的歌曲没有track number

【在 t*******y 的大作中提到】

:
: 应该是我说的不清楚. 我的意思是专辑里的歌曲, 不是按照歌手本意排列的. 而是字母
: 顺序表排列, 很烦恼.

j*e2011-03-29 07:03

14 楼

Fisher's test is only for binary 2x2 table, use chisq test to test
association between CellType and methylation.
WITHIN each cell type, use binomial test to test if the cell type is
enriched with hypermethylation. This can be done by either calling test
procedures or by permutation. For example, in R

t*y2011-03-29 07:03

15 楼

哦, 明白了, 谢谢.
不过在自己电脑上似乎没问题

【在 I*********t 的大作中提到】

: 你的歌曲没有track number

s*02011-03-29 07:03

16 楼

The difference is huge, and you don't necessarily need an 'official' test to
prove it. Here is some brutal force method for a quick answer:
Step 1: Calculate the percentage of Hypermethylated cells for each type.
This is your p-hat.
Step 2: Calculate the standard deviation for sample mean (your p-hat for
each cell type). Too much hassle to type in a formula here, but you may
check out this link:
http://en.wikipedia.org/wiki/Binomial_proportion_confidence_int
Step 3: Calculate the standard error and then the 95% confidence interval
for each p-hat. If they don't overlap, then you can claim significance.
Copy & paste below output back to excel for better layout. Try exercise the
calculation by yourself. Enjoy.
Cell I Cell II Cell III
Hyper 5400 1600 500
Hypo 450 1500 150
none 14150 16900 19350
All 20000 20000 20000

Hypermethylated
mean 0.27 0.08 0.025
stdev 0.443959458 0.271293199 0.15612495
sderr 0.003139267 0.001918333 0.00110397
95%CI lower bound 0.263847036 0.076240068 0.022836219
95%CI higher bound 0.276152964 0.083759932 0.027163781

Hypomethylated
mean 0.0225 0.075 0.0075
stdev 0.148302899 0.263391344 0.08627717
sderr 0.00104866 0.001862458 0.000610072
95%CI lower bound 0.020444627 0.071349582 0.006304259
95%CI higher bound 0.024555373 0.078650418 0.008695741

【在 g**********y 的大作中提到】